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제3조(다른 법률과의 관계 등)
① 보조금 예산의 편성·집행 등 그 관리에 관하여는 다른 법률에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 이 법에서 정하는 바에 따른다.
② 이 법을 적용할 때 지방자치단체의 교육·과학 및 체육에 관한 보조금 예산의 편성 등에 대하여는 해당 규정 중 "행정자치부장관"은 "교육부장관"으로, "지방자치단체의 장" 또는 "특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사 또는 특별자치도지사"는 "교육감"으로 본다. [개정 2013.3.23

제11690호(정부조직법), 2014.11.19

제12844호(정부조직법), 2016.1.28

] [[시행일 2016.4.29]]
③ 개인정보의 보호에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「개인정보 보호법」에서 정하는 바에 따른다. [신설 2017.1.4

]
[전문개정 2011.7.25

]

부 칙[1963.11.1 제1431호]
①(시행일) 이 법은 공포후 30일이 경과한 날로부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법의 시행전에 이미 교부된 보조금등과 간접보조금등에 관하여는 이 법을 적용하지 아니한다.

부 칙[1986.12.31 제3874호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
제2조 (경과조치) 이 법 시행전에 편성ㆍ확정된 예산에 대하여는 제19조제2항 및 제21조제3항의 개정규정은 이를 적용하지 아니한다.
제3조 (서울특별시장의 보조사업에 대한 임시특례) 보조사업을 수행하고자 하는 자가 서울특별시장인 경우에 제7조제1항의 개정규정에 의하여 중앙관서의 장이 행하는 내무부장관과의 협의는 서울특별시의회가 구성될 때까지 중앙관서의 장이 국무총리에 보고하는 것으로 갈음하고, 제7조제2항의 개정규정에 의한 내무부장관의 경제기획원장관 및 관계중앙관서의 장에 대한 의견서 제출과 제12조제2항 및 제19조제2항의 개정규정에 의한 중앙관서의 장의 내무부장관에 대한 통보는 서울특별시의회가 구성될 때까지 이를 하지 아니하는 것으로 한다.
제4조 (다른 법률의 개정) ①소득세법중 다음과 같이 개정한다.
제39조제1항중 "보조금관리법"을 "보조금의예산 및관리에관한법률"로 한다.
②지방문화사업조성법중 다음과 같이 개정한다.
제5조중 "보조금관리법 제3장 및 제4장"을 "보조금의예산 및관리에관한법률 제4장 및 제5장"으로 한다.
제5조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법률에서 종전의 보조금관리법의 규정을 인용 또는 준용한 경우에 이 법중 그에 해당하는 내용의 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법의 해당 조항을 인용 또는 준용한 것으로 본다.

부 칙[1990·12·27]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (문교부의 각칭변경에 따른 다른 법률의 개정) ① 내지 <44>생략
<45>보조금의 예산 및 관리에 관한 법률중 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항중 "문교부장관"을 "교육부장관"으로 한다.
<46> 내지 <50>생략
제5조 내지 제10조 생략

부칙 [97·12·13]
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]

부 칙[1999·5·24]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ③생략
④보조금의예산 및관리에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항·제3항, 제7조제2항, 제8조제2항, 제10조제1항, 제11조제1항·제2항, 제12조제2항, 제14조, 제19조제2항 및 제21조제3항 각호외의 부분중 "재정경제원장관"을 각각 "기획예산처장관"으로 한다.
제15조제1항중 "재정경제원"을 "기획예산처"로 한다.
제3조제2항, 제7조제1항·제2항·제12조제2항 및 제19조제2항중 "내무부장관"을 각각 "행정자치부장관"으로 한다.
⑤ 내지 <78>생략
제4조 내지 제5조생략
제6조 (조직폐지 및 신설에 따른 다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 기획예산위원회 또는 예산청을 인용한 경우에는 기획예산처를, 기획예산위원회위원장 또는 예산청장을 인용한 경우에는 기획예산처장관을, 기획예산위원회 또는 예산청소속공무원을 인용한 경우에는 기획예산처소속공무원을, 공보실 또는 해외홍보와 관련하여 문화관광부를 인용한 경우에는 국정홍보처를, 공보실장 또는 문화관광부장관을 인용한 경우에는 국정홍보처장을, 공보실 또는 문화관광부소속공무원을 인용한 경우에는 국정홍보처소속공무원을, 문화재와 관련하여 문화관광부 또는 문화재관리국을 인용한 경우에는 문화재청을, 문화관광부장관 또는 문화재관리국장을 인용한 경우에는 문화재청장을, 문화관광부 또는 문화재관리국소속 공무원을 인용한 경우에는 문화재청소속 공무원을 각각 인용한 것으로 본다.

부 칙[2001.1.29 제6400호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①생략
②보조금의예산 및관리에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항중 "교육부장관"을 "교육인적자원부장관"으로 한다.
③ 내지 <79>생략
제4조 생략

부칙 [2006.10.4 제8050호(국가재정법)]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제56조의 규정은 법률에 따라 정부회계에 관한 기준이 마련되어 시행되는 회계연도부터, 부칙 제11조제14항, 동조제17항(「국유재산법」 제48조제4항 관련 규정에 한한다) 및 동조제29항(「물품관리법」 제21조 관련 규정에 한한다)의 규정은 각각 2008년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 내지 <31> 생략
<32>보조금의예산및관리에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제7호 중 “예산회계법 제14조제1항 및 제2항”을 “「국가재정법」 제6조”로 한다.
제4조제4항 후단 중 “4월 30일”을 “5월 31일”로 한다.
제39조 중 “예산회계법 제15조 및 제117조”를 “「국가재정법」 제11조 및 제99조”로 한다.
<33> 내지 <59> 생략
제12조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <697> 까지 생략
<698> 보조금의예산및관리에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항 중 "교육인적자원부장관"을 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제3조제2항, 제7조제1항·제2항, 제12조제2항 및 제19조제2항 중 "행정자치부장관"을 각각 "행정안전부장관"으로 한다.
제6조제1항 전단·제3항, 제7조제2항, 제8조제2항, 제10조제1항 전단, 제11조제1항·제2항, 제12조제2항, 제14조 단서, 제15조제1항, 제19조제2항 및 제21조제3항 중 "기획예산처장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
<699> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.1.30 제9347호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(초과액의 사용에 관한 적용례) 제31조제4항부터 제6항까지의 개정규정은 2009회계연도에 교부되는 보조금부터 적용한다.

부 칙[2011.7.25 제10898호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(보조사업의 수행 상황 점검 등에 관한 적용례) 제25조제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 보조사업 또는 간접보조사업을 수행하는 보조사업자 또는 간접보조사업자부터 적용한다.
제3조(보조금의 반환에 관한 적용례) ① 제31조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 교부결정이 취소되는 보조금부터 적용한다.
② 제31조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제28조에 따라 금액을 확정하는 보조금부터 적용한다.
제4조(다른 법률의 개정) ① 경제교육지원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조 후단 중 “「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」”을 “「보조금 관리에 관한 법률」”로 한다.
② 국가균형발전 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제44조제1항 본문 및 단서 중 “「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」”을 각각 “「보조금 관리에 관한 법률」”로 한다.
③ 동ㆍ서ㆍ남해안 및 내륙권 발전 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제31조제1항 및 제3항 중 “「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」”을 각각 “「보조금 관리에 관한 법률」”로 한다.
④ 범죄피해자 보호법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제35조제3항 중 “「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」”을 “「보조금 관리에 관한 법률」”로 한다.
⑤ 법인세법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제36조제1항 중 “「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」”을 “「보조금 관리에 관한 법률」”로 한다.
⑥ 소득세법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제32조제1항 중 “「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」”을 “「보조금 관리에 관한 법률」”로 한다.
⑦ 식물방역법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제37조 본문 중 “「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」”을 “「보조금 관리에 관한 법률」”로 한다.
⑧ 신발전지역 육성을 위한 투자촉진 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제30조제2항 중 “「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」”을 “「보조금 관리에 관한 법률」”로 한다.
⑨ 아시아문화중심도시 조성에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제48조제1항 및 제3항 중 “「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」”을 각각 “「보조금 관리에 관한 법률」”로 한다.
⑩ 자전거이용 활성화에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제3항 중 “「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」”을 “「보조금 관리에 관한 법률」”로 한다.
⑪ 접경지역 지원 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조제2항 전단 중 “「보조금의 예산과 관리에 관한 법률」”을 “「보조금 관리에 관한 법률」”로 한다.
⑫ 주한미군 공여구역주변지역 등 지원 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제34조제1항 전단 중 “「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」”을 “「보조금 관리에 관한 법률」”로 한다.
⑬ 중ㆍ저준위 방사성폐기물 처분시설의 유치지역지원에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조 중 “「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」”을 “「보조금 관리에 관한 법률」”로 한다.
⑭ 지방재정법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제24조 전단 중 “「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」”을 “「보조금 관리에 관한 법률」”로 한다.
⑮ 폐광지역 개발 지원에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제19조 중 “「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」”을 “「보조금 관리에 관한 법률」”로 한다.
제5조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」 또는 그 규정을 인용한 경우에는 종전의 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」 또는 그 규정을 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑨까지 생략
⑩ 보조금 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항 중 "교육과학기술부장관"을 "교육부장관"으로 한다.
제3조제2항, 제7조제1항ㆍ제2항, 제12조제2항 및 제19조제2항 중 "행정안전부장관"을 각각 "안전행정부장관"으로 한다.
⑪부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2014.1.1 제12161호(국가재정법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 보조금 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제4항 중 "5월 31일"을 "4월 30일"로 하며, 제7조제2항 중 "6월 20일"을 "5월 20일"로 한다.
제4조부터 제6조까지 생략

부 칙[2014.11.19 제12844호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 보조금 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항, 제7조제1항ㆍ제2항, 제12조제2항 및 제19조제2항 중 "안전행정부장관"을 각각 "행정자치부장관"으로 한다.
⑦부터 <258>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2015.7.20 제13393호]
이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다.

부 칙[2016.1.28 제13931호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제26조의3 및 제36조의2제1항제1호의 개정규정은 2017년 6월 1일부터 시행한다.
제2조(보조사업의 존속기간에 관한 적용례 등) ① 제15조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 보조금의 교부가 결정된 보조사업부터 적용한다.
② 제15조제1항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 보조금을 교부받은 보조사업에 대한 존속기간은 이 법 시행일부터 다음 각 호의 구분에 따른 연도 말까지로 한다.
1. 2012년에 보조사업 운용 평가를 받은 보조사업: 2016년
2. 2013년에 보조사업 운용 평가를 받은 보조사업: 2017년
3. 2014년에 보조사업 운용 평가를 받은 보조사업: 2018년
4. 2012년부터 2014년까지 시행한 보조사업 운용 평가 대상에서 제외된 보조사업 중 제15조제1항의 개정규정에 따른 대통령령으로 정하는 보조사업에 해당되지 아니하는 보조사업: 2016년
③ 제2항 각 호에 따라 존속기간이 만료되는 보조사업은 그 존속기간이 만료되기 전에 제15조제2항의 개정규정에 따라 평가를 받아야 한다.
제3조(정보공시에 관한 적용례) 제26조의10의 개정규정은 2017년 6월 1일 당시 수행 중인 보조사업 또는 간접보조사업에 대해서도 적용한다. [개정 2017.1.4] [[시행일 2017.6.1]]
제4조(특정사업자에 대한 회계감사에 관한 적용례) 제27조의2의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 회계연도의 다음 회계연도부터 적용한다.
제5조(보조사업 수행 배제 등에 관한 적용례) 제31조의2제1항 및 제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 보조금 또는 간접보조금의 교부 결정에 대하여 전부 또는 일부가 취소되거나 보조금 또는 간접보조금의 전부 또는 일부에 대하여 반환명령을 받는 경우부터 적용한다.
제6조(제재부가금 부과에 관한 적용례) 제33조의2의 개정규정은 이 법 시행 이후에 발생한 위반사실을 이유로 보조금 또는 간접보조금의 반환명령을 받는 경우부터 적용한다.
제7조(반환금과 그 밖의 채권 간의 우선순위에 관한 적용례) 제33조의3제2항의 개정규정에 따른 반환금과 그 밖의 채권 간의 우선순위는 이 법 시행 이후 발생한 채권부터 적용한다.
제8조(중요재산의 효용증가액 등의 반환명령에 관한 적용례) 제35조제4항의 개정규정은 이 법 시행 당시 보조사업 또는 간접보조사업을 수행 중인 보조사업자 또는 간접보조사업자가 이 법 시행 이후 같은 조 제3항에 위반되는 행위를 한 경우부터 적용한다.
제9조(중요재산에 대한 부기등기에 관한 적용례) 제35조의2의 개정규정은 이 법 시행 이후 교부받는 보조금 또는 간접보조금으로 취득하거나 효용가치가 증가한 재산부터 적용한다.
제10조(명단 등의 공표에 관한 적용례) 제36조의2의 개정규정은 같은 개정규정 시행 이후에 발생한 위반행위를 이유로 보조사업자등이 시정명령 또는 보조금 삭감 등의 처분을 받거나 보조금 교부 결정의 취소, 보조금 또는 간접보조금의 반환명령을 받는 경우부터 적용한다.
제11조(다른 법률의 개정) ① 국가균형발전 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제44조제1항 본문 중 "제28조부터 제33조까지의 규정"을 "제28조부터 제30조까지, 제31조, 제31조의2, 제32조 및 제33조의3"으로 하고, 같은 항 단서 중 "「보조금 관리에 관한 법률」 제30조부터 제33조까지"를 "「보조금 관리에 관한 법률」 제30조, 제31조, 제31조의2, 제32조 및 제33조의3"으로 한다.
② 국가재정법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조의2제1항제6호 중 "「보조금 관리에 관한 법률」 제15조제2항"을 "「보조금 관리에 관한 법률」 제15조제3항"으로 한다.
③ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조의2제3항제1호 중 "「보조금 관리에 관한 법률」 제18조제2항 또는 제33조의2"를 "「보조금 관리에 관한 법률」 제18조제2항, 제33조 및 제33조의3"으로 한다.
④ 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제65조의2제2호 중 "「보조금 관리에 관한 법률」 제33조의2제1항"을 "「보조금 관리에 관한 법률」 제33조"로 한다.
제12조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 규정을 인용하고 있는 경우에 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있을 때에는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2016.12.27 제14474호(지방세기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제12조까지 생략
제13조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑭까지 생략
⑮ 법률 제14524호 보조금 관리에 관한 법률 일부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다. [신설 2017.1.4] [[시행일 2017.3.28]]
제26조의3제1항제6호바목 중 "같은 법 제114조제1항"을 "「지방세기본법」 제86조제1항"으로 한다.
제14조 생략

부 칙[2016.12.27 제14476호(지방세징수법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 <64>까지 생략
<65> 법률 제14524호 보조금 관리에 관한 법률 일부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다. [신설 2017.1.4] [[시행일 2017.3.28]]
제26조의3제1항제6호바목 중 "「지방세기본법」 제63조"를 "「지방세징수법」 제5조"로 한다.
제5조 생략

부 칙[2017.1.4 제14524호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제4조는 2017년 3월 28일부터 시행하고, 법률 제13931호 보조금 관리에 관한 법률 일부개정법률 제26조의3, 제26조의10, 제36조의2제1항제1호 및 법률 제13931호 보조금 관리에 관한 법률 일부개정법률 부칙 제3조의 개정규정은 2017년 6월 1일부터 시행한다.
제2조(보조금통합관리망의 구축 및 자료 등의 제공에 관한 적용례) 제26조의2제2항 및 제3항, 제26조의3, 제26조의4 및 제26조의7의 개정규정은 이 법 시행 당시 이 법에 따라 보조금 또는 간접보조금을 교부받아 집행하고 있는 보조사업이나 간접보조사업에 대해서도 적용한다.
제3조(보조금관리정보의 파기 및 보호에 관한 적용례) 제26조의5 및 제26조의6의 개정규정은 이 법 시행 당시 보조금통합관리망을 통하여 보유하고 있는 보조금관리정보에 대해서도 적용한다.
제4조(다른 법률의 개정) ① 법률 제14474호 지방세기본법 전부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
법률 제14474호 지방세기본법 전부개정법률 부칙 제13조에 제15항을 다음과 같이 신설한다.
⑮ 법률 제14524호 보조금 관리에 관한 법률 일부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제26조의3제1항제6호바목 중 "같은 법 제114조제1항"을 "「지방세기본법」 제86조제1항"으로 한다.
② 법률 제14476호 지방세징수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
법률 제14476호 지방세징수법 부칙 제4조에 제65항을 다음과 같이 신설한다.
<65> 법률 제14524호 보조금 관리에 관한 법률 일부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제26조의3제1항제6호바목 중 "「지방세기본법」 제63조"를 "「지방세징수법」 제5조"로 한다.