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제12조(연구개발과제의 수행 및 관리)
① 연구개발과제의 전체 연구개발기간은 10년을 초과할 수 없으며, 연구개발기관과 연구개발과제에 참여하는 연구자는 연구개발기간을 여러 단계로 구분하여 연구개발을 수행할 수 있다.
② 중앙행정기관의 장은 연구개발과제의 수행과정, 연구개발성과 등 대통령령으로 정하는 사항에 대하여 단계평가(연구개발과제의 각 단계가 끝나는 때에 실시하는 평가를 말한다. 이하 같다) 및 최종평가(연구개발기간이 끝나는 때에 실시하는 평가를 말한다. 이하 같다)를 실시하여야 한다. 다만, 제21조제2항에 따라 보안과제로 분류된 연구개발과제나 중앙행정기관의 장이 평가가 필요하지 아니하다고 인정하는 연구개발과제 등 대통령령으로 정하는 경우에는 단계평가 또는 최종평가를 실시하지 아니할 수 있다.
③ 중앙행정기관의 장은 단계평가 결과에 따라 해당 연구개발과제를 보완·변경·중단하거나 연구개발비를 감액·증액할 수 있으며, 최종평가 결과에 따라 후속 연구개발과제로의 연계 등 추가 지원을 할 수 있다.
④ 연구개발기관과 연구책임자는 매년 해당 연도의 연구개발과제 수행에 대한 보고서(이하 "연차보고서"라 한다)를 중앙행정기관의 장에게 제출하여야 한다.
⑤ 연구개발기관과 연구책임자는 연구개발과제의 각 단계가 끝나는 때에는 단계보고서(해당 단계의 연구개발과제 수행에 대한 보고서를 말한다)를 중앙행정기관의 장에게 제출하여야 하고, 연구개발기간이 끝나는 때에는 최종보고서(전체 연구개발기간의 연구개발과제 수행에 대한 보고서를 말한다. 이하 같다)를 중앙행정기관의 장에게 제출하여야 한다. 이 경우 해당 연도의 연차보고서는 제출된 것으로 본다.
⑥ 연구개발기관과 연구책임자는 연구개발기간이 종료된 이후 중앙행정기관의 장이 요청하는 경우 연구개발성과의 활용에 대한 보고서(이하 "성과활용보고서"라 한다)를 중앙행정기관의 장에게 제출하여야 한다.
⑦ 중앙행정기관의 장은 연구개발기관 및 연구책임자에게 연구개발과제와 관련된 보고 또는 자료의 제출을 요구할 수 있다.
⑧ 제3항에 따른 연구개발과제의 중단 요건, 제4항부터 제6항까지의 규정에 따른 보고서의 세부내용 및 제출 절차는 대통령령으로 정한다.

부 칙[2020.6.9 제17343호]
제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(처분 등에 관한 일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「과학기술기본법」에 따라 행한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위는 이 법에 따라 행한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제3조(연구개발성과의 소유·관리에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 「과학기술기본법」 제11조의3에 따라 협약을 체결한 연구개발과제의 연구개발성과 소유·관리에 대해서는 제16조에도 불구하고 종전의 「과학기술기본법」 제11조의3에 따른다.
제4조(기술료의 징수·사용에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의「과학기술기본법」 제11조의4에 따라 체결한 연구개발성과 실시 계약에 관한 기술료의 징수 및 사용에 대해서는 제18조에도 불구하고 종전의 「과학기술기본법」 제11조의4에 따른다.
제5조(이 법 시행 전의 행위에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 이루어진 제32조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위에 대한 제재처분에 관하여는 제32조에도 불구하고 종전의 「과학기술기본법」 제11조의2 또는 관계 법령에 따른다.
제6조(참여제한 처분에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「과학기술기본법」 제11조의2에 따라 행한 참여제한 처분은 제32조에 따른 참여제한 처분으로 본다.
제7조(다른 법률의 개정) ① 과학기술기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제2항부터 제5항까지, 제11조의2부터 제11조의4까지 및 제16조의2제2항·제3항을 각각 삭제한다.
② 국가연구개발사업 등의 성과평가 및 성과관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호 중 "과학기술분야"를 "법령에 근거하여"로 한다.
제2조제8호 중 "연구개발"을 "연구개발사업"으로 한다.
③ 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조 중 "「과학기술기본법」 제11조의2를"을 "「국가연구개발혁신법」 제32조를"로 한다.
제8조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「과학기술기본법」 제11조제2항부터 제5항까지, 제11조의2부터 제11조의4까지 및 제16조의2제2항·제3항을 인용한 경우 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2021.12.28 제18645호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제10조제2항제3호의 개정규정은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(연구개발과제 및 수행 연구개발기관의 선정평가에 관한 적용례) 제10조제2항제3호의 개정규정은 같은 개정규정 시행 이후 연구개발과제 및 수행 연구개발기관을 선정하는 경우부터 적용한다.
제3조(기술료 징수액의 감면에 관한 적용례) 제18조제3항의 개정규정은 이 법 시행 이후 체결하는 연구개발성과의 실시 계약부터 적용한다.

부 칙[2022.1.6 제18725호]
이 법은 2022년 3월 1일부터 시행한다.

부 칙[2022.6.10 제18864호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2023.3.21 제19235호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(제재처분 결정 공개에 관한 적용례) 제33조제7항의 개정규정은 이 법 시행 이후 제재처분이 확정되는 경우부터 적용한다.

부 칙[2024.1.23 제20057호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(연구개발성과 국가 소유의 공지에 관한 적용례) 제16조제3항의 개정규정은 이 법 시행 이후 공모하거나 제9조제4항 단서에 따른 지정 등 공모 외의 방법의 절차가 시작되는 첫 연구개발과제부터 적용한다.

부 칙[2024.2.27 제20354호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(연구개발과제 평가단 구성에 관한 적용례) 제14조제2항제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 실시하는 연구개발과제 평가부터 적용한다.