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제17조(보건소등의 회계)
보건소 및 보건지소의 수수료 및 진료비의 수입은 지방재정법 제13조의 규정에 의한 수입대체경비의 방법에 의하여 직접 사용할 수 있으며, 회계사무는 당해 지방자치단체의 규칙이 정하는 바에 의하여 간소화할 수 있다.

부 칙[1995.12.29 제5101호]
제1조 (시행일) 이 법은 1996년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (보건소등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 설치된 보건소·보건의료원 또는 보건지소는 이 법에 의하여 설치된 보건소·보건의료원 또는보건지소로 본다.
제3조 (벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용은 종전의규정에 의한다.
제4조 (다른 법률의 개정) ①약사법중 다음과 같이 개정한다. 제21조제5항제7호중 "보건소법"을 "지역보건법"으로 한다.
②의료법중 다음과 같이 개정한다.
제52조제1항제2호중 "보건소법"을 "지역보건법"으로 한다.
③의료기사등에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제21조제1항제2호중 "보건소법"을 "지역보건법"으로 한다.

부 칙[1999.2.8 제5852호]
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②(건강진단등의 신고에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 지역주민 다수를 대상으로 한 건강진단등에 관한 보건소장의 승인을 얻은 자로서 그 건강진단등을 종료하지 아니한 자와 승인신청후 그 절차가 진행중인 자는 제18조의 개정규정에 의한 신고를 한 자로 본다.
③(벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2004.12.30 제7266호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제14조제2항 및 제15조의 개정규정은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.5.11 제8423호(지방자치법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제11조까지 생략
제12조 (다른 법률의 개정) ①부터 <25>까지 생략
<26>지역보건법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조 중 "지방자치법 제102조"를 "「지방자치법」 제112조"로 한다.
<27>생략
제13조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>···, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <492> 까지 생략
<493> 지역보건법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항 및 제4항, 제6조제1항 및 제2항, 제12조제3항 및 제4항, 제20조, 제24조제1항 및 제2항 중 "보건복지부장관"을 각각 "보건복지가족부장관"으로 한다.
제3조제4항, 제5조제1항, 제9조제15호, 제18조 전단, 제20조 중 "보건복지부령"을 각각 "보건복지가족부령"으로 한다.
제7조제2항 및 제9조제1항 중 "행정자치부장관"을 각각 "행정안전부장관"으로 한다.
제14조제2항, 제15조제1항 및 제2항 중 "보건복지부령"을 각각 "보건복지가족부령"으로 한다.
<494> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. <단서생략>
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑩ 까지 생략
⑪ 지역보건법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제1항 중 “의료법 제3조제4항의 규정에 의한”을 “「의료법」 제3조제2항제3호에 따른”으로 한다.
제22조를 다음과 같이 한다.
제22조(「의료법」에 대한 특례) 제8조에 따른 보건의료원은 「의료법」 제3조제2항제3호에 따른 병원 또는 같은 항 제1호에 따른 치과의원 또는 한의원으로 보고, 보건소 및 보건지소는 같은 호에 따른 의원, 치과의원 또는 한의원으로 본다.
⑫ 생략
제7조 생략

부 칙[2009.12.29 제9847호(감염병의 예방 및 관리에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제20조까지 생략
제21조(다른 법률의 개정) ① 부터 <23> 까지 생략
<24> 지역보건법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제2호 중 “전염병”을 “감염병”으로 한다.
<25> 부터 <30> 까지 생략
제22조 생략