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제12조(사업계획서 등의 제출)
① 과학기술원은 대통령령으로 정하는 바에 따라 매 사업연도가 시작되기 전에 사업계획서와 예산서를 과학기술정보통신부장관에게 제출하여 승인을 받아야 한다. 이 경우 학사에 관한 사업계획서와 예산서는 교육부장관에게도 제출하여야 한다. [개정 2013.3.23

, 2017.7.26

제14839호(정부조직법)]
② 과학기술원은 과학기술정보통신부장관이 지정하는 공인회계사 또는 회계법인의 검사를 받은 매 사업연도의 세입·세출결산서를 과학기술정보통신부장관에게 제출하여야 한다. 이 경우 학사에 관한 세입·세출결산서는 교육부장관에게도 제출하여야 한다. [개정 2013.3.23

, 2017.7.26

제14839호(정부조직법)]
③ 제2항의 경우에 결산서의 기재사항 중 국가기밀에 속하는 연구업무와 이에 직접 관련되는 업무에 관한 사항은 공인회계사 또는 회계법인의 회계검사 대상에서 제외할 수 있다.
[전문개정 2009.2.6

]

부 칙[1980.12.31 제3310호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
제2조 (폐지법률) 한국과학원법과 한국과학기술연구소육성법은 이 법에 의한 한국과학기술원의 설립등기를 완료한 날에 이를 폐지한다.
제3조 (다른 법률과의 관계) 이 법에 의한 한국과학기술원의 설립과 동시에 조세감면규제법·병역의무의특례규제에관한법률 및 무역거래법령중의 한국과학원과 한국과학기술연구소에 관한 규정은 한국과학기술원에 관한 규정으로 본다.
제4조 (경과조치) 이 법 시행당시의 한국과학원의 졸업생 및 재학생은 이 법에 의한 한국과학기술원의 졸업생 또는 재학생으로 본다.
제5조 (권리의무의 승계) 한국과학기술원은 한국과학원 및 한국과학기술연구소의 권리·의무를 포괄승계한다.
제6조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제7조 (직원의 신분) 한국과학기술원이 설립된 때에는 그 설립 당시의 한국과학원 및 한국과학기술연구소의 직원은 한국과학기술원의 직원으로 본다.
제8조 (설립준비) ①과학기술처장관은 이 법 시행일로부터 30일내에 5인 이내의 설립위원을 위촉하여 한국과학기술원의 설립에 관한 사무를 처리하게 하여야 한다.
②설립위원은 한국과학기술원의 정관을 작성하여 과학기술처장관의 인가를 받아야 한다. 이 경우, 과학기술처장관이 그 인가를 하고자 할 때에는 문교부장관의 동의를 얻어야 한다.
③설립 당시의 한국과학기술원의 이사·감사 및 원장은 제6조 및 제7조의 규정에 불구하고 과학기술처장관이 임명한다.
④설립위원은 제2조의 규정에 의한 인가를 받은 때에는 지체없이 연명으로 한국과학기술원의 설립등기를 하여야 한다.
⑤설립위원은 제4항의 규정에 의한 한국과학기술원의 설립등기를 한 후 지체없이 원장에게 사무를 인계하여야 하며, 사무인계가 끝난 때에는 설립위원은 해촉된 것으로 본다.

부 칙[1984·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1년의 범위안에서 대통령령이 정하는 날로부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 개정) 병역법중 다음과 같이 개정한다.
제44조제1항제1호에 단서를 다음과 같이 신설한다.
다만, 학사과정의 학생은 제외한다.

부 칙[1990·12·27]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (문교부의 명칭변경에 따른 다른 법률의 개정) ① 내지 <43>생략
<44>한국과학기술원법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제3항, 제6조제3항, 제7조제4항, 제12조제1항 및 제2항, 제14조제2항, 제17조의2제1항 및 제18조중 "문교부장관"을 각각 "교육부장관"으로 한다.
제17조의2제1항중 "문교부"를 "교육부"로 한다.
제5조 내지 제10조 생략

부 칙[1995·12·6]
제1조 (시행일) 이 법은 1996년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑫생략
⑬한국과학기술원법중 다음과 같이 개정한다.
제10조제1항중 "경비와 운영에 필요한 기금에"를 "경비에"로 하고, 동조제2항중 "사용과 기금의 운용·관리등에"를 "사용등에"로 한다.
⑭ 내지 <24>생략

부 칙[2001.1.29 제6400호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <61>생략
<62>한국과학기술원법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제3항, 제6조제3항, 제7조제4항, 제12조제1항 후단 제2항 후단, 제14조제2항, 제17조의2제1항 및 제18조중 "교육부장관"을 각각 "교육인적자원부장관"으로 한다.
제17조의2제1항중 "교육부"를 "교육인적자원부"로 한다.
<63> 내지 <79>생략
제4조 생략

부칙 [2003.07.25.]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(원장의 명칭변경에 따른 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의한 원장은 이 법에 의한 총장으로 본다.

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <142> 까지 생략
<143> 한국과학기술원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제2항 중 "과학기술부장관"을 "교육과학기술부장관"으로 하고, 같은 조 제3항을 삭제한다.
제6조제2항 중 "과학기술부장관"을 "교육과학기술부장관"으로 하고, 같은 조 제3항을 삭제한다.
제7조제3항 중 "과학기술부장관"을 "교육과학기술부장관"으로 하고, 같은 조 제4항을 삭제한다.
제12조제1항 전단 중 "과학기술부장관"을 "교육과학기술부장관"으로 하고, 같은 항 후단을 삭제하며, 같은 조 제2항 전단 중 "과학기술부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 하고, 같은 항 후단을 삭제한다.
제13조, 제19조제1항 본문·제2항 및 제20조 중 "과학기술부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제14조제2항 중 "과학기술부장관과 교육인적자원부장관"을 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제18조 중 "과학기술부장관 및 교육인적자원부장관"을 "교육과학기술부장관"으로 한다.
<144> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.2.6 제9413호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(과학영재학교 설치에 관한 특례) ① 이 법 시행 당시 부산광역시 소재 한국과학영재학교는 제14조의2제1항의 개정규정에 따른 고등학교 과정의 과학영재학교로 전환된 것으로 본다.
② 부산광역시는 한국과학영재학교가 제1항에 따른 고등학교 과정의 과학영재학교로 전환하는 데 필요한 공유재산 및 물품을 「공유재산 및 물품 관리법」에도 불구하고 과학기술원에 무상으로 양여, 사용허가 및 대부할 수 있다.
제3조(다른 법률의 개정) 사립학교교직원 연금법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제60조의4제1항 전단 중 “대학원”을 “고등학교 과정 이하의 학교 또는 대학원”으로, “연구요원 및 사무직원”을 “연구요원 및 교직원”으로 한다.
제60조의4제4항제1호 중 “연구요원 및 사무직원”을 “연구요원 및 교직원”으로 한다.

부 칙[2011.7.21 제10866호(고등교육법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, …<생략>… 부칙 제3조는 공포 후 1년이 경과한 날부터 각각 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ①부터 <26>까지 생략
<27> 한국과학기술원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제1항 중 “교수ㆍ부교수ㆍ조교수 및 전임강사”를 “교수ㆍ부교수 및 조교수”로 한다.
제4조 생략

부 칙[2013.3.23 제11685호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.10.15 제12766호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.11.19 제12844호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <24>까지 생략
<25> 한국과학기술원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제14조제2항 및 제18조 중 "미래창조과학부장관과 교육부장관"을 각각 "교육부장관과 미래창조과학부장관"으로 한다.
<26>부터 <258>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2017.7.26 제14839호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제5조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①부터 <322>까지 생략
<323> 한국과학기술원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제2항·제3항, 제6조제2항·제3항, 제7조제3항·제4항, 제12조제1항 전단, 같은 조 제2항 전단, 제13조, 제14조제2항, 제18조, 제19조제1항 본문, 같은 조 제2항, 제20조 및 제27조제2항 중 "미래창조과학부장관"을 각각 "과학기술정보통신부장관"으로 한다.
제11조의2제1항 중 "미래창조과학부령"을 "과학기술정보통신부령"으로 한다.
<324>부터 <382>까지 생략
제6조 생략

부 칙[2017.12.19 제15246호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(경과조치) 이 법 시행 전에 체결된 임용계약은 이 법에 따라 체결된 것으로 본다. 재임용 및 정년보장교원의 심의 및 처분 또한 이와 같다.

부 칙[2018.4.17 제15564호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(과학기술원의 부설기관 설립에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 설립된 부설기관은 제3조의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2018.12.24 제16022호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2019.8.27 제16533호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2020.5.19 제17262호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2020.6.9 제17347호(법률용어 정비를 위한 과학기술정보방송통신위원회 소관 32개 법률 일부개정을 위한 법률)]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.