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제13조(관련사건 관할의 병합과 예외)
관할을 달리하는 여러 개의 사건이 관련된 경우 1개의 사건에 관하여 관할권이 있는 군사법원은 다른 사건까지 관할할 수 있다. 다만, 제12조에 따른 사건은 관련되었다는 이유로 병합관할할 수 없다.
[전문개정 2021.9.24

] [[시행일 2022.7.1]]

부칙
제1조 (시행일) 이 법은 1988년 2월 25일부터 시행한다.
제2조 (경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 군법회의법에 의한 군법회의· 군법회의관할관·군법회의심판관·법무사· 검찰관·군법회의서기·검찰서기·통역 및 기사는 각각 이 법에 의한 군사법원·군사법원관할관·군사법원심판관 ·군판사· 검찰관·군사법원서기·검찰서기·통역인 및 기사로 본다.
②이 법 시행당시 군법회의 또는 대법원의 심판에 계속중인 사건, 이미 군법회의 또는 대법원에서 재판이 확정된 사건에 대하여는 이 법을 적용한다. 다만, 이미 행하여진 소송행위의 효력에는 영향을 미치지 아니한다.
③이 법 시행당시 이미 진행이 개시된 공시송달기간에 관하여는 종전의 규정을 적용한다.
④이 법 시행당시 군법회의관할관이 이미 행한 처분은 이 법에 의한 군사법원관할관이 한 것으로 본다.
⑤이 법 시행당시 군법회의의 검찰관이 이미 행한 처분은 이 법에 의한 군사법원의 검찰관이 한 것으로 본다.
⑥군사법원관할관은 군사법원서기 및 검찰서기의 충원이 있을 때까지 병으로 하여금 이 법에 의한 군사법원서기 및 검찰서기의 직무를 대행하게 할 수 있다.
제3조 (다른 법률의 개정) ①군형법중 다음과 같이 개정한다. 제3조중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다.
②군행형법중 다음과 같이 개정한다.
제1조중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다. 제3조제2항중 "당해법무사"를 "당해 군판사"로 한다.
③군사기밀보호법중 다음과 같이 개정한다. 제19조제1항중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로 한다.
④군법회의의재판권에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제명중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다. 제1조 및 제2조제1항중 "군법회의와"를 각각 "군사법원과"로 한다. 제2조제2항 및 제3항중 "군법회의"를 각각 "군사법원"으로 한다. 제3조제1항중 "군법회의"를 "군사법원"으로 하고, 동조제2항중 "군법회의는"을 "군사법원은"으로 한다.
제6조중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다. 제7조제1항중 "군법회의는"을 "군사법원은"으로, "군법회의"를 "군사법원"으로 하고, 동조제2항중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다. 제8조중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다. 제9조중 "군법회의가"를 "군사법원이"로 한다.
⑤계엄법중 다음과 같이 개정한다.
제10조의 제목중 "군법회의"를 "군사법원"으로 하고, 동조제1항중 "군법회의"를 "군사법원"으로 하며, 동조제2항중 "군법회의가"를 "군사법원이"로 한다. 제12조제2항중 "군법회의"를 각각 "군사법원"으로 한다.
⑥국가안전기획부법중 다음과 같이 개정한다. 제15조중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로 한다.
⑦공직자윤리법중 다음과 같이 개정한다.
제8조제6항중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로 한다.
⑧사법경찰관리의직무를행할자와그직무범위 에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제9조제1항 및 제2항중 "군법회의법"을 각각 "군사법원법"으로 한다.
⑨반국가행위자의처벌에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다. 제15조중 "군법회의로"를 "군사법원으로"로 한다.
⑩사회안전법중 다음과 같이 개정한다.
제26조제1항·제2항·제4항 및 제5항중 "군법회의법"을 각각 "군사법원법"으로 하고, 동조제1항·제4항 및 제5항중 "군법회의검찰관"을 각각 "군사법원검찰관"으로 한다.
⑪형의실효등에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제2조제2호 및 제5호중 "군법회의검찰부"를 "군사법원검찰부"로 한다. 제3조 및 제4조제1항·제2항중 "보통군법회의검찰부"를 "보통군사법원검찰부"로 한다.
⑫사회보호법중 다음과 같이 개정한다.
제41조제1항·제2항·제4항 및 제5항중 "군법회의법"을 각각 "군사법원법"으로 하고, 동조제1항중 "군법회의는"을 "군사법원은"으로 하며, 동조제4항 및 제5항중 "군법회의"를 각각 "군사법원"으로, "군법회의검찰관"을 각각 "군사법원검찰관"으로 한다.
⑬국가보안법중 다음과 같이 개정한다.
제25조중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로, "군법회의관할관"을 "군사법원관할관"으로, "군법회의검찰관"을 "군사법원검찰관"으로 한다.
⑭국회법중 다음과 같이 개정한다.
제38조제1항제2호 마목중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다.
⑮헌법위원회법중 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항 후단 및 제15조제1항중 "군법회의"를 각각 "군사법원"으로 한다. 제13조제3항중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로 한다.
제4조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 부칙 제3조에 의하여 개정되는 법률을 제외한 다른 법령에서 군법회의법을 인용한 경우에는 군사법원법을, 군법회의를 인용한 경우에는 군사법원을, 법무사를 인용한 경우에는 군판사를 각각 인용한 것으로 본다.

부칙 [93·12·27]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [94·1·5]
제1조 (시행일) 이 법은 1994년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (경과조치) ①이 법 시행당시 군사법원 또는 대법원의 심판의 계속중인 사건에 대하여는 이 법을 적용한다. 다만, 이미 행하여진 소송행위 및 검찰관 또는 관할관의 처분의 효력에 영향을 미치지 아니한다.
②이 법 시행당시 각군 고등군사법원에 계속중인 사건은 이 법에 의한 고등군사법원에 계속하는 것으로 본다.
③이 법 시행당시의 검찰관·검찰서기 및 군사법원서기는 이 법에 의하여 국방부장관 또는 각군 참모총장이 임명한 것으로 본다.
제3조 (다른 법률의 개정) ①군사법원의재판권에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제7조중 "군사법원의 소속검찰관"을 "군검찰부검찰관"으로 한다.
②형의실효등에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제2조제2호 및 제5호중 "군사법원검찰부"를 각각 "군검찰부"로 한다. 제3조, 제4조제1항 및 제2항 본문중 "보통군사법원검찰부"를 각각 "보통검찰부"로 한다.
③사회보호법을 다음과 같이 개정한다.
제41조제1항·제4항 및 제5항중 "군사법원검찰관"을 각각 "군검찰부검찰관"으로 한다.
④국가보안법을 다음과 같이 개정한다.
제25조중 "군사법원관할관"을 "군사법원군판사"로, "군사법원검찰관"을 "군검찰부검찰관"으로 한다.
제4조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 군사법원검찰관을 인용한 경우에는 군검찰부검찰관을 인용한 것으로 본다.

부칙 [99·1·21]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [99·12·28]
①(시행일) 이 법은 2000년 5월 1일부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행당시 군사법원 또는 대법원의 재판에 계속중인 사건에 대하여는 이 법을 적용한다. 다만, 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 행한 소송행위의 효력에는 영향을 미치지 아니한다.

부칙 [99·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [2000·12·26 법6290]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [2002.1.26 제6627호]
제1조(시행일) 이 법은 2002년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략

부칙 [2004.1.20 제7078호(검찰청법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제2조 (다른 법률의 개정) ①생략
②군사법원법중 다음과 같이 개정한다.
제122조중 "고등검찰청 또는 지방검찰청의 검사장"을 "고등검찰청검사장 또는 지방검찰청검사장"으로 한다.
③내지 ⑥생략

부칙 [2004.10.16]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(군사법경찰관의 피의자 인치에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 군사법경찰관이 구속기간의 연장허가를 받아 구속하고 있는 피의자는 즉시 검찰관에게 인치하여야 한다.

부칙 [2004.12.31 제7289호(디자인보호법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑭ 생략
⑮군사법원법중 다음과 같이 개정한다.
제469조제6호중 "의장권"을 "디자인권"으로 한다.
<16> 생략

부칙 [2005.3.31 제7427호(민법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제4편제2장(제778조 내지 제789조, 제791조 및 제793조 내지 제796조), 제826조제3항 및 제4항, 제908조의2 내지 제908조의8, 제963조, 제966조, 제968조, 제4편제8장(제980조 내지 제982조, 제984조 내지 제987조, 제989조 및 제991조 내지 제995조)의 개정규정과 부칙 제7조(제2항 및 제29항을 제외한다)의 규정은 2008년 1월 1일 부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략
제7조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑧ 생략
⑨군사법원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제48조제2호중 "친족 · 호주 · 가족"을 "친족"으로 한다.
제59조제2항 및 제66조제1항중 "직계친족 · 형제자매 및 호주"를 각각 "직계친족 및 형제자매"로 한다.
제189조제1호를 다음과 같이 한다.
1. 친족 또는 친족관계가 있었던 자
제238조의2제1항 전단 및 제252조제1항중 "호주 · 가족"을 각각 "가족"으로 한다.
제398조제1항중 "형제자매 · 호주"를 "형제자매"로 한다.
⑩ 내지 [29] 생략

부칙 [2007.5.17 제8435호(가족관계의 등록 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 제7조 생략
제8조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑤ 생략
⑥군사법원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제233조 중 “본적”을 “등록기준지”로 한다.
제368조제1호 중 “호적의 등본 또는 초본”을 “가족관계기록사항에 관한 증명서”로 한다.
제519조 중 “본적지”를 “등록기준지”로 한다.
⑦ 내지 <39> 생략
제9조 생략

부칙 [2008.1.17 제8842호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제87조의3, 제236조의2, 제206조의2의 개정규정은 공포 후 2년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(일반적 경과조치) 이 법은 이 법 시행 당시 수사 중이거나 군사법원에 계속 중인 사건에도 적용한다. 다만, 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 행한 행위의 효력에는 영향을 미치지 아니한다.
제3조(구속기간에 관한 경과조치) ①제132조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제기된 상소사건부터 적용한다.
②제132조제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공소제기 전의 체포·구인·구금이 이루어지는 사건부터 적용한다.
제4조(과태료 등에 관한 경과조치) 제193조의 개정규정은 이 법 시행 후 소환장을 송달받은 증인이 최초로 출석하지 아니하는 분부터 적용한다.
제5조(소송비용부담에 관한 적용례) 제2편제1장제14절의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공소제기되는 사건분부터 적용한다.
제6조(공소시효에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 범한 죄에 대하여는 종전의 규정을 적용한다.
제7조(재정신청사건에 관한 적용례) ①이 법의 재정신청에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 불기소처분된 사건에 대하여 적용한다.
②이 법 시행 전에 검찰관소속부대의 장에게 재정신청서를 제출한 사건은 종전의 규정에 따른다.
제8조(상고 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 상고되거나 재항고된 사건은 종전의 규정에 따른다.
제9조(다른 법률의 개정) ①군의문사 진상규명 등에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제32조제3항 단서 중 "「군사법원법」제304조제4항"을 "「군사법원법」제304조제5항"으로 한다.
②의문사진상규명에관한특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제32조제3항 단서 중 "군사법원법 제304조제4항"을 "「군사법원법」제304조제5항"으로 한다.

부 칙[2009.6.9 제9765호(아동·청소년의 성보호에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. 다만, ···<생략>··· , 부칙 제6조제2항은 2010년 1월 18일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 군사법원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제206조의2제2호 중 “「청소년의 성보호에 관한 법률」”을 “「아동ㆍ청소년의 성보호에 관한 법률」”로, “청소년 또는”을 “아동ㆍ청소년 또는”으로 한다.
③ 부터 ⑤ 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.12.29 제9841호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제238조의2제10항의 개정규정 중 제87조의3에 관한 사항은 2010년 1월 18일부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 폐지) 군사법원의재판권에관한법률은 폐지한다.
제3조(재판권 쟁의에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「군사법원의 재판권에 관한 법률」에 따라 재판권 쟁의에 관한 재정이 진행 중인 경우에는 종전의 규정에 따르되, 재판권이 결정된 경우에는 이 법에 따라 재판권이 결정된 것으로 본다.
제4조(일반적 경과조치) 이 법은 이 법 시행 당시 수사 중이거나 군사법원에 계속 중인 사건에도 적용한다. 다만, 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 행한 행위의 효력에는 영향을 미치지 아니한다.

부 칙[2011.8.4 제11002호(아동복지법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 군사법원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제206조의2제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「아동복지법」 제71조제1항제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하는 죄의 피해자
③부터 ⑬까지 생략
제7조 생략

부 칙[2012.12.18 제11572호(아동·청소년의 성보호에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 군사법원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제206조의2제2호 중 “「아동·청소년의 성보호에 관한 법률」 제7조부터 제12조까지”를 “「아동·청소년의 성보호에 관한 법률」 제7조, 제8조, 제11조부터 제15조까지 및 제17조제1항”으로 한다.
③부터 ⑨까지 생략

부 칙[2013.4.5 제11731호(형법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법률의 개정) ①부터 ③까지 생략
④ 군사법원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제272조제2항을 삭제한다.
⑤부터 <17>까지 생략
제3조 생략

부 칙[2014.1.7 제12199호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제309조의16제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제93조의3제1항 본문 및 같은 조 제2항의 개정규정에 따른 판결서등의 열람 및 복사의 방법 중 인터넷이나 그 밖의 전산정보처리시스템을 통한 전자적 방법에 의한 판결서등의 열람 및 복사에 관한 사항은 2016년 3월 1일부터 시행한다.
제2조(판결서등의 열람·복사에 관한 적용례) 제93조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 판결이 확정되는 사건의 판결서등부터 적용한다.

부 칙[2015.2.3 제13126호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(재판권의 변경에 관한 적용례 등) 제2조제1항제1호의 개정규정은 이 법 시행 당시 수사 중이거나 군사법원에 계속 중인 사건에도 적용한다. 다만, 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 행한 행위의 효력에는 영향을 미치지 아니한다.

부 칙[2016.1.6 제13722호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제295조의2의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(재정신청사건에 관한 적용례) 제304조제4항 및 제305조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제301조제2항의 개정규정에 따라 그 군검사가 소속된 부대의 장에게 재정신청서를 제출한 사건부터 적용한다.
제3조(군판사 임기에 관한 특례) 국방부장관은 제23조제4항의 개정규정 시행일부터 5년 동안 군의 인력수급 사정 등 대통령령으로 정하는 사유를 고려하여 같은 항의 개정규정에 따른 임기를 1년 이상 3년 이내 범위에서 달리 정할 수 있다.
제4조(계속사건에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 제6조제2항의 개정규정에 따라 폐지되는 보통군사법원에 계속(繫屬) 중인 사건은 상급부대·기관(제6조제2항의 개정규정에 따라 보통군사법원이 설치되는 부대·기관 중 폐지된 보통군사법원이 설치되었던 부대·기관의 상급부대·기관을 말한다)에 설치되는 보통군사법원으로 이관된 것으로 본다. 이 경우 이미 행하여진 소송행위는 영향을 받지 아니한다.
제5조(군검사 명칭에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 검찰관은 군검사로 본다.
제6조(군판사 임명에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 영관급 이상이 아닌 군판사 및 심판관에 대한 그 임명 및 지정은 효력을 잃는다. 다만, 이 법 시행 당시 이미 행하여진 소송행위는 영향을 받지 아니한다.
제7조(공소시효의 적용 배제에 관한 경과조치) 제295조의2의 개정규정은 같은 개정규정 시행 전에 범한 범죄로 아직 공소시효가 완성되지 아니한 범죄에 대하여도 적용한다.
제8조(판결에 대한 관할관의 확인조치에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 행하여진 죄에 대해서는 제379조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제9조(다른 법률의 개정) ① 5·18민주화운동 등에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항 전단 중 "검찰관으로부터"를 "군검사로부터"로, "검찰관"을 "군검사"로 한다.
② 공직선거법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제2항 중 "군검찰관을"을 "군검사를"로 한다.
③ 공직자윤리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제8항 및 같은 조 제9항 본문 중 "검찰관"을 각각 "군검사"로 한다.
④ 국가보안법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조 중 "군검찰부검찰관으로"를 "군검찰부 군검사로"로 한다.
⑤ 군에서의 형의 집행 및 군수용자의 처우에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제1항 중 "검찰관은"을 "군검사는"으로 하고, 같은 조 제2항 중 "검찰관"을 "군검사"로 한다.
제69조 중 "검찰관"을 "군검사"로 한다.
⑥ 디엔에이신원확인정보의 이용 및 보호에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "군검찰관을"을 "군검사를"로 한다.
⑦ 범죄인 인도법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제20조제2항 전단 및 후단 중 "군검찰관"을 각각 "군검사"로 한다.
⑧ 보안관찰법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제26조제1항 및 같은 조 제4항 전단 중 "군사법원검찰관은"을 각각 "군검찰부 군검사는"으로 하고, 같은 조 제5항 전단 중 "군사법원검찰관"을 "군검찰부 군검사"로 한다.
⑨ 사면법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제27조 중 "검찰관"을 "군검사"로 한다.
⑩ 성폭력범죄자의 성충동 약물치료에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제33조 중 "군검찰관은"을 "군검사는"으로 한다.
⑪ 법률 제13525호 치료감호법 일부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제50조제1항 전단 중 "군검찰부검찰관"을 "군검찰부 군검사"로 하고, 같은 항 후단 중 ""군검찰부검찰관"은"을 ""군검찰부 군검사"는"으로 하며, 같은 조 제4항 전단 및 제5항 전단 중 "군검찰부검찰관"을 각각 "군검찰부 군검사"로 한다.
⑫ 통신비밀보호법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항 중 "검찰관을"을 "군검사를"로 한다.
제8조제5항 단서 및 제9조의2제5항 단서 중 "검찰관"을 각각 "군검사"로 한다.
⑬ 특정 범죄자에 대한 보호관찰 및 전자장치 부착 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제34조 중 "군검찰관은"을 "군검사는"으로 한다.
⑭ 헌정질서 파괴범죄의 공소시효 등에 관한 특례법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항 중 "검찰관으로부터"를 "군검사로부터"로, "검찰관"을 "군검사"로 한다.
⑮ 형사보상 및 명예회복에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제29조제2항제3호 중 "검찰관으로부터"를 "군검사로부터"로 한다.
<16> 형사소송법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제256조의2의 제목 중 "군검찰관"을 "군검사"로 하고, 같은 조 전단 중 "관할군사법원검찰부검찰관"을 "관할 군검찰부 군검사"로 한다.
제10조(다른 법률과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법률에서 "검찰관"을 인용하는 경우에는 종전의 규정을 갈음하여 "군검사"를 인용한 것으로 본다.

부 칙[2017.3.21 제14609호(군인사법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, … <생략> … 부칙 제2조제10항은 2017년 7월 7일부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑧까지 생략
⑨ 군사법원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제2항 중 "장관급(將官級)"을 "장성급(將星級)"으로 한다.
제11조제2항 중 "장관급"을 "장성급"으로 한다.
제13조제1항 단서 중 "장관급"을 "장성급"으로 한다.
제18조 단서 중 "장관급"을 "장성급"으로 한다.
제36조제2항 본문 및 같은 조 제5항 중 "장관급"을 각각 "장성급"으로 한다.
⑩ 법률 제13722호 군사법원법 일부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제3항제1호 중 "장관급(將官級)"을 "장성급(將星級)"으로 하고, 같은 항 제2호 중 "장관급"을 "장성급"으로 한다.
제36조제3항 및 제8항 중 "장관급"을 각각 "장성급"으로 한다.
⑪부터 <19>까지 생략
제3조 생략

부 칙[2017.12.12 제15165호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(진술서 등의 증거능력에 관한 적용례) 제366조 및 제367조 본문의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공소제기되는 사건부터 적용한다.

부 칙[2018.12.18 제15983호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 별표 중 개정 내용은 2019년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(서명에 관한 적용례) 제93조 및 제107조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공무원 아닌 사람이 이 법에 따라 서류를 작성하거나 군사법원이 피고인에게 소환장을 발부하는 경우부터 적용한다.
제3조(사건 관할에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 육군 제1야전군사령부 보통군사법원 및 육군 제3야전군사령부 보통군사법원에 계속 중인 사건은 각각 이 법에 따른 육군 지상작전사령부 보통군사법원에 계속된 것으로 본다.

부 칙[2020.2.4 제16926호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(즉시항고 및 준항고 제기 기간에 관한 적용례) 제455조 및 제465조제3항의 개정규정은 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 즉시항고 및 준항고의 제기 기간이 지나지 아니한 경우에도 적용한다.

부 칙[2020.6.9 제17367호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(보상청구의 기간에 관한 적용례) 제227조의12제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 확정된 무죄판결부터 적용한다.
제3조(재정신청기한에 관한 적용례) 제301조제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 제299조제1항에 따라 통지를 한 사건부터 적용한다.
제4조(소송기록 등 송부에 관한 적용례) 제460조제3항의 개정규정은 이 법 시행 이후 항고가 제기된 사건부터 적용한다.
제5조(공소시효의 기간에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 범한 죄의 공소시효에 대하여는 제291조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

부 칙[2020.12.15 제17646호(국가정보원법)]
제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 다만,···<생략>···부칙 제5조제5항·제6항·제7항의 개정규정은 2024년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①부터 ④까지 생략
⑤ 군사법원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제43조제3호 및 제44조제3호를 각각 삭제한다.
⑥부터 ⑩까지 생략
제6조 생략

부 칙[2021.9.24 제18465호]
제1조(시행일) 이 법은 2022년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(법 시행을 위한 준비행위) 국방부장관은 군사법원운영위원회와 군판사인사위원회의 구성·운영, 군사법원장 및 군판사 임명 등을 위한 준비를 이 법 시행 전에 할 수 있다.
제3조(군사법원의 재판권 등에 관한 적용례) 제2조제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 저지른 범죄부터 적용한다.
제4조(군법무관인 군판사의 임명에 관한 특례) 국방부장관은 이 법 시행일부터 3년까지는 제24조제2항의 개정규정에도 불구하고 군법무관으로 7년 이상 복무 중인 영관급 이상의 장교 중에서 군판사를 임명할 수 있다.
제5조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 「군사법원법」의 규정에 따라 행한 처분·절차, 그 밖의 행위는 그에 해당하는 이 법의 규정에 따라 행한 것으로 본다.
제6조(계속사건에 대한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 「군사법원법」에 따라 고등군사법원에 계속 중인 사건은 제10조의 개정규정에 따른 고등법원에 이관한다. 이 경우 이미 행하여진 소송행위에는 영향을 미치지 아니한다.
② 이 법 시행 당시 종전의 「군사법원법」에 따라 보통군사법원에 계속 중인 사건은 제12조의4의 개정규정에서 정하고 있는 범죄지, 피고인의 근무지나 피고인이 소속된 부대의 소재지, 피고인의 현재지를 기준으로 제6조의 개정규정에 따른 군사법원에 이관한다. 이 경우 이미 행하여진 소송행위에는 영향을 미치지 아니한다.
③ 이 법 시행 당시 종전의 「군사법원법」에 따라 고등검찰부에 계속 중인 사건은 제36조의 개정규정에 따른 국방부검찰단 또는 각 군 검찰단 고등검찰부에 이관한다. 이 경우 이미 행하여진 검찰사무에는 영향을 미치지 아니한다.
④ 이 법 시행 당시 종전의 「군사법원법」에 따라 보통검찰부에 계속 중인 사건은 제12조의4의 개정규정에서 정하고 있는 범죄지, 피고인의 근무지나 피고인이 소속된 부대의 소재지, 피고인의 현재지를 기준으로 제36조의 개정규정에 따른 국방부검찰단 또는 각 군 검찰단 보통검찰부에 이관한다. 이 경우 이미 행하여진 검찰사무에는 영향을 미치지 아니한다.
제7조(군사법경찰관리 임명에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 임명된 군사법경찰관리를 제43조 및 제46조의 개정규정에 따라 군사법경찰관리로 임명하려는 경우 국방부장관 또는 각 군 참모총장은 이 법 시행 이후 30일 이내에 임명하여야 한다.
② 종전의 규정에 따라 임명된 군사법경찰관리 중 제1항에 따라 국방부장관 또는 각 군 참모총장의 임명을 받지 아니한 사람은 이 법 시행 이후 30일이 경과한 날에 군사법경찰관리에서 해임된 것으로 본다.
제8조(다른 법률의 개정) ① 5·18민주화운동 등에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항 전단 중 "고등법원 또는 고등군사법원"을 "고등법원"으로 한다.
② 공직선거법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제269조 단서 중 "「군사법원법」 제11조(普通軍事法院의 審判事項)의 규정에 의한 보통군사법원"을 "「군사법원법」 제11조에 따른 군사법원"으로 한다.
③ 군 사망사고 진상규명에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제19조제10항 후단 중 "보통군사법원"을 "군사법원"으로 한다.
제32조제1항 중 "고등법원 또는 고등군사법원"을 "고등법원"으로 한다.
④ 군형법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조 중 "참모총장 또는 군사법원의 관할관"을 "참모총장"으로 한다.
⑤ 사면법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제27조 중 "군사법원에서 형"을 "군사법원(「군사법원법」 제11조에 따라 군사법원에 재판권이 있는 사건을 심판하는 고등법원을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에서 형"으로 한다.
⑥ 성폭력범죄의 처벌 등에 관한 특례법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제49조의2제1항 중 ""군사법원""을 ""군사법원(고등법원을 포함한다)""으로 한다.
⑦ 통신비밀보호법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제3항, 제8조제5항 단서, 같은 조 제7항 및 제13조제3항 본문 중 "보통군사법원"을 각각 "군사법원"으로 한다.
⑧ 전자장치 부착 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제4항 본문 중 "보통군사법원"을 "군사법원"으로 한다.
⑨ 헌정질서 파괴범죄의 공소시효 등에 관한 특례법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항 중 "고등법원이나 고등군사법원"을 "고등법원"으로 한다.
제9조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「군사법원법」의 규정을 인용한 경우 이 법 중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정을 갈음하여 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2023.10.24 제19744호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2023.12.26 제19839호(전북특별자치도 설치 및 글로벌생명경제도시 조성을 위한 특별법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 ··· <생략>··· 제7조는 2024년 1월 18일부터 시행한다.
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법률의 개정) ①부터 ④까지 생략
⑤ 군사법원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표2의 제1지역군사법원의 관할구역란 중 "전라북도"를 "전북특별자치도"로 한다.
⑥부터 ⑬까지 생략
제8조 생략