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제52조(수산자원보호구역에서의 행위제한 등)
① 수산자원보호구역에서의 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조제11호에 따른 도시계획사업은 대통령령으로 정하는 사업에 한하여 시행할 수 있다.
② 수산자원보호구역에서는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제57조 및 같은 법 제76조에도 불구하고 제1항에 따른 도시계획사업에 따른 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위(이하 “허가대상행위”라 한다)에 한하여 그 구역을 관할하는 관리관청의 허가를 받아 할 수 있다.
1. 수산자원의 보호 또는 조성 등을 위하여 필요한 건축물, 그 밖의 시설 중 대통령령으로 정하는 종류와 규모의 건축물 그 밖의 시설을 건축하는 행위
2. 주민의 생활을 영위하는 데 필요한 건축물, 그 밖의 시설을 설치하는 행위로서 대통령령으로 정하는 행위
3. 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」또는 「산지관리법」에 따른 조림, 육림, 임도의 설치, 그 밖에 대통령령으로 정하는 행위
③ 관리관청은 수산자원보호구역에서 제2항에 따른 허가를 받지 아니하고 허가대상행위를 하거나 제2항에 따라 허가받은 내용과 다르게 행위를 하는 자 및 그 건축물이나 토지 등을 양수한 자에 대하여는 그 행위의 중지 및 원상회복을 명할 수 있다.
④ 관리관청은 제3항에 따른 원상회복의 명령을 받은 자가 원상회복을 하지 아니하는 때에는 「행정대집행법」에 따른 행정대집행에 따라 원상회복을 할 수 있다.
⑤ 제2항에 따른 허가의 기준·신청절차 등에 필요한 사항 및 제3항에 따른 원상회복명령의 기간·횟수 등은 대통령령으로 정한다.

부 칙[2009.4.22 제9627호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「수산업법」, 종전의 「기르는 어업육성법」 및 종전의 「수산업법」 제53조 및 제77조의 위임에 따른 대통령령(이하 “수산자원보호령”이라 한다)에 따른 처분ㆍ절차와 그 밖의 행위로서 이 법에 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 법에 따라 행하여진 것으로 본다.
제3조(2중 이상의 자망의 사용에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 수산자원보호령 제5조제1호 또는 제2호에 따라 2중 이상 자망의 사용을 신고하거나 승인받은 자는 제23조제3항에 따라 2중 이상 자망의 사용을 승인받은 것으로 본다.
제4조(보호수면의 지정에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「수산업법」 제65조제1항 및 제2항에 따라 보호수면으로 지정된 수면은 제46조제1항에 따라 보호수면으로 지정된 것으로 본다.
제5조(수산자원관리수면의 지정에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 「기르는 어업육성법」 제10조제1항에 따라 수산자원관리수면으로 지정받은 수면은 제48조제1항 및 제2항에 따라 이 법 시행일부터 5년간 수산자원관리수면으로 지정받은 것으로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 「수산업법」 제68조제1항에 따라 육성수면으로 지정받은 수면은 나머지 유효기간까지 제48조제1항에 따라 수산자원관리수면으로 지정받은 것으로 본다.
제6조(수산자원보호구역에서의 건축 등 허가에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 법률 제8564호 수산업법 일부개정법률 부칙 제2조제1항 및 종전의 「수산업법」 제67조의3제2항에 따라 수산자원보호구역 안에서의 행위제한 등과 관련하여 행하여진 건축물이나 그 밖의 시설의 건축 등의 허가는 제52조제2항에 따라 관리관청이 행한 것으로 본다.
② 이 법 시행 당시 법률 제8564호 수산업법 일부개정법률 부칙 제2조제2항 및 종전의 「수산업법」 제67조의3제3항에 따라 수산자원보호구역 안에서의 행위제한 등과 관련하여 행한 원상회복 명령은 제52조제3항에 따라 관리관청이 행한 것으로 본다.
제7조(조성금 부과ㆍ징수에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「기르는 어업육성법」 제12조제1항 및 제2항에 따라 수산자원조성금 부과ㆍ징수 또는 면제 대상에 해당하는 자는 제44조제1항 또는 제2항에 따른 부과ㆍ징수 또는 면제 대상자로 본다.
제8조(벌칙과 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙이나 과태료 규정을 적용할 때에는 종전의 「수산업법」, 종전의 「기르는 어업육성법」 및 종전의 수산자원보호령의 규정에 따른다.
제9조(다른 법률의 개정) ① 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제76조제5항제5호를 다음과 같이 한다.
5. 자연환경보전지역 중 수산자원보호구역인 경우에는 「수산자원관리법」에서 정하는 바에 따른다.
② 기르는 어업육성법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조부터 제13조까지를 각각 삭제한다.
제35조제2항을 삭제한다.
③ 내수면어업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조 중 “「수산업법」에 의한”을 “「수산업법」 및 「수산자원관리법」에 따른” 으로 한다.
제16조제1항제4호 중 “「수산업법」 제77조제1항제4호의 規定에 의한 水産動植物”을 “「수산자원관리법」 제35조제1항제5호에 따른 수산자원”으로 한다.
제21조제1항제3호 중 “「수산업법」 제72조제2항의 規定에 의한”을 “「수산자원관리법」 제43조제2항에 따른”으로 한다.
제22조를 다음과 같이 한다.
제22조(「수산업법」 등의 준용) 이 법에 규정한 것을 제외하고는 「수산업법」 및 「수산자원관리법」의 관련 규정을 준용한다.
④ 배타적 경제수역에서의 외국인어업 등에 대한 주권적 권리의 행사에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항 중 “水産業法”을 “「수산업법」 및 「수산자원관리법」”으로 한다.
제6조제2항 중 “「수산업법」 제56조의 規定에 의하여”를 “「수산자원관리법」 제36조에 따라”로 한다.
⑤ 사법경찰관리의 직무를 수행할 자와 그 직무범위에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제15호 중 “수산업에 관한 범죄 및 「어업자원보호법」에 규정된 범죄”를 “「수산업법」에 규정된 범죄, 「어업자원보호법」에 규정된 범죄 및「수산자원관리법」에 규정된 범죄”로 한다.
⑥ 어장관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조제3호 및 제4호 중 “「수산업법」”을 각각 “「수산업법」 및 「수산자원관리법」”로 한다.
제21조 중 “「수산업법」 제73조와 제74조”를 “「수산자원관리법」 제16조와 제17조”로 한다.
제28조 중 “「수산업법」 제73조 및 제74조”를 “「수산자원관리법」 제16조와 제17조”로 한다.
⑦ 원양산업발전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제1항제2호 및 제3호 중 “「수산업법」”을 각각 “「수산업법」, 「수산자원관리법」”으로 한다.
제10조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「수산업법」, 종전의 「기르는 어업육성법」, 종전의 수산자원보호령 또는 그 규정을 인용한 경우 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2010.4.15 제10272호(공유수면 관리 및 매립에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제12조까지 생략
제13조(다른 법률의 개정) ① 부터 <29> 까지 생략
<30> 법률 제9627호 수산자원관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제44조제1항제10호를 다음과 같이 한다.
10. 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조에 따른 공유수면의 매립면허를 받은 자(「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조를 의제하는 법률에 따라 공유수면의 매립면허를 받은 자를 포함한다)
제44조제2항제2호 중 “「공유수면매립법」”을 “「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」”로 하고, 같은 항 제4호 중 “「공유수면관리법」 제5조”를 “「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제8조”로, “「공유수면매립법」 제9조”를 “「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조”로 한다.
제45조제1항제1호 중 “「공유수면관리법」 제5조”를 “「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제8조”로 한다.
<31> 부터 <75> 까지 생략
제14조 생략