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제15조(특별평가를 통한 연구개발과제의 변경 및 중단)
① 중앙행정기관의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 연구개발과제의 변경 및 중단 여부를 결정하기 위한 평가(이하 "특별평가"라 한다)를 거쳐 해당 연구개발과제의 연구개발 목표, 연구책임자 등을 변경하거나 해당 연구개발과제를 중단할 수 있다. 이 경우 특별평가의 실시를 통보받은 연구개발기관은 평가의 대상이 되는 연구개발과제에 대하여 그 결과가 확정되기 전까지 연구개발비를 추가적으로 집행하여서는 아니 된다.
1. 연구개발과제의 수행 과정에서 제31조제1항에 따른 국가연구개발사업 관련 부정행위가 발생한 경우
2. 제32조 및 제33조에 따라 연구책임자의 국가연구개발활동에 대한 참여제한이 확정된 경우
3. 연구개발 환경이 변경되어 연구개발과제를 계속하여 수행하는 것이 불필요하다고 판단되는 경우
4. 중앙행정기관의 장이 제2항에 따른 요청을 인정한 경우
5. 연구개발과제를 수행하는 연구자 또는 연구개발기관이 이 법 또는 협약에 따른 의무를 이행하지 아니하거나 연구개발과제를 계속하여 수행하는 것이 불가능하다고 인정되는 경우
6. 그 밖에 연구개발과제의 변경 및 중단이 필요한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
② 연구개발기관 또는 연구책임자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 연구개발과제의 연구개발 목표 또는 연구책임자 등의 변경을 요청하거나 연구개발과제의 중단을 요청할 수 있다.
1. 연구개발 환경이 변경되었거나 연구개발과제 목표를 조기에 달성하여 연구개발과제를 계속하여 수행하는 것이 필요하지 아니하다고 판단되는 경우
2. 연구개발과제를 계속하여 수행하는 것이 불가능하다고 판단되는 경우
③ 제1항과 제2항에 따른 변경 및 중단 절차는 대통령령으로 정한다.

부 칙[2020.6.9 제17343호]
제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(처분 등에 관한 일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「과학기술기본법」에 따라 행한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위는 이 법에 따라 행한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제3조(연구개발성과의 소유·관리에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 「과학기술기본법」 제11조의3에 따라 협약을 체결한 연구개발과제의 연구개발성과 소유·관리에 대해서는 제16조에도 불구하고 종전의 「과학기술기본법」 제11조의3에 따른다.
제4조(기술료의 징수·사용에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의「과학기술기본법」 제11조의4에 따라 체결한 연구개발성과 실시 계약에 관한 기술료의 징수 및 사용에 대해서는 제18조에도 불구하고 종전의 「과학기술기본법」 제11조의4에 따른다.
제5조(이 법 시행 전의 행위에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 이루어진 제32조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위에 대한 제재처분에 관하여는 제32조에도 불구하고 종전의 「과학기술기본법」 제11조의2 또는 관계 법령에 따른다.
제6조(참여제한 처분에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「과학기술기본법」 제11조의2에 따라 행한 참여제한 처분은 제32조에 따른 참여제한 처분으로 본다.
제7조(다른 법률의 개정) ① 과학기술기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제2항부터 제5항까지, 제11조의2부터 제11조의4까지 및 제16조의2제2항·제3항을 각각 삭제한다.
② 국가연구개발사업 등의 성과평가 및 성과관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호 중 "과학기술분야"를 "법령에 근거하여"로 한다.
제2조제8호 중 "연구개발"을 "연구개발사업"으로 한다.
③ 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조 중 "「과학기술기본법」 제11조의2를"을 "「국가연구개발혁신법」 제32조를"로 한다.
제8조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「과학기술기본법」 제11조제2항부터 제5항까지, 제11조의2부터 제11조의4까지 및 제16조의2제2항·제3항을 인용한 경우 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2021.12.28 제18645호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제10조제2항제3호의 개정규정은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(연구개발과제 및 수행 연구개발기관의 선정평가에 관한 적용례) 제10조제2항제3호의 개정규정은 같은 개정규정 시행 이후 연구개발과제 및 수행 연구개발기관을 선정하는 경우부터 적용한다.
제3조(기술료 징수액의 감면에 관한 적용례) 제18조제3항의 개정규정은 이 법 시행 이후 체결하는 연구개발성과의 실시 계약부터 적용한다.

부 칙[2022.1.6 제18725호]
이 법은 2022년 3월 1일부터 시행한다.

부 칙[2022.6.10 제18864호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2023.3.21 제19235호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(제재처분 결정 공개에 관한 적용례) 제33조제7항의 개정규정은 이 법 시행 이후 제재처분이 확정되는 경우부터 적용한다.

부 칙[2024.1.23 제20057호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(연구개발성과 국가 소유의 공지에 관한 적용례) 제16조제3항의 개정규정은 이 법 시행 이후 공모하거나 제9조제4항 단서에 따른 지정 등 공모 외의 방법의 절차가 시작되는 첫 연구개발과제부터 적용한다.

부 칙[2024.2.27 제20354호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(연구개발과제 평가단 구성에 관한 적용례) 제14조제2항제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 실시하는 연구개발과제 평가부터 적용한다.