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제5조(세율 적용의 우선순위)
① 협정관세의 세율이 「관세법」 제50조에 따른 적용세율과 같거나 그보다 높은 경우에는 「관세법」 제50조에 따른 적용세율을 우선하여 적용한다. 다만, 협정관세의 세율이 「관세법」 제50조에 따른 적용세율과 같은 경우 제8조제1항에 따른 수입자가 협정관세의 적용을 신청하는 때에는 협정관세의 세율을 적용할 수 있다. [개정 2019.12.31

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② 제1항에도 불구하고 「관세법」 제51조, 제57조, 제63조, 제65조, 제67조의2, 제68조 및 제69조제2호에 따른 세율은 협정관세의 세율보다 우선하여 적용한다. [개정 2019.12.31

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부 칙[2015.12.29 제13625호]
제1조(시행일) 이 법은 2016년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(원산지증빙서류의 수정 통보에 관한 적용례) 제14조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 수정 통보하는 경우부터 적용한다.
제3조(원산지조사대상자의 조력을 받을 권리에 관한 적용례) 제17조제8항(제18조제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 제20조제2항의 개정규정은 이 법 시행 당시 종전의 제13조제2항 및 제13조의2제1항에 따라 진행 중인 조사에 대해서도 적용한다.
제4조(협정관세의 적용 보류 해제에 관한 적용례) 제21조제3항의 개정규정은 이 법 시행 당시 종전의 제17조제1항에 따라 협정관세의 적용이 보류된 물품에 대해서도 적용한다.
제5조(가산세에 관한 적용례) 제36조의 개정규정은 이 법 시행 후 수입신고하는 경우부터 적용한다.
제6조(비밀취급자료 제공에 관한 적용례) 제38조제1항제4호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 비밀취급자료 제공을 요구하는 경우부터 적용한다.
제7조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 처분·절차, 그 밖의 행위는 이 법의 해당 개정규정에 따라 한 처분·절차, 그 밖의 행위로 본다.
제8조(원산지인증수출자 인증에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 원산지인증수출자로 지정되거나 지정이 취소된 자는 제12조의 개정규정에 따라 원산지인증수출자로 인증받거나 인증이 취소된 것으로 본다.
제9조(협정관세 적용제한자 지정에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제16조제3항에 따라 협정관세의 적용이 제한되고 있는 자는 제37조의 개정규정에 따라 협정관세 적용제한자로 지정된 것으로 본다.
제10조(벌칙에 관한 경과조치) 법률 제9271호 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 일부개정법률 시행 전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정(법률 제9271호 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다)에 따른다.
제11조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」의 규정을 인용한 경우에 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정을 갈음하여 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2019.12.31 제16836호]
제1조(시행일) 이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제9조의 개정규정(제6항 중 「관세법」 제38조의3과 관련되는 부분은 제외한다) 및 제36조제1항제2호가목의 개정규정(제9조와 관련된 부분만 해당한다)은 2020년 4월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 수출신고 또는 수입신고하는 물품부터 적용한다.
제3조(원산지증빙서류 제출요구에 관한 적용례) 제8조제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 원산지증빙서류의 제출을 요구하는 분부터 적용한다.
제4조(협정관세 사후적용 신청에 관한 적용례) 제9조제2항의 개정규정은 2020년 4월 1일 이후 협정관세 사후적용을 신청하는 분부터 적용한다.
제5조(가산세에 관한 적용례) 제36조의 개정규정은 이 법 시행 이후 협정관세 적용의 신청을 하는 물품부터 적용한다.

부 칙[2020.12.22 제17649호(관세법)]
제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제14조까지 생략
제15조(다른 법률의 개정) 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제2항 중 "납세고지"를 "납부고지"로 한다.
제36조제1항제2호가목 중 "납세고지일"을 "납부고지일"로, "납세고지서"를 "납부고지서"로 하고, 같은 항 제3호 중 "납세고지서"를 각각 "납부고지서"로 하며, 같은 조 제2항제2호 중 "납세고지서"를 "납부고지서"로 한다.

부 칙[2021.12.21 제18583호(관세법)]
제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제46조제2항제1호 중 "승인을 받지 아니하고 용도에"를 "용도에"로 한다.

부 칙[2021.12.21 제18592호]
제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(원산지증빙서류의 수정 통보 주체 확대에 따른 세액정정 신청 등에 관한 적용례) 제14조제2항 및 제3항의 개정규정은 이 법 시행 전에 수입신고된 물품에 대하여 원산지를 심사한 세관장이 이 법 시행 이후 원산지증빙서류의 내용에 오류가 있음을 통보하는 경우에도 적용한다.