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제3조(적용의 예외 등)
① 비료를 공업용 또는 사료용으로 공급하기 위하여 생산·수입 또는 판매하는 경우에는 이 법을 적용하지 아니한다.
② 농업·임업·축산업 또는 수산업을 영위하는 자가 그 영위과정에서 나온 부산물을 이용하여 제조한 부산물비료를 판매하거나 무상으로 유통·공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이 법을 적용하지 아니할 수 있다.
[전문개정 2011.7.14

] [[시행일 2012.1.15]]

부칙 [95·12·6]
①(施行日) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제8조제3항의 규정은 공포한 날부터 시행한다.
②(비료의 생산업 등록에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 비료의 생산업 허가를 받은 자는 이 법에 의한 비료의 생산업 등록을 한 것으로 본다.
③(비료의 판매업 신고에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 비료의 판매업을 등록한 자는 이 법에 의한 비료의 판매업 신고를 한 것으로 본다.
④(벌칙의 적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [96·8·8]
제1조 (施行日) 이 법은 공포후 30일이내에 제41조의 개정규정에 의한 해양수산부와 해양경찰청의 조직에 관한 대통령령의 시행일부터 시행한다. [1996·8·8 대통령령 제15135호에 의하여 공포한 날부터 시행]
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [97·12·13]
제1조 (施行日) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 생략

부칙 [99·3·31]
①(施行日) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
②(비료생산업 또는 수입업의 등록 또는 신고에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제11조의 규정에 의하여 비료의 생산업 또는 수입업의 등록을 한 자는 제11조 및 제12조의 개정규정에 의하여 비료생산업의 등록 또는 비료수입업의 신고를 한 것으로 본다. 이 경우 산업자원부장관에게 비료생산업을 등록한 자는 이 법 시행후 3월이내에 관할 시·도지사에게 비료생산업등록증의 재교부를 신청하여야 한다.

부칙 [2003.3.19.]
①(시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
②(비료를 생산하여 유통·공급하는 자에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 비료를 생산하여 무상으로 유통 또는 공급하는 것을 업으로 하는자(폐기물관리법에 의한 폐기물을 비료로 재생처리하여 무상으로 유통 또는 공급하는 자를 포함한다)는 이 법 시행일로부터 6월 이내에 제11조의 규정에 따른 등록기준을 갖추어 시·도지사에게 등록하여야 한다.

부칙 [2003.12.11.]
이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2006.10.4 제8050호(국가재정법)]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제56조의 규정은 법률에 따라 정부회계에 관한 기준이 마련되어 시행되는 회계연도부터, 부칙 제11조제14항, 동조제17항(「국유재산법」 제48조제4항 관련 규정에 한한다) 및 동조제29항(「물품관리법」 제21조 관련 규정에 한한다)의 규정은 각각 2008년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 내지 <33> 생략
<34>비요관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제3항 중 “예산회계법 제47조제2항”을 “「국가재정법」 제90조제5항”으로 한다.
<35> 내지 <59> 생략
제12조 생략

부칙 [2007.8.3 제8591호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
②(비료생산업자에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 시·도지사에게 비료생산업자로 등록한 자는 제11조의 개정 규정에 따라 시장·군수·구청장에게 비료생산업자로 등록한 것으로 본다.
③(비료수입업자에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 시·도지사에게 비료수입업자로 신고한 자는 제12조의 개정규정에 따라 시장·군수·구청장에게 비료수입업자로 신고한 것으로 본다.
④(처분 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 시·도지사가 행한 처분 등 행위와 시·도지사에 대한 신고 등 행위는 그에 해당하는 이 법에 따른 시장·군수·구청장의 행위 또는 시장·군수·구청장에 대한 행위로 본다.

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <303> 까지 생략
<304> 비료관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제3호·제4호, 제4조제1항·제2항·제4항, 제7조제1항·제2항, 제10조제1항·제2항, 제18조제2항, 제24조제1항·제2항, 제26조 및 제32조제1항 중 "농림부장관"을 각각 "농림수산식품부장관"으로 한다.
제4조제2항, 제12조제1항, 제14조제1항 본문, 제19조제1호·제3호 및 제20조제1항제3호 및 제4호·제2항제2호 및 제3호·제3항 중 "농림부령"을 각각 "농림수산식품부령"으로 한다.
제14조제1항 단서 중 "농림부령"을 "농림수산식품부령"으로 한다.
<305> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2010.2.4 제10017호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제29조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
②(보증표시에 관한 적용례) 제14조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 생산 또는 수입하는 비료부터 적용한다.

부 칙[2011.7.14 제10836호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2012.10.22 제11502호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행하되, 같은 조 제477항에 따른 「약사법」 제47조제1항 및 제481항에 따른 「의료기기법」 제18조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 1년의 범위에서 해당 법률에 관한 대통령령으로 정하는 날부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <297>까지 생략
<298> 비료관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호, 제4조제2항, 제4조의2제2항 전단, 같은 조 제5항, 제4조의3제3항, 제14조제1항 본문 및 단서, 제19조제1호·제3호, 제20조제1항제3호·제4호, 같은 조 제2항제2호·제3호 및 같은 조 제3항 중 "농림수산식품부령"을 각각 "농림축산식품부령"으로 한다.
제2조제3호·제4호, 제4조제1항·제2항·제4항, 제4조의2제1항·제2항 전단, 제4조의3제1항 각 호 외의 부분 본문, 제7조제1항부터 제3항까지, 제10조제1항·제2항, 제18조제2항, 제22조제1항, 제24조제1항·제2항, 제26조 및 제32조 중 "농림수산식품부장관"을 각각 "농림축산식품부장관"으로 한다.
제10조제1항 중 "지식경제부장관"을 "산업통상자원부장관"으로 한다.
법률 제11502호 비료관리법 일부개정법률 제14조의2제2항 중 "농림수산식품부령"을 "농림축산식품부령"으로 한다.
<299>부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2013.8.6 제11998호(지방세외수입금의 징수 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ①부터 <25>까지 생략
<26> 비료관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제21조제3항 중 "지방세 체납처분의 예에 따라 징수한다"를 "「지방세외수입금의 징수 등에 관한 법률」에 따라 징수한다"로 한다.
<27>부터 <71>까지 생략

부 칙[2015.2.3 제13135호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2018.12.31 제16122호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제14조제3항 및 제31조제2항의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(비료생산업의 등록사항 변경신고에 관한 적용례) 제11조제5항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행 이후 비료생산업의 등록사항 변경신고를 하는 경우부터 적용한다.
제3조(비료수입업의 신고 등에 관한 적용례) 제12조제3항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행 이후 비료수입업의 신고 또는 변경신고를 하는 경우부터 적용한다.