로앤비

제106조의4(금 관련 제품에 대한 부가가치세 매입자 납부 특례)
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 제품(이하 이 조에서 "금 관련 제품"이라 한다)을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자(이하 이 조에서 "금사업자"라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 금거래계좌(이하 이 조에서 "금거래계좌"라 한다)를 개설하여야 한다. [개정 2010.12.27

, 2014.1.1

, 2014.12.23

] [[시행일 2015.7.1]]
1. 대통령령으로 정하는 형태·순도 등을 갖춘 지금
2. 대통령령으로 정하는 형태·순도 등을 갖춘 금제품
3. 대통령령으로 정하는 금 관련 웨이스트와 스크랩
② 금사업자가 금 관련 제품을 다른 금사업자에게 공급하였을 때에는 「부가가치세법」 제31조에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니한다. [개정 2013.6.7

제11873호(부가가치세법)] [[시행일 2013.7.1]]
③ 금사업자가 금 관련 제품을 다른 금사업자로부터 공급받았을 때에는 그 공급을 받은 때나 세금계산서를 발급받은 때에 금거래계좌를 사용하여 제1호의 금액은 공급한 사업자에게, 제2호의 금액은 대통령령으로 정하는 자에게 입금하여야 한다. 다만, 기업구매 자금대출 등 대통령령으로 정하는 방법으로 금 관련 제품의 가액을 결제하는 경우에는 제2호의 금액만 입금할 수 있다. [개정 2013.6.7

제11873호(부가가치세법), 2014.12.23

] [[시행일 2015.1.1]]
1. 금 관련 제품의 가액
2. 「부가가치세법」 제29조에 따른 과세표준에 같은 법 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조에서 "부가가치세액"이라 한다)
④ 금 관련 제품 수입에 대한 부가가치세는 「부가가치세법」 제50조에도 불구하고 금거래계좌를 사용하여 대통령령으로 정하는 방법으로 납부할 수 있다. [개정 2013.6.7

제11873호(부가가치세법)] [[시행일 2013.7.1]]
⑤ 제3항 및 제4항은 제106조의3과 제126조의7제1항제2호에 따라 부가가치세가 면제되는 경우에는 적용하지 아니한다. [개정 2014.1.1

]
⑥ 금 관련 제품을 공급받은 금사업자가 제3항제2호에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 금 관련 제품을 공급한 금사업자에게서 발급받은 세금계산서에 적힌 세액은 「부가가치세법」 제37조 및 제38조에도 불구하고 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보지 아니한다. [개정 2013.6.7

제11873호(부가가치세법)] [[시행일 2013.7.1]]
⑦ 제3항에 따라 금거래계좌를 사용하지 아니하고 금 관련 제품의 가액을 결제받은 경우에는 해당 금 관련 제품을 공급한 금사업자 및 공급받은 금사업자에게 제품가액의 100분의 10을 가산세로 징수한다. 다만, 제1항제3호의 제품과 제106조의9제1항 각 호의 물품이 혼합된 제품을 공급하거나 공급받으려는 사업자가 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 스크랩등거래계좌를 사용하는 경우에는 가산세를 징수하지 아니한다. [개정 2015.12.15

, 2016.12.20

] [[시행일 2017.1.1]]
⑧ 관할 세무서장은 금 관련 제품을 공급받은 금사업자가 제3항에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 금 관련 제품을 공급받은 날의 다음 날부터 부가가치세액을 입금한 날(「부가가치세법」 제48조,제49조,제66조 및 제67조에 따른 과세표준 신고기한을 한도로 한다)까지의 기간에 대하여 대통령령으로 정하는 이자율을 곱하여 계산한 금액을 입금하여야 할 부가가치세액에 가산하여 징수한다. [개정 2013.6.7

제11873호(부가가치세법)] [[시행일 2013.7.1]]
⑨ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 금 관련 제품을 공급한 금사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다.
⑩ 관할 세무서장은 해당 예정신고기간 및 확정신고기간 중 금사업자의 금 관련 제품의 매출액이 금 관련 제품의 매입액에서 차지하는 비율이 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우에는 환급을 보류할 수 있다 . 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 환급받을 세액이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 경우
2. 체납이나 포탈 등의 우려가 적다고 인정되는 대통령령으로 정하는 경우
⑪ 금거래계좌 사용대상 금사업자의 범위, 금거래계좌 입금방법, 입금된 부가가치세액의 처리 등 제1항 부터 제10항까지의 매입자 납부제도를 운영하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
[전문개정 2010.1.1

]

부칙 [1998.12.28 제5584호]
제1조 (施行日) 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조·제39조 및 제45조 내지 제48조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 법중 양도소득세와 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
③이 법중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
④이 법중 특별소비세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 과세시기가 도래하는 분부터 적용한다.
⑤이 법중 주세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하는 분부터 적용한다.
⑥이 법중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 상속이 개시되거나 증여를 받는 분부터 적용한다.
⑦이 법중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
⑧이 법중 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도·인출·편입·위탁 또는 현물출자하는 분부터 적용한다.
⑨이 법중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑩이 법중 지방세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 취득·등록하거나 재산세 또는 종합토지세를 부과징수하는 분부터 적용한다.
제3조 (중소기업투자준비금등에 관한 적용례) 제4조·제9조·제28조·제30조·제58조·제59조 및 제75조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 손금산입을 하는 준비금부터 적용한다. 다만, 제4조제4항·제9조제4항·제28조제4항·제30조제2항·제58조제4항·제59조제5항 및 제75조제4항의 이자상당액의 납부에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 익금에 산입하는 분부터 적용한다. 이 경우 종전의 조세감면규제법 제4조·제8조·제28조·제29조·제41조·제42조 및 제61조의2의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 이 법에 의하여 익금에 산입한 금액으로 본다.
제4조 (중소기업투자세액공제등에 관한 적용례) 제5조·제11조·제24조 내지 제26조·제62조·제65조제2항·제94조·제103조·제126조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제5조 (기술이전소득세액감면에 관한 적용례) 제12조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도·제공하거나 대여하는 분부터 적용한다.
제6조 (기업의 재무구조개선지원등을 위한 양도소득세의 면제등에 관한적용례) ①제36조제2항제1호·제37조제2항제1호·제40조제1항제3호 및 제41조제1항제3호의 개정규정은 이 법 시행일전에 부동산을 양도하거나 증여받고 이 법 시행일까지 금융기관부채의 상환기한이 도래하지 아니한 분부터 적용한다.
②제37조제2항제2호·제40조제2항제2호·제41조제3항제2호 및 제42조제2항제3호의 개정규정을 적용함에 있어서 이 법 시행일전에 부동산을 양도한 분에 대하여는 당해 부동산을 양도한 날부터 동 개정규정을 적용한다.
③제40조제1항제1호·제2호 및 제41조제1항제2호와 동조제4항의 개정규정은 1998년 2월 24일이후 최초로 양도하거나 증여받는 분부터 적용한다.
제7조 (최저한세등에 관한 적용례) 이 법 시행일전에 개시한 과세연도에 제127조·제128조·제132조·제134조·제144조 및 제145조의 개정규정에 의한 감면을 받는 경우 동 감면세액은 종전의 조세감면규제법 제112조·제117조·제118조·제120조·제121조 및 제123조의 규정에 의한 감면세액으로 본다.
제8조 (중소기업창업투자회사등의 주식양도차익 비과세등에 관한 적용례) ①제13조·제14조제1항제2호 내지 제4호 및 제14조제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식 또는 출자지분을 취득하는 분부터 적용한다.
②제14조제4항 및 제5항·제20조(원천징수분에 한한다)·제29조·제89조·제91조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 원천징수시기가 도래하는 분부터 적용한다.
③제15조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 부여되는 주식매입선택권부터 적용한다.
④제16조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 출자 또는 투자하는 분부터 적용한다.
⑤제17조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 손금에 산입하는 투융자손실준비금부터 적용한다. 이 경우 이 법 시행당시 종전의 조세감면규제법 제14조제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 투융자손실준비금의 잔액은 이 법에 의한 투융자손실준비금으로 본다.
⑥제21조 및 제22조의 개정규정(외국환거래법의 시행과 관련된 부분에 한한다)은 이 법 시행후 최초로 외국환거래법을 적용받는 분부터 적용한다.
⑦제21조제1항 단서의 개정규정은 이 법 시행후 외화표시채권등을 최초로 발행하는 분부터 적용한다.
⑧제23조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
⑨제38조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 현물출자하는 분부터 적용한다.
⑩제39조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 채무를 인수·변제하거나 감면받는 분부터 적용한다.
⑪제45조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 채무를 면제받거나 감자하는 분부터 적용한다.
⑫제46조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 주식을 양도·양수하거나 채무를 인수·변제하거나 부동산을 증여하는 분부터 적용한다.
⑬제47조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 주식을 교환하는 분부터 적용한다.
⑭제48조제4항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 대손충당금을 손금에 산입하는 분부터 적용한다.
⑮제100조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급되는 주택보조금부터 적용한다.
<16>제135조의 개정규정중 동조제1항제2호에서 규정하는 자산에 대하여는 1999년 12월 31일이전에 개시하는 사업연도에 한하여 적용한다.
<17>제141조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 실명전환하는 분부터 적용한다.
<18>제146조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 추징사유가 발생하는 분(종전의 조세감면규제법에 의한 감면세액중 이 법 시행후 추징사유가 발생하는 분을 포함한다)부터 적용한다.
제9조 (일반적 경과조치) ①이 법 시행일전에 종전의 규정에 의하여 과세하였거나 과세하여야 할 국세 및 지방세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
②이 법 시행일전에 종전의 규정에 의하여 감면하였거나 감면하여야 할 국세 및 지방세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
③이 법 시행당시 종전의 조세감면규제법 및 그 조항을 인용하고 있는 법령에 대하여는 이 법 및 이 법의 해당 각 조항을 인용한 것으로 본다.
제10조 (중소기업투자준비금등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 조세감면규제법 제4조·제8조·제28조·제29조·제41조·제42조 및 제61조의2의 규정에 의하여 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한 준비금의 익금산입에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제11조 (기술이전소득세액감면에 관한 경과조치) ①이 법 시행일전에 특허권·실용신안권 및 기술비법을 대여한 분에 대하여는 당해 대여기간이 종료할 때까지는 종전의 조세감면규제법 제11조의 규정에 의한다.
②이 법 시행일전에 종전의 조세감면규제법 제6조·제34조·제46조·제50조·제51조제1항·제53조 및 제96조의 적용을 받던 내국인에 대하여는 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도부터 잔존감면기간에 한하여 각각 이 법 제6조·제34조·제63조·제64조·제65조제1항·제68조 및 제101조의 규정에 의한다.
제12조 (국제선박양도차익의 손금산입등에 관한 경과조치) ①종전의 조세감면규제법 제24조의2 및 제40조의4의 규정에 의하여 손금에 산입한 금액의 익금산입에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
②이 법 시행일전에 종전의 조세감면규제법 제39조제1항의규정에 의하여 합리화대상기업으로 지정된 기업이 동조제2항의 규정에 의한 합리화기준을 이행하는 경우에는 종전의 조세감면규제법 제35조 내지 제37조의 규정에 의한다.
③이 법 시행일전에 종전의 조세감면규제법 제93조의 규정을 적용받던 증자금액에 관하여는 동법에 의한 잔존공제기간동안 종전의 규정에 의한다.
④이 법 시행일전에 종전의 조세감면규제법 제54조의 규정을 적용받던 중소기업에 대하여는 동법에 의한 잔존감면기간동안 종전의 규정에 의한다.
⑤이 법 시행당시 종전의 조세감면규제법 제92조의4의 규정을 적용받던 주택자금차입금에 대하여는 상환완료시까지 종전의 규정에 의한다.
⑥이 법 시행당시 종전의 조세감면규제법 제123조의2의 규정을 적용받던 폐광적립금에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
제13조 (가계장기저축 및 근로자주식저축에 관한 경과조치) ①종전의 조세감면규제법 제80조의3의 규정에 의한 가계장기저축에 대하여는 1998년 12월 31일이전에 계약을 체결한 것에 한하여 당해 저축계약 만료일까지 종전의 규정에 의한다.
②종전의 조세감면규제법 제80조의4의 규정에 의한 근로자주식저축에 대하여는 1998년 12월 31일이전에 계약을 체결하고 저축금액을 불입한 것에 한하여 당해 저축계약 만료일까지 종전의 규정에 의한다.
제14조 (양도소득세등의 감면등에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 종전의 조세감면규제법 제31조·제32조 및 제40조의4의 규정에 의하여 이월과세를 적용받던 자산에 대한 이월과세는 종전의 규정에 의한다.
②이 법 시행전에 종전의 조세감면규제법 제33조·제40조의8·제43조·제44조·제70조·제71조 및 제75조제2항의 규정에 의하여 세액의 감면등을 적용받던 자산에 대한 세액의 감면·과세이연·사후관리 및 추징에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
③법률 제4806호 조세감면규제법중개정법률 시행당시 종전의 제67조의 규정에 의하여 임대주택의 임대를 개시한 경우에는 종전의 규정에 의한다.
④법률 제5417호 조세감면규제법중개정법률 시행당시 종전의 제31조 내지 제33조·제43조·제44조·제68조·제70조 및 제71조(제75조제2항에서 준용하는 경우를 포함한다)의 규정에 의하여 토지등을 양도한 경우에 세액의 감면·양도가액의 특례·과세이연 및 추징등에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제15조 (영농자녀가 증여받는 농지등에 대한 증여세 면제에 관한 경과조치) ①이 법 시행일전에 종전의 조세감면규제법 제58조의 규정에 의하여 증여세의 면제를 받는 농지등에 대한 사후관리 및 징수에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
②이 법 시행당시 종전의 조세감면규제법 제58조제1항의 규정에 의하여 증여세의 면제대상이 되는 농지등으로서 2006년 12월 31일까지 자경농민이 영농자녀에게 증여하는 것에 관하여는 종전의 조세감면규제법 제58조제2항 내지 제5항의 규정에 의하여 증여세를 면제한다. [개정 2000.12.29, 2003.12.30]
제16조 (자경농민등에 대한 양도소득세등의 면제에 관한 경과조치) ①법률 제5195호 조세감면규제법중개정법률 시행당시 종전의 제56조 및 제57조의 규정에 의한 양도소득세 및 증여세의 면제를 받는 농지등에 대한 사후관리 및 징수에 관하여는 종전의 제56조 및 제57조의 규정에 의한다.
②법률 제5195호 조세감면규제법중개정법률 시행당시 종전의 제56조제1항 및 제57조제1항의 규정에 의한 양도소득세 및 증여세의 면제대상이 되는 농지(농지법에 의한 농업진흥지역안의 것에 한한다)로서 2006년 12월 31일까지 양도하거나 증여하는 것에 관하여는 종전의 제56조제2항 내지 제5항 또는 제57조제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 증여세를 면제한다. [개정 2000.12.29, 2003.12.30]
③법률 제5195호 조세감면규제법중개정법률 시행당시 종전의 제57조제1항의 규정에 의한 증여세의 면제대상이 되는 어선 및 어업권으로서 2006년 12월 31일까지 증여하는 것에 관하여는 종전의 제57조제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 증여세를 면제한다. [개정 2000.12.29, 2003.12.30]
제17조 (수도권안의 조세감면배제에 관한 경과조치) 이 법 시행일전에 종전의 조세감면규제법 제47조제3항 및 제4항의 규정에 의하여 조세감면이 배제되었던 외국인투자에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
제18조 삭제 [2004.12.31]
제19조 (다른 법률의 개정) ①농어촌특별세법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항 본문중 "조세감면규제법·관세법"을 "조세특례제한법·관세법"으로 하고, 동항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 조세특례제한법 제72조제1항의 규정에 의한 조합법인등에 대한 법인세 특례세율의 적용 또는 동법 제89조제1항의 규정에 의한 이자·배당소득에 대한 소득세 특례세율의 적용
제4조제3호중 "조세감면규제법 제6조, 제113조제2항 또는 제114조제2항"을 "조세특례제한법 제6조, 제119조제2항 또는 제120조제2항"으로 하고, 동조제3호의2를 다음과 같이 하며, 동조제3호의3중 "조세감면규제법 제40조의14"를 "조세특례제한법 제53조"로 하고, 동조제4호 및 제4호의2를 각각 다음과 같이 하며, 동조제5호중 "조세감면규제법 제94조"를 "조세특례제한법 제21조"로 하고, 동조제7호의2를 다음과 같이 하며, 동조제8호의2중 "조세감면규제법 제113조제1항제11호"를 "조세특례제한법 제119조제1항제13호"로, "동법 제114조제1항제10호"를 "동법 제120조제1항제12호"로 하고, 동조에 제10호의2 및 제11호의2를 각각 다음과 같이 신설한다.
3의2. 조세특례제한법 제36조의 규정에 의한 법인세 또는 양도소득세의 감면, 동법 제37 조의 규정에 의한 법인세의 감면 및 동법 제40조의 규정에 의한 양도소득세의 감면
4. 조세특례제한법 제86조 내지 제88조, 동법 제89조제1항제4호, 동법 제90조 또는 동법 제91조의 규정에 의한 저축 또는 배당에 대한 감면
4의2. 조세특례제한법 제96조의 규정에 의한 국민연금보험료에 대한 감면
7의2. 조세특례제한법 제117조의 규정에 의하여 증권거래세가 면제되는 경우
10의2. 지방세법 제196조의2의 규정에 의한 자동차에 대한 취득세
11의2. 조세특례제한법 제20조·제100조·제140조 및 제141조의 규정에 의한 감면
제5조제1항제1호중 "조세감면규제법·관세법"을 "조세특례제한법·관세법"으로 하고, 동항제2호를 다음과 같이 하며, 동조제2항 본문중 "조세감면규제법 제59조제1항의 규정에 의한 공공법인"을 "조세특례제한법 제72조제1항의 규정에 의한 조합법인등"으로 하고, 동항제2호중 "조세감면규제법 제59조제1항"을 "조세특례제한법 제72조제1항"으로 하며, 동조제4항 본문 및 동항제2호중 "조세감면규제법"을 각각 "조세특례제한법"으로 한다.
2. 조세특례제한법 제89조제1항제1호 내지 제3호 및 제5호 내지 제8호의 규정에 의하여 감면받은 소득세의 감면세액
②교육세법중 다음과 같이 개정한다.
제3조제5호중 "등록세의"를 "등록세(지방세법 제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다)의"로 한다.
③국제조세조정에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제2조제2항중 "조세감면규제법"을 "조세특례제한법"으로, "제15호"를 "제12호·제17호 내지 제19호"로 한다.
④자산재평가법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제2항중 "조세감면규제법 제24조의2·제40조의8"을 "조세특례제한법 제23조"로 한다.
법률 제4806호 조세감면규제법 부칙 제1조제1항중 "1999년 1월 1일"을 "2001년 1월 1일"로 하고, 동조제2항중 "1998년 12월 31일"을 "2000년 12월 31일"로, "1999년 1월 1일부터 1999년 12월 31일"을 "2001년 1월 1일부터 2001년 12월 31일"로, "한다"를 "하며, 2002년 1월 1일부터 2002년 12월 31일이전에 발생한 소득에 대한 원천징수세율은 100분의 10으로 한다"로 한다.
법률 제4806호 조세감면규제법 부칙 제17조중 "1998년 12월 31일"을 "2000년 12월 31일"로 한다.

부칙 [1999.2.8 제5825호(産業發展法)]
제1조 (施行日) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략
제10조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑨생략
⑩조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제55조제1항중 "산업구조고도화촉진법"을 "산업발전법"으로 한다.
⑪및 ⑫생략

부칙 [1999.3.31 제5960호(사회복지공동모금회법)]
제1조 (시행일) 이 법은 1999년 4월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ①생략
②조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제73조제1항제9호를 다음과 같이 한다.
9. 사회복지공동모금회법에 의한 사회복지공동모금회에 지출하는 기부금
③생략

부칙 [1999.4.30 제5980호]
①(施行日) 이 법은 1999년 7월 1일부터 시행한다.
②(적용례) 제106조제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공급하는 분부터 적용한다.

부칙 [1999.5.24 제5982호(政府組織法)]
제1조 (施行日) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 <68>생략
<69>조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항제20호를 삭제한다.
제5장 및 제6장을 각각 제6장 및 제7장으로 하고, 제5장(제121조의2 내지 제121조의7)을 다음과 같이 신설한다.
제5장 외국인투자등에 대한 조세특례
제121조의2 (외국인투자에 대한 법인세등의 감면) ①다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조제1항제4호의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항에 규정하는 바에 따라 법인세·소득세·취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 각각 감면한다.
1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업
2. 외국인투자촉진법 제18조의 규정에 의한 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 영위하는 사업
3. 기타 외국인투자유치를 위하여 조세감면이 불가피한 사업으로서 대통령령이 정하는 사업
②외국인투자촉진법 제2조제1항제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)부터 7년이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
③외국인투자촉진법 제2조제1항제5호의 규정에 의한 외국투자가(이하 이 장에서 "외국투자가"라 한다)가 취득한 주식 또는 출자지분(이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)에서 생기는 배당금에 대한 법인세 또는 소득세는 당해 외국인투자기업의 각 과세연도의 소득에 대하여 그 기업이 제1항의 규정에 의하여 법인세 또는 소득세 감면대상이 되는 사업을영위함으로써 발생한 소득의 비율에 따라 감면하되, 제2항의 규정에 의하여 법인세 또는 소득세의 감면대상세액의 전액이 감면되는 동안에 있어서는 세액의 전액을, 법인세 또는 소득세 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 동안에 있어서는 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
④외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세에 대하여는 다음 각호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다. 다만, 지방자치단체가 지방세법 제9조의 규정에 의한 조례가 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간내에서 감면비율 또는 공제비율을 높인 때에는 제1호 및 제2호의 규정에 불구하고 그 기간 및 비율에 의한다.
1. 취득세·등록세 및 재산세는 사업개시일부터 5년이내에 있어서는 당해 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항 및 제5항에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년이내에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면
2. 종합토지세는 사업개시일부터 5년동안은 당해 재산의 과세표준에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항 및 제5항에서 "공제대상금액"이라 한다)의 금액을, 그 다음 3년동안은 공제대상금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 과세표준에서 공제
⑤외국인투자기업이 사업개시일전에 제1항 각호의 사업에 사용할 목적으로 취득·보유하는 재산이 있는 경우에는 제4항의 규정에 불구하고 당해 재산에 대한 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세에 대하여 다음 각호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 그 과세표준에서 공제한다. 다만, 지방자치단체가 지방세법 제9조의 규정에 의한 조례가 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간내에서 감면비율 또는 공제비율을 높인 때에는 제2호 및 제3호의 규정에 불구하고 그 기간 및 비율에 의한다.
1. 제8항의 규정에 의하여 조세감면결정을 받은 날이후에 취득하는 재산에 대한 취득세 및 등록세는 감면대상세액의 전액을 감면
2. 재산세는 당해 재산을 취득한 날부터 5년동안은 감면대상세액의 전액을, 그 다음 3년동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면
3. 종합토지세는 당해 재산을 취득한 날부터 5년동안은 공제대상금액의 전액을, 그 다음 3년동안은 공제대상금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 과세표준에서 공제
⑥외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제5항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일(증자의 경우에는 외국인투자의 신고가 있은 날부터 2년이 되는 날)까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항의 규정에 의하여 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받고자 할 때에는 당해 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 재정경제부장관에게 조세감면내용변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 잔여기간에 한하여 적용된다.
⑦외국인(외국인투자촉진법 제2조제1항제1호의 규정에 의한 "외국인"을 말한다)·외국투자가 또는 외국인투자기업은 외국인투자촉진법 제5조제1항의 규정에 의한 신고를 하기 전에 그 영위하고자 하는 사업이 제1항의 규정에 의한 감면대상에 해당하는지의 여부를 확인하여 줄 것을 재정경제부장관에게 신청할 수 있다.
⑧재정경제부장관은 제6항의 규정에 의한 조세감면신청 또는 조세감면내용변경신청을 받거나 제7항의 규정에 의한 사전확인신청을 받은 때에는 주무부장관과 협의하여 그 감면·감면내용변경·감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다. 다만, 제4항 및 제5항의 규정에 의한 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세의 감면에 대하여는 당해 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.
⑨외국인투자촉진법 제6조의 규정에 의한 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항의 규정을 적용하지 아니한다.
제121조의3 (관세등의 면제) ①제121조의2제1항 각호의 사업에 소요되는 다음 각호의 자본재(외국인투자촉진법 제2조제1항제8호의 규정에 의한 "자본재"를 말한다. 이하 이 장에서 같다)중 대통령령이 정하는 자본재가 외국인투자촉진법 제5조제1항의 규정에 의하여 신고된 내용에 따라 도입되는 경우에는 관세·특별소비세 및 부가가치세를 면제한다.
1. 외국인투자기업이 외국투자가로부터 출자받은 대외지급수단 또는 내국지급수단으로 도입하는 자본재
2. 외국투자가가 외국인투자촉진법 제2조제1항제7호에 해당하는 출자목적물(이하 이 장에서 "출자목적물"이라 한다)로 도입하는 자본재
②외국투자가 또는 외국인투자기업이 제1항의 규정에 의하여 관세·특별소비세 및 부가가치세를 면제받고자 할 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하여야 한다.
③외국인투자촉진법 제6조의 규정에 의한 외국인투자에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.
제121조의4 (증자의 조세감면) ①외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다. 다만, 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대하여는 제121조의2제8항의 규정에 의한 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다.
②외국인투자촉진법 제7조제1항제1호의 규정에 의한 준비금·재평가적립금 기타 다른 법령의 규정에 의한 적립금의 자본전입으로 인하여 외국투자가가 취득한 주식등에 대하여는 그 발생근거가 되는 주식등에 대한 감면의 예에 따라 그 감면기간의 잔여기간과 그 잔여기간의 감면비율에 따라 감면한다.
③제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.
제121조의5 (조세의 추징) ①세무서장은 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 제121조의2제2항의 규정에 의하여 감면된 법인세 또는 소득세를 추징한다.
1. 외국인투자촉진법 제21조제2항의 규정에 의하여 등록이 말소된 경우
2. 제121조의2제1항 본문의 규정에 의한 조세감면기준에 해당하지 아니하게 된 경우
3. 신고한 내용을 이행하지 아니하여 외국인투자촉진법 제28조제4항의 규정에 의한 시정명령을 받은 자가 이를 이행하지 아니한 경우
4. 외국투자가가 이 법에 의하여 소유하는 주식등을 대한민국국민 또는 대한민국법인에게 양도하는 경우
5. 당해 외국인투자기업이 폐업하는 경우
②세관장 또는 세무서장은 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 제121조의3의 규정에 의하여 면제된 관세·특별소비세 및 부가가치세를 추징한다.
1. 외국인투자촉진법 제21조제2항의 규정에 의하여 등록이 말소된 경우
2. 출자목적물이 신고된 목적외의 목적에 사용되거나 처분된 경우
3. 외국투자가가 이 법에 의하여 소유하는 주식등을 대한민국국민 또는 대한민국법인에게 양도하는 경우
4. 당해 외국인투자기업이 폐업하는 경우
③지방자치단체의 장은 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 제121조의2제4항 및 제5항의 규정에 의하여 감면된 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 추징한다. 이 경우 제1호에 해당하는 경우에는 그 미달된 비율에 상응하는 금액에 해당하는 세액을 추징한다.
1. 제121조의2제5항의 규정에 의하여 조세가 감면된 후 외국투자가의 주식등의 비율이 감면당시의 주식등의 비율에 미달하게 된 경우
2. 제121조의2제4항의 규정에 의하여 조세가 감면된 후 외국투자가가 이 법에 의하여 소유하는 주식등을 대한민국국민 또는 대한민국법인에게양도하는 경우
3. 외국인투자촉진법 제21조제2항의 규정에 의하여 등록이 말소된 경우
4. 당해 외국인투자기업이 폐업하는 경우
④제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 추징할 세액의 범위는 대통령령으로 정한다.
⑤다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면된 세액을 추징하지 아니할 수 있다.
1. 외국인투자기업이 합병으로 인하여 해산됨으로써 외국인투자기업의 등록이 말소된 경우
2. 제121조의3의 규정에 의하여 관세등을 면제받고 도입되어 사용중인 자본재를 천재·지변 기타 불가항력적인 사유가 있거나 감가상각, 기술의 진보 기타 경제여건의 변동등으로 그 본래의 목적에 사용할 수 없게 되어 재정경제부장관의 승인을 얻어 본래의 목적외의 목적에 사용하거나 처분하는 경우
3. 증권거래법에 따라 당해 외국인투자기업을 공개하기 위하여 주식등을 대한민국국민 또는 대한민국법인에게 양도하는 경우
4. 제1호 내지 제3호외에 조세감면의 목적을 달성하였다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 경우
제121조의6 (기술도입대가에 대한 조세면제) ①국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 고도의 기술을 도입하는 계약으로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 계약을 체결한 경우 당해 계약의 내용에 따라 기술을 제공하는 자가 받는 기술도입대가에 대한 법인세 또는 소득세는 당해 계약에서 최초로 그 대가를 지급하기로 한 날부터 5년동안 이를 면제한다.
②기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제1항의 규정에 의하여 조세를 면제받고자 할 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 따라 재정경제부장관에게 면제신청을 하여야 한다.
제121조의7 (권한의 위임등) 재정경제부장관은 대통령령이 정하는 바에 의하여 이 장의 규정에 의한 권한의 일부를 국세청장, 관세청장 기타 대통령령이 정하는 외국인투자관련기관의 장에게 위임 또는 위탁할 수 있다.
제127조제3항중 "외국인투자촉진법"을 "제121조의2 또는 제121조의4의 규정"으로 하고, 동조제5항중 "외국인투자촉진법 제9조 및 제11조"를 "제121조의2 또는 제121조의4"로 하며, 동조제6항중 "외국인투자촉진법 제9조 및 동법제11조"를 "제121조의2 또는 제121조의4"로 한다.
<70>내지 <78>생략
제4조 내지 제6조 생략

부칙 [1999.8.31 제5996호]
제1조 (施行日) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제126조의2의 개정규정은 공포일이 속하는 달의 다음달 1일부터 시행한다.
제2조 (세액감면에 관한 적용례) ①제6조 및 제31조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 창업하거나 벤처기업으로 확인받는 분부터 적용한다. 다만, 1997년 8월 31일 이후 창업하고 1999년 8월 30일까지 벤처기업으로 확인받은 내국인에 대하여는 2001년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세기간부터 적용한다. 이 경우 2000년 12월 31일 이전에 최초로 소득이 발생한 경우에는 잔존감면기간에 한하여 적용한다. [개정 2000.12.29]
②제63조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공장시설을 이전하는 분부터 적용한다.
제3조 (준비금등에 관한 적용례) ①제8조의2의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
②제60조 및 제61조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제4조 (소득공제에 관한 적용례) ①제16조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 출자하거나 투자하는 분부터 적용한다.
②제126조의2의 개정규정은 이 법 시행일이후 최초로 신용카드 또는 직불카드를 사용하는 분부터 적용한다. 이 경우 이 법 시행일부터 1999년 11월 30일까지의 신용카드등사용금액의 소득공제에 관하여는 신용카드등사용금액이 동 기간동안의 총급여액의 100분의 10을 초과하는 경우 초과금액의 100분의 10에 해당하는 금액(100만원을 한도로 한다)을 당해 과세연도의 근로소득금액에서 공제한다.
제5조 (투자세액공제에 관한 적용례) 제27조 및 제62조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 투자하거나 취득하는 분부터 적용한다.
제6조 (특별부가세의 이월과세등에 관한 적용례) ①제37조·제47조의2 및 제49조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 합병하는 분부터 적용한다.
②제38조 및 제42조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 현물출자하는 분부터 적용한다.
③제38조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 현물출자하거나 양도하는 분부터 적용한다.
④제39조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 보증채무를 인수·변제하는 분부터 적용한다.
⑤제44조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
⑥제99조제1항의 개정규정은 1999년 7월 1일이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제7조 (증권투자회사의 배당에 관한 적용례) 제91조의2의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제8조 (부가가치세등에 관한적용례) ①제106조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공급하는 분부터 적용한다.
②제112조의2 및 제113조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 제조장 또는 보세구역에서 반출하는 분부터 적용한다.
제9조 (증권거래세에 관한 적용례) 제117조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식 또는 출자지분을 양도하는 분부터 적용한다.
제10조 (지방세에 관한 적용례) 제119조 내지 제121조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.
제11조 (중복지원배제등에 관한 적용례) 제127조·제128조·제132조·제144조·제145조 및 제146조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제12조 (經過措置) ①이 법 시행당시 종전의 제6조 및 제63조의 규정을 적용받던 중소기업에 대하여는 종전의 규정을 적용한다.
②이 법 시행전에 종전의 제50조제2항제1호의 규정에 의하여 재정경제부장관이 행한 행위는 금융감독위원회위원장이 행한 행위로 본다.
③이 법 시행당시 종전의 제58조 및 제59조의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금의 익금산입 및 추징에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
④제87조제2항의 개정규정을 적용함에 있어서 1998년 12월 31일이전의 저축불입액에 대하여는 종전의 규정을 적용한다.

부칙 [1999.12.28 제6045호]
제1조 (施行日) 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제14조, 제16조, 제41조의2, 제44조, 제48조제4항, 제86조제2항, 제104조의2, 제117조제1항제2호의2와 부칙 제16조의 개정규정중 농어촌특별세법 제4조제3호의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제50조, 제72조제1항제2호·제3호·제7호, 제74조, 제84조(농지개량조합 및 농업기반공사에 관한 것을 제외한다), 제105조제5호·제6호 및 제116조의 개정규정은 2000년 7월 1일부터 시행하며, 제89조·제89조의2 및 제90조와 부칙 제16조의 개정규정중 농어촌특별세법 제4조제4호 및 동법 제5조의 개정규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 법중 양도소득세와 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
③이 법중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다.
④이 법중 특별소비세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 과세시기가 도래하는 분부터 적용한다.
⑤이 법중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
⑥이 법중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조 (기업구조조정조합에 대한 양도소득세 비과세등에 관한 적용례) 제14조 및 제16조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간에 기업구조조정조합에 출자하거나 기업구조조정조합이 주식 또는 출자지분을 취득하는 분부터 적용한다.
제4조 (비거주자등의 유가증권 양도소득에 관한 적용례) 제21조제3항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제5조 (현물출자에 대한 과세특례등에 관한 적용례) ①제38조의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 현물출자하는 분부터 적용한다.
②제41조의2제1항 및 제2항의 개정규정은 이 법 시행일이후 최초로 종료하는 사업연도에 자산을 무상으로 증여받은 분부터 적용하며, 동조제3항의 개정규정은 정리절차개시등의 신청일이후 최초로 재산을 증여하는 분부터 적용한다.
③제44조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 종료하는 사업연도에 채무를 면제받은 분부터 적용한다. 다만, 종전의 제44조제1항 각호의 요건을 갖춘 채무감소액의 익금불산입 및 손금산입에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
④제48조제4항의 개정규정은 이 법 시행일이속하는 사업연도에 대손충당금을 손금에 산입하는 분부터 적용한다.
⑤제120조제5항제8호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식을 취득하는 분부터 적용한다.
제6조 (수도권생활지역외 지역이전법인에 대한 임시특별세액감면등에 관한 적용례) ①제63조의2제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공장 또는 본사를 이전하는 날이 속하는 과세연도분부터 적용한다. 다만, 이 법 시행전에 대지 또는 건물을 양도하고 이 법 시행후 이전한 경우를 제외한다.
②제63조의2제3항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 이 법 시행전에 이전하고 이 법 시행후에 양도하는 분을 제외한다.
제7조 (세금우대저축에 관한 적용례) ①제86조제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간에 해지하거나 연금외의 형태로 지급받는 분부터 적용한다.
②제89조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 가입하는 분부터 적용한다.
③제90조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 가입 또는 해지하는 분부터 적용한다.
제8조 (어업인에 대한 지원의 적용례) 제104조의2의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도중에 지급 또는 보조받는 분부터 적용한다.
제9조 (부가가치세에 관한 적용례) ①제105조제3호의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하는 분부터 적용한다.
②제107조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다.
제10조 (증권거래세에 관한 적용례) 제117조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주권 또는 지분을 양도하는 분부터 적용한다.
제11조 (지방세에 관한 적용례) 제119조 및 제120조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 등기하거나 취득하는 분부터 적용한다.
제12조 (원천징수특례를 적용받은 세금우대저축에 관한 경과조치) ①2000년 12월 31일 현재 종전의 제89조제1항제1호(제89조의2의 개정규정을 적용받는 경우를 제외한다)·제3호(국민주신탁을 제외한다)·제4호·제5호·제6호·제8호의 규정에 의한 세금우대저축에 가입한 자는 제89조의 개정규정에 의한 세금우대종합저축에 가입한 것으로 보며, 동 저축의 계약금액총액이 제89조제1항제3호의 개정규정에 의한 세금우대종합저축의 한도를 초과하는 경우에는 동 저축의 만기시까지 그 초과분에 대하여도 이를 세금우대종합저축으로 본다. [개정 2000.12.29]
②제1항의 규정에 의하여 세금우대종합저축으로 보는 저축을 취급하는 금융기관은 2000년 12월 31일까지 그 저축의 저축자별 성명 및 주민등록번호와 저축계약의 체결·해지 및 권리이전내용을 제89조제2항의 개정규정에 의하여 세금우대저축자료집중기관에 통보하여야 한다. [개정 2000.10.21, 2000.12.29]
③삭제 [2000.12.29]
제13조 (농지개량조합등에 관한 경과조치) 제84조제2항의 규정을 적용함에 있어서 이 법 시행당시 종전의 농지개량조합 또는 농지개량조합연합회가 시설을 사용한 기간은 농업기반공사가 사용한 기간으로 본다.
제14조 (가계생활자금저축에 관한 경과조치) ①종전의 제90조의 규정에 의한 가계생활자금저축에 관하여는 2000년 12월 31일이전에 발생한 소득에 한하여 종전의 제90조의 규정을 적용한다.
②종전의 제90조제2항의 규정에 의한 가계생활자금저축의 세금우대저축자료에 관하여는 제90조의2의 개정규정을 적용한다.
제15조 (사회간접자본시설 사용료에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제106조제1항제5호의 규정에 의하여 부가가치세를 면제받은 재화 또는 용역에 관하여는 종전의 규정을 적용한다.
제16조 (다른 법률의 개정) 농어촌특별세법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제3호중 "제119조제2항 또는 제120조제2항"을 "제119조제3항 또는 제120조제3항"으로 하고, 동조제3호의3을 삭제하며, 동조제4호중 "동법 제89조제1항제4호, 동법 제90조 또는 동법 제91조"를 "동법 제91조"로 하고, 동조제8호의2중 "조세특례제한법 제119조제1항제13호 및 동법 제120조제1항제12호"를 "조세특례제한법 제119조제1항제13호·제16호 및 동법 제120조제1항제12호·제15호"로 한다.
제5조제1항제2호중 "조세특례제한법 제89조제1항제1호 내지 제3호 및 제5호 내지 제8호"를 "조세특례제한법 제89조 및 동법 제89조의2"로 한다.
제17조 (다른 법률의 개정에 따른 적용례) 부칙 제16조의 개정규정중 농어촌특별세법 제4조제3호의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도부터 적용하고, 동법 제4조제4호 및 동법 제5조의 개정규정은 2001년 1월 1일이후 발생한 소득을 지급하는 분부터 적용한다.
제18조 (다른 법률의 개정에 따른 경과조치) 농어촌특별세법 제4조제4호의 개정규정중 종전의 제89조제1항제4호의 규정에 의한 저축의 이자와 배당에 대한 감면의 경우 2000년 12월 31일까지 동 저축에 가입한 분에 대하여는 동 저축의 만기시까지 종전의 규정을 적용한다.

부칙 [1999.12.28 제6054호(國際物流基地育成을위한關稅自由地域의지정및운영에관한法律)]
①(施行日) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
②(다른 법률의 개정) 조세특례제한법 제3조제1항에 제23호를 다음과 같이 신설한다.
23. 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률

부칙 [1999.12.28 제6055호(酒稅法)]
제1조 (施行日) 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제18조 생략
제19조 (다른 법률의 개정) 조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제114조제4항 및 제115조제2항중 "주세법 제27조의2제3항"을 "주세법 제35조제3항"으로 하고, 제115조제3항중 "주세법 제28조"를 "주세법 제31조"로 한다.
제20조 생략

부칙 [1999.12.31 제6073호(金融機關不實資産등의효율적처리및韓國資産管理公社의設立에관한法律)]
제1조 (施行日) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑨생략
⑩조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제48조제1항중 "금융기관부실자산등의효율적처리및성업공사의설립에관한법률에 의하여 설립된 성업공사(이하 "성업공사"라 한다)"를 "금융기관부실자산등의효율적처리및한국자산관리공사의설립에관한법률에 의하여 설립된 한국자산관리공사(이하 "한국자산관리공사"라 한다)"로 하고, 동조제2항 본문중 "성업공사"를 "한국자산관리공사"로 한다.
제117조제1항제9호, 제119조제1항제6호·제12호 및 제120조제1항제5호·제11호중 "성업공사"를 각각 "한국자산관리공사"로 하고, 제120조제5항제10호를 다음과 같이 한다.
10. 한국자산관리공사가 금융기관부실자산등의효율적처리및한국자산관리공사의설립에관한법률 제26조제1항제1호의 규정에 의하여 인수한 채권을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우
⑪및 ⑫생략

부칙 [2000.1.12 제6136호(韓國敎育放送公社法)]
제1조 (施行日) 이 법은 공포후 2월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략
제7조 (다른 법률의 개정) ①및 ②생략
③조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제73조제1항에 제11호를 다음과 같이 신설한다.
11. 한국교육방송공사법에 의하여 설립된 한국교육방송공사에 지출하는 기부금
제106조제2항에 제10호를 다음과 같이 신설한다.
10. 한국교육방송공사법에 의하여 설립된 한국교육방송공사에서 직접 사용하기 위한 시설 및 방송기자재
제109조에 제12호를 다음과 같이 신설한다.
12. 한국교육방송공사법에 의하여 설립된 한국교육방송공사가 직접 사용하기 위한 물품
④생략

부칙 [2000.1.21 제6194호(中小企業創業支援法)]
제1조 (施行日) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항중 "중소기업창업지원법 제16조의2"를 "중소기업창업지원법 제5조제2항"으로 한다.
②내지 ⑦생략
제4조 생략

부칙 [2000.10.21 제6273호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제38조·제52조의2·제117조·제119조 및 제120조의 개정규정중 금융지주회사와 관련된 사항은 금융지주회사법의 시행일부터 시행하고, 제89조제2항의 개정규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (어음제도개선을 위한 세액공제에 관한 적용례) 제7조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 결제하거나 사용하는 분부터 적용한다. 다만, 동조제1항제2호의 금액을 계산함에 있어서 이 법 시행일이전에 발행한 분은 제외한다.
제3조 (기업분할에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제45조의2 및 제106조제3항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 분할하는 분부터 적용한다.
제4조 (금융지주회사의 설립등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제52조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식이전 또는 주식교환하는 분부터 적용한다.
제5조 (기업구조조정투자회사 주식양도차익등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제55조제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하거나 배당소득을 지급받는 분부터 적용한다.
제6조 (농업협동조합중앙회등의 합병에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제72조의2의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.
제7조 (기부금의 손금산입등에 관한 적용례) ①제73조제1항제12호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.
②제74조제1항제10호의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제8조 (생계형저축등에 대한 소득세 비과세에 관한 적용례) 제88조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 가입하는 저축분부터 적용하고, 제88조의3의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하는 소득분부터 적용한다.
제9조 (예금보험공사등에 대한 증권거래세의 면제에 관한 적용례) 제117조제1항제8호·제16호 및 제17호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도·주식이전 또는 주식교환하는 분부터 적용한다.
제10조 (등록세의 면제등에 관한 적용례) 제119조제1항제18호 내지 제20호 및 동조 제6항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 등기하는 분부터 적용한다.
제11조 (취득세의 면제에 관한 적용례) 제120조제5항제8호 및 제11호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식 또는 지분을 취득하는 분부터 적용한다.
제12조 (추계과세시등의 감면배제등에 관한 적용례) 제128조제1항 본문·제132조제1항제3호·제144조제1항 및 제145조제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제13조 (다른 법률의 개정) 농어촌특별세법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제4호중 "조세특례제한법 제86조 내지 제88조"를 "조세특례제한법 제86조 내지 제88조, 제88조의2 및 제88조의3"으로 한다.
제14조 (다른 법률의 개정에 따른 적용례) 부칙 제13조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하는 소득분부터 적용한다.

부칙 [2000.12.29 제6297호]
제1조 (시행일) 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제6조·제72조의2제2항 및 제88조의6의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제72조제1항 및 제4항의 개정규정중 기부금에 관한 부분은 2003년 1월 1일부터 시행하며, 제106조의2의 개정규정은 2002년 1월 1일부터 시행하고, 제121조의2제9항·제121조의5제1항제1호·제2항제1호 및 제3항제3호의 개정규정은 2001년 2월 1일부터 시행한다. [개정 2001.12.29]
제2조 (일반적 적용례) ①이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 법중 양도소득세 및 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
③이 법중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
④이 법중 특별소비세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조 (중소기업의 투자세액공제 등에 관한 적용례) 제5조제1항·제24조·제25조 및 제25조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제4조 (창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제6조의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도부터 적용한다.
제5조 (기술이전소득에 대한 세액감면 등에 관한 적용례) 제12조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도·대여·제공 또는 취득하는 분부터 적용한다.
제6조 (중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 비과세 등에 관한 적용례) 제13조(동조제1항제3호를 제외한다) 및 제14조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식 또는 출자지분을 취득하는 분부터 적용하고, 제13조제1항제3호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식 또는 출자지분을 양도하는 분부터 적용한다.
제7조 (주식매수선택권의 과세특례에 관한 적용례) 제15조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생하는 소득분부터 적용한다.
제8조 (사회간접자본채권의 이자소득에 대한 적용례) 제29조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하는 소득분부터 적용한다.
제9조 (양도소득세 기타 감면세액 및 그 이자상당액의 납부에 관한 적용례) 제33조, 제35조 내지 제37조, 제40조, 제42조, 제46조, 제60조, 제61조, 제63조의2, 제66조, 제67조, 제70조, 제71조, 제77조, 제79조 내지 제81조, 제82조 및 제83조의 개정규정중 감면세액과 그 이자상당액의 납부에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 당해 사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제10조 (주식의 현물출자 또는 교환에 의한 지주회사의 설립 등에 관한 적용례) 제38조 및 제38조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식을 현물출자하거나 주식교환하는 분부터 적용한다.
제11조 (기업구조조정지원을 위하여 취득한 토지등의 양도차익에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제43조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 토지등을 양도하는 날이 속하는 과세연도부터 적용한다.
제12조 (기업분할에 대한 과세특례 등에 관한 적용례) 제45조의2 및 제106조제3항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 분할하거나 출자전환하는 분부터 적용한다.
제13조 (수도권생활지역외 지역으로의 이전법인 또는 폐광지역진흥지구의 사업시행자에 대한 세액감면 등에 관한 적용례) ①제63조의2(동조제7항을 제외한다)의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공장 또는 본사를 이전하는 분부터 적용한다.
②제64조제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 폐광지역진흥지구에 입주하기 위하여 사업에 착수하는 분부터 적용한다.
제14조 (초지의 현물출자에 대한 적용례) 제66조제4항 및 제68조제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 영농조합법인 또는 농업회사법인에 초지를 현물출자하는 분부터 적용한다.
제15조 (농업협동조합중앙회의 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제72조의2제2항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.
제16조 (기부금의 손금산입에 관한 적용례) 제73조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.
제17조 (학교법인의 해산에 따른 증여세 부과특례에 관한 적용례) 제81조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 결정하는 분부터 적용한다.
제18조 (연금저축에 대한 소득공제 등에 관한 적용례) ①제86조제2항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개인연금저축계좌를 이전하는 분부터 적용한다.
②제86조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 가입하는 저축분부터 적용한다.
제19조 (비과세저축과 저율과세저축 등에 관한 적용례) ①제87조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 해지하는 저축분부터 적용한다.
②제88조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 가입하는 저축분부터 적용한다.
③제88조의4 및 제88조의5의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급받는 배당소득분부터 적용한다.
④제88조의6의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 최초로 가입하는 저축분부터 적용한다.
⑤제89조의3의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
⑥제90조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 세금우대저축자료의 제출의무가 발생하는 분부터 적용한다.
⑦제91조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하여 지급받는 소득분부터 적용하고, 동조제6항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 이익을 배분하는 분 또는 환매로 인하여 매수대금을 지급하는 분부터 적용한다.
⑧제92조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급받는 소득분부터 적용한다.
제20조 (신축주택의 취득을 위한 주택양도에 따른 양도소득세 특례에 관한 적용례) 제99조의2의 개정규정은 2000년 9월 1일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제21조 (자사주처분손실준비금의 손금산입에 관한 적용례) 제104조의3 및 제132조제1항제1호중 제104조의3에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 신고하는 분부터 적용한다.
제22조 삭제 [2001.12.29]
제23조 (인지세의 면제에 관한 적용례) 제116조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
제24조 (관세의 경감에 관한 적용례) 제118조제1항제10호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.
제25조 (등록세 및 취득세의 면제에 관한 적용례) 제119조 및 제120조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 등기하거나 취득하는 분부터 적용한다.
제26조 (외국인투자기업의 합병시 외국인투자비율에 관한 적용례) 제121조의2제2항 후단의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 합병하는 분부터 적용한다.
제27조 (외국인투자기업 등의 신청기한 이후의 조세감면 또는 면제신청에 관한 적용례) 제121조의2제10항 또는 제121조의6제3항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 조세의 감면 또는 면제를 신청하는 분부터 적용한다.
제28조 (양도소득세 등의 중복지원배제에 관한 적용례) 제127조제7항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도소득세 또는 특별부가세의 감면을 신청하는 분부터 적용한다.
제29조 (정부업무대행단체의 소매업 등의 부가가치세 면제에 관한 특례) 종전의 제106조제1항 본문중 "제6호의 규정에 의한 것중 대통령령이 정하는 것"에 대한 부가가치세 면제는 종전의 적용시한에 불구하고 2001년 6월 30일까지 공급하는 분에 한하여 이를 적용한다.
제30조 삭제 [2001.12.29]
제31조 (사업손실준비금의 손금산입에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 한국증권거래소에 주식을 상장하거나 한국증권업협회에 등록한 중소기업은 이 법 시행일에 상장 또는 등록한 것으로 보아 제8조의2의 개정규정을 적용한다.
제32조 (기술 및 인력개발비의 세액공제 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도 이전에 종전의 제9조의 규정에 의한 기술개발준비금 또는 제10조의 규정에 의한 기술 및 인력개발비가 발생되었으나 지출되지 아니한 금액은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도에 발생된 것으로 보아 제9조 및 제10조의 개정규정을 적용한다.
②이 법 시행당시 종전의 제27조·제27조의2·제65조제2항·제103조 및 제126조의 규정에 의하여 공제받은 금액의 추징에 대하여는 종전의 제146조제3호 및 제6호의 규정을 적용한다.
제33조 (에너지절약시설투자준비금의 손금산입에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제30조의 규정에 의하여 손금산입한 준비금의 익금산입에 대하여는 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 익금산입하는 금액에 대한 이자상당가산액의 납부에 관하여는 제4조제4항의 개정규정을 준용한다.
제34조 (특별부가세 등의 감면세액 추징 등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제38조의2 및 제46조의2의 규정에 의하여 감면받은 특별부가세 또는 양도소득세의 추징에 대하여는 종전의 규정을 적용한다. 다만, 이 법 시행후 종전의 제38조의2제3항 각호 및 제46조의2제2항 각호의 1에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제33조제2항 및 제4항의 개정규정을 준용한다.
제35조 (법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제37조제1항의 규정에 의하여 승인을 얻은 재무구조개선계획 또는 기업개선계획에 따라 2001년 12월 31일까지 토지등을 양도하는 경우에는 제37조제1항의 개정규정에 불구하고 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다.
제36조 (기업분할에 대한 과세특례 등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제45조의2의 규정에 의한 기업구조조정위원회의 승인을 받은 기업개선계획은 이 법에 의한 채권금융기관협의회의 승인을 받은 것으로 본다.
제37조 (의료취약지역에서의 병원신설에 대한 세액감면에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제65조제1항의 규정을 적용받고 있는 병원 및 종합병원에 대하여는 잔존감면기간에 한하여 종전의 규정을 적용한다.
제38조 (조합등예탁금에 관한 경과조치) ①2004년 12월 31일 현재 제89조의3의 개정규정에 의한 조합등예탁금에 가입한 자는 제89조의 규정에 의한 세금우대종합저축에 가입한 것으로 보며, 동예탁금과 세금우대종합저축의 계약금액총액이 제89조제1항제3호의 규정에 의한 세금우대종합저축의 한도를 초과하는 경우에는 동예탁금의 만기시까지 그 초과분에 대하여도 이를 세금우대종합저축으로 본다.
②조합등예탁금을 취급하는 금융기관은 2004년 12월 31일까지 동저축의 저축자별 성명 및 주민등록번호와 저축계약의 체결·해지 및 권리이전내용을 제89조제2항의 규정에 의하여 세금우대저축자료집중기관에 통보하여야 한다.
제39조 (특별소비세의 감면세액 추징에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제109조제9호 및 제10호의 규정에 의하여 면제받은 특별소비세의 추징에 대하여는 종전의 제113조제1항의 규정을 적용한다.
제40조 (등록세 및 취득세의 면제에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제38조의2의 규정에 의한 분사에 따라 취득한 재산의 등록세 및 취득세의 면제에 관하여는 종전의 제119조제1항제7호 및 제120조제1항제6호의 규정을 적용한다.
제41조 (에너지절약시설투자에 대한 세액공제의 중복적용 배제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 개시하여 이 법 시행후에 종료하는 과세연도에 제25조의2의 개정규정에 의하여 감면받은 세액은 종전의 제25조의 규정에 의하여 감면받은 세액으로 보아 종전의 제127조·제128조·제132조·제144조 및 제145조의 규정을 적용한다.
제42조 (외국인투자에 대한 조세감면 등에 관한 경과조치) 제121조의2제10항 또는 제121조의6제3항의 개정규정을 적용함에 있어서 이 법 시행전에 조세감면신청 또는 조세면제신청을 한 것으로서 이 법 시행일까지 조세감면 결정 또는 조세면제 확인을 받지 못한 경우에는 이 법 시행일에 조세감면신청 또는 조세면제신청을 한 것으로 본다.
제43조 (소기업 등에 대한 감면세액의 사후관리에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 중소법인이 종전의 제145조제1항 및 제6항의 규정을 적용받던 감면세액(동조제4항 각호의 규정 및 동조제6항 본문의 규정에 해당하는 금액을 제외한다)에 대하여는 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도에 감면받은 것으로 보되, 제145조제5항의 개정규정에 불구하고 2005년 12월 31일이 속하는 과세연도의 종료일까지 고정자산에 대한 투자나 차입금의 상환에 사용하여야 한다. [개정 2001.12.29]

부칙 [2000.12.29 제6299호(전화세법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2001년 9월 1일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①생략
②조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항제17호를 삭제한다.
③생략

부칙 [2000.12.29 제6305호(관세법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략
제7조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑤생략
⑥조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제106조제1항제10호중 "관세법 제28조의6제1항제5호"를 "관세법 제91조제4호 및 제5호"로 한다.
제118조제4항중 "관세법 제34조의2제1항 단서"를 각각 "관세법 제103조제1항 단서"로 한다.
⑦내지 <19>생략
제8조 생략

부칙 [2000.12.29 제6312호(지방세법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제69조제1항 본문중 “농지세"를“농업소득세"로 한다
②생략
제12조 생략

부칙 [2001.1.16 제6372호(한국보훈복지의료공단법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑥생략
⑦조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제82조제1항제3호중 "한국보훈복지공단법에 의하여 설립된 한국보훈복지공단"을 "한국보훈복지의료공단법에 의하여 설립된 한국보훈복지의료공단"으로 한다.
⑧생략
제6조 생략

부칙 [2001.5.24 제6480호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조제1항제4호의2·제119조제6항의 개정규정은 2001년 7월 1일부터 시행하고, 제106조제1항제4호의3의 개정규정은 2004년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (고유목적사업준비금의 손금산입특례에 관한 적용례) 제74조제3항의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제3조 (우리사주 배당소득 및 장기보유주식 배당소득에 관한 적용례) 제88조의4 및 제91조의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 지급하는 소득분부터 적용한다.
제4조 (전자장외거래에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의4의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 주식을 양도하는 분부터 적용한다.
제5조 (부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 용역을 공급하는 분부터 적용한다.
제6조 (증권거래세의 면제에 관한 적용례) 제117조의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 주식을 양도하는 분부터 적용한다.
제7조 (등록세의 면제 등에 관한 적용례) 제119조의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 설립등기하는 분부터 적용한다.

부칙 [2001.8.14 제6501호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제7조의2의 개정규정은 2001년 11월 1일부터 시행한다.
제2조 (기업의 어음제도개선을 위한 세액공제에 관한 적용례) 제7조의2의 개정규정은 2001년 11월 1일 이후 최초로 기업구매전용카드를 사용하는 분부터 적용한다.
제3조 (중소기업의 결손금 소급공제에 의한 환급특례 등에 관한 적용례) 제8조의3의 개정규정 및 제55조의2의 개정규정중 투자손실준비금에 관한 부분은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제4조 (임시투자세액공제에 관한 적용례) 제26조제2항 내지 제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 중간예납하는 분부터 적용한다.
제5조 (양도소득세 또는 특별부가세의 감면에 관한 적용례) ①제55조제4항, 제55조의2제3항, 제55조의2제4항 개정규정중 소득세법 제94조제1항제3호에 관한 부분, 제56조, 제78조제1항제11호·제14호 및 제99조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
②제78조제2항의 개정규정은 2001년 5월 7일 이후 최초로 임대를 개시하는 분부터 적용한다.
제6조 (부동산투자회사 등의 투자자가 받는 배당소득에 관한 적용례) 제55조의2제4항의 개정규정중 배당소득에 관한 부분은 이 법 시행후 최초로 발생하는 배당소득분부터 적용한다.
제7조 (고수익고위험신탁저축에 대한 비과세 등에 관한 적용례) 제87조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 가입하는 저축분부터 적용한다.
제8조 (등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 적용례) ①제119조제1항 및 제7항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 등기하는 분부터 적용한다.
②제119조제6항 및 제120조제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.
제9조 (수입금액의 증가 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제122조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도의 신용카드에 의한 수입금액분부터 적용한다.
제10조 (신용카드등사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제126조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 신용카드 또는 직불카드를 사용하는 분부터 적용한다.
제11조 (기업구매전용카드의 사용금액에 관한 경과조치) 제7조의2의 개정규정의 시행 당시 사용한 기업구매전용카드의 사용금액에 관하여는 제7조의2의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제12조 (아파트형공장의 양도에 따른 특별부가세의 감면에 관한 경과조치) 중소기업진흥공단이 공업배치및공장설립에관한법률에 의하여 2001년 5월 7일전에 설립한 아파트형공장을 2003년 12월 31일 이전에 입주실수요자에게 양도하는 경우 특별부가세의 감면에 관하여는 제78조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제13조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면에 관한 경과조치) 2001년 5월 23일전에 종전의 제99조의3제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득하여 이 법 시행후 동주택을 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2001.8.14 제6510호(근로자복지기본법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2002년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ①내지 ③생략
④조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제88조의4제1항 각호외의 부분중 "증권거래법"을 "근로자복지기본법 또는 증권거래법"으로 한다.
제7조 생략

부칙 [2001.11.21 제6519호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(장기주식저축의 세액공제 및 비과세에 관한 적용례) 제87조의3의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 불입한 저축분부터 적용한다.

부칙 [2001.12.29 제6538호]
제1조 (시행일) 이 법은 2002년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제5조의2, 제15조제1항·제2항, 제16조제3항, 제23조제1항, 제38조제3항 내지 제5항, 제38조의3, 제45조의2, 제72조의2제2항, 제73조제1항제15호, 제74조제1항제12호, 제86조의2제10항, 제88조의5제2항, 제89조제1항, 제117조제1항제4호 내지 제6호·제10호 및 제18호, 제119조제1항제18호 및 제144조제2항의 개정규정은 공포한 날부터, 제106조의2제3항 및 제4항의 개정규정은 2002년 7월 1일부터, 제106조제2항제2호, 제121조의2(제2항 전단중 외국인투자비율에 관한 부분을 제외한다) 및 제121조의5의 개정규정은 2003년 1월 1일부터 각각 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
③이 법중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
④이 법중 특별소비세 및 교통세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑤이 법중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
⑥이 법중 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주권 또는 지분을 양도하는 분부터 적용한다.
⑦이 법중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑧이 법중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 취득 또는 등록하는 분부터 적용한다.
제3조 (중소기업의 투자세액공제 등에 관한 적용례) 제5조제1항·제11조제1항·제24조제1항 및 제130조(사업장에 관한 부분을 제외한다)의 개정규정은 2001년 9월 3일 이후 투자하는 분으로서 이 법 시행후 최초로 과세표준신고(국세기본법 제45조의3의 규정에 의한 기한후신고를 제외한다)를 하는 분부터 적용한다.
제4조 (중소기업 정보화지원사업에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제5조의2의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제5조 (창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제6조제4항의 개정규정은 이 법 시행후 사업을 개시하는 분부터 적용한다.
제6조 (기업의 어음제도개선 등을 위한 세액공제에 관한 적용례) ①제7조의2의 개정규정은이 법 시행후 최초로 기업구매전용카드를 사용하거나 외상매출채권담보대출제도를 이용하여 구매대금을 지급하는 분부터 적용한다.
②제7조의3의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 구매하는 분부터 적용한다.
제7조 (소재·부품전문투자조합 주식양도차익 등의 비과세 등에 관한 적용례) 제13조 및 제14조제1항제6호·제2항·제4항제4호 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식 또는 출자지분을 취득하거나 배당소득을 지급받는 분부터 적용하고, 제14조제1항 각호외의 부분 본문의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식 또는 출자지분을 양도하는 분부터 적용한다.
[본조제목개정 2015.1.30 제13082호(소재·부품전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법)] [[시행일 2015.4.29]]
제8조 (주식매수선택권에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제15조제1항 및 제2항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 부여받는 분부터 적용한다.
제9조 (중소기업창업투자조합출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) ①제16조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 출자 또는 투자하는 분부터 적용한다.
②제16조제3항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 출자 또는 투자하는 분부터 적용한다.
제10조 (국제선박 양도차익의 손금산입특례 등에 관한 적용례) ①제23조제1항, 제38조제3항 내지 제5항 및 제45조의2의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
②제34조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 사업을 전환하는 분부터 적용한다.
제11조 (내국법인의 외국자회사 주식등의 현물출자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제38조의3의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 사업연도에 현물출자하는 분부터 적용한다.
제12조 (기업구조조정전문회사등에 대한 과세특례에 대한 적용례) ①제55조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식 또는 출자지분을 양도하거나 배당소득을 지급받는 분부터 적용한다.
②제55조의2제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 발생하는 임대소득분부터 적용한다. 이 경우 2001년 12월 31일 이전에 최초로 임대소득이 발생하는 경우에는 잔존감면기간에 한하여 적용한다.
제13조 (수도권외지역 이전 중소기업 및 수도권생활지역 외의 지역 이전법인에 대한 세액감면 등에 관한 적용례) 제63조 및 제63조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공장 또는 본사를 이전하는 분부터 적용한다.
제14조 (농업협동조합중앙회 등의 합병에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제72조의2제2항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 사업연도에 지급받는 분부터 적용한다.
제15조 (기부금 및 고유목적사업준비금의 손금산입특례에 관한 적용례) ①제73조제1항(제15호를 제외한다)의 개정규정은 이법 시행후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.
②제73조제1항제15호 및 제74조제1항제12호의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 지출하거나 손금산입하는 분부터 적용한다.
제16조 (연금저축의 소득공제에 관한 적용례) 제86조의2제10항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 불입하는 분부터 적용한다.
제17조 (우리사주조합원 등의 과세특례에 관한 적용례) 제88조의4의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 출연하는 분부터 적용한다.
제18조 (조합 등 출자금 및 세금우대종합저축의 과세특례에 관한 적용례) 제88조의5제2항 및 제89조제1항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 발생하는 소득분부터 적용한다.
제19조 (전자장외거래 주권 등의 증권거래세 면제에 관한 적용례) ①제117조제1항제4호 내지 제6호, 제10호 및 제18호의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
②제117조제1항제14호 및 제2항제3호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.
제20조 (지방세 면제에 관한 적용례) ①제119조제1항제18호의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.
②제119조제1항제21호·제22호, 제120조제1항제17호 및 제18호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 설립되는 법인이 이 법 시행후 최초로 등기 또는 취득하는 분부터 적용한다.
제21조 (외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) ①제121조의2(제2항 전단중 외국인투자비율에 관한 부분을 제외한다) 및 제121조의5의 개정규정은 2003년 1월 1일 이후 최초로 외국인투자촉진법에 의하여 신고하는 외국인투자분부터 적용한다.
②제121조의2제2항 전단의 개정규정중 외국인투자비율에 관한 부분은 이 법 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제22조 (수도권안의 투자에 대한 조세감면 배제에 관한 적용례) 제130조제1항의 개정규정중 사업장에 관한 부분은 이 법 시행후 최초로 수도권안에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 기존사업장을 이전하여 설치하는 분부터 적용한다.
제23조 (세액공제액의 이월공제에 관한 적용례) 제144조제2항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 공제받는 분부터 적용한다.
제24조 (기업합리화적립금의 적립 등에 관한 적용례) ①제145조제5항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 차입금을 상환하는 분부터 적용한다.
②제146조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 경정하는 분부터 적용한다.
제25조 (이월과세 및 양도소득세 등의 감면 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 제2조제1항제6호의 규정에 의하여 이월과세의 대상이 된 양도에 관하여는 제2조제1항제6호의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
②이 법 시행 당시 종전의 제33조, 제35조 내지 제38조, 제42조, 제43조, 제46조의2, 제48조, 제50조, 제51조, 제55조의2제3항, 제56조, 제60조, 제61조, 제63조의2, 제69조 내지 제71조, 제77조 내지 제81조, 제82조 내지 제85조, 제97조 및 제97조의2의 규정에 의하여 토지 등을 양도한 경우에 양도소득세 및 특별부가세에 관한 감면·이월과세·과세이연 및 추징 등에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
③종전의 제36조제1항·제37조제1항 및 제42조제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세의 감면대상이 되는 부동산을 1999년 12월 31일 이전에 취득한 자에 대한 양도소득세 감면은 제43조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제26조 (사업전환중소기업에 대한 세액감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제34조제1항의 규정을 적용받고 있는 자에 대하여는 제34조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
제27조 (기업구조조정 증권투자회사에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제54조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입한 유가증권투자손실준비금의 익금산입 등에 대하여는 제54조제1항 및 제2항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제28조 (자경농지에 대한 양도소득세 면제에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 도시계획법의 규정에 그밖의 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입되거나 도시개발법 기타 법률의 규정에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 농지의 양도에 대한 양도소득세의 면제에 관하여는 제69조제1항 단서의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
②거주자가 2002년 1월 1일부터 2003년 12월 31일까지 제69조의 개정규정에 의한 자경농지를 양도함으로써 발생하는 양도소득(제1항의 규정에 의한 양도소득을 포함한다)에 대하여 양도소득세를 감면받는 경우 그 양도소득세액 감면의 종합한도에 관하여는 제133조제2항 및 제3항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. 이 경우 종전의 제133조제2항 및 제3항중 "3억원"은 각각 "2억원"으로 한다.
제29조 (아파트형공장의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 아파트형공장 설립을 위하여 건축허가를 받은 거주자에 대하여는 제78조제2항 및 제3항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제30조 (입주자저축의 원천징수 등에 관한 경과조치) 종전의 제89조의2의 규정에 의하여 2001년 12월 31일까지 가입한 입주자저축에 대하여는 당해 저축계약 만료일까지 종전의 규정을 적용하며, 그 이자소득에 대하여는 소득세법 제14조의 규정에 불구하고 종합소득 과세표준에 산입하지 아니한다.
제31조 (축산업에 대한 소득공제에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 제101조제1항의 규정에 의한 축산업을 영위하는 내국인에 대하여는 제101조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
②축산업을 영위하는 내국인이 제1항의 규정에 의하여 소득공제를 받는 경우에는 제7조의 규정에 의한 중소기업특별세액감면과 제26조의 규정에 의한 임시투자세액공제를 받을 수 없다.
제32조 (특별소비세의 감면세액의 추징에 관한 경과조치) ①종전의 제109조제7호·제8호 및 제13호의 규정에 의한 국내생산이 곤란하여 외국으로부터 수입하는 것에 대한 특별소비세의 면제에 관하여는 2003년 12월 31일까지 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분에 한하여 종전의 규정에 의한다.
②이 법 시행 당시 종전의 제109조의 규정에 의하여 면제받았거나 면제받을 특별소비세의 추징에 관하여는 종전의 제113조제1항 및 제3항의 규정에 의한다.

부칙 [2002.4.20 제6689호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제121조의13의 개정규정은 2002년 9월 1일부터 시행한다.
제2조 (2002년월드컵축구대회와 관련한 비거주자 등의 국내원천소득에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의5의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급받는 소득분부터 적용한다.
제3조 (제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 적용례) ①제121조의8제1항 및 제121조의9제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
②제121조의9제3항의 개정규정중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용하고, 재산세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. [개정 2005.1.5 제7332호(지방세법)]
제4조 (제주도 내국인면세점에 대한 간접세 등의 특례에 관한 적용례) ①제121조의13의 개정규정중 부가가치세에 관한 개정규정은 2002년 9월 1일 이후 최초로 재화를 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.
②제121조의13의 개정규정중 특별소비세·주세 및 담배소비세에 관한 개정규정은 2002년 9월 1일 이후 최초로 제조장으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
제5조 (제주도내 골프장에 대한 특별소비세 등 과세특례에 관한 적용례) ①제121조의14제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 골프장에 입장하는 분부터 적용한다.
②제121조의14제2항의 개정규정중 취득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용하고, 재산세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. [개정 2005.1.5 제7332호(지방세법)]
제6조 (국제선박 등록에 대한 지방세 감면에 관한 적용례) 제121조의15의 개정규정중 취득세 및 지방교육세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 취득하는 분부터 적용하고, 재산세 및 공동시설세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제7조 (제주국제자유도시개발센터에 대한 지방세 감면에 관한 적용례) ①제121조의16제1항의 개정규정중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용하고, 재산세·도시계획세 및 공동시설세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. [개정 2005.1.5 제7332호(지방세법)]
②제121조의16제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 등기하는 분부터 적용한다.

부칙 [2002.8.26 제6705호(기술신용보증기금법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정 등) ①내지 ⑥생략
⑦조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항제2호중 "신기술사업금융지원에관한법률"을 "기술신용보증기금법"으로 한다.
⑧내지 ⑩생략

부칙 [2002.8.26 제6708호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제105조의 개정규정은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
②(적용례) 제105조의 개정규정은 2003년 1월 1일 이후 최초로 공급하거나 공급받는 분부터 적용하고, 제106조의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 공급하는 분부터 적용한다.

부칙 [2002.12.11 제6762호]
제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조의2제3항제1호 단서, 제94조제4항, 제145조 및 제146조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제106조의3의 개정규정은 2003년 7월 1일부터 시행하며, 제126조의2의 개정규정은 2002년 12월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제3조 (창업중소기업등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제6조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 창업하거나 벤처기업으로 확인받는 분부터 적용한다.
제4조 (기업의 어음제도개선을 위한 세액공제에 관한 적용례) 제7조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 결제·사용 또는 이용하는 분부터 적용한다.
제5조 (중소기업지원설비에 대한 손금산입의 특례등에 관한 적용례) 제8조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 기증하거나 양도하는 분부터 적용한다.
제6조 (연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제 등에 관한 적용례) 제11조·제24조 및 제25조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제7조 (기술이전소득등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제12조제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.
제8조 (중소기업창업투자회사등에의 출자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제14조제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식 또는 출자지분을 취득하는 분부터 적용한다.
제9조 (외국인근로자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제18조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제10조 (역외금융에 대한 조세감면에 관한 적용례) 제21조제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득을 지급하거나 지급받는 분부터 적용한다.
제11조 (법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제32조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 현물출자하거나 사업양도하는 분부터 적용한다.
제12조 (지주회사의 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) ①제38조의2(제3항제1호 단서를 제외한다)의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 현물출자하는 분부터 적용한다.
②제38조의2제3항제1호 단서의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제13조 (정리계획인가등의 결정을 받은 법인의 채무면제익에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제44조의 개정규정은 이법 시행후 최초로 채무를 면제받는 분부터 적용한다.
제14조 (본사의 수도권 과밀억제권역외 지역 이전에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제61조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 본사를 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하기 위하여 양도하는 분부터 적용한다.
제15조 (수도권 과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면 등에 관한 적용례) ①제63조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공장을 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하여 사업을 개시하는 분부터 적용한다.
②제63조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공장을 수도권외의 지역으로 이전하여 사업을 개시하는 분부터 적용한다.
제16조 (연금저축에 대한 소득공제등에 관한 적용례) 제86조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 연금을 지급받거나 중도해지하는 분부터 적용한다.
제17조 (우리사주조합원등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제88조의4제7항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 자사주를 취득하는 분부터 적용하며, 동조제9항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제18조 (선박투자회사에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의3의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하거나 배당받는 분부터 적용한다.
제19조 (간접외국납부세액에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의6의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급받는 수입배당금액분부터 적용한다.
제20조 (부가가치세 영세율의 적용 등에 관한 적용례) ①제105조제2항, 제106조의2 및 제106조의3의 개정규정중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
②제106조의2의 개정규정중 특별소비세 및 교통세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
제21조 (증권거래세의 면제에 관한 적용례) 제117조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제22조 (등록세 및 취득세의 면제에 관한 적용례) 제119조 및 제120조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 등기하거나 취득하는 분부터 적용한다.
제23조 (신용카드등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제126조의2의 개정규정은 2002년 12월 1일 이후 최초로 신용카드등을 사용하는 분부터 적용한다.
제24조 (수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제에 관한 적용례) 제130조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제25조 (기업합리화적립금의 적립 등에 관한 적용례) ①제145조의 개정규정은이 법 공포일이 속하는 과세연도에 감면 등을 받는 분부터 적용한다.
②제146조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제26조 (공장 및 본사의 지역이전 등에 대한 법인세 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제60조 및 제61조의 규정에 의하여 공장을 대도시외의 지역으로 이전하거나 본사를 수도권외의 지역으로 이전하기 위하여 공장 및 본사의 대지와 건물을 2003년 12월 31일까지 양도한 경우에는 제60조 및 제61조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한 법인세 과세특례를 적용받을 수 있다.
[전문개정 2003.12.30]
제27조 (수도권외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제63조의 규정에 따라 수도권안의 공장시설을 수도권외의 지역으로 이전하기 위하여 2003년 12월 31일까지 수도권외 지역의 토지 및 공장시설의 구입계약을 체결하거나 공장 건축허가를 취득하는 등 실질적으로 이전에 착수하고, 2005년 6월 30일까지 공장시설을 수도권외의 지역으로 전부 이전하여 사업을 개시한 중소기업의 경우에는 제63조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따라 세액감면을 적용받을 수 있다.
[전문개정 2004.12.31]
제28조 (기부금의 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 제73조제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하지 아니한 손금산입 한도액 초과금액은 제73조제3항 및 제4항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
제29조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 종전의 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.
②제99조의3제1항제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
③ 이 법 시행 전에 종전의 제99조제1항 또는 제99조의3제1항에 따라 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택에 대해서는 이를 제99조제1항 또는 제99조의3제1항을 적용받는 신축주택으로 보아 제99조제2항 또는 제99조의3제2항을 적용한다. [신설 2010.1.1]
제30조 (금지금에 대한 부가가치세 과세특례에 관한 경과조치) 제106조의3의 개정규정을 적용함에 있어서 부가가치세 일반과세자가 이 법 시행일전에 금지금을 공급받고 교부받은 세금계산서에 대하여는 동조제3항의 개정규정에 불구하고 부가가치세법 제17조의 규정을 준용하여 매입세액으로 공제받을 수 있다.
제31조 (성실신고 소규모사업자에 대한 소득세 납부세액공제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제123조 및 제125조의 규정에 의하여 성실신고한 사업자에 대하여 이 법 시행후 소득세 또는 부가가치세의 과세표준 및 세액을 경정 또는 재경정하는 경우에는 제123조 및 제125조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
제32조 (수도권안의 투자에 대한 조세감면배제에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제130조에서 규정하는 수도권 이외의 지역에서 사업을 영위하고 있는 내국인이 이 법 시행후 당해 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용고정자산에 대하여는 제130조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

부칙 [2002.12.30 제6852호(도시및주거환경정비법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제17조 생략
제18조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑥생략
⑦조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제77조제1항제2호중 "도시재개발법에 의한 재개발구역(공공시설을 수반하지 아니하는 재개발구역을 제외한다)"을 "도시및주거환경정비법에 의한 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역을 제외한다)"으로 하고, 동조제2항제2호중 "도시재개발법에 의한 재개발사업시행인가"를 "도시및주거환경정비법에 의한 사업시행인가"로 하며, 동조제4항중 "재개발사업의 시행자"를 "정비사업의 시행자"로 한다.
제99조제1항제1호 및 제2호중 "도시재개발법에 의한 재개발조합"을 각각 "도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합"으로 한다.
제99조의3제1항제1호 및 제2호중 "도시재개발법에 의한 재개발조합"을 각각 "도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합"으로 한다.
⑧내지 ⑭생략

부칙 [2003.5.10 제6867호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(장기주식형저축의 가입에 관한 적용례) 제87조의4의 개정규정은 이 법 시행 당시 가입된 저축에 대하여도 적용한다. 이 경우 당해 저축은 이 법 시행일에 가입한 것으로 본다.
③(장기주식형저축의 비과세에 관한 적용례) 제87조의4의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.

부칙 [2003.5.29 제6916호(주택법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제11조 생략
제12조 (다른 법률의 개정) ①내지 <32>생략
<33>조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제99조제1항제1호·제2호, 제99조의3제1항제1호·제2호 및 제100조제1항중 "주택건설촉진법"을 각각 "주택법"으로 한다.
제106조제1항제4의2호 및 제4의3호중 "주택건설촉진법 제3조제4호"를 각각 "주택법 제2조제12호"로, "동법 동조제3호"를 "동법 동조제2호"로 한다.
제106조제1항제4의4호 가목중 "주택건설촉진법 제3조제3호"를 "주택법 제2조제2호"로, "동법 동조제4호"를 "동법 동조제12호"로 하고, 동호 나목중 "주택건설촉진법 제3조제4호"를 "주택법 제2조제12호"로, "동법 동조제3호"를 "동법 동조제2호"로 한다.
<34>내지 <47>생략
제13조 생략

부칙 [2003.12.30 제7003호]
제1조 (시행일) 이 법은 2004년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제44조 및 제73조제3항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제121조의2제2항 본문, 동조제4항제1호 본문·제2호 본문 및 동조제5항제2호 본문·제3호 본문의 개정규정은 2005년 1월 1일부터 시행하며, 제126조의2제1항(현금영수증에 관한 부분에 한한다) 및 제126조의3(제1항중 현금영수증 결제건수의 세액공제에 관한 부분에 한한다)의 개정규정은 대통령령이 정하는 날부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 법중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 양도하는 분부터 적용한다.
③이 법중 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 증여받는 분부터 적용한다.
④이 법중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑤이 법중 특별소비세 및 교통세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑥이 법중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
⑦이 법중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑧이 법중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 취득·등기 또는 등록하는 분부터 적용한다.
제3조 (창업중소기업 등에 대한 세액감면 등에 관한 적용례) 제6조제1항·제2항, 제64조제1항 및 제68조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 각각 창업하거나 벤처기업으로 확인받는 분, 농공단지 등에 입주하는 분 및 농업회사법인을 설립하는 분부터 적용한다.
제4조 (중소기업에 대한 특별세액감면에 관한 적용례) 제7조제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행후 종료하는 과세연도분부터 적용한다.
제5조 (해외파견비에 대한 임시세액공제에 관한 적용례) 제10조의2의 개정규정은 이 법 시행후 해외훈련비용이 발생하는 분부터 적용한다.
제6조 (주식매수선택권에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제15조제2항제4호의 개정규정은 이 법 시행후 주식매수선택권을 행사하는 분부터 적용한다.
제7조 (외국인근로자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제18조의2의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제8조 (생산성향상시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제24조제1항제1호 및 제2호의 개정규정은 이 법 시행후 투자하는 분부터 적용한다.
제9조 (임시투자세액공제에 관한 적용례) ①제26조제1항 단서의 개정규정은 2003년 7월 1일 이후 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2003년 7월 1일 현재 투자가 진행중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2003년 7월 1일 이후의 투자분에 대하여도 동항 단서의 개정규정을 적용한다.
②제26조제1항 단서의 개정규정을 적용함에 있어서 2004년 6월 30일을 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 2004년 6월 30일까지 투자한 분에 대하여는 2004년 6월 30일 현재 투자가 완료된 것으로 본다.
③제26조제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 이 법 시행일 이전 세액공제율을 적용하여 소득세법 또는 법인세법 규정에 의하여 과세표준신고를 한 경우에는 국세기본법 제45조의2의 규정에 따라 경정청구를 하거나 이 법 제144조의 방법에 따라 이월공제할 수 있다.
제10조 (사회간접자본채권 등의 이자소득에 대한 분리과세에 관한 적용례) 제29조의 개정규정은 이 법 시행후 발행되는 채권부터 적용한다.
제11조 (감가상각비의 손금산입특례에 관한 적용례) 제30조의 개정규정은 2003년 7월 1일 이후에 고정자산을 취득하거나 투자를 개시하는 분중에서 이 법 시행후 과세표준신고(국세기본법 제45조의3의 규정에 의한 기한후신고를 제외한다)를 하는 분부터 적용한다. 다만, 이 법 시행전에 법인세법 제60조의 규정에 의한 과세표준신고기한이 이미 도래한 법인에 대하여는 제30조제2항의 개정규정에 의한 특례신청에 따라 해당 취득일 또는 투자개시일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도부터 적용한다.
제12조 (정리계획인가등의 결정을 받은 법인의 채무면제익에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제44조의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 채무를 면제받는 분부터 적용한다.
제13조 (벤처기업의 전략적 제휴를 위한 주식교환등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제46조의2의 개정규정은 이 법 시행후 주식교환등을 하는 분부터 적용한다.
제14조 (벤처기업의 합병시 이월결손금의 승계에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제47조의3의 개정규정은 이 법 시행후 과세표준신고(국세기본법 제45조의3의 규정에 의한 기한후신고를 제외한다)를 하는 분부터 적용한다.
제15조 (공장 및 법인 본사의 지역이전에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제63조 및 제63조의2의 개정규정은 이 법 시행후 공장 및 본사를 수도권 과밀억제권역외의 지역 또는 수도권외의 지역으로 이전하는 분부터 적용한다.
제16조 (기부금의 과세특례에 관한 적용례) ①제73조제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행후 지출하는 분부터적용한다. 다만, 서울대학교치과병원설치법에 의한 서울대학교치과병원의 경우에는 동법 시행후 지출하는 분부터 적용한다.
②제73조제3항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제17조 (고유목적사업준비금의 손금산입특례에 관한 적용례) 제74조제1항제1호 및 제3호의 개정규정은 이 법 시행후 발생하는 소득분부터 적용한다. 다만, 서울대학교치과병원설치법에 의한 서울대학교치과병원의 경우에는 동법 시행후 발생하는 소득분부터 적용한다.
제18조 (선박투자회사의 주주에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제87조의5의 개정규정은 2004년 1월 1일 이후 발생하여 지급하는 소득분부터 적용한다.
제19조 (우리사주조합원 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) ①제88조의4제1항의 개정규정은 이 법 시행후 출연하는 분부터 적용한다.
②제88조의4제5항의 개정규정은 이 법 시행후 인출하는 분부터 적용한다.
③제88조의4제12항의 개정규정은 이 법 시행후 기부하는 분부터 적용한다.
제20조 (장기보유주식의 배당소득에 대한 소득세 비과세 및 원천징수특례에 관한 적용례) 제91조의 개정규정은 이 법 시행후 지급하는 배당소득분부터 적용한다.
제21조 (복권당첨소득 등에 대한 분리과세 등에 관한 적용례) 제92조의 개정규정은 2004년 1월 1일 이후 발생하여 지급받는 소득분부터 적용한다.
제22조 (근로자복지증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제94조의 개정규정은 이 법 시행후 투자하여 취득하는 분부터 적용한다.
제23조 (농어촌주택취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제99조의4의 개정규정은 2003년 8월 1일 이후 일반주택을 양도하는 분부터 적용한다.
제24조 (간접외국납부세액에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의6제1항의 개정규정은 이 법 시행후 수입배당금액을 받는 분부터 적용한다.
제25조 (정비사업조합에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의7의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다. 다만, 제104조의7제1항 내지 제3항 및 제5항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제26조 (전자신고에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의8의 개정규정은 이 법 시행일 이후 전자신고하는 분부터 적용한다.
제27조 (외국인투자에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 적용례) 제121조의2 및 제121조의3의 개정규정은 이 법 시행후 조세감면 또는 면제를 신청하는 분부터 적용한다.
제28조 (경제자유구역에 입주하는 외국인투자기업의 조세감면신청에 관한 적용특례 등) ①이 법 시행전에 경제자유구역의지정및운영에관한법률 제2조제1호의 규정에 의한 경제자유구역에 입주하는 외국인투자기업이 제121조의2제2항 단서의 개정규정에 의한 조세감면을 받고자 하는 때에는 제121조의2제6항 본문의 규정에 불구하고 2004년 12월 31일까지 그 감면신청을 하여야 한다.
②제121조의3제2항의 개정규정을 적용받고자 하는 외국인투자기업이 이 법 시행전에 납부한 관세에 대하여 이 법 시행일부터 2004년 12월 31일까지 감면신청을 하는 경우에는 이를 환급하여야 한다.
제29조 (수입금액의 증가 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제122조제2항제2호의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제30조 (신용카드등사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제126조의2제1항 및 제3항의 개정규정은 2003년 12월 1일 이후 신용카드 등을 사용하는 분부터 적용한다. 다만, 현금영수증에 의한 소득공제와 관련한 부분은 현금영수증에 관한 제126조의2제1항의 개정규정의 시행일 이후 사용하는 분부터 적용한다.
제31조 (현금영수증사업자에 대한 부가가치세세액공제 등에 관한 적용례) ①제126조의3의 개정규정중 현금영수증 발급장치의 설치에 대한 세액공제는 2004년 1월 1일 이후 설치하는 분부터 적용한다.
②제126조의3의 개정규정중 현금영수증 결제건수에 따른 세액공제와 관련한 부분은 동 규정의 시행일 이후 현금영수증을 발행하는 분부터 적용한다.
제32조 (수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제에 관한 적용례) 제130조의 개정규정은 이 법 시행후 투자하는 분부터 적용한다.
제33조 (최저한세에 관한 적용례) 제132조제1항제1호 및 제2항제1호의 개정규정은 이 법 시행후 과세표준신고(국세기본법 제45조의3의 규정에 의한 기한후신고를 제외한다)를 하는 분부터 적용한다.
제34조 (해저광물자원개발을 위한 과세특례에 관한 적용례) 제140조제1항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제35조 (투자신탁 및 투자회사 등에 관한 적용례) 투자신탁 및 투자회사 등 간접투자자산운용업법의 시행에 따라 개정되는 규정은 동법 시행일 이후 최초로 설정 또는 설립하는 분부터 적용하고, 동법 시행일전에 설정 또는 설립된 분에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
제36조 (창업중소기업 등에 대한 세액감면 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제6조제1항 및 제2항, 제64조제1항 및 제68조제1항의 규정에 의하여 각각 당해 세액감면의 혜택을 받고 있는 자에 대하여는 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제37조 (기술이전소득에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제12조제1항제2호의 규정에 의하여 기술비법을 양도·대여 또는 제공한 분에 대하여는 당해 대여 및 제공기간이 종료할 때까지는 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제38조 (수도권 과밀억제권역외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 제63조의 규정에 의한 감면요건을 충족하여 세제혜택을 받고 있는 중소기업에 대하여는 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
②이 법 시행 당시 종전의 제63조의2의 규정에 의한 감면요건을 충족하여 세제혜택을 받고 있는 법인에 대하여는 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
③이 법 시행 당시 종전의 제63조의2의 규정을 적용받기 위하여 수도권 과밀억제권역안의 공장 및 본사를 수도권외의 지역으로 이전하여 사업을 개시하였거나 수도권 과밀억제권역안의 공장 및 본사를 양도·철거 또는 폐쇄한 경우, 수도권 과밀억제권역안 공장 및 본사의 양도계약이나 수도권외 지역 공장 및 본사의 구입계약을 체결한 경우, 신공장 건축허가를 받은 경우 등 실질적으로 지방이전에 착수한 경우에는 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용받을 수 있다.
제39조 (근로자의 주거안정지원을 위한 지방세 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제100조제2항 및 제4항의 규정에 의하여 재산세·취득세·등록세 및 재산세를 감면받고 있는 자의 감면세액의 추징 등에 관하여는 종전의 규정을 적용한다. [개정 2005.1.5 제7332호(지방세법)]
제40조 (외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제121조의2의 규정에 의하여 법인세 등의 감면을 적용받고 있던 외국인투자에 대하여는 제121조의2제2항 본문·제4항제1호 본문·제2호 본문·제5항제2호 본문 및 제3호 본문의 개정규정에 불구하고 당해 감면기간 동안 종전의 규정을 적용한다.
제41조 (해저광물자원개발을 위한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제140조제4항의 규정에 의하여 각 사업연도 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 이월결손금은 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
제42조 (세액공제액의 이월공제에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제144조제1항의 규정에 의한 공제대상세액은 동항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

부칙 [2003.12.31 제7030호(한국주택금융공사법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2004년 3월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①및 ②생략
③조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제100조중 "근로자의주거안정과목돈마련지원에관한법률 제2조제2항"을 "한국주택금융공사법 제2조제10호"로 한다.
④및 ⑤생략
제12조 생략

부칙 [2004.1.20 제7066호]
①(시행일) 이 법은 2004년 3월 1일부터 시행한다.
②(적용례) 제119조제1항 및 제120조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 취득 또는 등기하는 분부터 적용한다.

부칙 [2004.3.12 제7191호(정치자금에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제11조 생략
제12조 (다른 법률의 개정) 조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제76조를 다음과 같이 한다.
제76조 (정치자금의 손금산입특례 등) ①거주자가 정치자금에관한법률에 의하여 정당(동법에 의한 후원회 및 선거관리위원회를 포함한다)에 기부한 정치자금은 이를 지출한 당해 과세연도의 소득금액에서 10만원까지는 세액공제하고, 10만원을 초과한 금액에 대하여는 소득공제하거나 소득금액계산에 있어서 이월결손금을 차감한 후의 소득금액의 범위안에서 이를 손금에 산입한다.
②제1항의 규정에 의하여 기부하는 정치자금에 대하여는 증여세를 부과하지 아니한다.
제13조 생략

부칙 [2004.3.22 제7210호(자유무역지역의지정및운영에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제14조 생략
제15조 (다른 법률의 개정) ①내지 ③생략
④조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항제23호를 다음과 같이 한다.
23. 자유무역지역의지정및운영에관한법률
제16조 생략

부칙 [2004.7.26 제7216호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 법중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조 (임시투자세액공제에 관한 적용례) ①제26조제1항 단서의 개정규정은 2004년 7월 1일 이후 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2004년 7월 1일 현재 투자가 진행중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2004년 7월 1일 이후의 투자분에 대하여도 동항 단서의 개정규정을 적용한다.
②제26조제1항 단서의 개정규정을 적용함에 있어서 2004년 12월 31일을 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 2004년 12월 31일까지 투자한 분에 대하여는 2004년 12월 31일 현재 투자가 완료된 것으로 본다.
제4조 (고용창출형창업기업에 대한 결손금 이월공제기간 특례에 관한 적용례) 제30조의3의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 결손금부터 적용한다.
제5조 (고용증대특별세액공제에 관한 적용례) 제30조의4의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세 연도분부터 적용한다.
제6조 (노인·장애인 등의 생계형저축에 대한 비과세 등에 관한 적용례) 제88조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행일 이후 가입하는 분부터 적용한다.
제7조 (우리사주조합원에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제88조의4제13항의 개정규정은 이 법 시행후 양도하는 분부터 적용한다.
제8조 (공동주택 경비용역에 대한 부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조제1항제4호의2 및 제4호의3의 개정규정은 2004년 7월 1일 이후 과세표준신고를 하는 과세기간분부터 적용한다.
제9조 (등록세·취득세의 면제 등에 관한 적용례) 제119조제3항제1호·제2호 및 제120조제3항의 개정규정은 2004년 7월 1일 이후 등기 또는 취득하는 분부터 적용하고, 제119조제6항제3호·제119조제7항 및 제120조제4항제3호의 개정규정은 이 법 시행후 등기 또는 취득하는 분부터 적용한다.
제10조 (재산세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의 개정규정은 2004년 7월 1일 이후 취득하는 분부터 적용한다.
제11조 (최저한세에 관한 적용례) 제132조제2항 각호외의 부분의 개정규정은 이 법 시행후 과세표준확정신고를 하는 분부터 적용한다.
제12조 (노인·장애인 등의 생계형저축의 비과세 한도에 대한 경과조치) 종전의 제88조의2제1항의 규정에 의한 생계형저축 가입분에 대하여는 이 법 시행일부터 제88조의2제1항의 개정규정을 적용한다.
제13조 (다른 법률의 개정) 농어촌특별세법중 다음과 같이 개정한다.
제4조에 제11호의3을 다음과 같이 신설한다.
11의3. 조세특례제한법 제30조의2 및 제30조의4의 규정에 의한 감면

부칙 [2004.10.5 제7220호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제6조의 개정규정은 2004년 7월 1일 이후 창업하는 분부터 적용한다.
③(기부금의 과세특례에 관한 적용례) 제73조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 지출하는 분부터 적용한다.
④(문화사업준비금의 손금산입에 관한 적용례) 제104조의9의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 손금산입하는 분부터 적용한다.

부칙 [2004.10.22 제7240호(석유및석유대체연료사업법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑫생략
⑬조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제106조의2제8항중 "석유사업법"을 "석유및석유대체연료사업법"으로 한다.
⑭및 ⑮생략
제6조 생략

부칙 [2004.12.31 제7281호(외국인투자촉진법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ①생략
②조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제121조의2제1항제2호중 "외국인투자촉진법 제18조"를 "외국인투자촉진법 제18조제1항제2호"로 한다.

부칙 [2004.12.31 제7284호(신에너지및재생에너지개발·이용·보급촉진법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑦생략
⑧조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제118조제1항제3호중 "대체에너지개발및이용·보급촉진법 제2조의 규정에 의한 대체에너지"를 "신에너지및재생에너지개발·이용·보급촉진법 제2조제1호의 규정에 의한 신·재생에너지"로 한다.
제5조 생략

부칙 [2004.12.31 제7311호(수산업협동조합법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행하되, 부칙 제13조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제14조 생략
제15조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑨생략
⑩조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제72조제1항제4호중 "지구별수산업협동조합·업종별수산업협동조합 및 수산물제조수산업협동조합(어촌계를 포함한다)"을 "조합(어촌계를 포함한다)"으로 한다.
제105조제1항제6호 각목외의 부분중 "수산업협동조합"을 "각 조합"으로 한다.
제105조의2제3항제2호중 "수산업협동조합(수산업협동조합중앙회를 제외한다)"을 "조합"으로 한다.
제106조의2제2항 및 제4항중 "수산업협동조합"을 각각 "조합"으로 한다.
제106조의2제7항 각호외의 부분중 "조합 및 수산업협동조합"을 "조합"으로 한다.
제116조제1항제5호 본문 및 제6호중 "수산업협동조합"을 각각 "조합"으로 한다.
⑪내지 ⑬생략
제16조 생략

부칙 [2004.12.31 제7322호]
제1조 (시행일) 이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각호의 개정규정은 해당 호에 규정된 날부터 시행한다.
1. 제63조의2, 제72조, 제92조, 제105조제1항제3호 라목 및 제106조제1항제7호의 개정규정은 이 법을 공포한 날부터 시행한다.
2. 제106조의3의 개정규정은 2005년 4월 1일부터 시행한다.
3. 제55조의2, 제119조제6항·제7항 및 제120조제4항제1호의 개정규정(부동산투자회사에 관한 부분에 한한다)은 2005년 4월 23일부터 시행한다.
4. 제121조의2(기업도시개발구역 및 기업도시개발사업시행자에 관한 부분에 한한다), 제121조의17, 제121조의18 및 제121조의19의 개정규정은 법률 제7310호 기업도시개발특별법의 시행일부터 시행한다.
제2조 (중소기업경영컨설팅쿠폰 구매에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제5조의3의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 중소기업경영컨설팅쿠폰을 구매하여 지급하는 분부터 적용한다.
제3조 (창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제6조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 창업하는 중소기업부터 적용한다.
제4조 (기업의 어음제도개선을 위한 세액공제에 관한 적용례) 제7조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 결제·사용 또는 이용하는 분부터 적용한다.
제5조 (투융자손실준비금의 손금산입에 관한 적용례) 제17조의 개정규정은 이 법 시행후 익금에 산입할 사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제6조 (생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제24조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 비용이 발생하는 분부터 적용한다.
제7조 (환경·안전설비투자 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제8조 (에너지절약시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제9조 (법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면에 관한 적용례) 제63조의2의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 수도권과밀억제권역안 본사를 수도권외의 지역으로 이전하는 분부터 적용한다.
제10조 (조합법인 등에 대한 법인세과세특례에 관한 적용례) 제72조의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제11조 (정치자금의 손금산입특례 등에 관한 적용례) 제76조의 개정규정은 이 법 시행후 기부하는 분부터 적용한다.
제12조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례)제85조의 개정규정은 이 법 시행후 양도소득 과세표준확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.
제13조 (생계형저축 가입대상에 관한 적용례) 제88조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 가입하는 저축분부터 적용한다.
제14조 (우리사주조합원 등에 대한 배당소득 비과세 적용례) 제88조의4제8항 내지 제10항의 개정규정은 이 법 시행후 배당소득을 지급하는 분부터 적용한다.
제15조 (세금우대종합저축의 세율인하에 관한 적용례) 제89조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제16조 (세금우대저축자료 등의 미제출 가산세에 관한 적용례) 제90조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 가입하는 저축분부터 적용한다.
제17조 (복권당첨소득 등에 대한 분리과세 등에 관한 적용례) 제92조의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 당첨되는 분부터 적용한다.
제18조 (공동전산망을 이용한 화물운송 위탁시 운송비에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 비용이 발생하는 분부터 적용한다.
제19조 (지급조서에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의5의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 제출하는 분부터 적용한다.
제20조 (부가가치세 전자신고에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의8제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 전자신고하는 분부터 적용한다.
제21조 (인적회사에 대한 과세특례에 관한 원천징수 적용례) 제104조의11제2항의 개정규정은 이 법 시행후 과세특례를 적용받은 인적회사가 배당을 지급하는 분부터 적용한다.
제22조 (한국철도시설공단에 직접 공급하는 도시철도건설용역에 대한 영세율 적용에 관한 적용례) 제105조제1항제3호 라목의 개정규정은 이 법 시행전에 계약이 체결되어 한국철도시설공단에 직접 건설용역을 공급하는 분부터 적용한다.
제23조 (도시철도민간투자사업 시행자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역에 대한 영세율 적용에 관한 적용례) 제105조제1항제3호 마목의 개정규정은 이 법 시행전에 주무관청과 실시협약을 체결한 사회간접자본시설에대한민간투자법상 사업시행자에 대하여 부가가치세를 결정·경정 또는 다시 경정하는 분부터 적용한다.
제24조 (철도시설 국가귀속에 대한 부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조제1항제7호의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간에 철도시설을 국가에 귀속하는 분부터 적용한다.
제25조 (일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감에 관한 적용례) 제106조의4의 개정규정은 이 법 시행후 과세표준신고를 하는 과세기간분부터 적용한다.
제26조 (부동산투자회사에 대한 등록세 및 취득세의면제에 관한 적용례) 제119조제6항·제7항 및 제120조제4항제1호의 개정규정(부동산투자회사와 관련된 부분에 한한다)은 2005년 4월 23일 이후 등기하거나 취득하는 분부터 적용한다.
제27조 (외국인투자에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 적용례) ①제121조의2(기업도시개발구역 및 기업도시개발사업시행자에 관한 부분을 제외한다) 및 제121조의3의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 외국인투자신고를 하는 분부터 적용한다. 다만, 외국인투자촉진법 제18조제1항제1호의 규정에 의한 외국인투자지역에 이미 입주해 있는 외국인투자기업에 대해서는 이 법 시행후 증자를 하기 위하여 외국인투자의 신고를 하는 분부터 적용한다.
②제121조의2(기업도시개발구역 및 기업도시개발사업시행자에 관한 부분에 한한다)의 개정규정은 법률 제7310호 기업도시개발특별법 시행후 외국인투자신고를 하는 분부터 적용한다.
제28조 (조세의 추징에 관한 적용례) 제121조의5의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 외국인투자신고를 하는 분부터 적용한다.
제29조 (신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제126조의2의 개정규정은 2004년 12월 1일 이후 신용카드 등을 사용하는 분부터 적용한다. 다만, 현금영수증 사용분은 2005년 1월 1일 이후 사용하는 분부터 적용한다.
제30조 (추계과세시 등의 감면배제에 관한 적용례) 제128조제3항의 개정규정은 이 법 시행후 수정신고하는 분부터 적용한다.
제31조 (수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제에 관한 적용례) 제130조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제32조 (감면세액의 추징에 관한 적용례) 제146조의 개정규정은 이 법 시행후 처분하는 분부터 적용한다.
제33조 (일반적 적용례) ①이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 법중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③이 법중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
④이 법중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
⑤이 법중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
⑥이 법중 등록세·취득세·재산세 및 종합토지세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 등기하거나 취득하는 분부터 적용한다.
⑦이 법중 특별소비세 및 교통세에 관한 개정규정은 이법 시행후 최초로 과세물품을 제조장에서 반출하거나 수입신고하는 분 또는 입장행위를 하는 분부터 적용한다.
제34조 (법인본사의 수도권외 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면에 관한 경과조치) ①이 법 공포일이 속하는 과세연도전에 종전의 제63조의2의 규정을 적용받기 위하여 수도권과밀억제권역안의 본사를 수도권외의 지역으로 이전한 법인의 경우에는 제63조의2의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
②이 법 공포일이 속하는 과세연도전에 종전의 제63조의2의 규정을 적용받기 위하여 수도권과밀억제권역안 본사를 양도·철거·폐쇄 또는 본사외의 용도로 전환하였거나 수도권과밀억제권역안 본사의 양도계약이나 수도권외지역 본사의 구입계약을 체결한 경우로서 이 법 공포일이 속하는 과세연도전에 이전하지 아니한 경우에는 제63조의2의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용받을 수 있다.
③이 법 공포일이 속하는 과세연도에 종전의 제63조의2의 규정을 적용받기 위하여 이전한 경우 또는 수도권과밀억제권역안의 본사를 양도·철거·폐쇄 또는 본사외의 용도로 전환한 경우, 수도권과밀억제권역안 본사의 양도계약이나 수도권외지역 본사의 구입계약을 체결한 경우 등 실질적으로 지방이전에 착수한 경우에는 제63조의2의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용받을 수 있다.
④제2항 또는 제3항의 규정에 따라 종전의 규정 또는 개정규정의 감면을 적용받는 경우에는 그중 하나를 선택하여 감면기간동안 동일한 규정을 계속하여 적용하여야 한다.

부칙 [2005.1.5 제7332호(지방세법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제6조 생략
제7조 (다른 법률의 개정) 조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제121조의 제목중 "재산세 등"을 "재산세"로 하고, 동조중 "재산세 및 종합토지세"를 "재산세"로 한다.
제121조의2제1항 각호외의 부분, 제4항 각호외의 부분 본문, 제5항 각호외의 부분 본문, 제8항 단서, 제12항 각호외의 부분 본문, 동항제3호 및 제4호 각목외의 부분중 "등록세·재산세 및 종합토지세"를 각각 "등록세 및 재산세"로 하고, 동조제4항제2호, 제5항제3호, 제12항제3호 나목 및 동항제4호 다목중 "종합토지세"를 각각 "토지에 대한 재산세"로 한다.
제121조의5제3항 각호외의 부분 전단중 "등록세·재산세 및 종합토지세"를 "등록세 및 재산세"로 한다.
제121조의9제1항 각호외의 부분 및 제3항 각호외의 부분 본문중 "등록세·재산세 또는 종합토지세"를 각각 "등록세 및 재산세"로 하고, 동조제3항제3호중 "종합토지세"를 "토지에 대한 재산세"로 한다.
제121조의12제1항 각호외의 부분 본문중 "재산세·종합토지세 및 관세"를 "재산세 및 관세"로 한다.
제121조의14제2항 각호외의 부분 본문중 "취득세·재산세 또는 종합토지세"를 "취득세 및 재산세"로 한다.
제121조의16제1항중 "재산세·종합토지세"를 "재산세"로 한다.
제127조제6항중 "취득세·재산세 또는 종합토지세"를 "취득세 및 재산세"로 한다.
제140조제2항제4호중 "재산세·종합토지세"를 "재산세"로 한다.

부칙 [2005.3.31 제7428호(채무자 회생 및 파산에 관한 법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ①내지 <102>생략
<103>조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제41조의2제1항제1호를 다음과 같이 하고, 동조제3항중 "정리절차개시등"을 "회생절차개시등"으로 한다.
1. 위탁기업체가 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 의한 회생절차개시 또는 파산(이하 이 조에서 "회생절차개시등"이라 한다)의 신청을 한 법인일 것
제44조의 제목중 "정리계획인가"를 "회생계획인가"로 하고, 동조제1항 각호 외의 부분중 "회사정리법에 의한 정리계획인가의 결정이나 화의법에 의한 화의인가의 결정 또는 파산법에 의한 강제화의인가의 결정"을 "「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 의한 회생계획인가의 결정"으로 하며, 동항제1호중 "정리계획인가, 화의인가 또는 강제화의인가의 결정"을 "회생계획인가의 결정"으로 한다.
제45조의2제1항중 "회사정리법에 의한 정리계획"을 "「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 의한 회생계획"으로 한다.
제106조제4항중 "회사정리법에 의한 정리계획인가"를 "「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 의한 회생계획인가"로, "회사정리법 제226조"를 "「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」 제215조"로 한다.
<104>내지 <145>생략
제6조 생략

부칙 [2005.7.13 제7577호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (건설폐기물처리업을 영위하는 중소기업에 대한 특별세액감면에 관한 적용례) 제7조제1항제1호 고목의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 소득부터 적용한다.
제3조 (코스닥상장중소기업에 대한 사업손실준비금의 손금산입에 관한 적용례) 제8조의2의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 코스닥시장에 상장하는 중소기업부터 적용한다.
제4조 (주식양도차익의 비과세 등에 관한 적용례) ①제13조제1항·제2항 및 제14조제1항·제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 주식 또는 출자지분부터 적용한다.
②제14조제4항 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지급하는 배당소득 또는 이자소득부터 적용한다.
제5조 (한국벤처투자조합 출자에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제16조제1항제1호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출자 또는 투자하는 분부터 적용한다.
제6조 (투자회사의 배당에 대한 과세특례에 관한 적용례) ①제91조의2제1항제4호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 설립되는 투자회사부터 적용한다.
②제91조의2제1항제4호의 개정규정은 이 법 시행 전에 설립된 투자회사에 대하여는 이 법 시행 후 최초로 도래하는 결산일 후 발생하는 배당소득부터 적용한다.
제7조 (사회기반시설투융자회사 주식의 배당소득에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 배당소득부터 적용한다.
제8조 (민간투자사업에 대한 부가가치세 영세율 적용에 관한 적용례) 제105조제1항제3호의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조제2호의 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 사회기반시설 또는 동 시설의 건설용역부터 적용한다.
제9조 (금지금에 대한 부가가치세 과세특례에 관한 적용례) 제106조의3제1항 및 제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간에 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.
제10조 (재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례에 관한 적용례) 제108조제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간에 취득하는 분부터 적용한다.
제11조 (주권상장기업 등에 대한 사업손실준비금의 손금산입에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제8조의2의 규정을 적용받는 중소기업의 소득금액계산에 있어서 손금산입 및 익금산입에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제12조 (투자회사의 배당에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립되고 「간접투자자산 운용업법」 제37조제2항의 규정에 의한 정관에 존립기간을 정한 투자회사(존립기간을 연장하는 경우를 제외한다)로서 추가로 주식을 발행하지 아니하는 투자회사에 대하여는 제91조의2제1항제4호의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2005.7.13 제7601호(부산교통공단법 폐지법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제8조 생략
제9조 (다른 법률의 개정) 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제105조제1항제3호 다목을 삭제한다.

부칙 [2005.8.4 제7678호(산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①내지 <54>생략
<55>조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제102조제1항중 "산림법에 의한 영림계획 또는 특수개발지역사업"을 "「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 의한 산림경영계획 또는 특수산림사업지구사업"으로, "천연보호림"을 "산림유전자원보호림"으로 한다.
<56>내지 <87>생략
제12조 생략

부칙 [2005.12.29 제7775호(한국농촌공사 및 농지관리기금법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 4월이 경과한 날부터 시행한다. 단서생략
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①및 내지 ③ 생략
④조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제43조의2제1항 각 호 외의 부분 전단 중 “농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 “농업기반공사”라 한다)”를 “「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다)”로 하고, 동조제2항 및 제3항 중 “농업기반공사”를 각각 “한국농촌공사”로 한다.
제69조제1항 본문 중 “농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 “농업기반공사”라 한다)”를“「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다)”로, “농업기반공사”를 “한국농촌공사”로 한다.
제116조제1항제7호 중 “농업기반공사및농지관리기김법”을 “「한국농촌공사 및 농지관리기금법」”으로 한다.
⑤이하 생략
제5조 생략

부칙 [2005.12.31 제7839호]
제1조 (시행일) 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제15조제3항·제118조제1항제1호·동조동항제3호 및 제127조제8항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
②이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
④이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
제3조 (중소기업특별세액감면에 관한 적용례) 제7조의 개정규정은 이 법 시행 후 종료하는 과세연도 분부터 적용한다.
제4조 (기업의 어음제도 개선을 위한 세액공제에 관한 적용례) 제7조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 결제·사용 또는 이용하는 분부터 적용한다.
제5조 (중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세에 관한 적용례) 제13조제1항 내지 제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 주식이나 출자지분 또는 지급받는 배당소득부터 적용한다.
제6조 (주식매수선택권에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제15조제3항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제7조 (국제선박 양도차익의 손금산입에 관한 적용례) ①제23조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
②제23조제3항 후단의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 익금에 산입하는 분부터 적용한다.
제8조 (에너지절약시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 투자하는 분부터 적용한다.
제9조 (사업전환중소기업에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제33조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 전환전사업의 사업용고정자산을 양도하는 분부터 적용한다.
제10조 (중소기업의 금융채무상환 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) ①제34조제1항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 채무를 면제받거나 면제하는 분부터 적용한다.
②제34조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 사업용부동산을 양도하는 분부터 적용한다.
제11조 (주식의 현물출자 또는 교환·이전에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제38조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 주식의 포괄적 이전에 의하여 지주회사를 설립하는 분부터 적용한다.
제12조 (중소기업 주주등의 자산 증여에 대한 법인세 등 과세특례에 관한 적용례) ①제41조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 자산을 무상으로 받는 분부터 적용한다.
②제41조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 부동산을 양도하는 분부터 적용한다.
제13조 (합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제47조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 합병(분할합병을 포함한다)하는 분부터 적용한다.
제14조 (공장의 대도시외 지역이전에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제60조제2항의개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공장을 이전하는 분부터 적용한다.
제15조 (법인본사의 수도권 과밀억제권역 외 지역이전에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제61조제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 법인본사를 이전하는 분부터 적용한다.
제16조 (수도권 과밀억제권역 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제63조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 이전하는 분부터 적용한다.
제17조 (법인의 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면에 관한 적용례) 제63조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 법인의 공장 또는 본사를 이전하는 분부터 적용한다.
제18조 (기부금의 과세특례에 관한 적용례 및 적용특례) ①제73조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도에 지출하는 분부터 적용한다.
②제73조제1항 각 호 외의 부분 전단의 개정규정을 적용함에 있어서 2006년 12월 31일까지 지출하는 분에 대하여는 제73조제1항 각 호 외의 부분 전단의 개정규정에 불구하고 동항 각 호 외의 부분 전단에서 규정하고 있는 "100분의 50"을 "100분의 75"로 한다.
제19조 (농업협동조합 등에 대한 손금산입 특례에 관한 적용례) 제84조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자하는 분부터 적용한다.
제20조 (연금저축에 대한 소득공제 등에 관한 적용례) 제86조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 불입하는 분부터 적용한다.
제21조 (우리사주조합원 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제88조의4제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 인출하는 분부터 적용한다.
제22조 (세금우대종합저축에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제89조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 가입하는 분부터 적용한다.
제23조 (세금우대자료 미제출가산세에 관한 적용례) 제90조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제출하는 분부터 적용한다.
제24조 (부동산간접투자기구 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 소득 분부터 적용한다.
제25조 (지급조서등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지급조서등을 제출하는 분부터 적용한다.
제26조 (전자신고에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의8의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 전자신고하는 분부터 적용한다.
제27조 (해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례에 관한 적용례) 제104조의10제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 2사업연도 이상 동조제1항의 규정에 의한 요건을 위반하는 분부터적용한다.
제28조 (학교시설 운영사업 등에 대한 부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조제1항제8호의 개정규정은 이 법 시행 전에 실시협약이 체결된 분(건설이 완료되어 운영 중인 것을 제외한다)에 대하여도 적용한다.
제29조 (고속철도 운영자산에 대한 부가가치세 매입세액공제특례에 관한 적용례) ①제108조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 신고·납부하는 분부터 적용한다.
②제108조의2의 개정규정에 의하여 매입세액을 공제받고자 하는 경우 2006년 1월 25일까지 사업장 또는 주된 사업장 관할세무서장에게 운영자산과 연도별 매입세액 내역을 신고하여야 한다.
제30조 (조세감면결정 효력상실에 관한 적용례) 제121조의2제13항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 조세감면결정을 받는 분부터 적용한다.
제31조 (증자에 대한 조세감면 절차에 관한 적용례) 제121조의4제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 증자하는 분부터 적용한다.
제32조 (외국인투자에 대한 감면세액의 추징에 관한 적용례) 제121조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제33조 (지정면세점 면세물품 판매 및 구매한도 조정에 관한 적용례) 제121조의13제4항 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 면세물품을 판매하거나 구입하는 분부터 적용한다.
제34조 (신용카드등사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제126조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 신용카드등사용금액 연간 합계액의 계산분부터 적용한다.
제35조 (중복지원의 배제에 관한 적용례) 제127조제8항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제36조 (양도소득세 감면 종합한도액에 관한 적용특례) ①제133조의 개정규정 중 농지대토에 대한 양도소득세 감면 종합한도액은 이 법 시행 후 양도하여 대토하는 분부터 적용한다.
②제133조제2항 후단의 개정규정을 적용함에 있어서 이 법 시행 전에 제69조의 규정에 의하여 감면받은 세액은 이를 합산하지 아니한다.
제37조 (감면세액의 추징에 관한 적용례) 제146조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 당해 자산을 처분하는 분부터 적용한다.
제38조 (고용증대특별세액공제 사후관리에 관한 경과조치) 종전의 제30조의4제2항의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 고용유지제도를 중단하거나 종전의 제도로 복귀하는 경우의 소득세 또는 법인세 납부에 관하여는 제30조의4의 개정규정에 불구하고 종전의 제30조의4제3항의 규정을 적용한다.
제39조 (채무출자전환에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제44조제2항 전단의 규정에 의하여 익금에 산입하지 아니한 출자전환채무면제익의 결손금에의 충당 및 익금산입에 관하여는 종전의 제44조제2항 후단 및 동조제4항의 규정에 의한다.
제40조 (법인본사의 수도권 외 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면에 관한 경과조치) ①이 법 시행 전에 종전의 제63조의2의 규정을 적용받기 위하여 수도권과밀억제권역 안의 본사를 양도·철거·폐쇄 또는 본사 외의 용도로 전환하였거나 수도권과밀억제권역 안의 본사의 양도계약이나 수도권 외 지역본사의 구입계약을 체결한 경우로서 이 법 시행일이 속하는 과세연도 전에 이전하지 아니한 경우에는 제63조의2의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용받을 수 있다.
②제1항의 규정에 따라 종전의 규정 또는 개정규정의 감면을 적용받는 경우에는 그 중 하나를 선택하여 감면기간 동안 동일한 규정을 계속하여 적용하여야 한다.
제41조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제69조제1항의 규정에 의하여 농업법인이 양수한 5년 이상 자경농지의 양도에 관하여는 제69조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 제69조제2항의 규정에 의한다.
제42조 (기부금 이월공제기간 단축에 따른 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제73조제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하지 아니한 기부금의 손금산입에 관하여는 제73조제4항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제43조 (선박투자회사의 주주에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제87조의5제1항의 규정에 의하여 선박투자회사에 출자하여 최초로 취득한 주식의 양도에 관하여는 제87조의5제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제44조 (세금우대종합저축에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제89조제1항의 규정에 의하여 가입한 세금우대종합저축에 대하여는 제89조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제45조 (주권상장기업 또는 협회등록기업에 대한 자사주처분손실준비금의 손금산입에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제104조의3의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금의 익금산입 등에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제46조 (학교시설 운영사업 등에 대한 부가가치세 면제에 따른 경과조치) 제106조제1항제8호의 개정규정에 의하여 부가가치세의 면제사업자로 전환되거나 면세사업이 추가되는 사업자가 이 법 시행 전에 취득한 재화를 부가가치세가 면제되는 당해 사업을 위하여 직접 사용하는 경우에는 「부가가치세법」 제6조제2항 및 제17조제5항의 규정을 적용하지 아니한다.
제47조 (증자에 대한 조세감면신청에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 증자한 분에 대한 조세감면신청기한에 관하여는 제121조의2제6항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2006.1.2 제7845호(방위사업법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제32조의 규정은 공포후 1월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제14조 생략
제15조 (다른 법률의 개정) ①내지⑤생략
⑥조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제105조제1항제1호중 "방위산업에관한특별조치법"을 "「방위사업법」"으로, "방위산업체"를 "방산업체"로, "방위산업물자"를 "방산물자"로 한다.
⑦생략
제16조 생략

부 칙[2006.2.21 제7849호(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2006년 7월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제39조 생략
제40조 (다른 법령의 개정) ① 내지 <39>생략
<40>조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항에 제24호를 다음과 같이 신설한다.
24. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」(제주특별자치도세에 한한다)
제121조의2제1항제2호의4 및 제121조의9제1항제1호 중 “제주국제자유도시특별법 제42조”를 각각 “「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제217조”로 한다.
제121조의8제1항 중 “제주국제자유도시특별법 제41조”를 “「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제216조”로 한다.
제121조의12제1항제1호 중 “제주국제자유도시특별법 제43조”를 “「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제218조”로 하고, 동항제4호 중 “제주국제자유도시특별법 제42조”를 “「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제217조”로 한다.
제121조의13제1항 중 “제주국제자유도시특별법 제51조”를 “「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제177조”로 한다.
제121조의15제1항제1호 중 “제주국제자유도시특별법 제47조제1항”을 “「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제221조제1항”으로 한다.
제121조의16제1항 중 “제주국제자유도시특별법 제72조”를 “「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제261조”로, “동법 제76조”를 “동법 제265조”로 한다.
<41> 내지 <47>생략
제41조 생략

부 칙[2006.4.28 제7949호(산업기술혁신 촉진법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑥생략
⑦조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조의2 중 “산업기술기반조성에관한법률 제5조”를 “「산업기술혁신 촉진법」 제19조”로 한다.
⑧ 내지 ⑩생략
제7조 생략

부칙 [2006.10.4 제8050호(국가재정법)]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제56조의 규정은 법률에 따라 정부회계에 관한 기준이 마련되어 시행되는 회계연도부터, 부칙 제11조제14항, 동조제17항(「국유재산법」 제48조제4항 관련 규정에 한한다) 및 동조제29항(「물품관리법」 제21조 관련 규정에 한한다)의 규정은 각각 2008년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 내지 <49> 생략
<50>조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제74조제3항 중 “「기금관리기본법」 별표”를 “「국가재정법」 별표 2”로 한다.
<51> 내지 <59> 생략
제12조 생략

부칙 [2006.12.26 제8086호(중소기업창업 지원법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 내지 ③ 생략
④조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항 중 “제5조제2항”을 “제5조의2제1항”으로 한다.

부칙[2006.12.30 제8138호]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제2조제1항제2호의 개정규정은 2007년 7 월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 내지 ④ 생략
⑤조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항제10호중 “교통세법”을 “「교통·에너지·환경세법」”으로 한다.
제113조의 제목 “(특별소비세 및 교통세의 감면절차 등)”을 “(특별 소비세 및 교통·에너지·환경세의 감 면절차 등)”으로 하고, 동조제2항중 “교통세”를 “교통·에너지·환경세”로 하며, 동조제3항중 “교통세”를 “교통·에너지·환경세”로, “교통세법”을 “「교통·에너지·환경세법」”으로 한다.
제140조제2항제2호·제3호 및 동조제3항중 “교통세”를 각각 “교통·에너지·환경세”로 한다.
⑥ 내지 ⑨ 생략
제6조 생략

부칙 [2006.12.30 제8146호]
제1조 (시행일) 이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제126조의4·제126조의5·제128조제4항제2호 및 제3호의 개정규정은 2007년 7월 1일부터 시행하고, 제100조의2 내지 제100조의13 및 제128조제4항제1호의 개정규정은 2008년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
②이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
④이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
⑤이 법 중 특별소비세, 교통·환경·에너지세, 교육세 및 주행세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑥이 법 중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
⑦이 법 중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑧이 법 중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득 또는 등기하는 분부터 적용한다.
제3조 (중소기업지원설비에 대한 손금산입 특례의 적용례) 제8조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 기증하거나 기증받는 분부터 적용한다.
제4조 (위탁한 연구·인력개발비에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제10조제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제5조 (연구개발 관련 출연금등의 과세특례에 관한 적용례) 제10조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출연금등을 지급받는 분부터 적용한다.
제6조 (연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제12조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 소득 분부터 적용한다.
제7조 (중소기업창업투자조합 출자등에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제16조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출자하거나 투자하는 분부터 적용한다.
제8조 (외국인근로자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제18조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지급받는 소득분부터 적용한다.
제9조 (해외자원개발투자 배당소득에 대한 법인세의 면제에 관한 적용례) 제22조제1항의 개정규정은이 법 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제10조 (사업전환중소기업에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제33조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 사업전환하는 분부터 적용한다.
제11조 (벤처기업의 전략적 제휴를 위한 주식교환등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제46조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 자기 주식과 교환하거나 벤처기업에 현물출자함으로써 발생하는 양도차익부터 적용한다.
제12조 (자가물류시설의 양도차익에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제46조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제13조 (물류사업 분할에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제46조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 분할하는 분부터 적용한다.
제14조 (물류법인간 합병시 이월결손금의 승계에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제46조의6의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 합병하는 분부터 적용한다.
제15조 (자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제55조의2제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 국민주택을 신축하거나 취득 당시 입주된 사실이 없는 국민주택을 매입하는 분부터 적용한다.
제16조 (영농조합법인등에 대한 법인세의 면제 등에 관한 적용례) 제66조제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제17조 (영어조합법인등에 대한 법인세의 면제 등에 관한 적용례) 제67조제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제18조 (농업회사법인의 배당소득 비과세 등에 관한 적용례) ①제68조제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
②제68조제4항 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 배당소득을 지급받는 분부터 적용한다.
제19조 (조합법인 등에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) ①제72조제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
②제72조제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 재무구조 개선을 위한 지원자금의 이자를 지급받는 분부터 적용한다.
제20조 (기부금의 과세특례에 관한 적용례) 제73조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.
제21조 (고유목적사업준비금의 손금산입특례에 관한 적용례) 제74조제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 발생하는 소득 분부터 적용한다.
제22조 (정치자금의 손금산입특례 등에 관한 적용례) 제76조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 기부하는 분부터 적용한다.
제23조 (행정중심복합도시 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제85조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 이전하는 분부터 적용한다.
제24조 (기업도시개발사업구역 내 토지 현물출자에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제85조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자하는 분부터 적용한다.
제25조 (경제자유구역 개발사업을 위한 토지 현물출자에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제85조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자하는 분부터 적용한다.
제26조 (보육시설용 토지 등의 양도에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제85조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제27조 (장기주택마련저축에 대한 비과세 등에 관한 적용례) 제87조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 가입하는 분부터 적용한다.
제28조 (노인·장애인 등의 생계형저축에 대한 비과세등에 관한 적용례) 제88조의2제1항제1호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 가입하는 분부터 적용한다.
제29조 (우리사주조합원 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) ①제88조의4제4항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 배정받는 분부터 적용한다.
②제88조의4제9항 및 제10항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 배당기준일이 도래하는 배당소득분부터 적용한다.
제30조 (세금우대종합저축에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제89조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 가입하거나 계약기간을 연장하는 분부터 적용한다.
제31조 (조합등 예탁금에 대한 저율과세 등에 관한 적용례) 제89조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 가입하거나 계약기간을 연장하는 분부터 적용한다.
제32조 (장기보유주식의 배당소득에 대한 소득세 비과세 및 원천징수특례에 관한 적용례) 제91조제1항·제3항 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 지급받는 배당소득 분부터 적용한다.
제33조 (해외자원개발투자회사등의 주식의 배당소득에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의6의 개정규정은 이 법 시행 후 지급받는 배당소득 분부터 적용한다.
제34조 (고수익고위험투자신탁등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의7의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 설정 또는 설립되는 고수익고위험투자신탁등부터 적용한다.
제35조 (복권당첨소득등에 대한 분리과세 등에 관한 적용례) 제92조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 소득 분부터 적용한다.
제36조 (면세유류 관리강화에 관한 적용례) ①제106조의2제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 교부받은 면세유류구입권등 또는 그 면세유류구입권등에 의하여 공급받은 석유류를 양도하거나 최초로 면세유류구입권등에 의하여 공급받은 석유류를 농·임·어업용 외의 용도로 사용하여 추징당하는 분부터 적용한다.
②제106의2제8항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 면세유류구입권등을 교부받거나 면세유류구입권등 또는 그 면세유류구입권등에 의하여 공급받은 석유류를 양수받은 분부터 적용한다.
제37조 (재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례에 관한 적용례) ①제108조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.
②제108조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세기간부터 적용한다.
제38조 (수입금액의 증가 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제122조제2항 및 제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 발생하는 수입금액 분부터 적용한다.
제39조 (성실신고 사업자에 대한 소득세 등의 과세특례에 관한 적용례) ①제122조의2제1항(부가가치세에 관한 개정규정을 제외한다)·제2항·제4항·제8항(부가가치세에 관한 개정규정은 제외한다) 및 제9항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
②제122조의2제1항 및 제8항의 개정규정 중 부가가치세에 관한 개정규정, 동조제3항 및 제5항의 개정규정은 2007년 7월 1일 이후에 신고하는 분부터 적용한다.
③제122조의2제9항제1호 다목의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 결제하는 분부터 적용한다.
제40조 (신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제126조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 신용카드 등 사용금액 연간 합계액의 계산 분부터 적용한다.
제41조 (현금영수증사업자에 대한 부가가치세 세액공제 등에 관한 적용례) 제126조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 지급조서를 제출하는 분부터 적용한다.
제42조 (증여세 감면의 종합한도에 관한 적용례) 제133조제3항의 개정규정을 적용하는 경우 이 법 시행일 전에 「법률 제5584호 조세감면규제법개정법률」 부칙 제15조 및 제16조에 따라 면제받은 증여세액을 합산하지 아니한다.
제43조 (준비금의 손금산입에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제8조의2, 제9조, 제28조, 제55조의2제1항 및 제2항, 제104조의9의 규정에 따라 각 과세연도의 손금에 산입한 준비금의 익금산입 또는 이자상당가산액의 납부에 관하여는 각각 종전의 규정에 따른다.
제44조 (주식매수선택권에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 얻는 이익에 대하여는 제15조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제45조 (고용창출형창업기업에 대한 세액감면 재산세 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 전에 종전의 제30조의2제1항의 규정에 따라 창업한 내국인에 대한 세액감면에 대하여는 제30조의2의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.
②이 법 시행 전에 종전의 제30조의2제1항의 규정에 따라 창업한 내국인에 대한 세액감면에 대하여는 제121조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제46조 (고용창출형창업기업에 대한 결손금 이월공제기간 특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제30조의3의 규정에 따라 발생한 결손금의 이월공제에 대하여는 제30조의3의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제47조 (기업구조조정증권투자회사 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제54조제3항의 규정에 따라 기업구조조정증권투자회사에 직접 출자하여 취득한 주식 또는 지분의 양도에 관하여는 제54조제3항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제48조 (기업구조조정전문회사등에 대한 과세특례에 관한 경과조치) ①이 법 시행 전에 구조조정대상기업으로부터 받은 배당소득의 법인세의 비과세에 관하여는 제55조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.
②이 법 시행 전에 종전의 제55조제4항의 규정에 따라 기업구조조정전문회사 또는 기업구조조정투자회사에 출자하여 최초로 취득한 주식의 양도에 관하여는 제55조제4항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제49조 (자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치) ①이 법 시행 전에 임대업을 개시한 자로서 이 법 시행전에 소득이 발생하지 아니한 자에 대하여도 이 법 시행일에 임대업을 개시한 것으로 보아 제55조의2제4항의 개정규정을 적용한다.
②이 법 시행 전에 종전의 제55조의2제5항의 규정에 따라 부동산투자회사에 출자함으로써 최초로 취득한 주식의 양도에 관하여는 제55조의2제5항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제50조 (농업협동조합중앙회 등의 합병에 대한 법인세 과세특례에 대한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제72조의2의 규정에 따라 익금에 산입하지 아니한 보조금의 익금산입에 대하여는 제72조의2의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제51조 (기부금의 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제73조제1항 및 제2항의 규정에 따라 손금에 산입하지 아니한 기부금의 손금산입에 대하여는 제73조제4항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제52조 (박물관등의 이전에 대한 양도소득세의 면제에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제83조의 규정에 따라 양도소득세를 감면받았거나 동 규정을 적용받기 위하여 토지 등을 양도한 경우에는 제83조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제53조 (농업협동조합 등에 관한 손금산입특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제84조의 규정에 따라 손금에 산입한 양도차익의 손금산입에 관하여는 제84조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제54조 (지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제85조의 규정을 적용받기 위하여 공익사업용 부동산을 양도한 경우(수용되는 경우를 포함한다)에는 제85조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제55조 (세금우대종합저축에 대한 과세특례에 관한 경과조치) ①이 법 시행 전에 종전의 제89조제1항의 규정에 따라 가입한 세금우대종합저축으로서 계약기간의 만료일이 정하여진 저축의 이자소득 및 배당소득에 대하여는 제89조제1항의 개정규정에 불구하고 해당저축의 계약기간이 만료되는 날까지 종전의 규정에 따른다.
②이 법 시행 전에 종전의 제89조제1항의 규정에 따라 가입한 세금우대종합저축으로서 계약기간의 만료일이 없는 저축의 이자소득 및 배당소득에 대하여는 제89조제1항의 개정규정에 불구하고 2009년 12월 31일까지 종전의 규정에 따른다.
제56조 (도시철도공사에 직접 공급하는 도시철도 건설용역 영세율 적용에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 체결된 계약에 따라 공급되는 도시철도 건설용역에 대하여는 제105조제1항제3호 나목의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제57조 (제주첨단과학기술단지입주기업에 대한 법인세등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행일 현재 제주첨단과학기술단지에 입주하여 감면대상사업을 개시한 기업 중 이 법 시행 전에 최초로 소득이 발생하지 아니한 자에 대하여는 이 법 시행일에 감면대상사업을 개시한 것으로 보아 제121조의8제1항의 개정규정을 적용한다.
제58조 (제주투자진흥기구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행일 현재 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역에 입주하여 감면대상사업을 개시한 기업 중 이 법 시행 전에 최초로 소득이 발생하지 아니한 자에 대하여는 이 법 시행일에 감면대상사업을 개시한 것으로 보아 제121조의9제2항의 개정규정을 적용한다.
제59조 (성실신고 사업자에 대한 소득세 등의 과세특례에 관한 경과조치) ①이 법 시행 전의 과세기간에 대한 성실신고 사업자에 대한 소득세 또는 법인세의 과세특례에 관하여는 제122조의2제1항·제2항·제4항 및 제5항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.
②이 법 시행 전에 종전의 제122조의2제3항의 규정을 적용받던 사업자에 대한 과세기간별 경감률에 대하여는 제122조의2제3항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부칙 [2007.4.11 제8347호(박물관 및 미술관 진흥법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 내지 ② 생략
③조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제74조제1항제6호 중 “박물관및미술관진흥법”을 “「박물관 및 미술관 진흥법」”으로 한다.
제5조 생략

부칙 [2007.4.11 제8362호(중소기업창업 지원법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 제8조 생략
제9조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑫ 생략
⑬조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항 중 “「중소기업창업 지원법」 제5조의2제1항”을 “「중소기업창업 지원법」 제6조제1항”으로 한다.
제10조 생략

부칙 [2007.4.11 제8367호(장애인복지법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑪ 생략
⑫조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제88조의2제1항제2호 중 “「장애인복지법」 제29조”를 “「장애인복 지법」 제32조”로 한다.
⑬ 생략
제6조 생략

부칙 [2007.4.11 제8371호(폐기물관리법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 제8조 생략
제9조(다른 법률의 개정) ① 내지 <31> 생략
<32>조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항제1호러목 중 “제44조의2”를 “제46조”로 한다.
<33> 내지 <46> 생략
제10조 생략

부칙 [2007.4.27 제8387호(통계법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑩ 생략
⑪조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제3항 중 “통계법 제17조”를 “「통계법」 제22조”로 한다.
⑫ 내지 ⑭ 생략
제9조 생략

부칙 [2007.5.17 제8466호(수질 및 수생태계 보전에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 내지 <35> 생략
<36>조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항제1호머목 중 “수질환경보전법”을 “「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」”로 한다.
<37> 내지 <55> 생략
제5조 생략

부칙 [2007.6.1 제8493호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제86조의3 및 제136조제3항의 개정규정은 2007년 9월 1일부터 시행한다.
제2조(기업의 어음제도개선을 위한 세액공제에 관한 적용례) 제7조의2제2항제1호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 결제, 사용 또는 이용하는 분부터 적용한다.
제3조(소기업·소상공인 공제부금에 대한 소득공제 등에 관한 적용례) 제86조의3의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간에 가입하여 납부하는 분부터 적용한다.
제4조(투자회사 등으로부터 받는 배당의 과세특례에 관한 적용례) 제91조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 발생하여 지급하는 배당소득(2006년 12월 31일 이전에 설정된 투자신탁의 경우에는 이자소득을 포함한다)부터 적용한다.
제5조(인적회사에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의11제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 과세특례를 적용받은 인적회사가 최초로 배당을 지급하는 분부터 적용한다.
제6조(접대비의 손금불산입 특례에 관한 적용례) 제136조제3항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 지출하는 분부터 적용한다.

부칙 [2007.8.3 제8572호(기업구조조정 촉진법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 내지 ② 생략
③조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제44조제1항제1호 단서 및 같은 항 제2호 중 “기업구조조정촉진법”을 각각 “「기업구조조정 촉진법」”으로 한다.

부칙 [2007.12.31 제8827호]
제1조(시행일) 이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제106조의4부터 제106조의6까지 및 제126조의3의 개정규정은 2008년 7월 1일부터 시행하고, 제100조의14부터 제100조의26까지 및 제122조제5항의 개정규정은 2009년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ①이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
②이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
④이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
⑤이 법 중 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세 및 주행세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑥이 법 중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득 또는 등기하는 분부터 적용한다.
⑦이 법 중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑧이 법 중 재산세 및 종합부동산세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제3조(창업중소기업등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제6조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 벤처기업으로 확인받는 분부터 적용한다.
제4조(기업의 어음제도개선을 위한 세액공제에 관한 적용례) 제7조의2제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 이용하는 분부터 적용한다.
제5조(중소기업지원설비에 대한 손금산입의 특례에 관한 적용례) 제8조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하거나 기증받는 분부터 적용한다.
제6조(중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제14조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출자하는 분부터 적용한다.
제7조(생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제24조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제8조(환경보전시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제9조(의약품 품질관리 개선시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제10조(사업전환 중소기업과 무역조정기업에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제33조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 사업전환하는 분부터 적용한다.
제11조(사업전환 중소기업과 무역조정기업에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제33조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 사업전환하는 분부터 적용한다.
제12조(합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제47조의4제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 합병(분할합병을 포함한다)하는 분부터 적용한다.
제13조(금융지주회사의 설립등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제52조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 금융지주회사의 주식과 교환하거나 금융지주회사에 주식을 이전하는 분부터 적용한다.
제14조(기업구조조정전문회사 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제55조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출자하는 분부터 적용한다.
제15조(공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제60조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공장의 대지와 건물을 양도하는 분부터 적용한다.
제16조(법인본사의 수도권과밀억제권역 밖 이전에 따른 양도차익에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제61조제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 본점 또는 주사무소의 대지와 건물을 양도하는 분부터 적용한다.
제17조(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면에 관한 적용례) 제63조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 본사 또는 공장을 이전하는 분부터 적용한다. 다만, 이 법 시행 전에 공장을 전부 이전하여 5년이 경과하지 아니한 법인의 경우 이 법 시행일부터 공장시설을 전부 이전한 날 이후 5년이 되는 날까지 제63조의2제6항 및 제9항의 개정규정을 적용한다.
제18조(지방대학 맞춤형 교육비용 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제63조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지급하는 분부터 적용하고, 같은 조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 기부하는 분부터 적용한다.
제19조(기부금의 과세특례에 관한 적용례) 제73조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.
제20조(공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제77조의 개정규정은 2007년 7월 6일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제21조(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제77조의2의 개정규정은 2007년 10월 17일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제22조(행정중심복합도시등 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제85조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 이전하거나 양도하는 분부터 적용한다.
제23조(사회적기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제85조의6의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제24조(공익사업지역 내 공장이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제85조의7의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 이전하거나 양도하는 분부터 적용한다.
제25조(연금저축에 대한 소득공제 등에 관한 적용례) 제86조의2제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제26조(장기주택마련저축에 대한 비과세등에 관한 적용례) 제87조제1항, 제2항제2호, 제3항 및 제8항의 개정규정은 이 법 시행 후 신규로 가입하거나 만기를 연장하는 분부터 적용한다.
제27조(세금우대자료 미제출가산세에 관한 적용례) 제90조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제출 또는 통보하여야 하는 분부터 적용한다.
제28조(투자회사 등의 배당에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의2제2항의 개정규정은 법률 제8493호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일 이후 최초로 발생하여 지급하는 배당소득(2006년 12월 31일 이전에 설정된 투자신탁의 경우에는 이자소득을 포함한다)분부터 적용한다.
제29조(고수익고위험투자신탁 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의7의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제30조(공익기부투자신탁등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의8의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 설정 또는 설립되는 공익기부투자신탁등부터 적용한다.
제31조(농어촌주택취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제99조의4의 개정규정(농어촌주택의 취득 당시 가액기준에 관한 개정부분에 한한다)은 이 법 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.
제32조(외국납부세액공제등에 관한 적용례) 제104조의6제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수입배당금액을 지급받는 분부터 적용한다.
제33조(제3자물류비용에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의14의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.
제34조(해외자원개발투자에 대한 과세특례) ①제104조의15제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자 또는 출자하는 분부터 적용한다.
②제104조의15제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 보조금 을 지급받는 분부터 적용한다.
제35조(대학재정건전화를 위한 과세특례에 관한 적용례) ①제104조의16제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
②제104조의16제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출연하는 분부터 적용한다.
제36조(학교시설 운영사업 등에 대한 부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조제1항제8호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 시설관리운영권 및 용역을 제공하는 분부터 적용한다.
제37조(면세유류 관리강화에 관한 적용례) ①제106조의2제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 환급 등을 신청하는 분부터 적용한다.
②제106조의2제3항의 개정규정 중 변동사항신고에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 변동사항이 발생하는 분부터 적용한다.
③제106조의2제9항·제11항부터 제13항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 가산세 징수사유가 발생하는 분부터 적용한다.
④제106조의2제10항제1호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 신고하는 분부터 적용하고, 같은 항 제2호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용하며, 같은 항 제3호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
⑤제106조의2제14항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양수·상속·합병하는 분부터 적용한다.
제38조(금지금에 대한 부가가치세 과세특례에 관한 적용례) 제106조의3제1항 및 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.
제39조(금관련 제품에 대한 부가가치세 매입자납부 특례에 관한 적용례) 제106조의4의 개정규정은 2008년 6월 1일 이후 금거래계좌를 개설·신고하고 2008년 7월 1일 이후 최초로 금관련 제품을 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다.
제40조(고금에 대한 의제매입세액공제특례에 관한 적용례) 제106조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 고금을 취득하는 분부터 적용한다.
제41조(금지금 등의 거래내역 제출에 관한 적용례) 제106조의6의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제조반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
제42조(등록세의 면제 등에 관한 적용례) 제119조제3항 및 같은 조 제7항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 등기하는 분부터 적용한다.
제43조(취득세의 면제 등에 관한 적용례) 제120조제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 사업용재산을 취득하는 분부터 적용한다.
제44조(제주특별자치도여행객면세점 구입한도 조정에 관한 적용례) 제121조의13제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 면세물품을 판매하거나 구입하는 분부터 적용한다.
제45조(금사업자의 수입금액 증가등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제122조제5항·제9항 및 제10항의 개정규정은 2009년 1월 1일 이후 최초로 신고하는 분부터 적용한다.
제46조(사업자에 대한 의료비등공제에 관한 적용례) 제122조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 발생하는 소득분부터 적용한다.
제47조(신용카드등사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제126조의2제1항·제3항 및 제7항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 신용카드등 사용금액 연간 합계액의 계산분부터 적용한다.
제48조(현금영수증사업자 및 현금영수증가맹점에 대한 과세특례에 관한 적용례)제126조의3제2항의 개정규정은 2008년 7월 1일 이후 발급하는 분부터 적용한다.
제49조(준비금의 손금산입에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제4조, 제17조 및 제75조에 따라 각 과세연도의 손금에 산입한 준비금의 익금산입 또는 이자상당가산액의 납부에 관하여는 각각 종전의 규정에 따른다.
제50조(중소기업창업투자회사등에의 출자에 대한 과세특례에 관한 경과조치) ①이 법 시행 전에 종전의 제14조제1항제5호에 따라 기업구조조정조합이 구조조정대상기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분의 양도에 관하여는 제14조제1항제5호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
②이 법 시행 전에 종전의 제14조제2항에 따라 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분의 양도에 관하여는 제14조제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제51조(중소기업의 금융채무상환등에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제34조제2항의 규정에 따라 사업용 부동산을 양도한 경우로서 이 법 시행 후 그 양도대금으로 해당 채권금융기관에 대한 채무를 상환하는 경우 양도소득세의 감면에 관하여는 제34조제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제52조(기업구조조정전문회사 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제55조에 따라 기업구조조정전문회사가 직접 또는 기업구조조정조합을 통하여 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분의 양도에 관하여는 제55조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제53조(장기주택마련저축에 대한 비과세등에 관한 경과조치) 이 법 시행일 전에 가입한 장기주택마련저축은 2008년 1월 1일에 신규로 가입한 것으로 보아 제87조제8항(제2호에 한한다)의 개정규정을 적용한다.
제54조(우리사주에 대한 상속세 과세가액 불산입특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제93조에 따라 취득한 주식에 관하여는 제93조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제55조(면세유 관리강화에 관한 경과조치) 제106조의2제2항의 개정규정을 적용함에 있어 이 법 시행 전에 석유판매업자가 농·어민등에게 공급한 분에 대하여는 종전의 제113조제2항 및 제3항의 규정에 따른다.
제56조(신용카드등사용금액에 대한 소득공제에 관한 경과조치) 이 법 시행일이 속하는 과세기간의 경우에는 제126조의2제7항의 개정규정에도 불구하고 2007년 12월 1일부터 2008년 12월 31일까지 사용한 금액의 합계액으로 한다.

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <51> 까지 생략
<52> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제72조제4항 전단, 제87조의5제5항, 제88조의6제11항 후단, 제91조의4제4항, 제91조의6제4항, 제91조의8제2항, 제118조제2항, 제121조의3제3항 및 제121조의6제2항 중 "재정경제부령"을 각각 "기획재정부령"으로 한다.
제106조제1항제1호 중 "산업자원부장관"을 "지식경제부장관"으로 하고, 같은 항 제8호 중 "교육인적자원부장관"을 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제106조의2제15항 중 "농림부장관·산림청장 및 해양수산부장관"을 "농림수산식품부장관 또는 산림청장"으로, 재정경제부장관"을 "기획재정부장관"으로 한다.
제106조의7제2항 및 제3항 중 "건설교통부장관"을 각각 "국토해양부장관"으로 한다.
제111조제2항 중 "산업자원부장관"을 "지식경제부장관"으로 한다.
제114조제2항, 제117조제1항제6호, 제121조의2제6항 본문 및 단서·제7항·제8항 본문, 제121조의5제5항제2호, 제121조의6제2항, 제121조의7 및 제142조제1항·제2항·제3항·제4항 중 "재정경제부장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
제121조의17제3항 및 제121조의19제3항 중 "행정자치부장관"을 각각 "행정안전부장관"으로 한다.
<53> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.3.21 제8966호(임대주택법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제11조까지 생략
제12조(다른 법률의 개정) ① 부터 ③ 까지 생략
④ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제119조제6항제4호, 같은 조 제7항 및 제120조제4항제4호 중 "제12조의2제1항 단서"를 각각 "제17조제1항제2호"로 한다.
제13조 생략

부칙 [2008.3.28 제8986호]
①(시행일) 이 법은 2008년 5월 1일부터 시행한다. 다만, 제111조의2제3항 및 제111조의3제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
②(경형자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급에 관한 적용례) 제111조의2의 개정규정 중 경형자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급에 관한 부분은 이 법 시행 후 최초로 환급대상자가 환급용 유류구매카드를 통하여 구매하는 분부터 적용한다.
③(택시에 공급하는 부탄의 개별소비세 면제에 관한 적용례) 제111조의3의 개정규정 중 택시에 공급하는 부탄의 개별소비세 면제에 관한 부분은 이 법 시행 후 최초로 택시운송사업자가 택시면세유류구매카드를 통하여 구매하는 분부터 적용한다.

부칙 [2008.6.5 제9088호(과학기술기본법)]
①(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
②생략
③(다른 법률의 개정) 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다. 제73조제1항제8호라목 중 “한국과학문화재단”을 “한국과학 창의재단”으로 한다.

부칙 [2008.9.26 제9131호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제111조의2제2항 및 제112조의 개정규정은 2008년 10월 1일부터 시행한다.
제2조(기업의 어음제도개선을 위한 세액공제에 관한 적용례) 제7조의 2제2항제1호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 결제ㆍ사용 또는 이용하는 분부터 적용한다.
제3조(상생협력 중소기업으로부터 받은 수입배당금의 익금불산입에 관한 적용례) 제8조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출자하여 받는 수입배당금액부터 적용한다.
제4조(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제11조제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 투자하는 분부터 적용한다.
제5조(에너지절약시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다.
제6조(정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제에 관한 적용례) 제30조의2의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 전환하는 분부터 적용한다.
제7조(서비스업 등에 대한 종합부동산세 과세특례에 관한 적용례) 제104조의12제2항제3호의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 연도에 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제8조(금융기관의 휴면예금 출연 시 손금산입 특례에 관한 적용례) 제104조의17의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 출연하는 분부터 적용한다.
제9조(경형자동차 및 소형 화물자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급에 관한 적용례) 제111조의2의 개정규정중 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급에 관한 부분은 이 법 시행 후 최초로 환급대상자가 환급용 유류구매카드를 통하여 구매하는 분부터 적용한다.
제10조(수도권 밖 소재 회원제 골프장 입장행위에 대한 개별소비세 면제에 관한 적용례) 제112조의 개정규정은 2008년 10월 1일 이후 골프장에 입장하는 분부터 적용한다.
제11조(에너지절약시설투자에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 투자가 진행 중에 있는 것으로서 이 법 시행 후 투자분에 대하여는 제25조의2제1항의 개정규정에도 불구하고 2009년 12월 31일까지 투자금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다.
제12조(다른 법률의 개정) 국세기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항 단서 중 "제3절(「조세특례제한법」 제100조의10의 규정에 따른 가산세에 한한다)"를 "제3절(「조세특례제한법」 제100조의10 및 같은 법 제100조의34에 따른 가산세에 한한다)"로한다.

부칙 [2008.12.26 제9272호]
제1조(시행일) 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제85조의3, 제89조의2, 제91조의9, 제91조의10, 제100조의3, 제100조의5, 제100조의6, 제100조의11, 제132조, 제133조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제74조제3항, 제87조의5제3항ㆍ제4항, 제88조의4제3항ㆍ제6항, 제89조제1항제1호, 제91조제1항 각 호 외의 부분(주식보유기간에 관한 개정부분은 제외한다), 같은 조 제3항 및 제5항부터 제7항까지, 제91조의2, 제91조의4제2항ㆍ제3항, 제91조의6, 제91조의8, 제100조의15, 제106조의3제1항제3호ㆍ제4항제2호ㆍ제7항, 제117조제1항제3호부터 제6호까지, 같은 항 제10호ㆍ제18호, 제119조제6항ㆍ제7항, 제120조제4항제2호 및 제121조의5제5항제3호의 개정규정은 2009년 2월 4일부터 시행한다.
제2조(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」의 시행일에 따른 특례) 제91조의9제1항제1호의 개정규정 중 “「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장”은 2009년 2월 3일까지는 “「증권거래법」에 따른 유가증권시장 또는 코스닥시장”으로 보고, 제91조의9제1항제1호 및 제91조의10제1항제1호의 개정규정 중 “「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자회사 또는 투자신탁(같은 법 제251조에 따른 보험회사의 특별계정은 제외한다)”은 2009년 2월 3일까지는 각각 “「간접투자자산운용업법」에 따른 투자회사 또는 투자신탁(같은 법 제135조에 따른 보험회사의 특별계정은 제외한다)”으로 보며, 제91조의10제1항제1호의 개정규정 중 “주식 또는 수익증권 취득(같은 법 제9조제7항 및 제9항에 따른 모집 또는 매출의 방법으로 발행한 주식 또는 수익증권의 취득에 한한다)”은 2009년 2월 3일까지는 “주식 또는 수익증권 취득(「증권거래법」제2조제3항 및 제4항에 따른 모집 또는 매출의 방법으로 발행한 주식 또는 수익증권의 취득에 한한다)”으로 본다.
제3조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
⑤ 이 법 중 개별소비세, 교통ㆍ환경ㆍ에너지세, 교육세 및 주행세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑥ 이 법 중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
⑦ 이 법 중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득 또는 등기하는 분부터 적용한다.
⑧ 이 법 중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑨ 이 법 중 제10절의3의 동업기업과세특례에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 동업기업과세특례를 적용받는 분부터 적용한다.
제4조(창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제6조제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 창업하는 분부터 적용한다.
제5조(중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세에 관한 적용례) 제13조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출자하는 분부터 적용한다.
제6조(구조조정대상기업에의 출자에 대한 과세특례에 관한 특례) 종전의 제14조제2항의 기관투자자가 2009년 5월 7일 이전에 「산업발전법」 제15조에 따른 기업구조조정조합을 통하여 같은 법 제14조제4항에 따른 구조조정대상기업에 출자함으로써 취득하는 주식 또는 출자지분에 대하여는 해당 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생하는 양도차익에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
제7조(중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제16조의 개정규정은 이 법 시행 후 출자 또는 투자하는 분부터 적용한다.
제8조(환경보전시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제9조(주식의 현물출자 또는 교환ㆍ이전에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제38조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자등을 하는 분부터 적용한다.
제10조(기업구조조정전문회사 등에 대한 과세특례에 관한 특례) 제55조제1항의 개정규정에도 불구하고 기업구조조정전문회사가 직접 또는 기업구조조정조합을 통하여 구조조정대상기업에게 2009년 5월 7일 이전에 출자함으로써 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우에는 해당 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생하는 양도차익에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 종전의 제55조제2항을 준용한다.
제11조(기업도시개발사업구역 내 토지 현물출자 등에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제85조의3의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 사업연도에 출자하는 분부터 적용한다.
제12조(선박투자회사의 주주에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제87조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지급받는 배당소득분부터 적용한다.
제13조(노인ㆍ장애인등의 생계형저축에 대한 비과세등에 관한 적용례)제88조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 가입하거나 계약기간을 연장하는 분부터 적용한다.
제14조(세금우대종합저축에 대한 과세특례에 관한 적용례 등) 제89조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 가입하거나 계약기간을 연장하는 분부터 적용한다. 다만, 이 법 시행 전에 종전의 제89조제1항에 따라 가입한 세금우대종합저축으로서 계약기간의 만료일이 없는 저축의 이자소득 및 배당소득에 대하여는 제89조제1항의 개정규정에도 불구하고 2011년 12월 31일까지 종전의 규정에 따른다.
제15조(세금우대자료의 제출 등에 관한 적용례) 제89조의2의 개정규정은 2008년 10월 20일 이후 최초로 가입한 저축분부터 적용한다.
제16조(조합 등 예탁금에 대한 저율과세 등에 관한 적용례) 제89조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제17조(장기보유주식의 배당소득에 대한 소득세비과세 및 원천징수특례에 관한 적용례) 제91조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지급받는 배당소득분부터 적용한다.
제18조(사회기반시설투융자회사 주식의 배당소득에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 지급받는 배당소득분부터 적용한다.
제19조(장기주식형저축에 대한 소득공제 등에 관한 적용례) 제91조의9 의 개정규정은 2008년 10월 20일 이후 최초로 가입한 저축분부터 적용한다.
제20조(장기회사채형저축에 대한 비과세에 관한 적용례) 제91조의10의 개정규정은 2008년 10월 20일 이후 최초로 가입한 저축분부터 적용한다.
제21조(지방 미분양주택에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제98조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제22조(농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제99조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 농어촌주택 또는 고향주택을 취득하는 분부터 적용한다.
제23조(근로장려금의 신청자격 등에 관한 적용례) 제100조의3,제100조의5, 제100조의6 및 제100조의11의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 귀속되는 소득분부터 적용한다.
제24조(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의19의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제25조(농ㆍ어업용 면세유에 대한 부가가치세 등의 추징에 관한 적용례) 제106조의2제12항제3호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 감면세액을 환급신청하는 분부터 적용한다.
제26조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 조세감면을 신청하는 분부터 적용한다.
제27조(수도권과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면배제에 관한 적용례) 제130조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제28조(최저한세에 관한 특례) ① 이 법 시행일이 속하는 사업연도는 제132조제1항의 개정규정에도 불구하고 같은 규정 중 “100분의 13(과세표준이 1천억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7)”은 “100분의 15(과세표준이 1천억원 이하 부분은 100분의 13, 중소기업의 경우에는 100분의 8)”로 한다.
② 이 법 시행 후 1년이 지난 날이 속하는 사업연도는 제132조제1항의 개정규정에도 불구하고 같은 규정 중 “100분의 13(과세표준이 1천억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7)”은 “100분의 14(과세표준이 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 중소기업의 경우에는 100분의 8)”로 한다.
③ 2009년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 「법인세법」 제63조제1항에 따른 중간예납세액을 계산할 때 해당 사업연도의 직전사업연도의 최저한세는 제2항에 따른 율을 적용하여 계산하고, 2010년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 「법인세법」 제63조제1항에 따른 중간예납세액을 계산할 때에는 해당 사업연도의 직전사업연도의 최저한세는 제132조제1항의 개정규정을 적용하여 계산한다.
제29조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도에 관한 적용례) 제133조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제30조(비거주자등의 보세구역 물류시설의 재고자산 판매이익에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제141조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 소득을 지급하는 분부터 적용한다.
제31조(중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제14조제2항에 따라 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분의 양도에 관하여는 제14조제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제32조(국제선박 양도차익의 손금산입에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제23조제1항에 따라 선박을 양도함으로써 발생한 양도차익의 과세이연에 관하여는 제23조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제33조(양도소득세 등의 감면 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제33조에 따라 사업전환 중소기업이 전환전사업용고정자산을 양도한 경우에 양도소득세에 관한 감면ㆍ과세이연 및 추징 등에 관하여는 종전의 규정에 따른다.
제34조(현물출자에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제38조제1항에 따라 자산을 현물출자함으로써 발생한 양도차익의 과세이연에 관하여는 제38조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제35조(기업구조조정의 지원을 위하여 취득한 토지 등의 양도차익에 대한 법인세 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제43조의2제1항에 따라 토지등을 양도함으로써 발생한 양도차익의 익금산입에 관하여는 제43조의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제36조(기업 간 주식교환에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제46조제1항에 따라 주식을 양도함으로써 발생하는 양도차익의 과세이연에 관하여는 제46조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제37조(신설법인 등의 주식교환에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제47조에 따라 주식을 교환하는 경우 현물출자 또는 물적분할 당시 자산의 양도차익에 상당하는 금액의 과세이연에 관하여는 제47조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제38조(금융지주회사의 설립 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제52조의2에 따라 주식을 교환하거나 이전함으로써 발생한 양도차익의 과세이연에 관하여는 제52조의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제39조(기업구조조정증권투자회사 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 종전의 제54조제4항의 기업구조조정증권투자회사가 이 법 시행 전에 개시하는 사업연도의 소득에 대한 법인세를 계산할 때 해당 사업연도의 배당에 관하여는 제54조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제40조(기업구조조정전문회사 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제55조제1항에 따라 구조조정대상기업에게 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분의 양도에 관하여는 제55조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제41조(영유아용 기저귀와 분유에 대한 부가가치세 면제에 따른 경과조치) 제106조제1항제11호의 개정규정에 의하여 부가가치세 면세사업자로 전환되거나 면세사업이 추가되는 사업자가 이 법 시행 전에 취득한 재화를 부가가치세가 면제되는 사업을 위하여 직접 사용하는 경우에는 「부가가치세법」 제6조제2항 및 제17조제5항을 적용하지 아니한다.

부칙 [2008.12.29 제9276호(한국농어촌공사 및 농지관리기금법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑬ 까지 생략
⑭ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제43조의2제1항 각 호 외의 부분 전단 중 “「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다)”를 “「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다)”로 하고, 같은 조 제2항 및 제3항 중 “한국농촌공사”를 각각 “한국농어촌공사”로 한다.
제69조제1항 본문 중 “「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사”를 “「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사”로, “한국농촌공사”를 “한국농어촌공사”로 한다.
제116조제1항제7호 중 “「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 의하여”를 “「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따라”로 한다.
⑮ 생략
제5조 생략

부칙[2009.1.30 제9346호(교통·에너지·환경세법)]
제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다. [개정 2009.12.31 제9901호(교통·에너지·환경세법), 2013.1.1 제11603호(교통·에너지·환경세법), 2015.12.15 제13550호(교통·에너지·환경세법), 2018.12.31 제16096호(교통·에너지·환경세법)]
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑧ 까지 생략
⑨ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항제10호를 삭제한다.
제111조의 제목 “(석유류에 대한 개별소비세 또는 교통ㆍ에너지ㆍ환경세의 면제)”를 “(석유류에 대한 개별소비세의 면제)”로 하고, 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 전단 중 “개별소비세 또는 교통ㆍ에너지ㆍ환경세”를 “개별소비세”로 하며, 같은 조 제2항 중 “교통ㆍ에너지ㆍ환경세”를 “개별소비세”로 한다.
제111조의2의 제목, 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 및 같은 조 제2항 각 호 외의 부분 본문 중 “교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세”를 각각 “개별소비세”로 하고, 같은 조 제3항제1호 중 “「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」 제2조제1항”을 “「개별소비세법」 제1조제2항제4호가목 및 나목”으로, “교통ㆍ에너지ㆍ환경세”를 “개별소비세”로 하며, 같은 조 제4항 중 “교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세”를 “개별소비세”로 한다.
제113조의 제목 “(개별소비세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세의 감면절차 등)”을 “(개별소비세의 감면절차 등)”으로 하고, 같은 조 제2항 중 “개별소비세 또는 교통ㆍ에너지ㆍ환경세”를 “개별소비세”로 하며, 같은 조 제3항 중 “개별소비세 또는 교통ㆍ에너지ㆍ환경세”를 “개별소비세”로, “「개별소비세법」 또는 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」”을 “「개별소비세법」”으로 한다.
제140조제2항제2호 중 “부가가치세ㆍ개별소비세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세”를 “부가가치세 및 개별소비세”로 하고, 같은 항 제3호 중 “개별소비세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세”를 “개별소비세”로 하며, 같은 조 제3항 중 “부가가치세ㆍ개별소비세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세”를 “부가가치세 및 개별소비세”로 한다.
⑩ 및 ⑪ 생략

부 칙[2009.1.30 제9353호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(아시아문화중심도시 투자진흥지구 안 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의20의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 입주하는 기업(이 법 시행 전에 아시아문화중심도시의 투자진흥지구 안에 소재하는 기업이 이 법 시행일부터 2012년 12월 31일까지의 기간에 증자 또는 출자하는 경우에는 그 증자 또는 출자분을 포함한다)부터 적용한다.

부 칙[2009.1.30 제9366호(경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제7조까지 생략
제8조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑦ 까지 생략
⑧ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제85조의4제1항 중 “「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률」”을 “「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」”으로 한다.
제121조의2제1항제2호가목 중 “「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률」”을 “「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」”으로 하고, 같은 항 제2호의2 및 제2호의3 중 “경제자유구역의지정및운영에관한법률”을 각각 “「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」”으로 한다.
⑨ 부터 ⑭ 까지 생략
제9조 생략

부 칙[2009.1.30 제9370호(석유 및 석유대체연료 사업법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제111조제2항 중 “「석유 및 석유대체연료 사업법」 제29조제5호”를 “「석유 및 석유대체연료 사업법」 제29조제2항제6호”로 한다.

부 칙[2009.1.30 제9374호(외국인투자 촉진법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법률의 개정) ① 부터 ③ 까지 생략
④ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제121조의2제9항 중 “외국인투자촉진법 제2조제1항제7호사목”을 “「외국인투자 촉진법」 제2조제1항제8호사목”으로 한다.
제121조의3제1항 각 호 외의 부분 중 “외국인투자촉진법 제2조제1항제8호의 규정에 의한”을 “「외국인투자 촉진법」 제2조제1항제9호에 따른”으로 하고, 같은 항 제2호 중 “외국인투자촉진법 제2조제1항제7호”를 “「외국인투자 촉진법」 제2조제1항제8호”로 한다.
제121조의5제1항제3호 중 “외국인투자촉진법 제28조제4항의 규정에 의한 시정명령”을 “「외국인투자 촉진법」 제28조제5항에 따른 시정명령”으로 한다.
제121조의11제1항 본문 중 “「외국인투자촉진법」 제2조제1항제8호”를 “「외국인투자 촉진법」 제2조제1항제9호”로 한다.

부 칙[2009.2.6 제9432호(식품위생법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <20> 까지 생략
<21> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조제1항제8호 중 "식품위생법 제32조의2의 규정에 의하여"를 "「식품위생법」 제48조에 따라"로 한다.
<22> 부터 <30> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.3.25 제9512호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(고용유지기업에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제30조의3의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제3조(개발제한구역 지정에 따른 매수대상 토지등에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제77조의3의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제4조(미분양주택 투자신탁 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의11의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 지급받는 분부터 적용한다.
제5조(퇴직소득에 대한 세액공제 특례에 관한 적용례) 제96조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 소득분부터 적용한다.
제6조(지방 미분양주택 취득에 대한 양도소득세 등 과세특례에 관한 적용례) 제98조의2제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제7조(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 적용례) 제98조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제8조(금융기관의 부실채권정리기금 반환금 출자 시 손금산입 특례에 관한 적용례) 제104조의11의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 신고하는 사업연도분부터 적용한다.
제9조(퇴직소득에 대한 세액공제 특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 퇴직함에 따라 종전의 규정을 적용하여 거주자의 2009연도분 퇴직소득세액이 원천징수된 경우로서 그 원천징수된 세액이 이 법의 개정규정에 따라 납부할 세액을 초과하는 경우에는 「소득세법」 제71조에 따른 퇴직소득 과세표준확정신고에 따라 초과납부한 세액을 환급받을 수 있다.

부 칙[2009.4.1 제9584호(산업발전법)]
제1조(시행일) 이 법은 2009년 5월 8일부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑦ 까지 생략
⑧ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제14조제4항제3호를 다음과 같이 한다.
3. 「산업발전법」(법률 제9584호 산업발전법 전부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제15조에 따라 등록된 기업구조조정조합이 같은 법 제14조제4항에 따른 구조조정대상기업에 출자하여 얻는 배당소득
제119조제1항제29호 중 “기업구조조정전문회사 또는 기업구조조정조합”을 “「산업발전법」(법률 제9584호 산업발전법 전부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제15조에 따라 등록된 기업구조조정조합”으로, “「산업발전법」 제14조제4항의 규정에 따른 구조조정대상기업”을 “같은 법 제14조제4항에 따른 구조조정대상기업”으로 한다.
⑨ 부터 ⑪ 까지 생략
제6조 생략

부 칙[2009.4.1 제9620호(농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑩ 까지 생략
⑪ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제66조제1항 중 “「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」”을 “「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」”로 한다.
제67조제1항 중 “「수산업법」”을 “「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」”로 한다.
제68조제1항 중 “「농업ㆍ농촌기본법」”을 “「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」”로 한다.
⑫ 부터 ⑭ 까지 생략
제6조 생략

부 칙[2009.5.21 제9671호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(임시투자세액공제에 관한 적용례) 제26조제1항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 제26조제1항제1호의 개정규정은 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시되어 이 법 시행일 현재 투자가 진행 중에 있는 것에 대하여는 이 법 시행일 이후 투자분에 대하여도 적용한다.
제3조(고용유지중소기업 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제30조의3제3항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제4조(기업의 금융채무 상환을 위한 자산매각에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제34조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제5조(채무의 인수ㆍ변제에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제39조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 인수ㆍ변제하는 분부터 적용한다.
제6조(주주등의 자산양도에 관한 법인세 등 과세특례에 관한 적용례) 제40조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 증여받거나 양도하는 분부터 적용한다.
제7조(재무구조개선계획 등에 따른 기업의 채무면제익에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제44조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 면제받는 분부터 적용한다.
제8조(감자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제45조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 증여받아 소각하는 분부터 적용한다.
제9조(기업 간 주식등의 교환에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제46조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제10조(구조개선적립금에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제48조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 적립하는 분부터 적용한다.
제11조(조합법인 등에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제72조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제12조(기부금의 과세특례에 관한 적용례) 제73조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제13조(미분양주택 투자신탁 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의11의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지급받는 분부터 적용한다.
제14조(재외동포전용 투자신탁등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의12의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지급받는 분부터 적용한다.
제15조(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 적용례) 제98조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제16조(비거주자의 주택취득에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 적용례) 제98조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제17조(자본확충목적회사에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 손실보전준비금을 손금으로 계상한 분부터 적용한다.
제18조(산업단지 개발사업 시행에 따른 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제104조의20의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제19조(노후자동차 교체에 대한 개별소비세 감면에 관한 적용례) 제109조의2의 개정규정은 2009년 5월 1일부터 2009년 12월 31일까지 제조장에서 반출하거나 수입신고하는 분에 한정하여 적용한다.
제20조(증권거래세의 면제에 관한 적용례) 제117조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제21조(노후자동차 교체에 대한 취득세 및 등록세 감면에 관한 적용례) 제120조의2의 개정규정은 2009년 5월 1일부터 2009년 12월 31일까지 취득하여 등록하는 분에 한정하여 적용한다.
제22조(노후자동차 교체에 대한 개별소비세 감면 등에 관한 경과조치) 부칙 제19조에도 불구하고 2009년 4월 30일 이전에 제조장 또는 보세구역으로부터 반출되어 개별소비세가 납부되었거나 납부될 승용자동차를 2009년 4월 30일 현재 보유하고 있는 제조업자, 도ㆍ소매업자 또는 수입업자 등 사업자에 대하여는 해당 승용자동차에 대한 판매확인서, 재고물품확인서, 환급신청서 등 국세청장 또는 관세청장이 정하는 증거서류를 첨부하여 관할세무서장 또는 관할세관장의 확인을 받으면 해당 승용자동차는 2009년 5월 1일 이후에 제조장 또는 보세구역으로부터 반출된 것으로 보아 제109조의2에 따라 감면, 환급 또는 공제받을 수 있다.

부 칙[2009.5.22 제9705호(국가정보화 기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, ... <생략> ... 및 부칙 제6조제12항 중 제73조제1항제5호사목의 개정부분은 공포한 날부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑪ 까지 생략
⑫ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제3호 중 “「정보화촉진기본법」 제2조제4호”를 “「국가정보화 기본법」 제3조제6호”로 한다.
제73조제1항제5호사목을 다음과 같이 한다.
사. 「국가정보화 기본법」 제14조에 따른 한국정보화진흥원(같은 조 제3항제7호부터 제9호까지의 사업에 지출하는 기부금과 같은 항 제10호 및 제11호의 사업 중 정보문화 및 정보격차의 해소를 위한 사업에 지출하는 기부금만 해당한다)
제7조 생략

부 칙[2009.5.22 제9708호(정보통신산업 진흥법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑬ 까지 생략
⑭ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조의2 각 호 외의 부분 중 “「정보화촉진기본법」 제34조제2항의 규정”을 “「정보통신산업 진흥법」 제44조제1항”으로 한다.
⑮ 생략
제11조 및 제12조 생략

부 칙[2009.6.9 제9763호(산림보호법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 9개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법률의 개정) ① 부터 <42> 까지 생략
<43> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제71조제1항제1호다목 본문 중 “보안림ㆍ채종림 및 산림유전자원보호림”을 “채종림, 「산림보호법」 제7조에 따른 산림보호구역”으로 한다.
제102조제1항 중 “채종림ㆍ보안림 및 산림유전자원보호림”을 “채종림, 「산림보호법」 제7조에 따른 산림보호구역”으로 한다.
<44> 부터 <61> 까지 생략
제8조 생략

부 칙[2010.1.1 제9921호]
제1조(시행일) 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제37조, 제38조, 제38조의2제2항 각 호 외의 부분(“「법인세법」 제46조제2항”의 개정부분만 해당한다), 제46조제4항, 제47조의3(“2012년 12월 31일”의 개정부분은 제외한다), 제117조제1항제14호, 제119조제1항제7호ㆍ제10호ㆍ제30호, 제120조제1항제6호ㆍ제9호ㆍ제26호 및 같은 조 제6항제13호의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행하고, 제111조, 제111조의2, 제113조 및 제140조의 개정규정 중 교통·에너지·환경세의 폐지와 관련된 부분은 법률 제9346호 교통·에너지·환경세법 폐지법률의 시행일부터 시행한다. [개정 2010.3.12]
제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
⑤ 이 법 중 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 교육세 및 주행세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 특정한 장소에 입장하거나 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑥ 이 법 중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
⑦ 이 법 중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득 또는 등기하는 분부터 적용한다.
⑧ 이 법 중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조(중소기업투자세액공제에 관한 적용례) 제5조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 투자하는 분부터 적용한다.
제4조(중소기업 정보화지원사업에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제5조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 출연금 등을 지급받는 분부터 적용한다.
제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) ① 제6조제1항 및 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 창업, 지정 또는 확인받는 분부터 적용한다.
② 제6조제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 에너지신기술중소기업에 해당하는 분부터 적용한다.
제6조(기업의 어음제도개선을 위한 세액공제에 관한 적용례) 제7조의2의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 지급하는 분부터 적용한다.
제7조(중소기업지원설비에 대한 손금산입의 특례 등에 관한 적용례) 제8조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 기증하거나 양도하는 분부터 적용한다.
제8조(연구개발 관련 출연금등의 과세특례에 관한 적용례) 제10조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 연구개발출연금등을 지급받는 분부터 적용한다.
제9조(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제11조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 투자하는 분부터 적용한다.
제10조(기술취득금액에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제12조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 취득하는 분부터 적용한다.
제11조(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제12조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 지정을 받거나 설립한 기업부터 적용한다.
제12조(중소기업창업투자회사등의 주식양도차익등에 대한 비과세에 관한 적용례) 제13조제1항 및 제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 주식이나 출자지분 또는 지급받는 배당소득부터 적용한다.
제13조(외국인기술자에 대한 소득세의 감면에 관한 적용례) 제18조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 기술도입계약을 체결하여 근로를 제공하는 분부터 적용한다.
제14조(해외자원개발투자 배당소득에 대한 법인세의 면제에 관한 적용례) 제22조제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 배당받는 분부터 적용한다.
제15조(생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제24조제1항 및 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 투자하거나 이용하는 분부터 적용한다.
제16조(안전설비투자 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 투자하는 분부터 적용한다.
제17조(에너지절약시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의2제1항 본문의 개정규정은 이 법 시행 후 투자하는 분부터 적용한다.
제18조(환경보전시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 투자하는 분부터 적용한다.
제19조(의약품 품질관리 개선시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의4제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 투자하는 분부터 적용한다.
제20조(사회기반시설채권의 이자소득에 대한 분리과세에 관한 적용례) 제29조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 발행하는 분부터 적용한다.
제21조(자산의 포괄적 양도에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제37조의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 같은 규정의 시행일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제22조(주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제38조의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 같은 규정의 시행일 이후 최초로 주식의 포괄적 교환ㆍ이전을 하는 분부터 적용한다.
제23조(주식의 현물출자 또는 교환ㆍ이전에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제38조의2의 개정규정 중 제2항 각 호 외의 부분(“「법인세법」 제46조제2항”의 개정부분만 해당한다)을 제외한 부분은 2010년 1월 1일 이후 최초로 신고하는 과세연도 분부터 적용하고, 같은 조의 개정규정 중 제2항 각 호 외의 부분(“「법인세법」 제46조제2항”의 개정부분만 해당한다)은 2010년 7월 1일 이후 최초로 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 분부터 적용한다.
제24조(공공기관의 구조개편을 위한 분할에 대한 과세특례에 관한 적용례) ① 제45조2의 개정규정은 2009년 6월 1일 이후 최초로 분할하는 분부터 적용한다.
② 제119조제1항제31호 및 제32호의 개정규정은 2009년 6월 1일 이후 최초로 등기하는 분부터 적용한다.
제25조(기업 간 주식등의 교환에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제46조제4항의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 같은 규정의 시행일 이후 최초로 주식등을 교환하는 분부터 적용한다.
제26조(벤처기업의 합병시 이월결손금의 승계에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제47조의3의 개정규정 중 “2012년 12월 31일”의 개정부분을 제외한 부분은 2010년 7월 1일 이후 최초로 합병하는 분부터 적용하고, 같은 조의 개정규정 중 “2012년 12월 31일”의 개정부분은 2010년 1월 1일 이후 최초로 합병하는 분부터 적용한다.
제27조(수도권 과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제63조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공장시설을 이전하는 분부터 적용한다.
제28조(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면에 관한 적용례) 제63조의2제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공장 또는 본사를 이전하는 분부터 적용한다.
제29조(농공단지입주기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제64조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 입주하는 기업부터 적용한다.
제30조(영농조합법인등에 대한 법인세의 면제등에 관한 적용례) 제66조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제31조(영어조합법인등에 대한 법인세의 면제등에 관한 적용례) 제67조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제32조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제등에 관한 적용례) 제68조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제33조(기부금의 과세특례에 관한 적용례) ① 제73조제1항제16호 및 제17호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 신고하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 제73조제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.
제34조(고유목적사업준비금의 손금산입특례에 관한 적용례) 제74조제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제35조(공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제77조 및 제133조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제36조(행정중심복합도시ㆍ혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방 이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제85조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제37조(기업도시개발사업구역 등 안에 소재하는 토지의 현물출자 등에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제85조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자하는 토지 또는 취득하는 주식부터 적용한다.
제38조(경제자유구역 개발사업을 위한 토지 현물출자에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제85조의4제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자하는 분부터 적용한다.
제39조(사회적기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제85조의6제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 소득분부터 적용한다.
제40조(공익사업을 위한 수용 등에 따른 공장이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제85조의7제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제41조(장기주택마련저축 등에 대한 비과세 등에 관한 적용례) ① 제87조제2항의 개정규정 중 청약저축과 관련한 부분은 2010년 1월 1일 이후 납입하는 분부터 적용하고, 주택청약종합저축과 관련한 부분은 2009년 5월 6일 이후 납입하는 분부터 적용한다.
② 제87조제3항 및 제6항부터 제10항까지의 개정규정은 2009년 5월 6일 이후 납입하는 분부터 적용한다.
제42조(녹색저축에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의13의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 가입하거나 매입하는 분부터 적용한다.
제43조(근로자복지증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제94조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 취득하는 분부터 적용한다.
제44조(영세개인사업자의 결손처분세액 납부의무 소멸특례에 관한 적용례) 제99조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 신청하는 분부터 적용한다.
제45조 삭제 [2011.12.31]
제46조(동업기업 소득금액 등의 계산 및 배분에 관한 적용례) 제100조의18제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 신고하는 과세연도 분부터 적용한다.
제47조(산림개발소득에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제102조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제48조(간접외국납부세액에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의6 제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 배당받거나 분배받는 분부터 적용한다.
제49조(전자신고에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의8제2항과 제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 전자신고하는 분부터 적용한다.
제50조(여수세계박람회 참가준비금의 손금산입에 대한 적용례) 제104조의9의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 참가준비금을 손금으로 계상하는 분부터 적용한다.
제51조(신용회복목적회사에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의12의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 신고하는 사업연도 분부터 적용한다.
제52조(제3자물류비용에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의14의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 신고하는 과세연도 분부터 적용한다.
제53조(해외자원개발투자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의15의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제54조(대한주택공사 및 한국토지공사의 합병에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제104조의21의 개정규정은 「한국토지주택공사법」 부칙 제3조제3항에 따른 설립등기일이 속하는 사업연도부터 적용한다.
제55조(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례에 관한 적용례) 제108조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.
제56조(등록세의 면제 등에 관한 적용례) ① 제119조제1항제7호 단서 및 제10호 단서의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 같은 규정의 시행 후 최초로 분할 또는 현물출자를 하고 해당 분할 또는 현물출자에 대한 추징사유가 발생하는 분부터 적용하고, 제119조제1항제19호의 개정규정은 법률 제9272호 조세특례제한법 일부개정법률의 시행 후 등기하는 분부터 적용한다. [개정 2010.3.12]
② 제119조제3항제3호의 개정규정은 이 법 시행 당시 벤처기업으로 확인받고 1년이 지나지 아니한 중소기업부터 적용한다.
제57조(취득세의 면제 등에 관한 적용례) 제120조제1항제6호 단서 및 제9호 단서의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 같은 규정의 시행 후 최초로 분할 또는 현물출자를 하고 해당 분할 또는 현물출자에 대한 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다. [개정 2010.3.12]
제58조(외국인투자에 대한 감면세액 추징에 관한 적용례) 제121조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제59조(제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의8제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 입주하는 기업부터 적용한다.
제60조(제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의9제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 입주하는 기업부터 적용한다.
제61조(기업도시개발구역 등 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의17의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 창업하거나 사업장을 신설하는 기업(개발사업시행자는 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분)부터 적용한다.
제62조(감면세액의 추징 등에 관한 적용례) 제121조의19의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 창업하거나 사업장을 신설하는 기업(개발사업시행자는 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분)부터 적용한다.
제63조(수입금액의 증가등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제122조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제64조(성실사업자에 대한 의료비등 공제에 관한 적용례) 제122조의3제1항제4호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 과세표준 확정신고를 하는 분부터 적용한다.
제65조(신용카드등사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제126조의2의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 신용카드등 사용금액 연간 합계액의 계산분부터 적용한다.
제66조(매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례에 관한 적용례) 제126조의4제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 「부가가치세법」 제16조에 따라 공급자가 세금계산서를 최초로 교부하여야 하는 분부터 적용한다.
제67조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치에 관한 적용례) 법률 제6762호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제29조의 개정규정은 이 법 시행 후 신고ㆍ결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.
제68조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제에 관한 특례) 2010년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 「법인세법」 제63조제1항에 따른 중간예납세액을 계산할 때에는 해당 사업연도의 직전 사업연도의 최저한세액은 제132조제1항의 개정규정을 적용하여 계산한다. 이 경우 「법인세법」 제63조제1항제1호에 따른 감면된 법인세액은 제132조제1항의 개정규정을 적용하여 계산한 금액으로 한다.
제69조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 이 법 시행 직전일이 속하는 과세연도에 발생하는 연구ㆍ인력개발비에 대해서는 제10조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제70조(외국인기술자에 대한 소득세의 면제에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 국내에서 최초로 근로를 제공하거나 신고된 기술도입계약에 따라 근로를 제공하는 외국인기술자에 대해서는 제18조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제71조(수도권 과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 공장시설을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 중소기업에 대해서는 제63조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제72조(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 공장 또는 본사를 수도권 밖으로 이전한 법인에 대해서는 제63조의2제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제73조(장기주택마련저축에 대한 비과세 등에 관한 경과조치) ① 2009년 12월 31일까지 가입한 청약저축 및 법률 제7030호 한국주택금융공사법 부칙 제2조에 따라 폐지된 「근로자의 주거안정과 목돈마련지원에 관한 법률」에 따른 근로자주택마련저축에 납입한 금액에 대해서는 제87조제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.[개정 2010.12.27][[시행일 2011.1.1]]
② 이 법 시행 전에 종전의 제87조제1항에 따라 장기주택마련저축에 가입한 사람이 2009년 12월 31일까지 해당 저축에 납입한 금액에 대해서는 제87조제2항 및 제6항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르고, 2010년 1월 1일부터 2012년 12월 31일까지 해당 저축에 납입한 금액에 대해서는 해당 과세연도의 총급여액이 8천8백만원 이하인 사람에 대해서만 종전의 규정에 따른다.
제74조(집합투자기구 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치) ① 제91조의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 「간접투자자산 운용업법」(법률 제8635호로 폐지되기 전의 것을 말한다)에 따른 투자회사ㆍ사모투자전문회사에 대해서는 종전의 규정에 따른다. [개정 2011.12.31]
② 국외에서 발행되어 국외에서 거래되는 주식의 매매 또는 평가 손익으로서 이 법 시행 전에 발생한 손익에 대해서는 제91조의2제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
③ 종전의 제91조의2제2항에 따라 집합투자기구 등으로부터의 배당소득금액에 포함되지 않는 주식의 매매 또는 평가 손실은 2010년 1월 1일부터 2014년 12월 31일까지 발생한 이익(집합투자기구 등으로부터 받는 배당소득금액에 포함되는 이익만 해당한다)을 한도로 집합투자기구 등으로부터의 배당소득금액에서 차감한다.[개정 2010.12.27, 2011.12.31, 2013.1.1, 2014.1.1]
제75조(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 취득한 중고자동차에 대해서는 제108조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조제6항제3호 및 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. [개정 2014.12.23] [[시행일 2015.1.1]]
제77조(기술도입대가에 대한 조세면제 폐지에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 최초로 기술도입대가를 지급하기로 한 기술도입계약에 따라 지급하는 기술도입대가에 대해서는 제121조의6의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제78조(기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 2012년 12월 31일까지 기업도시개발구역(법률 제7310호 기업도시개발 특별법 부칙 제2조에 따라 시범사업으로 선정된 기업도시개발사업에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 입주하는 경우 또는 2013년 말까지 입주하기로 입주협약이나 양해각서를 체결한 기업(2013년에 입주협약이나 양해각서를 체결하는 경우는 수도권 기업에 한정한다)이 2015년 12월 31일까지 기업도시개발구역에 입주하는 경우 제121조의17의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따라 감면한다.[개정 2010.12.27, 2013.1.1, 2014.12.23] [[시행일 2015.1.1]]

부 칙[2010.1.1 제9924호(지방세법)]
제1조(시행일) 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑦ 까지 생략
⑧ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제66조제3항, 제67조제3항 및 제89조제1항 중 “주민세를”을 각각 “지방소득세 소득분을”로 한다.
제89조의3제1항 및 제2항 중 “주민세를”을 각각 “지방소득세 소득분을”로 한다.
제121조의16제1항 중 “사업소세를”을 “주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분을”로 한다.
제140조제2항제1호 중 “사업소세”를 “지방소득세”로 한다.
⑨ 생략

부 칙[2010.3.12 제10068호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제119조제1항제10호 및 제120조제1항제9호의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(장기미취업자의 중소기업 취업에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제30조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취업하여 지급받는 소득분부터 적용한다.
제3조(고용증대세액공제에 관한 적용례) 제30조의4의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제4조(감가상각비의 손금산입특례 규정 삭제에 따른 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제30조의 적용을 받고 있는 고정자산에 대하여는 해당 고정자산의 감가상각이 종료될 때까지 종전의 규정을 적용한다.
제5조(기부금의 과세특례에 관한 적용례) 제73조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.
제6조(부가가치세의 면제 등에 관한 적용례) 제106조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.
제7조(인지세의 면제에 관한 적용례) 제116조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
제8조(관세의 경감에 관한 적용례) 제118조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.

부 칙[2010.3.31 제10220호(지방세특례제한법)]
제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 부터 <34> 까지 생략
<35> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항제12호를 다음과 같이 한다.
12. 「지방세특례제한법」
<36> 부터 <45> 까지 생략
제5조 생략

부 칙[2010.3.31 제10221호(지방세법)]
제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑮ 까지 생략
<16> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제63조의2제6항 본문 및 같은 조 제9항 중 “「지방세법」 제182조제1항제3호가목”을 각각 “「지방세법」 제106조제1항제3호가목”으로 한다.
<17> 부터 <23> 까지 생략
제8조 생략

부 칙[2010.5.14 제10285호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(수도권 밖의 지역에 있는 미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 적용례) 제98조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 계약하는 분부터 적용한다.
제3조(대한주택공사 및 한국토지공사의 합병에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제104조의21제3항의 개정규정은 법률 제9706호 한국토지주택공사법 부칙 제3조제3항에 따른 설립등기일이 속하는 사업연도부터 적용한다.
제4조(일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감에 관한 적용례) 제106조의7의 개정규정은 2010년 7월 1일이 속하는 과세기간 경감 분부터 적용한다.
제5조(택시연료에 대한 개별소비세 등의 면제에 관한 적용례) 제111조의3의 개정규정은 2010년 5월 1일 이후 공급하는 분부터 적용한다.
제6조(금융중심지 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의21의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 창업하거나 사업장을 신설하는 분부터 적용한다.

부 칙[2010.5.25 제10310호(축산물위생관리법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제12조까지 생략
제13조(다른 법률의 개정) ① 부터 <21> 까지 생략
<22> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조제1항제8호 중 “「축산물가공처리법」”을 “「축산물위생관리법」”으로 한다.
<23> 부터 <28> 까지 생략
제14조 생략

부 칙[2010.6.4 제10339호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 부터 <65> 까지 생략
<66> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제30조제1항 각 호 외의 부분 중 “노동부장관”을 “고용노동부장관”으로 한다.
<67> 부터 <82> 까지 생략
제5조 생략

부 칙[2010.6.8 제10361호(근로복지기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑧ 까지 생략
⑨ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제73조제1항제3호 중 “「사내근로복지기금법」”을 “「근로복지기본법」”으로 한다.
제88조의4제1항 중 “「근로자복지기본법」”을 “「근로복지기본법」”으로, “자사주(自社株)”를 “우리사주”로 하고, 같은 조 제2항 “「근로자복지기본법」 제35조”를 “「근로복지기본법」 제36조”로, “자사주”를 “우리사주”로 하며, 같은 조 제3항 중 “「근로자복지기본법」 제33조”를 “「근로복지기본법」 제36조제1항”으로, “자사주”를 “우리사주”로 하고, 같은 조 제4항 전단 중 “자사주”를 “우리사주”로 하며, 같은 항 후단 중 “「근로자복지기본법」 제33조”를 “「근로복지기본법」 제37조”로, “자사주”를 “우리사주”로 하고, 같은 조 제5항 각 호 외의 부분 전단 중 “자사주”를 각각 “우리사주”로 하며, 같은 항 각 호 외의 부분 후단 중 “자사주”를 “우리사주”로 하고, 같은 항 제1호부터 제3호까지 중 “자사주”를 각각 “우리사주”로 하며, 같은 조 제6항 각 호 외의 부분 전단 중 “자사주”를 “우리사주”로 하고, 같은 항 각 호 외의 부분 후단 중 “자사주”를 “우리사주”로 하며, 같은 조 제7항 중 “자사주”를 “우리사주”로 하고, 같은 조 제8항 각 호 외의 부분 중 “자사주”를 “우리사주”로 하며, 같은 항 제2호 중 “자사주”를 “우리사주”로 하고, 같은 조 제9항제1호 중 “자사주”를 “우리사주”로 하며, 같은 항 제3호 중 “자사주”를 “우리사주”로 하고, 같은 조 제12항 중 “자사주”를 각각 “우리사주”로 하며, 같은 조 제14항 각 호 외의 부분 전단 중 “자사주”를 “우리사주”로 하고, 같은 항 제1호부터 제3호까지 중 “자사주”를 각각 “우리사주”로 한다.
제91조제3항제4호 중 “「근로자복지기본법」”을 “「근로복지기본법」”으로 한다.
⑩ 및 ⑪ 생략
제12조 생략

부 칙[2010.12.27 제10406호]
제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제104조의23의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제18조의2제4항ㆍ제5항의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제73조(제1항제14호의 개정규정은 제외한다), 제88조의4제13항, 제104조의16제4항제2호 및 제129조제1항의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
⑤ 이 법 중 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 교육세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세물품을 판매장에서 판매하거나 제조장 또는 보세구역으로부터 반출 또는 수입신고하는 분, 입장행위를 하는 분부터 적용한다.
⑥ 이 법 중 취득세 및 등록면허세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득 또는 등기하는 분부터 적용한다.
⑦ 이 법 중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑧ 이 법 중 재산세, 지역자원시설세 및 종합부동산세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
⑨ 이 법 중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
제3조(창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제6조제3항제19호 및 제23호부터 제26호까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 창업하거나 지정 또는 확인받는 분부터 적용한다.
제4조(기업의 어음제도개선을 위한 세액공제에 관한 적용례) 제7조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.
제5조(상생협력 중소기업으로부터 받은 수입배당금의 익금불산입에 관한 적용례) 제8조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출자하여 받는 수입배당금부터 적용한다.
제6조(대ㆍ중소기업 상생협력을 위한 기금 출연 시 세액공제에 관한 적용례) 제8조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출연하는 분부터 적용한다.
제7조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제10조제1항제3호나목의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업의 연구ㆍ인력개발비부터 적용한다.
제8조(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제12조의2제1항 및 제3항부터 제6항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 연구개발특구에 입주하는 기업부터 적용한다.
제9조(중소기업창업투자조합 출자 등에 관한 소득공제에 관한 적용례) 제16조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출자 또는 투자하는 분부터 적용한다.
제10조(외국인근로자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제18조의2제4항 및 제5항의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 제18조의2제4항 및 제5항의 개정규정 시행 후 최초로 지급하는 소득부터 적용한다.
제11조(에너지절약시설 투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의2제1항 본문의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제12조(환경보전시설 투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제13조(의약품 품질관리 개선시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의4제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제14조(고용창출투자세액공제에 관한 적용례) ① 제26조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
② 2011년 12월 31일까지의 투자분에 대하여는 종전의 제26조에 따른 임시투자 세액공제 및 제26조의 개정규정에 따른 고용창출투자세액공제를 동시에 적용할 수 있다. 이 경우 종전의 제26조제1항 중 “금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을”은 “금액에 100분의 4(수도권 밖의 투자 및 중소기업의 수도권과밀억제권역 밖의 투자에 대하여는 100분의 5로 한다)를”로 본다.
③ 제72조에 따른 조합법인 등에 대한 법인세 과세특례, 제127조에 따른 중복지원 배제, 제128조에 따른 추계과세 시 등의 감면배제, 제132조에 따른 최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제, 제144조에 따른 세액공제액의 이월공제, 제146조에 따른 감면세액의 추징 규정을 적용함에 있어서 제2항에 따른 임시투자 세액공제는 제26조의 개정규정에 따른 세액공제로 본다. 다만, 동일한 과세연도에 제2항에 따른 임시투자 세액공제와 제30조의4에 따른 고용증대세액공제는 동시에 적용할 수 있다.
제15조(사업전환 무역조정지원기업에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제33조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 사업전환하는 분부터 적용한다.
제16조(기업의 금융채무 상환을 위한 자산매각에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제34조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제17조(자산의 포괄적 양도 시 감면ㆍ세액공제 승계에 관한 적용례) 제37조제4항부터 제6항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제18조(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) ① 제38조의2제1항, 제2항, 제5항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자하거나 자기주식과 교환하는 분부터 적용한다. [개정 2015.12.15]
② 제38조의2제3항의 개정규정은 이 법 시행 전에 현물출자하거나 자기주식과 교환하는 분에 대해서도 적용한다. [신설 2015.12.15]
제19조(채무의 인수ㆍ변제에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제39조제1항제1호 및 제2호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 인수ㆍ변제하는 분부터 적용한다.
제20조(주주등의 자산양도에 관한 법인세 등 과세특례에 관한 적용례) 제40조제1항 및 제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 증여받거나 양도하는 분부터 적용한다.
제21조(감자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제45조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 증여받아 소각하는 분부터 적용한다.
제22조(기업 간 주식등의 교환에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제46조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제23조(합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제47조의4제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 합병하는 분부터 적용한다.
제24조(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면에 관한 적용례) 제63조의2제2항제2호가목의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 이전하는 기업부터 적용한다.
제25조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제77조제2항, 제3항, 제5항 및 제9항(“제1항 및 제2항”의 개정부분만 해당한다)의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제26조(사회적기업 및 장애인 표준사업장에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) ① 제85조의6제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 인증받은 사회적기업부터 적용한다.
② 제85조의6제2항 및 제4항부터 제6항까지의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다. 이 경우 이 법 시행 전에 장애인 표준사업장으로 인정받은 경우에는 2011년 1월 1일에 그 인정을 받은 것으로 보아 제85조의6제2항 및 제4항부터 제6항까지의 개정규정을 적용한다.
제27조(연금저축에 대한 소득공제 등에 관한 적용례) 제86조의2제1항 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 납입하는 분부터 적용한다.
제28조(선박투자회사의 주주에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제87조의5제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 받는 배당소득부터 적용한다.
제29조(사회기반시설투융자회사 주식의 배당소득에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의4제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 받는 배당소득부터 적용한다.
제30조(근로자복지 증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) ① 제94조제1항 각 호 외의 부분의 개정규정 중 제1호 또는 제2호의 시설로서 수도권 밖의 지역에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용하고, 제3호의 시설에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 신고하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 제94조제1항제5호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.
제31조(동업기업의 소득의 계산 및 배분명세 신고에 관한 적용례) 제100조의23제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 신고하는 과세연도 분부터 적용한다.
제32조(정비사업조합에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의7제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제33조(제3자물류비용에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의14제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제34조(해외자원개발투자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의15제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하거나 출자하는 분부터 적용한다.
제35조(대학 재정 건전화를 위한 과세특례에 관한 적용례) ① 제104조의16제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
② 제104조의16제4항 각 호 외의 부분의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출연하는 분부터 적용한다.
제36조(기업의 운동경기부 설치ㆍ운영에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의22의 개정규정은 2010년 12월 31일이 속하는 사업연도에 최초로 설치하는 분부터 적용한다.
제37조(국제회계기준 등 적용 내국법인에 대한 대손충당금 환입액의 익금불산입에 관한 적용례) 제104조의23의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 제104조의23의 개정규정의 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제38조(해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제104조의24의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 국내에서 창업하거나 사업장을 신설하는 분부터 적용한다.
제39조(농업ㆍ임업ㆍ어업용 및 연안여객선박용 석유류에 대한 부가가치세 등의 감면 등에 관한 적용례) 제106조의2제10항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 농업ㆍ임업ㆍ어업용 외의 용도로 사용하는 면세유부터 적용한다.
제40조(택시용 연료에 대한 개별소비세 등의 감면에 관한 적용례) 제111조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공급하는 분부터 적용한다.
제41조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의2제14항부터 제17항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 조세감면을 신청하는 분부터 적용한다.
제42조(증자의 조세감면에 관한 적용례) 제121조의4제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 조세감면을 신청하는 증자분부터 적용한다.
제43조(제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의8제2항부터 제5항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제주첨단과학기술단지에 입주하는 기업부터 적용한다.
제44조(제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의9제1항, 제4항부터 제7항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역에 입주하는 기업부터 적용한다.
제45조(기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의17제1항, 제4항부터 제8항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 기업도시개발구역에 창업하거나 사업장을 신설하는 기업부터 적용한다.
제46조(아시아문화중심도시 투자진흥지구 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 적용례) 제121조의20제1항, 제4항부터 제7항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 아시아문화중심도시 투자진흥지구에 입주하는 기업부터 적용한다.
제47조(금융중심지 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 적용례) 제121조의21제1항, 제4항부터 제7항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 금융중심지에 창업하거나 사업장을 신설하는 기업부터 적용한다.
제48조(양도소득세의 감면 배제 등에 관한 적용례) 제129조제1항의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 제129조제1항의 개정규정 시행 후 최초로 매매계약하는 분부터 적용한다.
제49조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도에 관한 적용특례) 제133조제1항제2호의 개정규정을 적용함에 있어서 이 법 시행 전에 제77조(100분의 20 및 100분의 25의 감면율을 적용받는 경우에 한한다)에 따라 감면받은 세액은 이를 합산하지 아니한다.
제50조(택시연료에 대한 개별소비세 등의 면제에 관한 특례) 제111조의3제1항에 따른 부탄을 공급받는 개인택시운송사업자가 「부가가치세법」 제25조제1항에 따른 간이과세자인 경우에는 「개별소비세법」 제1조제7항 및 같은 법 시행령 제2조의2에 따른 세율과 그에 따른 교육세율을 적용한 부가가치세를 면제한다.
제51조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제에 관한 특례) 2011년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 「법인세법」 제63조제1항에 따른 중간예납세액을 계산할 때에는 해당 사업연도의 직전 사업연도의 최저한세액은 제132조제1항의 개정규정을 적용하여 계산한다. 이 경우 「법인세법」 제63조제1항제1호에 따른 감면된 법인세액은 제132조제1항의 개정규정을 적용하여 계산한 금액으로 한다.
제52조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
제53조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업의 연구ㆍ인력개발비에 대하여는 제10조제1항제3호나목의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제54조(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 연구개발특구에 입주한 기업 및 2010년 1월 1일 전에 연구개발특구에 입주하기 위하여 입주협약 또는 양해각서를 체결하고 2012년 12월 31일까지 연구개발특구에 입주하는 기업에 대하여는 제12조의2제1항 및 제3항부터 제6항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. [개정 2011.12.31]
제55조(자산의 포괄적 양도 시 감면ㆍ세액공제 승계에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 이루어진 자산의 포괄적 양도에 대하여는 제37조제4항부터 제6항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제56조(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 전에 이루어진 현물출자 또는 자기주식교환에 대하여는 제38조의2제1항, 제2항, 제5항 및 제6항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르고, 2010년 12월 31일 현재 「금융지주회사법」 제3조에 따라 금융지주회사 설립을 위한 인가를 신청한 경우에는 제38조제1항제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 것으로 보며 같은 조 제2항제2호를 적용하지 아니한다. [개정 2011.5.19, 2015.12.15]
② 제1항에도 불구하고 종전의 제38조의2제3항제4호는 이 법 시행 전에 최대주주가 자회사의 임원으로 취임한 경우에만 적용한다.
제57조(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 수도권 밖으로 이전한 기업에 대하여는 제63조의2제2항제2호가목의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제58조(기부금의 과세특례 폐지에 관한 경과조치) 부칙 제1조 단서에 따른 제73조(제1항제14호의 개정규정은 제외한다), 제88조의4제13항 및 제104조의16제4항제2호의 개정규정의 시행일 전에 지출하는 기부금에 대하여는 같은 규정의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제59조(농업ㆍ임업ㆍ어업용 및 연안여객선박용 석유류에 대한 부가가치세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 농업ㆍ임업ㆍ어업용 외의 용도로 사용한 면세유에 대하여는 제106조의2제10항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제60조(개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 교육세 감면 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제111조제2항 및 제111조의3제1항에 따라 면제하였거나 면제하여야 할 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 교육세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
제61조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 조세감면을 신청한 외국인투자에 대하여는 제121조의2제14항부터 제17항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제62조(증자의 조세감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 조세감면을 신청한 증자분에 대하여는 제121조의4제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제63조(제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 제주첨단과학기술단지에 입주한 기업 및 2010년 1월 1일 전에 제주첨단과학기술단지에 입주하기 위하여 입주협약 또는 양해각서를 체결하고 2012년 12월 31일까지 제주첨단과학기술단지에 입주하는 기업에 대하여는 제121조의8제2항부터 제5항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. [개정 2011.12.31]
제64조(제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역에 입주한 기업 및 2010년 1월 1일 전에 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역에 입주하기 위하여 입주협약 또는 양해각서를 체결하고 2012년 12월 31일까지 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역에 입주하는 기업에 대하여는 제121조의9제1항, 제4항부터 제7항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. [개정 2011.12.31]
제65조(기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 기업도시개발구역에 입주ㆍ창업하거나 사업장을 신설한 기업 및 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제78조에 따른 2010년 1월 1일 전에 기업도시개발구역에 입주하기 위하여 입주협약 또는 양해각서를 체결하고 2012년 12월 31일까지 기업도시개발구역에 입주하는 기업에 대하여는 제121조의17제1항, 제4항부터 제8항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제66조(아시아문화중심도시 투자진흥지구 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 아시아문화중심도시 투자진흥지구에 입주한 기업 및 2010년 1월 1일 전에 아시아문화중심도시 투자진흥지구에 입주하기 위하여 입주협약 또는 양해각서를 체결하고 2012년 12월 31일까지 아시아문화중심도시 투자진흥지구에 입주하는 기업에 대하여는 제121조의20제1항, 제4항부터 제7항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. [개정 2011.12.31]
제67조(금융중심지 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 금융중심지에 창업하거나 사업장을 신설한 기업에 대하여는 제121조의21제1항, 제4항부터 제7항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2011.3.9 제10445호(기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑭까지 생략
⑮ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제10조의2제1항 중 “「기술개발촉진법」”을 “「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」”로 한다.
<16>부터 <24>까지 생략
제3조 및 제4조 생략

부 칙[2011.4.4 제10529호(경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 4개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제15조까지 생략
제16조(다른 법률의 개정) 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제85조의4제1항 중 “「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제9조제1항”을 “「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제8조의3제1항 및 제2항”으로 한다.
제121조의2제1항제2호의3 중 “「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제9조제1항에 따른 경제자유구역 개발사업시행자”를 “「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제8조의3제1항 및 제2항에 따른 개발사업시행자”로 한다.
제17조 생략

부 칙[2011.4.14 제10596호(해저광물자원 개발법)]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법률의 개정) 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제140조제2항 중 “「해저광물자원 개발법」 제2조제4호”를 “「해저광물자원 개발법」 제2조제5호”로 한다.

부 칙[2011.5.19 제10631호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제122조의3제1항 및 제126조의6의 개정규정은 2011년 8월 3일부터 시행한다.
제2조(주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제38조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 주식의 포괄적 교환·이전을 하는 분부터 적용한다.
제3조(부동산집합투자기구등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제87조의6의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 지급받는 분부터 적용한다.
제4조(준공후미분양주택에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제98조의6의 개정규정은 2011년 3월 29일 현재 준공후미분양주택에 해당되는 주택을 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제5조(농업·임업·어업용 및 연안여객선박용 석유류에 대한 부가가치세등의 감면에 관한 적용례) 제106조의2제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간에 최초로 공급받거나 수입 신고하는 분부터 적용한다.
제6조(등록면허세의 면제에 관한 적용례) 제119조제1항제6호의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 등기하는 분부터 적용한다.
제7조(취득세의 면제 등에 대한 적용례) 제120조제1항 및 제4항의 개정규정은 2011년 1월 1일 이후 최초로 취득한 분부터 적용한다.
제8조(성실사업자에 대한 의료비 등 공제에 관한 적용례) 제122조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분에 대한 과세표준을 확정신고하는 분부터 적용한다.
제9조(성실신고 확인비용에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제126조의6의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분에 대한 성실신고확인서를 제출하는 분부터 적용한다.

부 칙[2011.5.19 제10653호(접경지역 지원 특별법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ①부터 ③까지 생략
④ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제99조의4제1항제1호가목1) 단서 중 “「접경지역지원법」” 을 “「접경지역 지원 특별법」”으로 한다.
제11조 생략

부 칙[2011.5.19 제10682호(금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ①부터 <20>까지 생략
<21> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제117조제1항제9호 중 "「금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」"을 "「금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」"로 한다.
제120조제1항제17호 중 "「금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」 제26조제1항제5호"를 "「금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」 제26조제1항제7호"로 한다.
제120조제6항제5호 중 "「금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」"을 "「금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」"로 한다.
<22>부터 <24>까지 생략
제3조 생략

부 칙[2011.5.19 제10684호(기업구조조정 촉진법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제2조제1호러목은 2012년 3월 2일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제44조제1항제2호 중 “제24조”를 “제20조”로 한다.

부 칙[2011.5.30 제10764호(택지개발촉진법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 <16>까지 생략
<17> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제71조제1항제3호 중 “택지개발예정지구”를 “택지개발지구”로 한다.
<18>부터 <20>까지 생략

부 칙[2011.6.7 제10789호(영유아보육법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <27>까지 생략
<28> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제85조의5의 제목 중 “보육시설용”을 “어린이집용”으로 하고, 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 중 “직장보육시설”을 각각 “직장어린이집”으로, “종전보육시설”을 각각 “종전어린이집”으로, “신규보육시설”을 “신규어린이집”으로 하며, 같은 조 제2항 전단 중 “신규보육시설”을 “신규어린이집”으로 하고, 같은 조 제3항 중 “보육시설”을 “어린이집”으로 하며, 제94조제1항제3호 중 “직장보육시설”을 “직장어린이집”으로 한다.
<29>부터 <32>까지 생략

부 칙[2011.7.14 제10854호(금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑭까지 생략
⑮ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제89조제1항제1호 중 “「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금융기관(이하 이 조에서 “금융기관”이라 한다)”을 “「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금융회사등(이하 이 조에서 “금융회사등”이라 한다)”으로 하고, 같은 항 제3호 각 목 외의 부분 본문 중 “금융기관”을 “금융회사등”으로 한다.
제100조의12제1항 중 “금융기관”을 각각 “금융회사등”으로 한다.
<16> 생략

부 칙[2011.7.21 제10890호(자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제116조제1항제7호 중 “「자유무역협정체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법」 제4조에 따라 지원되는 농지구입ㆍ임차 등 영농ㆍ영어규모의 확대사업으로 인한”을 “「자유무역협정체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법」 제5조에 따라 지원되는 농지의 구입ㆍ임차 등 농업경영ㆍ어업경영 규모의 확대 사업에 따른”으로 한다.
③ 생략
제5조 생략

부 칙[2011.7.25 제10901호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제55조의2제5항부터 제7항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 주택을 신축하거나 취득 당시 입주된 사실이 없는 주택을 매입하는 분부터 적용한다.
제3조(축사용지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제69조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

부 칙[2011.7.25 제10907호(산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑥까지 생략
⑦ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제74조제1항제1호 중 “「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」”을 “「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」”로 한다.
제104조의18제1항 전단 중 “「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」”을 “「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」”로 한다.
제3조 생략

부 칙[2011.12.31 제11133호]
제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제87조제2항 및 제6항, 제100조의3(제1항제2호 각 목 외의 부분 단서 및 같은 호 나목은 제외한다)부터 제100조의6까지, 제100조의9, 제100조의13, 제104조의23 및 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제45조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제116조제1항제5호 및 제121조의23의 개정규정은 2012년 3월 2일부터 시행하며, 제100조의15제1항 및 제147조의 개정규정은 2012년 4월 15일부터 시행하고, 제105조제1항제2호의 개정규정은 2013년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
⑤ 이 법 중 개별소비세, 교통·에너지·환경세 및 교육세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세물품을 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하는 분부터 적용한다.
⑥ 이 법 중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
⑦ 이 법 중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조(중소기업에 대한 특별세액감면에 관한 적용례) 제7조제1항의 개정규정은 2012년 1월 1일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제4조(대·중소기업 상생협력을 위한 기금 출연 시 세액공제에 관한 적용례) 제8조의3제1항제2호의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 출연하는 분부터 적용한다.
제5조(연구·인력개발준비금의 손금산입에 관한 적용례) 제9조제5항의 개정규정은 2012년 1월 1일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제6조(중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세에 관한 적용례) 제13조제1항부터 제3항까지의 개정규정 중 신기술창업전문회사에 관한 부분은 2012년 1월 1일 이후 최초로 출자하는 분부터 적용하고, 농식품투자조합에 관한 부분은 2012년 1월 1일 이후 양도하는 주식이나 출자지분 또는 지급받는 배당소득 분부터 적용한다.
제7조(창업자 등에의 출자에 대한 과세특례에 관한 적용례) ① 제14조제1항의 개정규정 중 신기술창업전문회사에 관한 부분은 2012년 1월 1일 이후 최초로 출자하는 분부터 적용하고, 농식품투자조합에 관한 부분은 2012년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 적용한다.
② 제14조제4항 및 제5항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 발생하는 소득분부터 적용한다.
제8조(중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) ① 제16조제1항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 출자 또는 투자하는 분부터 적용한다.
② 제16조제2항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 출자지분 또는 투자지분을 이전·회수하거나 수익증권을 양도·환매하는 분부터 적용한다.
제9조(국제금융거래에 따른 이자소득 등에 대한 법인세 등의 면제에 관한 적용례) 제21조제1항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 발행·차입·매각하는 외화표시채권, 외화채무, 외화표시어음 또는 외화예금증서부터 적용한다.
10조(고용창출투자세액공제에 관한 적용례) 제26조 및 제144조제3항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제11조(중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 면제에 관한 적용례) 제30조의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 취업하여 지급받는 소득분부터 적용한다.
제12조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제32조제5항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 사업을 폐지하거나 유상감자하는 분부터 적용한다.
제13조 (공공기관이 혁신도시로 이전하는 경우 법인세 등 감면에 관한 적용례) ① 제62조제1항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 종전부동산을 양도하는 분부터 적용한다.② 제62조제4항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 본점 또는 주사무소를 이전하는 분부터 적용한다.
제14조(청약저축 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제87조제2항 및 제6항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 납입한 분부터 적용한다.
제15조(근로자복지증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제94조제1항제5호의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 취득하는 분부터 적용한다.
제16조(근로장려금 신청자격 등에 관한 적용례) ① 제100조의3(제1항제2호 각 목 외의 부분 단서 및 같은 호 나목은 제외한다)부터 제100조의6까지, 제100조의9, 제100조의13, 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 제100조의2, 제100조의3 및 제100조의5(제1항 각 호 외의 부분 후단의 개정부분은 제외한다)의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 귀속되는 소득분부터 적용한다.
② 제100조의3제1항제2호 각 목 외의 부분 단서 및 같은 호 나목의 개정규정은 2012년 1월 1일이 속하는 과세연도에 귀속되는 소득분부터 적용한다.
제17조(동업기업과세특례의 적용범위에 관한 적용례) 제100조의15제1항의 개정규정은 2012년 4월 15일 이후 적용신청하는 분부터 적용한다.
제18조(대학 맞춤형 교육비용 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의18제4항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 비용을 지급하는 분부터 적용한다.
제19조(국제회계기준 적용 내국법인등에 대한 대손충당금 환입액의 익금불산입에 관한 적용례) 제104조의23의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제20조(석유제품 전자상거래에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의25의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 공급하는 분부터 적용한다.
제21조(농어업용 기자재에 대한 부가가치세의 환급에 관한 특례의 적용례) 제105조의2의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 환급신청하거나 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.
제22조(일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감에 관한 적용례) 제106조의7의 개정규정은 2012년 1월 1일이 속하는 과세기간의 경감분부터 적용한다.
제23조(원산지확인서 발급에 대한 부가가치세 세액공제에 관한 적용례) 제106조의8의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 재화를 공급하면서 발급하는 분부터 적용한다.
제24조(2012여수세계박람회 외국 참가자 등에 대한 부가가치세 환급에 관한 적용례) 제107조제9항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 환급신청하는 분부터 적용한다.
제25조(증자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의4제2항 및 제4항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 증자하여 조세감면을 신청하는 분부터 적용한다.
제26조(첨단의료복합단지에 입주하는 기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의22의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 첨단의료복합단지에 입주하는 기업부터 적용한다.
제27조(농업협동조합중앙회의 분할 등에 대한 과세특례) ① 제121조의23제1항의 개정규정은 2012년 3월 2일 이후 최초로 분할하는 분부터 적용한다.
② 제121조의23제2항의 개정규정은 2012년 3월 2일 이후 주식의 포괄적 교환을 하는 분부터 적용한다.
③ 제121조의23제3항 및 제4항의 개정규정은 2012년 3월 2일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
④ 제121조의23제5항의 개정규정은 2012년 3월 2일 이후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.
⑤ 제121조의23제8항의 개정규정은 2012년 3월 2일이 속하는 과세기간 분부터 적용한다.
제28조(신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제126조의2제2항의 개정규정은 2012년 1월 1일이 속하는 신용카드 등 사용금액 연간 합계액의 계산분부터 적용한다.
제29조(추계과세 시 등의 감면배제에 관한 적용례) 제128조제3항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 수정신고하는 분부터 적용한다.
제30조(문화접대비의 손금불산입 특례에 관한 적용례) 제136조제3항의 개정규정은 2012년 1월 1일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제31조(고용창출투자세액공제에 관한 특례) ① 2012년 1월 1일이 속하는 과세연도에 투자한 금액 중 2012년 1월 1일 전에 투자한 금액에 대하여 종전 제26조제1항 단서에 따른 공제한도를 계산할 때에는 제26조제1항제2호 단서의 개정규정을 적용하여 계산한다.
② 2012년 1월 1일이 속하는 과세연도에 투자한 금액 중 2012년 1월 1일 전에 투자한 금액에 대하여 종전 제26조제3항 전단에 따른 한도를 계산할 때에는 제26조제1항제2호 단서의 개정규정을 준용하여 계산한다. 이 경우 “해당 과세연도”는 “중간예납기간”으로 본다.
제32조(국제금융거래에 따른 이자소득 등에 대한 법인세 등의 면제에 관한 경과조치) 2012년 1월 1일 전에 발행·차입·매각한 외화표시채권, 외화채무, 외화표시어음 또는 외화예금증서에 대해서는 제21조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제33조(다른 법령의 인용에 따른 경과조치) 제74조제1항제1호나목의 개정규정 중 “「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단”은 2012년 1월 25일까지는 “「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단”으로 본다.
제34조(증자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 2012년 1월 1일 전의 증자분에 대해서는 제121조의4제2항 및 제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2012.1.26 제11232호(연구개발특구의 육성에 관한 특별법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) ①부터 ③까지 생략
④ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조의2제1항 각 호 외의 부분 중 “「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」”을 “「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」”으로 하고, 같은 항 제1호 중 “「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」 제9조”를 “「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제9조제1항”으로 하며, 같은 항 제2호 중 “「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」 제9조의3”을 “「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제9조의3제2항”으로 한다.
⑤ 및 ⑥ 생략
제12조 생략

부 칙[2012.1.26 제11241호(여수세계박람회 지원 및 사후활용에 관한 특별법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제74조제1항제7호가목 중 “「2012여수세계박람회 지원특별법」”을 “「여수세계박람회 지원 및 사후활용에 관한 특별법」”으로 한다.
제104조의9제3항제1호 중 “「2012여수세계박람회 지원특별법」 제2조제4호”를 “「여수세계박람회 지원 및 사후활용에 관한 특별법」 제2조제6호”로 한다.
제109조의3제1항 중 “「2012여수세계박람회 지원특별법」”을 “「여수세계박람회 지원 및 사후활용에 관한 특별법」”으로 한다.
제118조제1항제11호 중 “「2012여수세계박람회 지원특별법」”을 “「여수세계박람회 지원 및 사후활용에 관한 특별법」”으로, “제28조”를 “제30조”로 한다.
②부터 ④까지 생략
제7조 생략

부 칙[2012.6.1 제11459호(친환경농어업 육성 및 유기식품 등의 관리·지원에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑥까지 생략
⑦ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제105조제1항제5호사목을 다음과 같이 한다.
사. 「친환경농어업 육성 및 유기식품 등의 관리·지원에 관한 법률」에 따른 유기농어업자재로서 대통령령으로 정하는 것
⑧ 및 ⑨ 생략
제7조 생략

부 칙[2012.10.2 제11486호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(주택의 양도에 관한 적용례) 제98조의7의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 주택부터 적용한다.

부 칙[2013.1.1 제11614호]
제1조(시행일) 이 법은 2013년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제86조의2의 개정규정은 2013년 3월 1일부터 시행하며, 제111조의4의 개정규정은 2013년 7월 1일부터 시행하고, 제100조의15 및 제100조의26의 개정규정은 2014년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
⑤ 이 법 중 종합부동산세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
⑥ 이 법 중 개별소비세, 교통·에너지·환경세 및 교육세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제조장에서 반출하거나 수입신고하는 과세물품 또는 이 법 시행 후 입장행위부터 적용한다.
⑦ 이 법 중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
⑧ 이 법 중 취득세, 등록면허세, 재산세, 지방소득세, 지역자원시설세, 지방교육세, 주민세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
⑨ 이 법 중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조(중소기업 투자 세액공제에 관한 적용례) 제5조의 개정규정 중 사업소득의 범위에 관한 규정은 2013년 1월 1일 이후 성실신고확인서를 제출하는 분부터 적용한다.
제4조(창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제6조의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 창업, 지정 또는 확인받는 분부터 적용한다.
제5조(중소기업에 대한 특별세액감면에 관한 적용례) 제7조제2항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 신고하는 과세연도 분부터 적용한다.
제6조(중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제16조제1항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 출자 또는 투자하는 분부터 적용한다.
제7조(비거주자등의 정기외화예금에 대한 이자소득세 비과세에 관한 적용례) 제21조의2의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 정기외화예금계좌를 개설하여 가입하는 분부터 적용한다.
제8조(안전설비투자 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조제1항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 투자하는 분부터 적용한다.
제9조(고용창출투자세액공제에 관한 적용례) 제26조제1항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 투자하는 분부터 적용한다.
제10조(산업수요맞춤형고등학교등 졸업자를 병역 이행 후 복직시킨 중소기업에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제29조의2의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 복직시키는 분부터 적용한다.
제11조(중소기업 간의 통합 및 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제31조제7항 및 제32조제5항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 사업을 폐지하거나 주식 또는 출자지분을 처분하는 분부터 적용한다. [개정 2014.12.23] [[시행일 2015.1.1]]
제12조(제약업 경영 기업 간 합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제47조의4제1항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 합병하는 분부터 적용한다.
제13조(자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제55조의2제5항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 주택을 신축하거나 취득 당시 입주된 사실이 없는 주택을 매입하여 임대업을 경영하는 분부터 적용한다.
제14조(고유목적사업준비금의 손금산입특례에 관한 적용례) 제74조제1항 및 제4항의 개정규정은 2013년 1월 1일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.
제15조(사회적기업 및 장애인 표준사업장에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제85조의6제1항 및 제2항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 인증받은 사회적기업 및 인정받은 장애인 표준사업장부터 적용한다.
제16조(장기주택마련저축 등에 대한 비과세 등에 관한 적용례) 제87조제4항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 소득공제신청을 하는 분부터 적용한다.
제17조(부동산집합투자기구등 집합투자증권의 배당소득에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제87조의6제1항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 지급받는 분부터 적용한다.
제18조(우리사주조합원 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제88조의4제10항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 지급받는 분부터 적용한다.
제19조(세금우대저축자료의 제출 등에 관한 적용례) 제89조의2의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 가입한 저축·예탁·저축성 보험·연금계좌 분부터 적용한다.
제20조(재형저축에 대한 비과세에 관한 적용례) 제91조의14의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 신설되는 재형저축에 가입한 분부터 적용한다.
제21조(근로장려금의 신청자격 등에 관한 적용례) 제100조의3, 제100조의4, 제100조의6 및 제100조의13의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 신청하는 분부터 적용한다.
제22조(동업기업과세특례의 적용범위 등에 관한 적용례) 제100조의15제1항 및 제100조의26의 개정규정은 2014년 1월 1일 이후 적용신청하는 분부터 적용한다.
제23조(대학 맞춤형 교육비용 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의18의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 시설을 기부하는 분부터 적용한다.
제24조(해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제104조의24의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 국내에서 창업하거나 사업장을 신설하는 분부터 적용한다.
제25조(석유제품 전자상거래에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의25의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 공급하는 분부터 적용한다.
제26조(어업기계에 대한 면세유 공급에 관한 적용례) 제106조의2제3항 및 제5항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 신고하는 어업기계부터 적용한다.
제27조(지정 취소된 석유판매업자의 면세유 판매금지에 관한 적용례) 제106조의2제13항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 감면세액 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제28조(농업·임업·어업용 석유류의 연간 한도량 신청에 관한 적용례) 제106조의2제15항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 신청하는 분부터 적용한다.
제29조(외교관용 등 자동차 연료에 대한 개별소비세 등의 환급 특례에 관한 적용례) 제111조의4의 개정규정은 2013년 7월 1일 이후 구입하는 석유류부터 적용한다.
제30조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의2제11항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 대여하는 분부터 적용한다.
제31조(외국인투자에 대한 감면세액의 추징 등에 관한 적용례) 제121조의5제4항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제32조(기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의17의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 창업하거나 사업장을 신설하는 분부터 적용한다.
제33조(신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) ① 제126조의2의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 신용카드 등을 사용하는 분부터 적용한다.
② 제1항에도 불구하고 제126조의2의 개정규정 중 제2항제4호의 “전통시장사용분” 및 “직불카드등사용분”은 2013년 1월 1일 이후 소득공제신청을 하는 분부터 적용한다.
제34조(성실신고 확인비용에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제126조의6 및 제144조의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 성실신고확인서를 제출하는 분부터 적용한다.
제35조(소득세 소득공제 등의 종합한도에 관한 적용례) 제132조의2의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 개시하는 과세기간에 필요경비에 산입하거나 공제받는 분부터 적용한다.
제36조(연구·인력개발비에 대한 세액공제에 대한 특례) 제10조제1항제3호가목의 개정규정 중 “직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를”은 2013년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지 개시하는 과세연도까지는 “해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을”로, 2014년 1월 1일부터 2014년 12월 31일까지 개시하는 과세연도까지는 “해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을”로 본다.
제37조(중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제에 관한 경과조치) 2013년 1월 1일 전에 출자 또는 투자한 분에 대해서는 제16조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제38조(합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 2013년 1월 1일 전의 합병에 대해서는 제47조의4제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제39조(자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 2013년 1월 1일 전에 신축하거나 매입한 주택에 대해서는 제55조의2제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제40조(개인연금저축에 대한 경과조치) 2013년 1월 1일 전에 종전의 제86조에 따라 가입한 개인연금저축은 제86조 및 제89조의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
제41조(연금저축에 대한 경과조치) 2013년 3월 1일 전에 종전의 제86조의2에 따라 가입한 연금저축의 계좌는 「소득세법」 제20조의3제1항제2호에 따른 연금계좌로 본다. 다만, 사망으로 인하여 계약이 해지되거나 저축 납입계약기간 만료 후 계약자가 사망하여 연금 외의 형태로 받는 경우 또는 저축 가입일부터 5년 이내에 저축계약을 해지하는 경우에는 종전의 제86조의2 및 제89조의2의 규정을 적용한다.
제42조(세금우대저축자료의 제출 등에 관한 경과조치) 2013년 1월 1일 전에 가입한 세금우대저축은 제89조의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제43조(근로장려금의 신청자격에 관한 경과조치) 2012년 1월 1일부터 2012년 12월 31일까지의 기간 중 「국민기초생활 보장법」 제7조제1항제1호, 제2호 또는 제4호에 따른 급여의 전부 또는 일부를 3개월 이상 받은 사실이 없는 자는 제100조의3제2항제1호의 개정규정에도 불구하고 해당 과세기간에 대한 근로장려금을 신청할 수 있다.
제44조(소득세 소득공제 등의 종합한도에 관한 경과조치) 2013년 1월 1일 전에 지급한 제16조제1항에 따른 중소기업창업투자조합 등 출자 또는 투자금과 「소득세법」 제34조제1항 및 제52조제6항제2호에 따른 지정기부금에 대해서는 제132조의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제45조(지방세 개정 관련 일반적 경과조치) 2013년 1월 1일 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제46조(다른 법률의 개정) 국가재정법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제3호 중 “제27조제1항”을 “「조세특례제한법」 제142조의2제1항”으로 한다.
제27조를 삭제한다.
제34조제10호를 다음과 같이 한다.
10. 「조세특례제한법」 제142조의2에 따른 조세지출예산서

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑬까지 생략
⑭ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제87조제9항제1호ㆍ제2호, 제106조의7제2항 전단 및 같은 조 제3항 각 호 외의 부분 중 "국토해양부장관"을 각각 "국토교통부장관"으로 한다.
제106조제1항제1호 및 제111조제2항 중 "지식경제부장관"을 각각 "산업통상자원부장관"으로 한다.
제106조제1항제8호 중 "교육과학기술부장관"을 각각 "교육부장관"으로 한다.
제106조의2제15항 중 "농림수산식품부장관"을 "농림축산식품부장관, 해양수산부장관"으로 한다.
제121조의23제3항제2호 중 "농림수산식품부장관"을 "농림축산식품부장관"으로 한다.
⑮부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2013.5.10 제11759호)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조의9, 제108조의2, 제108조의3 및 제122조의4의 개정규정은 2014년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 적용례) 제99조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제3조(구리 스크랩등에 대한 부가가치세 매입자납부 특례에 관한 적용례) 제106조의9의 개정규정은 2013년 12월 1일 이후 구리 스크랩등 거래계좌를 개설ㆍ신고하고, 2014년 1월 1일 이후 최초로 구리 스크랩등을 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.

부 칙[2013.5.28 제11845호(자본시장과 금융투자업에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제15조까지 생략
제16조(다른 법률의 개정) ①부터 <17>까지 생략
<18> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제100조의15제1항제1호 중 "조합(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제18항제5호의 투자조합은 제외한다)"을 "조합"으로 하고, 같은 항 제2호 중 "합자조합 및 익명조합(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제18항제6호의 투자익명조합은 제외한다)"을 "합자조합 및 익명조합(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제18항제5호 및 제6호의 투자합자조합 및 투자익명조합은 제외한다)"으로 한다.
제117조제1항제6호 중 "전자증권중개(이하 이 조에서 "전자증권중개거래"라 한다)를"을 "다자간매매체결(이하 이 조에서 "다자간매매체결거래"라 한다)을"로 한다.
제117조제1항제21호 중 "전자증권중개거래"를 "다자간매매체결거래"로 한다.
<19>부터 <23>까지 생략
제17조 생략

부 칙[2013.6.7 제11873호(부가가치세법)]
제1조(시행일) 이 법은 2013년 7월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제17조까지 생략
제18조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제104조의7제3항 중 "「부가가치세법」 제6조"를 "「부가가치세법」 제9조 및 제10조"로 한다.
제104조의8제2항 단서를 다음과 같이 한다.
다만, 매출가액과 매입가액이 없는 「부가가치세법」 제2조제5호에 따른 일반과세자에 대하여는 본문을 적용하지 아니하며, 같은 조 제4호에 따른 간이과세자에 대하여는 공제세액이 납부세액에 같은 법 제63조제3항, 제64조 및 제65조에 따른 금액을 가감(加減)한 후의 금액을 초과할 때에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다.
제104조의25제1항 본문 중 "「부가가치세법」 제13조제1항"을 "「부가가치세법」 제29조"로, "「부가가치세법」 제9조에 따른 거래시기"를 "「부가가치세법」 제15조에 따른 공급시기"로 한다.
제105조제1항제5호마목 중 "「부가가치세법」 제12조"를 "「부가가치세법」 제26조"로 하고, 같은 항 제6호가목 중 "「부가가치세법」 제12조"를 "「부가가치세법」 제26조"로 한다.
제105조의2제1항 각 호 외의 부분 중 "「부가가치세법」 제3조제4항"을 "「부가가치세법」 제2조제5호"로 하고, 같은 조 제2항 중 "「부가가치세법」 제32조"를 "「부가가치세법」 제36조"로 한다.
제106조제1항제9호의3 중 "「부가가치세법」 제25조제1항"을 "「부가가치세법」 제61조제1항"으로 하고, 같은 항 제11호 중 "「부가가치세법」 제12조"를 "「부가가치세법」 제26조"로 하며, 같은 조 제5항 중 "「부가가치세법」 제25조제1항제1호"를 "「부가가치세법」 제61조제1항제1호"로 한다.
제106조의3제3항제1호 중 "「부가가치세법」 제12조"를 "「부가가치세법」 제26조"로 하고, 같은 항 제2호 후단 중 "「부가가치세법」 제17조에 따라 공제받을 수 있는"을 "「부가가치세법」 제38조에 따른 공제하는"으로 하며, 같은 조 제9항 중 "「부가가치세법」 제17조를"을 "「부가가치세법」 제37조부터 제39조까지의 규정을"로 한다.
제106조의4제2항 중 "「부가가치세법」 제15조"를 "「부가가치세법」 제31조"로 하고, 같은 조 제3항제2호 중 "「부가가치세법」 제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제14조"를 "「부가가치세법」 제29조에 따른 과세표준에 같은 법 제30조"로 하며, 같은 조 제4항 중 "「부가가치세법」 제19조의2"를 "「부가가치세법」 제50조"로 하고, 같은 조 제6항 중 "「부가가치세법」 제17조"를 "「부가가치세법」 제37조 및 제38조"로 하며, 같은 조 제8항 중 "「부가가치세법」 제18조, 제19조 및 제27조"를 "「부가가치세법」 제48조, 제49조, 제66조 및 제67조"로 한다.
제106조의5제1항 중 "「부가가치세법」 제17조제1항에 따른"을 "「부가가치세법」 제37조제1항 및 같은 법 제38조에 따라"로 하고, 같은 조 제2항 후단 중 "「부가가치세법」 제18조에 따른 예정신고 및 같은 법 제24조제2항에 따른 환급신고 시 이미 고금에 대한 매입세액 공제를 받은 경우에는 같은 법 제19조"를 "「부가가치세법」 제48조에 따른 예정신고 및 같은 법 제59조제2항에 따른 환급신고 시 이미 고금에 대한 매입세액 공제를 받은 경우에는 같은 법 제49조"로 한다.
제106조의6제1항 중 "「부가가치세법」 제18조, 제19조 및 제27조"를 "「부가가치세법」 제48조, 제49조, 제66조 및 제67조"로 한다.
제106조의8제1항 전단 중 "「부가가치세법」 제11조제1항제1호"를 "「부가가치세법」 제21조제1항"으로, "같은 법 제3조"를 "같은 법 제5조"로, "같은 법 제16조"를 "같은 법 제32조"로 하고, 같은 항 후단 중 "「부가가치세법」 제13조"를 "「부가가치세법」 제29조제1항"으로 하며, 같은 조 제2항 중 "「부가가치세법」 제22조"를 "「부가가치세법」 제60조"로 하고, 같은 조 제3항 중 "「부가가치세법」 제18조 및 제19조"를 "「부가가치세법」 제48조 및 제49조"로 한다.
제107조제7항 중 "「부가가치세법」 제11조를"을 "「부가가치세법」 제21조부터 제25조까지의 규정을"로 한다.
제108조제1항 중 "「부가가치세법」 제17조제1항에 따른"을 "「부가가치세법」 제37조제1항 및 같은 법 제38조에 따라"로 하고, 같은 조 제2항 후단 중 "「부가가치세법」 제18조에 따른 예정신고 및 같은 법 제24조제2항에 따른 환급신고를 할 때 이미 재활용폐자원 매입세액 공제를 받은 경우에는 같은 법 제19조"를 "「부가가치세법」 제48조에 따른 예정신고 및 같은 법 제59조제2항에 따른 환급신고를 할 때 이미 재활용폐자원 매입세액 공제를 받은 경우에는 같은 법 제49조"로 한다.
법률 제11614호 조세특례제한법 일부개정법률 제111조의4제1항 후단 중 "「부가가치세법」 제11조제1항제4호"를 "「부가가치세법」 제24조제1항"으로 한다.
제121조의23제1항 중 "「부가가치세법」 제6조"를 "「부가가치세법」 제9조 및 제10조"로 한다.
제126조의4제1항 중 "「부가가치세법」 제16조에도 불구하고"를 "「부가가치세법」 제32조에도 불구하고"로, "「부가가치세법」 제16조에 따른 세금계산서 교부시기"를 "「부가가치세법」 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기"로 하고, 같은 조 제2항 중 "「부가가치세법」 제17조제1항 및 제26조제3항"을 "「부가가치세법」 제37조, 제38조 및 제63조제3항"으로 한다.
제126조의5제2항 중 "「부가가치세법」 제32조의2제1항"을 "「부가가치세법」 제46조제1항 및 제2항"으로 한다.
⑦부터 ⑭까지 생략
제19조 생략

부 칙[2013.7.30 제11965호(신에너지 및 재생에너지 개발·이용·보급 촉진법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑧까지 생략
⑨ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제118조제1항제3호 중 "「신에너지 및 재생에너지 개발·이용·보급 촉진법」 제2조제1호에 따른 신·재생에너지"를 "「신에너지 및 재생에너지 개발·이용·보급 촉진법」 제2조제1호 및 제2호에 따른 신에너지 및 재생에너지"로 한다.
⑩부터 ⑬까지 생략
제4조 생략

부 칙[2013.7.30 제11989호(축산물 위생관리법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
②부터 ④까지 생략
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조제1항제8호 중 "「축산물위생관리법」 제9조 및"을 "「축산물 위생관리법」 제9조에 따라 안전관리인증기준을 적용받거나"로 한다.
제6조 생략

부 칙[2013.8.13 제12031호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제99조의6의 개정규정은 2013년 9월 1일부터 시행하고, 제26조의 개정규정은 2014년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례에 관한 적용례) 제16조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 주식매수선택권을 부여받은 분부터 적용한다.
제3조(고용창출투자세액공제의 기본공제율 인하에 관한 적용례) 제26조제1항제1호의 개정규정은 2014년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도에 투자하는 분부터 적용한다.
제4조(재기중소기업인의 체납액 등에 대한 과세특례 적용례) ① 제99조의6제1항부터 제4항까지의 개정규정은 2013년 9월 1일 이후 신청하는 분부터 적용한다.
② 제99조의6제5항 및 제6항의 개정규정은 2013년 9월 1일 이후 제6조에 따른 창업, 지정 또는 확인받는 분부터 적용한다.
제5조(목돈 안드는 전세에 관한 적용례) 제99조의7의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 주택담보대출금을 차입하거나 이자상환액을 상환하는 분부터 적용한다.
제6조(근로장려금의 환급 등에 관한 적용례) 제100조의8의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 귀속되는 소득분부터 적용한다.
제7조(성실사업자에 대한 월세액 소득공제에 관한 적용례) 제122조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 월세액을 지급하는 분부터 적용한다.

부 칙[2014.1.1 제12153호(지방세법)]
제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제18조까지 생략
제19조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제66조제3항, 제67조제3항, 제89조제1항, 제89조의3제1항 및 같은 조 제2항 중 "지방소득세 소득분"을 "개인지방소득세"로 하고, 제121조의16제1항 중 "지방소득세 종업원분"을 "주민세 종업원분"으로 하며, 제121조의9제8항, 제121조의17제9항, 제121조의20제11항, 제121조의21제11항 중 "「지방세특례제한법」 제98조"를 "「지방세특례제한법」 제180조"로 개정한다.
⑦부터 ⑨까지 생략

부 칙[2014.1.1 제12173호]
제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제107조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터, 제121조의2제1항·제2항·제4항·제5항·제14항 및 제121조의3제2항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터, 제66조제1항·제2항, 제68조제1항·제4항, 제132조제1항제4호(작물재배업의 개정부분만 해당한다) 및 제142조의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
⑤ 이 법 중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
⑥ 이 법 중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조(대·중소기업 상생협력을 위한 기금 출연 시 세액공제에 관한 적용례) 제8조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 출연하는 분부터 적용한다.
제4조(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제11조의 개정규정은 이 법 시행 후 투자하는 분부터 적용한다.
제5조(기술이전소득등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제12조의 개정규정은 이 법 시행 후 이전하는 분부터 적용한다.
제6조(기술혁신형 합병에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제12조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 합병하는 분부터 적용한다.
제7조(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제12조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 취득하는 분부터 적용한다.
제8조(중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세에 관한 적용례) 제13조의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 출자하여 양도하는 주식이나 출자지분 또는 최초로 출자하여 지급받는 배당소득분부터 적용한다.
제9조(중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제16조제1항의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 출자 또는 투자하는 분부터 적용한다.
제10조(에너지절약시설 투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 투자하는 분부터 적용한다.
제11조(환경보전시설 투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 투자하는 분부터 적용한다.
제12조(의약품 품질관리 개선시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 투자하는 분부터 적용한다.
제13조(고용창출투자세액공제에 관한 적용례) 제26조의 개정규정은 이 법 시행 후 개시하는 과세연도에 투자하는 분부터 적용한다.
제14조(중소기업에 취업하는 근로자에 대한 소득세 면제에 관한 적용례) 제30조의 개정규정은 이 법 시행 후 취업하여 지급받는 소득분부터 적용한다.
제15조(정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제에 관한 적용례) 제30조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 정규직 근로자로의 전환을 하는 분부터 적용한다.
제16조(기업의 금융채무 상환을 위한 자산매각에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제34조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.
제17조(전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제46조의7의 개정규정은 이 법 시행일 이후 주식교환등을 하는 분부터 적용한다.
제18조(기업매각 후 벤처기업등에 대한 재투자에 따른 과세특례에 관한 적용례) 제46조의8의 개정규정은 이 법 시행일 이후 매각대상기업의 보유주식을 매각한 후 재투자하는 분부터 적용한다.
제19조(합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제47조의4제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 합병하는 분부터 적용한다.
제20조(공공기관이 혁신도시 등으로 이전하는 경우 법인세 등 감면에 관한 적용례) 제62조의 개정규정은 이 법 시행 후 신고하는 과세연도 분부터 적용한다.
제21조(경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제70조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 환급신청하는 분부터 적용한다.
제22조(고유목적사업준비금의 손금산입특례에 관한 적용례) 제74조제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 손금산입하는 분부터 적용한다.
제23조(정치자금 손금산입 특례 등에 관한 적용례) 제76조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 기부하는 분부터 적용한다.
제24조(사회적기업 및 장애인 표준사업장에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제85조의6제1항 및 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 개시하는 과세연도의 감면분부터 적용한다.
제25조(장기주택마련저축 등에 대한 비과세 등에 관한 적용례) 제87조의 개정규정은 이 법 시행 후 월세액을 지급하는 분부터 적용한다.
제26조(선박투자회사 주주에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제87조의5 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 배당받는 분부터 적용한다.
제27조(세금우대저축자료의 제출 등에 관한 적용례) 제89조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 가입하는 분부터 적용한다.
제28조(재형저축에 대한 비과세에 관한 적용례) 제91조의14제1항제4호의 개정규정은 이 법 시행 후 미납 저축금을 납입하는 분부터 적용한다.
제29조(고위험고수익투자신탁 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의15의 개정규정은 이 법 시행 후 설정되는 투자신탁 등부터 적용한다.
제30조(장기집합투자증권저축에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제91조의16의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 설정 또는 설립되는 장기집합투자증권저축에 가입한 분부터 적용한다.
제31조(소형주택 임대사업자에 대한 세액감면) 제96조의 개정규정은 이 법 시행 후 발생하는 임대소득분부터 적용한다.
제32조(농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제99조의4제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 주택을 구입하는 분부터 적용한다.
제33조(근로 장려를 위한 조세특례에 관한 적용례) 제100조의3부터 제100조의13까지의 개정규정은 이 법 시행 후 신청하는 분부터 적용한다.
제34조(자녀 장려를 위한 조세특례에 관한 적용례) 제100조의27부터 제100조의31까지의 개정규정은 2015년 1월 1일 이후 신청하는 분부터 적용한다.
제35조(다자간매매체결거래에 대한 소득세 등 과세특례에 관한 적용례) 제104조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 거래분부터 적용한다.
제36조(지급명세서에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 제출하는 분부터 적용한다.
제37조(기업의 운동경기부 설치·운영에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의22제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 설치하는 분부터 적용한다.
제38조(석유제품 전자상거래에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의25제1항 본문의 개정규정은 이 법 시행 후 공급하는 분부터 적용한다.
제39조(정비사업조합 설립인가등의 취소에 따른 채권의 손금산입에 관한 적용례) 제104조의26의 개정규정은 이 법 시행 후 포기한 채권분부터 적용하며, 이 법 시행 전에 「도시 및 주거환경정비법」 제16조의2에 따라 승인 또는 설립인가가 취소된 추진위원회와 조합에 대하여도 적용한다.
제40조(영구임대주택에 공급하는 난방용역에 대한 적용례) 제106조제1항제4호의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다.
제41조(금 관련 제품에 대한 부가가치세 매입자 납부 특례에 관한 적용례) 제106조의4제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 제126조의7에 따라 보관기관에 임치된 후 금 현물시장에서 최초로 금지금을 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다.
제42조(일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감에 관한 적용례) 제106조의7의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간의 경감분부터 적용한다.
제43조(외국인 관광객에 대한 부가가치세의 특례에 관한 적용례) 제107조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 숙박용역을 공급받은 분부터 적용한다.
제44조(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례에 관한 적용례) 제108조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 취득하는 분부터 적용한다.
제45조(증권거래세의 면제에 대한 적용례) 제117조의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 출자하여 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 분부터 적용한다.
제46조(외국투자가의 배당소득 감면에 관한 적용례) 제121조의2제3항 및 제12항, 제121조의5제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 조세감면을 신청하는 분부터 적용한다.
제47조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의2제11항의 개정규정은 2015년 1월 1일 이후 조세감면을 신청하는 분부터 적용한다.
제48조(첨단의료복합단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의22제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 개시하는 과세연도의 감면분부터 적용한다.
제49조(농업협동조합중앙회의 분할 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) ① 제121조의23제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 분할하는 분부터 적용한다.② 제121조의23제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 주식의 포괄적 교환을 하는 분부터 적용한다.
제50조(성실사업자의 의료비 등 공제에 관한 적용례) 제122조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 지출하는 분부터 적용한다.
제51조(금 현물시장에서 거래되는 금지금에 대한 과세특례에 관한 적용례) ① 제126조의7제1항부터 제7항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 보관기관에 임치된 금지금으로서 금 현물시장에서 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다.
② 제126조의7제8항의 개정규정은 이 법 시행 후 보관기관에 임치된 금지금으로서 금 현물시장에서 공급하거나 공급받는 분이 속하는 과세연도부터 적용한다.
③ 제126조의7제9항부터 제11항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 금 현물시장 거래용으로 수입신고하는 분부터 적용한다.
제52조(중복지원의 배제에 관한 적용례) 제127조의 개정규정은 이 법 시행 후 투자하는 분부터 적용한다.
제53조(추계과세시 등의 감면배제에 관한 적용례) 제128조의 개정규정은 이 법 시행 후 결정, 경정하거나 신고하는 분부터 적용한다.
제54조(소득세 소득공제 등의 종합한도에 대한 적용례) ① 제132조의2제1항제1호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 신고하는 분부터 적용한다.
② 제132조의2제1항제3호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출자 또는 투자하는 분부터 적용한다.
제55조(세액공제액의 이월공제에 관한 적용례) 제144조제1항의 이월공제기간에 대한 개정규정은 이 법 시행 후 투자하는 분부터 적용한다.
제56조(소득세 소득공제 등의 종합한도에 대한 특례) 2013년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지의 기간 중 지급하거나 지출한 지정기부금에 대해서는 법률 제11614호 조세특례제한법 일부개정법률 제132조의2에 따른 소득공제 종합한도를 적용하지 아니한다.
제57조(주요 조세특례제도 평가 결과의 국회제출에 대한 특례) 제142조제4항의 개정규정에도 불구하고 2015년에 제출되는 평가 결과에 대하여는 "120일"을 "110일"로 본다.
제58조(중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제에 관한 경과조치) 이 법 시행일 전에 출자 또는 투자한 분에 대해서는 제16조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제59조(외국인근로자에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 2014년 1월 1일 전에 국내에서 근무를 시작한 외국인근로자에 대해서는 제18조의2제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 다만, 특수관계기업에게 근로를 제공하는 경우는 그러하지 아니하다.
제60조(중소기업체에 취업하는 근로자에 대한 소득세 면제에 관한 경과조치) 2014년 1월 1일 전에 중소기업체에 취업한 청년의 근로소득에 대해서는 제30조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제61조(근로 장려를 위한 조세특례에 대한 경과조치) ① 2014년 1월 1일 전에 종전의 제100조의3제1항제3호·제4호, 제2항 및 제4항을 적용받던 거주자는 2014년 1월 1일이 속하는 과세연도에 신청하는 분까지는 종전의 규정에 따른다.
② 2014년 1월 1일 전에 종전의 제100조의3제1항제2호가목의 표의 부양자녀 3명 이상의 총소득기준금액 및 제100조의5제1항제4호를 적용받던 부양자녀 3명 이상인 홑벌이 가족가구는 2014년 1월 1일이 속하는 과세연도에 신청하는 분에 대하여 제100조의3제1항제2호의 표의 맞벌이 가족가구의 총소득기준금액 및 제100조의5제1항제3호를 적용한다.
제62조(고금에 대한 의제매입세액공제특례에 관한 경과조치) 2014년 1월 1일 전에 취득하여 공급한 고금에 대해서는 제106조의5의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제63조(새만금사업지역내 외국인투자 법인세 등의 감면 등의 경과조치) 이 법 시행 전에 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제4조에 따른 새만금사업지역 내 경제자유구역에 입주하여 제121조의2제8항에 따라 조세감면을 결정받은 기업에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제64조(외국투자가의 배당소득 감면에 관한 경과조치) 2014년 1월 1일 전에 조세감면을 신청하였던 분에 대해서는 제121조의2제3항·제6항·제7항·제10항·제12항 및 제121조의5제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제65조(소득세 소득공제 등의 종합한도에 관한 경과조치) 2014년 1월 1일 전에 지급한 보험료, 의료비, 특수교육비, 법정기부금 및 법 제16조제1항제3호 또는 제4호에 따른 출자 또는 투자에 대해서는 제132조의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제66조(세액공제액의 이월공제에 관한 경과조치) 2014년 1월 1일 전에 이월된 세액공제액에 대해서는 제144조제1항 및 제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2014.1.14 제12251호(공공주택건설 등에 관한 특별법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑩까지 생략
⑪ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제77조제1항 각 호 외의 부분 중 "보금자리주택건설"을 "공공주택건설"로 한다.
⑫부터 <16>까지 생략
제6조 생략

부 칙[2014.5.14 제12570호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(공적자금 회수를 위한 분할 및 합병 등에 대한 과세특례의 적용례) ① 제121조의24제1항의 개정규정은 2014년 5월 1일 이후 최초로 등기하는 분할부터 적용한다.
② 제121조의24제2항 및 제3항의 개정규정은 2014년 5월 1일 이후 최초로 등기하는 합병부터 적용한다.

부 칙[2014.5.21 제12663호(한국산업은행법)]
제1조(시행일) 이 법은 부칙 제4조제6항에 따른 합병의 등기를 한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제117조제1항제22호 중 “「한국정책금융공사법」에 따라 설립된 한국정책금융공사로부터”를 “「한국산업은행법」에 따라 설립된 한국산업은행으로부터”로 한다.
⑦부터 ⑩까지 생략
제12조 생략

부 칙[2014.12.23 제12853호]
제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제95조의2, 제106조의7, 제122조의3제3항 및 제126조의2제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제113조제1항의 개정규정은 2015년 4월 1일부터 시행하며, 제66조제4항부터 제6항까지 및 제9항, 제67조제4항부터 제6항까지, 제68조제2항, 제106조의4제1항, 제122조의4 및 제133조제1항의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행하고, 제75조 및 제86조의3제1항·제3항의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여받는 분부터 적용한다.
⑤ 이 법 중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
⑥ 이 법 중 취득세, 재산세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제3조(중소기업 등 투자 세액공제에 관한 적용례) 제5조제1항의 개정규정은 상장일이 속하는 과세연도에 투자하는 경우부터 적용한다.
제4조(중소기업에 대한 특별세액감면에 관한 적용례) 제7조제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제5조(기술이전소득등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제12조의 개정규정은 이 법 시행 후 이전 또는 대여하는 분부터 적용한다.
제6조(중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제16조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 출자 또는 투자하는 경우부터 적용한다.
제7조(주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제16조의3의 개정규정은 이 법 시행 이후 주식매수선택권을 부여하는 분부터 적용한다.
제8조(외국인근로자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제18조의2제2항 본문의 개정규정은 법률 제12173호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제59조에 따라 종전의 「조세특례제한법」 제18조의2제2항을 적용받는 외국인근로자에 대해서도 적용한다.
제9조(생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제24조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 투자하는 경우부터 적용한다.
제10조(안전설비 투자 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 투자하는 경우부터 적용한다.
제11조(고용창출투자세액공제에 관한 적용례) 제26조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도에 투자하는 경우부터 적용한다.
제12조(서비스업 감가상각비의 손금산입특례에 관한 적용례) 제28조의 개정규정은 이 법 시행 이후 설비투자자산을 취득하는 경우부터 적용한다.
제13조(경력단절 여성 재고용 중소기업에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제29조의3의 개정규정은 이 법 시행 이후 경력단절 여성을 재고용하는 경우부터 적용한다.
제14조(중소기업 취업 청년에 대한 소득세 감면에 관한 적용례) 제30조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 복직하는 경우부터 적용한다.
제15조(정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제에 관한 적용례) 제30조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 정규직 근로자로의 전환을 하는 경우부터 적용한다.
제16조(가업의 승계에 대한 증여세 과세특례의 사후관리에 관한 적용례) 제30조의6제2항 각 호 외의 부분 전단의 개정규정은 이 법 시행 전에 가업을 승계한 자에 대해서도 적용한다.
제17조(기업 간 주식등의 교환에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제46조의 개정규정은 이 법 시행 이후 주식등을 교환하는 경우부터 적용한다.
제18조(법인 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 데 따른 양도차익에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제61조제4항의 개정규정은 이 법 시행 이후 본점이나 주사무소를 이전하는 경우부터 적용한다.
제19조(공공기관이 혁신도시 등으로 이전하는 경우 법인세 등 감면에 관한 적용례) 제62조제4항의 개정규정은 이 법 시행 전에 본사를 이전한 경우에도 적용한다.
제20조(수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제63조제1항의 개정규정은 이 법 시행 전에 공장시설을 이전한 경우에도 적용한다.
제21조(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면에 관한 적용례) ① 제63조의2제1항 각 호 외의 부분 단서의 개정규정은 이 법 시행 이후 법인의 공장 또는 본사를 이전하는 경우부터 적용한다.
② 제63조의2제2항 각 호 외의 부분의 개정규정은 이 법 시행 전에 공장 또는 본사를 이전한 경우에도 적용한다.
③ 제63조의2제2항제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 본사를 이전하는 경우부터 적용한다.
제22조(고유목적사업준비금의 손금산입특례에 관한 적용례) 제74조제4항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제23조(기부장려금에 관한 적용례) 제75조의 개정규정은 2016년 1월 1일 이후 기부하는 경우부터 적용한다.
제24조(소기업·소상공인 공제부금에 대한 소득공제 등에 관한 적용례) 제86조의3제1항 및 제3항의 개정규정은 2016년 1월 1일 이후 소기업·소상공인 공제에 가입하는 경우부터 적용한다.
제25조(주택청약종합저축 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제87조제2항, 제4항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행 이후 납입하는 경우부터 적용한다.
제26조(부동산집합투자기구 등 집합투자증권의 배당소득에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제87조의6제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 배당받는 경우부터 적용한다.
제27조(비과세종합저축에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제88조의2의 개정규정은 이 법 시행 이후 가입하는 경우부터 적용한다.
제28조(우리사주조합기부금에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제88조의4제13항의 개정규정은 이 법 시행 이후 기부하는 경우부터 적용한다.
제29조(해외자원개발투자회사등의 주식의 배당소득에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의6제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 배당받는 경우부터 적용한다.
제30조(재형저축에 대한 비과세에 관한 적용례) 제91조의14제1항제3호 및 같은 조 제3항의 개정규정은 이 법 시행 이후 가입하는 경우부터 적용한다.
제31조(근로자복지 증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제94조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 취득하는 경우부터 적용한다.
제32조(월세액에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제95조의2 및 제122조의3제3항의 개정규정은 공포한 날이 속하는 과세연도에 지급하는 월세액부터 적용한다.
제33조(소형주택 임대사업자에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제96조의 개정규정은 이 법 시행 후 발생하는 임대소득분부터 적용한다.
제34조(준공공임대주택에 대한 양도소득세 세액감면에 대한 적용례) 제97조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.
제35조(임대주택 부동산투자회사의 현물출자자에 대한 과세특례 등에 대한 적용례) 제97조의6의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자하는 분부터 적용한다.
제36조(근로장려금의 신청자격에 관한 적용례) ① 제100조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 근로장려금을 신청하는 경우부터 적용한다.
② 제100조의3제6항의 개정규정은 법률 제11614호 조세특례제한법 일부개정법률 공포일이 속하는 과세연도에 귀속되는 소득분부터 적용한다.
제37조(근로장려금의 신청 등에 관한 적용례) 제100조의6제2항부터 제4항까지 및 제6항부터 제8항까지의 개정규정은 이 법 시행 이후 근로장려금을 신청하는 경우부터 적용한다.
제38조(근로장려금의 결정에 관한 적용례) 제100조의7제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 근로장려금을 신청하는 경우부터 적용한다.
제39조(신청자 등에 대한 확인·조사에 관한 적용례) 제100조의11제4호의 개정규정은 이 법 시행 이후 근로장려금을 신청하는 경우부터 적용한다.
제40조(신용회복목적회사에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의12제3항의 개정규정은 이 법 시행 전에 손금에 산입한 손실보전준비금에 대해서도 적용한다.
제41조(해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제104조의24제2항 및 제3항의 개정규정은 이 법 시행 전에 이전하거나 복귀한 경우에도 적용한다.
제42조(고배당기업 주식에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의27의 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도의 결산기 잉여금 처분결의에 따라 배당받는 경우부터 적용한다.
제43조(기숙사 운영사업 등에 대한 부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조제1항제8호의2의 개정규정은 이 법 시행 전에 실시협약이 체결된 분에 대하여도 적용한다.
제44조(농업·임업·어업용 및 연안여객선박용 석유류에 대한 부가가치세 등의 감면 등에 관한 적용례) ① 제106조의2제5항의 개정규정은 이 법 시행 이후 농어민등이 서류를 제출하지 아니하는 경우부터 적용한다.
② 제106조의2제10항의 개정규정은 이 법 시행 이후 농어민등이 면세유를 사용하는 경우부터 적용한다.
③ 제106조의2제14항의 개정규정은 이 법 시행 이후 석유판매업을 양도하는 경우부터 적용한다.
④ 제106조의2제20항의 개정규정은 이 법 시행 이후 면세유류 관리기관이 자료를 요청하는 경우부터 적용한다.
제45조(금 관련 웨이스트와 스크랩에 대한 부가가치세 매입자 납부 특례에 관한 적용례) 제106조의4제1항제3호의 개정규정은 2015년 7월 1일 이후 금거래계좌를 개설·신고하고 금 관련 웨이스트와 스크랩을 공급하거나 공급받는 경우 또는 수입신고하는 경우부터 적용한다.
제46조(일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감에 관한 적용례) 제106조의7의 개정규정은 공포한 날이 속하는 과세기간부터 적용한다.
제47조(금사업자의 부가가치세 예정부과 특례에 관한 적용례) 제108조의3의 개정규정은 이 법 시행 이후 부가가치세를 징수하거나 신고납부하는 분부터 적용한다.
제48조(외교관이 구입한 국산승용자동차에 대한 개별소비세 면세에 관한 적용례) 제113조제1항의 개정규정은 2015년 4월 1일 당시 면세 받은 국산승용자동차로서 2015년 4월 1일 이후 양도하는 경우에도 적용한다.
제49조(증권거래세의 면제에 관한 적용례) 제117조제1항제23호의 개정규정은 이 법 시행 이후 직접 투자 또는 출자하여 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우부터 적용한다.
제50조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) ① 제121조의2제4항, 제5항 및 제18항의 개정규정은 이 법 시행 이후 감면을 신청하는 경우부터 적용한다.
② 제121조의2제18항의 개정규정은 동일한 사업장에서 제121조의2제1항제1호의 사업과 같은 항 제1호 외의 사업을 각각 구분하여 경리하고 있는 경우로서 이 법 시행 전에 감면을 신청하여 이 법 시행일 현재 감면기간이 종료되지 아니한 경우에 대해서도 적용한다.
제51조(외국인투자에 대한 감면세액 추징 등에 관한 적용례) 제121조의5제5항제4호의 개정규정은 이 법 시행 전에 감면결정을 받은 경우에도 적용한다.
제52조(제주도여행객 면세점에 대한 간접세 등의 특례에 관한 적용례) 제121조의13제4항 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행 이후 면세물품을 판매하거나 구매하는 경우부터 적용한다.
제53조(기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의17제1항제3호 및 제4호의 개정규정은 이 법 시행 이후 투자하는 경우부터 적용한다.
제54조(금사업자의 수입금액의 증가 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제122조의4의 개정규정은 2015년 7월 1일 이후 금거래계좌를 개설·신고하고 금 관련 웨이스트와 스크랩을 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.
제55조(신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제126조의2제2항의 개정규정은 공포한 날이 속하는 과세연도에 직불카드등을 사용하는 분부터 적용한다.
제56조(성실신고 확인비용에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제126조의6제3항의 개정규정은 이 법 시행 이후 성실신고확인서를 제출하는 경우부터 적용한다.
제57조(추계과세 시 등의 감면배제에 관한 적용례) 제128조의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정, 경정하거나 신고하는 분부터 적용한다.
제58조(감면세액의 추징에 관한 적용례) 제146조의 개정규정은 이 법 시행 이후 투자하는 경우부터 적용한다.
제59조(비과세종합저축에 대한 과세특례에 관한 특례) 제88조의2제1항제1호의 개정규정에도 불구하고 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 가입하는 경우에 관하여는 "65세"를 "61세"로 보고, 2016년 1월 1일부터 2016년 12월 31일까지 가입하는 경우에 관하여는 "65세"를 "62세"로 보며, 2017년 1월 1일부터 2017년 12월 31일까지 가입하는 경우에 관하여는 "65세"를 "63세"로 보고, 2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 가입하는 경우에 관하여는 "65세"를 "64세"로 본다.
제59조의2(재형저축에 대한 감면 세액 추징에 관한 특례) 이 법 시행 전에 재형저축에 가입한 자가 제91조의14제2항에 따라 계약기간을 연장한 경우에 대하여 제91조의14제3항을 적용하는 경우에는 부칙 제30조 및 제69조에도 불구하고 최초로 계약을 체결한 날부터 7년이 되는 날을 해당 저축의 계약기간 만료일로 본다.
[본조신설 2015.12.15]
제60조(중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제에 관한 경과조치) 이 법 시행일 전에 출자 또는 투자한 분에 대해서는 제16조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제61조(외국인기술자에 대한 소득세 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 국내에서 근로를 제공하고 있는 외국인기술자의 경우에는 제18조제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제62조(가업의 승계에 대한 증여세 과세특례의 사후관리에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 가업을 승계한 자로서 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 증여세를 부과받았거나 부과받아야 할 자에 대해서는 제30조의6제2항 각 호 외의 부분 전단의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제63조(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 공장 또는 본사를 수도권 밖으로 이전한 법인에 대해서는 제63조의2제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제2항제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제64조(농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 제64조제1항제2호에 따라 「지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률」 제9조에 따른 개발촉진지구에 입주하여 세액을 감면받고 있는 중소기업의 경우에는 제64조제1항제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 다만, 해당 중소기업이 제121조의17의 개정규정을 적용받을 수 있는 경우에는 종전의 제64조제1항제2호 또는 제121조의17의 개정규정 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.
② 제1항의 단서에 따라 종전의 제64조제1항제2호 또는 제121조의17의 개정규정 중 하나를 선택하여 적용받는 경우에는 감면기간 동안 동일한 규정을 계속하여 적용하여야 한다.
제65조(소기업·소상공인 공제부금에 대한 소득공제 등에 관한 경과조치) 2016년 1월 1일 전에 소기업·소상공인 공제에 가입한 자에 대해서는 제86조의3제1항 및 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 다만, 2016년 1월 1일 전에 「중소기업협동조합법」에 따른 중소기업중앙회에 제86조의3제1항 및 제3항의 개정규정의 적용을 신청하는 경우에는 2016년 1월 1일부터 제86조의3제1항 및 제3항의 개정규정을 적용한다.
제66조(주택청약종합저축 등에 대한 소득공제에 관한 경과조치) 2015년 1월 1일 전에 청약저축 또는 주택청약종합저축에 가입한 자로서 총급여 7천만원을 초과하는 자에 대해서는 제87조제2항 및 제6항의 개정규정에도 불구하고 2017년 12월 31일이 속하는 과세연도에 납입하는 분까지 종전의 규정에 따른다.
제67조(비과세종합저축에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제88조의2에 따라 생계형저축에 가입한 거주자는 제88조의2의 개정규정에 따른 비과세종합저축에 가입한 것으로 본다.
제68조(세금우대자료 미제출 가산세에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과하였거나 부과하여야 하는 가산세에 대해서는 제90조의2제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제69조(재형저축에 대한 비과세에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 가입한 자에 대해서는 제91조의14제1항제3호 및 같은 조 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제70조(근로자복지 증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 취득한 경우에 대해서는 제94조제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제71조(증권거래세의 면제에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 양도한 경우에 대해서는 제117조제1항제20호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제72조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 2014년 12월 31일 이전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 2015년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대하여는 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제73조(기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 제121조의17제1항제3호 또는 제4호에 따라 감면을 받고 있었던 자의 경우에는 제121조의17제1항제3호 및 제4호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용받을 수 있다.
② 제1항에 따라 종전의 규정 또는 개정규정의 감면을 적용받는 경우에는 그 중 하나를 선택하여 감면기간 동안 동일한 규정을 계속하여 적용하여야 한다.
제74조(감면세액의 추징 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제121조의19제1항에 따라 감면된 법인세 또는 소득세를 추징하여야 하는 경우에 대해서는 제121조의19제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2015.1.29 제13082호(소재·부품전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ①부터 ③까지 생략
④ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항제3호라목 중 "「부품·소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」"을 "「소재·부품전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」"으로, "부품·소재"를 각각 "소재·부품"으로 한다.
제14조제1항제6호, 같은 조 제4항제4호 및 같은 조 제5항 중 "부품·소재"를 각각 "소재·부품"으로 한다.
제16조제1항제1호 중 "부품·소재"를 "소재·부품"으로 한다.
제46조의8제1항제1호가목 중 "부품·소재"를 "소재·부품"으로 한다.
법률 제6538호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제7조의 제목 중 "부품·소재"를 "소재·부품"으로 한다.
⑤ 생략

부 칙[2015.3.27 제13230호(울산과학기술원법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법률의 개정) ① 및 ② 생략
③ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제74조제1항제1호마목을 삭제한다.
④ 생략

부 칙[2015.6.22 제13372호(기업도시개발 특별법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제11조까지 생략
제12조(다른 법률의 개정) 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제121조의18의 제목 중 "관광레저형 기업도시"를 "관광 중심 기업도시"로 하고, 같은 조 제1항 중 "제2조제1호다목에 따른 관광레저형 기업도시(이하 이 조에서 "관광레저형 기업도시"라 한다)"를 "제30조제1항에 따른 관광 중심 기업도시(법률 제13372호 기업도시개발 특별법 일부개정법률 시행 당시 지정된 종전의 「기업도시개발 특별법」 제2조제1호다목에 따른 관광레저형 기업도시를 포함하며, 이하 이 조에서 "관광 중심 기업도시"라 한다)"로 하며, 같은 조 제2항 중 "관광레저형 기업도시"를 각각 "관광 중심 기업도시"로 한다.

부 칙[2015.6.22 제13383호(수산업·어촌 발전 기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 <40>까지 생략
<41> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제66조제7항, 제68조제3항 전단 중 "「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호가목"을 각각 "「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호"로 한다.
<42>부터 <63>까지 생략

부 칙[2015.7.24 제13426호(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제37조까지 생략
제38조(다른 법률의 개정) ①부터 <37>까지 생략
<38> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다. [개정 2015.12.15 제13560호(조세특례제한법)] [[시행일 2016.1.1]]
제121조의2제1항제2호다목 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제7조에 따른 제주특별자치도지원위원회"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제17조에 따른 제주특별자치도 지원위원회"로 하고, 같은 호 라목 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제226조에 따른 제주국제자유도시종합계획심의회"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제144조에 따른 제주국제자유도시 종합계획 심의회"로 한다.
제121조의2제1항제2호의4 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제217조"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제162조"로 한다.
제121조의8제1항 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제216조"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제161조"로 한다.
제121조의9제1항제1호 중"「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제217조"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제162조"로 한다.
제121조의12제1항제1호 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제218조"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제163조"로 한다.
제121조의13제1항 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제177조"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제255조"로 한다.
제121조의15제1항제1호 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제221조제1항"을 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제443조제1항"으로 한다.
제121조의16제1항 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제261조"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제166조"로, "같은 법 제265조"를 "같은 법 제170조"로 한다.
<39>부터 <45>까지 생략
제39조 생략

부 칙[2015.7.24 제13448호(자본시장과 금융투자업에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제18조까지 생략
제19조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑩까지 생략
⑪ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제100조의15제1항제3호 중 "같은 항 제7호의 사모투자전문회사"를 "같은 조 제19항제1호의 경영참여형 사모집합투자기구"로 한다.
제100조의18제3항 단서 중 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제18항제7호에 따른 사모투자전문회사"를 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제19항제1호에 따른 경영참여형 사모집합투자기구"로 한다.
제117조제1항제23호 중 "제278조의3제1항에 따른 기업재무안정사모투자전문회사"를 "제249조의22제1항에 따른 기업재무안정 경영참여형 사모집합투자기구"로 한다.
⑫부터 <20>까지 생략
제20조 생략

부 칙[2015.8.11 제13474호(공동주택관리법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제33조까지 생략
제34조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑬까지 생략
⑭ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항제1호구목 중 "「주택법」"을 "「공동주택관리법」"으로 한다.
제106조제1항제4호의2 각 목 외의 부분 중 "「주택법」 제2조제14호"를 "「공동주택관리법」 제2조제1항제10호"로 한다.
⑮ 및 <16> 생략
제35조 생략

부 칙[2015.8.28 제13498호(공공주택 특별법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 4개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑪까지 생략
⑫ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제77조제1항 각 호 외의 부분 중 "「공공주택건설 등에 관한 특별법」"을 "「공공주택 특별법」"으로 한다.
⑬부터 ⑮까지 생략

부 칙[2015.8.28 제13499호(민간임대주택에 관한 특별법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 4개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제14조까지 생략
제15조(다른 법률의 개정) ①부터 <17>까지 생략
<18> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제96조제1항 중 "「임대주택법」 제2조제3호의3"을 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호"로 한다.
제97조제1항 각 호 외의 부분 단서 중 "「임대주택법」에 따른 건설임대주택"을 "「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택"으로 한다.
제97조의2제1항제1호 각 목 외의 부분 중 "「임대주택법」에 따른 건설임대주택"을 "「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택"으로 하고, 같은 항 제2호 각 목 외의 부분 중 "「임대주택법」에 따른 매입임대주택"을 "「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 매입임대주택"으로 한다.
제97조의3제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "「임대주택법」 제2조제3호의3"을 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호"로, "같은 법 제6조의2"를 "같은 법 제5조"로 한다.
제97조의4제1항 본문 중 "「임대주택법」 제2조제3호에 따른 매입임대주택"을 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호의 민간매입임대주택 및 「공공주택 특별법」 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택"으로 한다.
제97조의5제1항 각 호 외의 부분 중 "「임대주택법」 제2조제3호의3"을 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호"로 하고, 같은 항 제1호 중 "「임대주택법」 제2조제3호의 매입임대주택"을 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호의 민간매입임대주택 및 「공공주택 특별법」 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택"으로, "「임대주택법」 제6조의2"를 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조"로 한다.
제98조의6제1항제2호, 제98조의8제1항 전단 중 "「임대주택법」 제6조"를 각각 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조"로 한다.
제106조제1항제4호의5 중 "「임대주택법」 제16조제1항제1호"를 "「공공주택 특별법」 제50조의2제1항"으로 한다.
<19>부터 <25>까지 생략
제16조 생략

부 칙[2015.12.15 제13560호]
제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제29조의5, 제126조의2 및 제127조제2항·제3항의 개정규정과 제132조제1항제3호·제2항제3호의 개정규정(제29조의5를 추가하는 부분만 해당한다) 및 제144조제1항·제2항의 개정규정(제29조의5를 추가하는 부분만 해당한다)은 2015년 12월 31일부터 시행하고, 제104의26제1항제1호의 개정규정은 2016년 3월 2일부터 시행하며, 제107조의3의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행하고, 제106조의9(같은 조 제6항 중 가산세의 세율에 관한 부분은 제외한다), 제108조의2, 제108조의3 및 제122조의4의 개정규정은 2016년 10월 1일부터 시행하며, 제5장의9(제121조의25)의 개정규정은 2016년 10월 4일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.
③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다.
④ 이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여받는 경우부터 적용한다.
제3조(창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제6조제3항제28호의 개정규정은 이 법 시행 이후 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 중소기업을 창업하는 경우, 「중소기업창업 지원법」 제6조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받는 경우 또는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 경우부터 적용한다.
제4조(상생결제 지급금액에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제7조의4의 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도에 지급하는 경우부터 적용한다.
제5조(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제11조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자하는 경우부터 적용한다.
제6조(기술혁신형 합병에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제12조의3제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 합병하는 경우부터 적용한다.
제7조(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제에 관한 적용례) ① 제12조의4제1항제2호 및 제3호의 개정규정은 이 법 시행 이후 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우부터 적용한다.
② 제12조의4제2항제3호의 개정규정은 이 법 시행 이후 해당 사유가 발생하는 경우부터 적용한다.
제8조(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례에 관한 적용례) 제16조의2제1항제2호 및 제3호의 개정규정은 이 법 시행 이후 부여받는 주식매수선택권부터 적용한다.
제9조(산업재산권 현물출자 이익에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제16조의4의 개정규정은 이 법 시행 이후 출자하는 경우부터 적용한다.
제10조(에너지절약시설 투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 투자를 개시하는 경우부터 적용한다.
제11조(경력단절 여성 재고용 중소기업에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제29조의3제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 경력단절 여성을 재고용하는 경우부터 적용한다.
제12조(청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제29조의5의 개정규정은 2015년 12월 31일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제13조(중소기업 핵심인력 성과보상기금 수령액에 대한 소득세 감면 등에 관한 적용례) 제29조의6의 개정규정은 이 법 시행 이후 공제금을 수령하는 경우부터 적용한다.
제14조(중소기업 취업자에 대한 소득세 감면에 관한 적용례) 제30조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 취업하여 지급받는 소득부터 적용한다.
제15조(정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제에 관한 적용례) 제30조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 정규직 근로자로 전환하는 경우부터 적용한다.
제16조(자산의 포괄적 양도에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제37조제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 자산을 양도하는 경우부터 적용한다.
제17조(채무의 인수·변제에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제39조의 개정규정은 이 법 시행 이후 채무를 인수·변제하는 경우부터 적용한다.
제18조(자기관리 부동산투자회사 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제55조의2제5항의 개정규정은 이 법 시행 이후 기업형임대주택 또는 준공공임대주택을 신축하거나 취득 당시 입주된 사실이 없는 해당 주택을 매입하여 임대업을 경영하는 경우부터 적용한다.
제19조(조합법인 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제72조 제1항의 개정사항은 이 법 시행 이후 합병하는 경우부터 적용한다.
제20조(소기업·소상공인 공제부금에 대한 소득공제 등에 관한 적용례) 제86조의3제1항의 개정규정은 2016년 1월 1일 이후 소기업·소상공인 공제에 가입하는 경우부터 적용한다.
제21조(주택청약종합저축 등에 대한 소득공제 등에 관한 적용례) 제87조제3항, 제6항 및 제9항의 개정규정은 이 법 시행 이후 무주택 확인서를 제출하는 경우부터 적용한다.
제22조(우리사주조합원 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제88조의4제6항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세인출주식을 인출하는 경우부터 적용한다.
제23조(고위험고수익투자신탁 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의15제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 고위험고수익투자신탁에 가입하는 경우부터 적용한다.
제24조(해외주식투자전용집합투자기구에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의17의 개정규정은 이 법 시행 이후 해외주식투자전용집합투자기구의 집합투자증권에 투자하는 경우부터 적용한다.
제25조(개인종합자산관리계좌에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의18의 개정규정은 이 법 시행 이후 가입하는 경우부터 적용한다.
제26조(소형주택 임대사업자에 대한 세액감면에 대한 적용례) ① 제96조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 임대사업에서 발생하는 소득부터 적용한다.
② 제96조제2항의 개정규정은 이 법 시행 당시 임대주택을 임대하고 있는 경우에 대해서도 적용한다.
제27조(재기중소기업인의 징수유예 특례에 관한 적용례) 제99조의8의 개정규정은 이 법 시행 이후 징수유예를 신청하는 경우부터 적용한다.
제28조(근로장려세제에 관한 적용례) 제100조의3제2항제2호 및 제100조의8제4항의 개정규정은 이 법 시행 이후 근로장려금 또는 자녀장려금을 신청하는 경우부터 적용한다.
제29조(2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의28의 개정규정은 이 법 시행 이후 소득이 발생하는 경우부터 적용한다. [본조제목개정 2016.5.29 제14198호(2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회 지원 등에 관한 특별법)] [[시행일 2016.8.30]]
제30조(농업·임업·어업용 기자재에 대한 부가가치세의 환급에 관한 특례에 관한 적용례) 제105조의2제3항제4호의 개정규정은 이 법 시행 이후 환급을 신청하는 경우부터 적용한다.
제31조(관세의 경감에 관한 적용례) 제118조제1항제3호의 개정규정은 이 법 시행 이후 수입신고하는 경우부터 적용한다.
제32조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) ① 제121조의2제11항의 개정규정은 이 법 시행 전에 조세감면결정을 받은 외국인투자기업에 대해서도 적용한다. 이 경우 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도의 감면세액을 계산하는 경우부터 적용한다.
② 제121조의2제13항의 개정규정은 이 법 시행 이후 조세감면을 신청하는 경우부터 적용한다.
③ 제121조의2제14항의 개정규정은 이 법 시행 이후 조세감면을 신청하는 경우 또는 이 법 시행 전에 조세감면을 신청하였으나 아직 최초의 출자를 하지 아니한 경우부터 적용한다.
제33조(수산업협동조합중앙회의 분할 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제121조의25(같은 조 제1항 중 부가가치세에 관한 부분과 같은 조 제7항 및 제8항은 제외한다)의 개정규정은 2016년 10월 4일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제34조(성실사업자에 대한 의료비 등 공제에 관한 적용례) 제122조의3제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제35조(철 스크랩등사업자의 수입금액의 증가 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제122조의4제1항의 개정규정은 2016년 10월 1일 이후 스크랩등거래계좌를 개설·신고하고 제106조의9제1항제3호의 물품을 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.
제36조(신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제126조의2제2항의 개정규정은 2015년 12월 31일이 속하는 과세연도의 신용카드등소득공제금액을 계산하는 경우부터 적용한다.
제37조(중복지원의 배제에 관한 적용례) 제127조제2항 및 제3항의 개정규정은 2015년 12월 31일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제38조(추계과세 시 등의 감면배제에 관한 적용례) 제128조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정, 경정 또는 신고하는 경우부터 적용한다.
제39조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제에 관한 적용례) 제132조제1항제3호 및 같은 조 제2항제3호의 개정규정 중 제29조의5를 추가하는 부분은 2015년 12월 31일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제40조(세액공제액의 이월공제에 관한 적용례) ① 제144조제1항 및 제2항의 개정규정 중 제29조의5를 추가하는 부분은 2015년 12월 31일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 제144조제1항 중 이월공제의 기간에 관한 부분은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 이월하여 공제받는 분부터 적용한다.
제41조(에너지절약시설 투자에 대한 세액공제에 관한 특례) 이 법 시행일 당시 투자가 진행 중인 경우에는 2016년 12월 31일까지 투자하는 분에 대해서는 제25조의2제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제42조(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자한 경우에 대해서는 제11조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제43조(기술혁신형 합병에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 합병한 경우에 대해서는 제12조의3제1항제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제44조(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 주식 또는 출자지분을 취득한 경우에 대해서는 제12조의4제1항제2호 및 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제45조(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 주식매수선택권을 부여받은 경우에 대해서는 제16조의2제1항제2호 및 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제46조(에너지절약시설 투자에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 투자한 경우에 대해서는 제25조의2제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제47조(중소기업 취업자에 대한 소득세 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 취업한 경우에 대해서는 제30조제1항 전단의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제48조(창업자금에 대한 증여세 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 창업자금을 증여받은 경우에 대해서는 제30조의5제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제49조(거주자의 금융채무 상환을 위한 자산매각에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 거주자가 자산을 양도한 경우에 대해서는 제34조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제50조(자산의 포괄적 양도에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 자산을 양도한 경우에 대해서는 제37조제1항제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제51조(자기관리 부동산투자회사 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 기업형임대주택 또는 준공공임대주택을 신축하거나 매입하여 임대업을 경영하고 있는 경우에 대해서는 제55조의2제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제52조(축사용지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 축사용지를 양도한 경우에 대해서는 제69조의2제1항 본문의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제53조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 사업인정 고시가 된 사업지역의 사업시행자에게 2017년 12월 31일까지 사업지역 내 토지등을 양도한 경우는 제77조제1항 각 호 외의 부분의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제54조(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 토지등을 양도한 경우에 대해서는 제77조의2제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제55조(국가에 양도하는 산지에 대한 양도소득세 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 국가에 산지를 양도한 경우에 대해서는 제85조의10제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제56조(고위험고수익투자신탁 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 고위험고수익투자신탁에 가입한 경우에 대해서는 제91조의15제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제57조(소형주택 임대사업자에 대한 세액감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 임대사업에서 발생한 소득에 대해서는 제96조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제58조(준공공임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 준공공임대주택등을 양도한 경우에 대해서는 제97조의3제1항 각 호 외의 부분 단서의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제59조(금 관련 제품에 대한 부가가치세 매입자 납부 특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 금 관련 제품을 공급하거나 공급받은 경우에 대해서는 제106조의4제7항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제60조(스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 구리 스크랩등을 공급하거나 공급받은 경우에 대해서는 제106조의9제6항(가산세의 세율에 관한 부분으로 한정한다)의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제61조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 조세감면신청과 최초의 출자를 한 경우에 대해서는 제121조의2제14항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제62조(제주특별자치도 소재 골프장에 대한 개별소비세 등 과세특례) 제주특별자치도에 있는 골프장 입장행위에 대해서는 「개별소비세법」 제1조제3항제4호에도 불구하고 2016년 1월 1일부터 2017년 12월 31일까지의 기간 동안에는 3천원의 세율을 적용한다.
제63조(자경농지에 대한 양도소득세 감면한도에 대한 경과조치) 법 제69조에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 경우로서 이 법 시행 전에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제22조에 따라 사업인정고시가 된 사업지역 중 사업시행자의 토지 취득 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역 내 토지를 2017년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우에는 제133조제1항제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
제64조(지방세 개정 관련 일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제65조(다른 법률의 개정) 법률 제13426호 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 일부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
부칙 제38조제38항 중 "제121조의12제1항제1호 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제218조"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제163조"로 하고, 같은 항 제4호 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제217조"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제162조"로 한다"를 "제121조의12제1항제1호 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제218조"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제163조"로 한다"로 하고, 같은 항 중 "제121조의15제1항제1호 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제221조제1항"을 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제443조제1항"으로 한다." 및 "제12중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제261조"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제166조"로, "같은 법 제265조"를 "같은 법 제170조"로 한다."를 각각 삭제한다.

부 칙[2015.12.22 제13605호(고엽제후유의증 등 환자지원 및 단체설립에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법률의 개정) ①부터 ④까지 생략
⑤ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제88조의2제1항제6호 중 "「고엽제후유의증 환자지원 등에 관한 법률」"을 "「고엽제후유의증 등 환자지원 및 단체설립에 관한 법률」"로 한다.
⑥ 및 ⑦ 생략

부 칙[2015.12.22 제13613호(예금자보호법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑨까지 생략
⑩ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제117조제1항제8호 각 목 외의 부분 중 "정리금융기관(이하 "정리금융기관"이라 한다)이"를 "정리금융회사(이하 "정리금융회사"라 한다)가"로, "「예금자보호법」 제18조제1항제4호"를 "「예금자보호법」 제18조제1항제6호"로, "부실금융기관"을 "부실금융회사"로, "금융기관으로부터"를 "금융회사로부터"로 한다.
제117조제1항제8호가목 중 "부실금융기관"을 "부실금융회사"로 하고, 같은 호 나목을 다음과 같이 하며, 같은 호 다목 중 "금융기관"을 "금융회사"로 한다.
나. 「예금자보호법」 제2조제6호에 따른 부실우려금융회사
⑪ 생략

부 칙[2016.1.19 제13797호(부동산 거래신고 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ①부터 <32>까지 생략
<33> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제99조의4제1항제1호가목2) 중 "제6조 및 같은 법 제117조에 따른 도시지역 및 허가구역"을 "제6조에 따른 도시지역"으로 하고, 같은 목 4)를 5)로 하며, 같은 목에 4)를 다음과 같이 신설한다.
4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조에 따른 허가구역
<34>부터 <44>까지 생략
제11조 생략

부 칙[2016.1.19 제13805호(주택법)]
제1조(시행일) 이 법은 2016년 8월 12일부터 시행한다.
제2조부터 제20조까지 생략
제21조(다른 법률의 개정) ①부터 <65>까지 생략
<66> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제87조제2항 각 호 외의 부분 본문 중 "다음 각 호 의 어느 하나에 해당하는 저축"을 "「주택법」에 따른 주택청약종합저축"으로, "제2호에 따른 주택청약종합저축의 경우 제3항에"를 "제3항에"로 하고, 같은 항 제1호 및 제2호를 각각 삭제하며, 제97조의7제3항제2호 중 "「주택법」 제16조"를 "「주택법」 제15조"로 하고, 제98조의3제1항 각 호 외의 부분 전단, 제98조의5제1항 각 호 외의 부분 전단, 제98조의6제1항제1호, 제98조의7제1항 전단, 제98조의8제1항 전단 및 제99조의2제1항 전단 중 "「주택법」 제38조"를 각각 "「주택법」 제54조"로 하며, 제104조의19제1항제2호 중 "「주택법」 제32조"를 "「주택법」 제11조"로 하고, 제106조제1항제4호의2 각 목 외의 부분 중 "「주택법」 제2조제2호"를 "「주택법」 제2조제3호"로 하며, 같은 항 제4호의3 중 "「주택법」 제2조제2호"를 "「주택법」 제2조제3호"로 한다.
<67>부터 <86>까지 생략
제22조 생략

부 칙[2016.1.27 제13854호(외국인투자 촉진법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑦까지 생략
⑧ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제121조의2제7항 중 "「외국인투자촉진법」 제5조제1항에 따른"을 "「외국인투자 촉진법」 제2조제1항제4호가목1)에 따른 외국인투자를 하기 위하여 같은 법 제5조제1항에 따라"로 하고, 같은 조 제9항 중 "법 제6조"를 "법 제2조제1항제4호가목2), 제5조제2항제1호 및 제6조"로 한다.
제121조의3제1항 각 호 외의 부분 및 같은 조 제2항 중 "「외국인투자촉진법」 제5조제1항"을 각각 "「외국인투자 촉진법」 제2조제1항제4호가목1)에 따른 외국인투자를 하기 위하여 같은 법 제5조제1항 및 제2항"으로 하고, 같은 조 제4항 중 "「외국인투자촉진법」 제6조"를 "「외국인투자 촉진법」 제2조제1항제4호가목2), 제5조제2항제1호 및 제6조"로 한다.
제121조의4제2항제1호 중 "제7조제1항제1호"를 "제5조제2항제2호"로 하고, 같은 항 제2호 중 "제7조제1항제4호"를 "제5조제2항제5호"로 한다.
⑨ 생략

부 칙[2016.1.27 제13856호(자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제121조의12제1항제2호 중 "입주허가가 취소된 경우"를 "입주계약이 해지된 경우"로 한다.

부 칙[2016.2.3 제13983호(공중위생관리법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제106조제1항제4호의2 각 목 외의 부분 중 "위생관리용역업"을 "건물위생관리업"으로 한다.
제11조 생략

부 칙[2016.3.22 제14095호(서민의 금융생활 지원에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제104조의17제1항 중 "「휴면예금관리재단의 설립 등에 관한 법률」 제21조"를 "「서민의 금융생활 지원에 관한 법률」 제40조"로 한다.
③ 생략
제12조 생략

부 칙[2016.3.22 제14096호(주식·사채 등의 전자등록에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 4년을 넘지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 날부터 시행한다.
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ①부터 ③까지 생략
④ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제87조의5제3항 중 "주권"을 "주식"으로, "예탁된"을 "전자등록되거나 예탁된"으로, "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제294조에 따른 한국예탁결제원(이하 "한국예탁결제원"이라 한다)"을 "「주식·사채 등의 전자등록에 관한 법률」 제2조제6호에 따른 전자등록기관(이하 "전자등록기관"이라 한다) 또는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제294조에 따른 한국예탁결제원(이하 "한국예탁결제원"이라 한다)"으로 한다.
제87조의6제2항 중 "예탁된"을 "전자등록되거나 예탁된"으로, "한국예탁결제원"을 "전자등록기관 또는 한국예탁결제원"으로 한다.
제91조의6제2항 중 "주권"을 "주식"으로, "예탁된"을 "전자등록되거나 예탁된"으로, "한국예탁결제원"을 "전자등록기관 또는 한국예탁결제원"으로 한다.
⑤ 생략
제11조 생략

부 칙[2016.3.29 제14111호(중소기업진흥에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제64조제1항제2호 중 "「지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률」 제50조"를 "「중소기업진흥에 관한 법률」 제62조의23"으로 한다.
⑦부터 ⑨까지 생략
제5조 생략

부 칙[2016.3.29 제14122호(기술보증기금법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 <19>까지 생략
<20> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조의3제1항제1호 중 "「기술신용보증기금법」에 따른 기술신용보증기금(이하 이 조에서 "기술신용보증기금"이라 한다)에"를 "「기술보증기금법」에 따른 기술보증기금(이하 이 조에서 "기술보증기금"이라 한다)에"로 하고, 같은 조 제2항 중 "기술신용보증기금"을 "기술보증기금"으로 하며, 같은 조 제3항 중 "기술신용보증기금"을 "기술보증기금"으로 한다.
제13조제1항제2호 중 "「기술신용보증기금법」"을 "「기술보증기금법」"으로 한다.
<21>부터 <24>까지 생략
제5조 생략

부 칙[2016.3.29 제14127호(여신전문금융업법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑧까지 생략
⑨ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제14조제1항제1호 중 "「여신전문금융업법」 제3조제2항에 따라 신기술사업금융업만을 등록한 여신전문금융회사"를 "「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융전문회사"로 한다.
⑩ 생략

부 칙[2016.5.29 제14198호(2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회 지원 등에 관한 특별법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ① 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제74조제1항제7호다목을 다음과 같이 한다.
다. 「2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회 지원 등에 관한 특별법」에 따라 설립된 2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회 조직위원회(이하 "2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회 조직위원회"라 한다)
제104조의28의 제목, 같은 조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 항 제4호 및 같은 조 제2항 각 호 외의 부분 중 "2018 평창 동계올림픽대회 및 장애인동계올림픽대회"를 각각 "2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회"로 한다.
제106조제2항제19호 중 "동계올림픽대회 및 장애인동계올림픽대회 조직위원회 또는 지방자치단체가 2018 평창 동계올림픽대회 및 장애인동계올림픽대회"를 "동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회 조직위원회 또는 지방자치단체가 2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회"로 한다.
제116조제1항제28호 중 "동계올림픽대회 및 장애인동계올림픽대회"를 "동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회"로 한다.
제118조제1항제19호 중 "「2018 평창 동계올림픽대회 및 장애인동계올림픽대회 지원 등에 관한 특별법」 제5조에 따른 2018 평창 동계올림픽대회 및 장애인동계올림픽대회 조직위원회"를 "「2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회 지원 등에 관한 특별법」 제5조에 따른 2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회 조직위원회"로 한다.
법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제29조의 제목 중 "2018 평창 동계올림픽대회 및 장애인동계올림픽대회"를 "2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회"로 한다.
②부터 ④까지 생략
제3조 생략

부 칙[2016.12.20 제14390호]
제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제89조의2제1항의 개정규정은 2017년 4월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.
③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다.
④ 이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여받는 경우부터 적용한다.
⑤ 이 법 중 개별소비세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 제조장에서 반출하거나 수입신고하는 경우부터 적용한다.
⑥ 이 법 중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 수입신고하는 경우부터 적용한다.
제3조(창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제6조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 창업하는 경우부터 적용한다.
제4조(상생협력을 위한 기금의 출연에 대한 세액공제에 관한 적용례) ① 제8조의3제1항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행 이후 최초로 출연하는 분부터 적용한다.
② 제8조의3제2항 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행 이후 최초로 무상임대를 개시하는 유형고정자산부터 적용한다.
제5조(중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세에 관한 적용례) 제13조제1항·제2항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행 이후 출자하는 경우부터 적용한다.
제6조(내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제13조의2의 개정규정은 이 법 시행 이후 출자하는 경우부터 적용한다.
제7조(창업기획자에의 출자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제14조제1항 및 제8항의 개정규정은 이 법 시행 이후 창업기획자에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분부터 적용한다.
제8조(중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제16조제1항 및 제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 창업·벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구에 투자하는 경우부터 적용한다.
제9조(산업재산권 현물출자 이익에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제16조의4제1항·제2항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행 이후 현물출자하는 경우부터 적용한다.
제10조(외국인근로자에 대한 과세특례에 관한 적용례 등) ① 2014년 1월 1일 전에 국내에서 근무를 시작하여 법률 제12173호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제59조 및 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제8조를 적용받는 외국인근로자의 경우에는 제18조의2제2항 및 제4항의 개정규정에도 불구하고 2018년 12월 31일까지만 외국인근로자에 대한 과세특례를 적용하며, 해당 근로소득에 100분의 19를 곱한 금액을 소득세액으로 한다.
② 제18조의2제2항 및 제4항의 개정규정 중 적용기한에 관한 규정은 2014년 1월 1일 이후에 국내에서 근무를 시작한 경우부터 적용한다.
③ 제18조의2제2항 및 제4항의 개정규정 중 세율에 관한 규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 발생한 소득분에 대해서는 종전의 규정을 적용한다.
제11조(안전설비 투자 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 내진보강 설비에 투자하는 경우부터 적용한다.
제12조(신성장기술 사업화를 위한 시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의5의 개정규정은 이 법 시행 이후 신성장기술 사업화를 위한 시설에 투자하는 경우부터 적용한다.
제13조(영상콘텐츠 제작비용에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의6의 개정규정은 이 법 시행 이후 발생한 영상콘텐츠의 제작비용을 지출하는 경우부터 적용한다.
제14조(중소·중견기업 설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례에 관한 적용례) ① 제28조의2의 개정규정 중 중소기업에 관한 규정은 2016년 7월 1일 이후 취득한 설비투자자산부터 적용한다.
② 제28조의2의 개정규정 중 중견기업에 관한 규정은 2016년 1월 1일 이후 취득한 설비투자자산부터 적용한다.
제15조(중소기업 취업자에 대한 소득세 감면에 관한 적용례) 제30조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 경력단절 여성이 재취업하여 지급받는 소득부터 적용한다.
제16조(정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제에 관한 적용례) 제30조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 정규직 근로자로 전환하는 경우부터 적용한다.
제17조(사업전환 무역조정지원기업에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제33조제4항 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여하는 경우부터 적용한다.
제18조(재무구조개선계획 등에 따른 기업의 채무면제익에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제44조제4항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제19조(합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제47조의4의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제20조(기부장려금에 관한 적용례) ① 제75조제1항 및 제10항의 개정규정은 이 법 시행 이후 기부금 세액공제를 신청하는 경우부터 적용한다.
② 제75조제4항의 개정규정은 이 법 시행 이후 기부장려금단체가 기부장려금 신청명세를 제출하는 경우부터 적용한다.
제21조(행정중심복합도시·혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방 이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제85조의2제4항 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여하는 경우부터 적용한다.
제22조(어린이집용 토지 등의 양도차익에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제85조의5제3항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여하는 경우부터 적용한다.
제23조(소기업·소상공인 공제부금에 대한 소득공제 등에 관한 적용례) ① 제86조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 납부하는 공제부금부터 적용한다.
② 2016년 1월 1일 전에 소기업·소상공인 공제부금에 가입한 자에 대해서도 제86조의3제1항의 개정규정에 따른 공제한도를 적용한다.
제24조(세금우대저축자료의 제출에 관한 적용례 등) ① 제89조의2제1항의 개정규정은 2017년 4월 1일 전에 납입·인출·이체되었던 연금계좌 분에 대해서도 적용한다.
② 제89조의2제1항의 개정규정에도 불구하고 「소득세법」 제20조의3제1항제2호에 따른 연금계좌를 취급하는 금융회사 등은 2017년 4월 1일 전에 납입·인출·이체되었던 연금계좌 자료를 2017년 4월 1일까지 세금우대저축자료 집중기관에 통보하여야 한다.
제25조(임대주택 부동산투자회사의 현물출자자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제97조의6제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여하는 경우부터 적용한다.
제26조(공모부동산투자회사의 현물출자자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제97조의8의 개정규정은 이 법 시행 이후 내국법인이 공모부동산투자회사에 현물출자하는 경우부터 적용한다.
제27조(근로 장려 및 자녀 장려를 위한 조세특례에 관한 적용례) 제100조의10제3항 단서(제100조의31에 따라 자녀장려금에 준용되는 경우를 포함한다)의 개정규정은 이 법 시행 이후 근로장려금 또는 자녀장려금을 경정하는 경우부터 적용한다.
제28조(자본확충목적회사에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제29조(해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례에 관한 적용례) 제104조의10제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제30조(고배당기업 주식의 배당소득에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의27제2항부터 제4항까지의 개정규정은 2016년 12월 31일이 속하는 사업연도의 결산기에 지급하는 배당금부터 적용한다.
제31조(금 관련 제품에 대한 거래계좌에 관한 적용례) 제106조의4제7항 단서의 개정규정은 이 법 시행 전에 스크랩등거래계좌를 사용하여 결제한 경우에 대해서도 적용한다.
제32조(스크랩등에 대한 거래계좌에 관한 적용례) 제106조의9제6항 단서의 개정규정은 이 법 시행 전에 금거래계좌를 사용하여 결제한 경우에 대해서도 적용한다.
제33조(노후경유자동차 교체에 대한 개별소비세 감면에 관한 적용례) ① 제109조의2제1항의 개정규정은 2016년 12월 5일부터 2017년 6월 30일까지 제조장에서 반출하거나 수입신고하는 분에 한정하여 적용한다.
② 제109조의2제1항의 개정규정은 2016년 12월 5일부터 2017년 6월 30일까지 신차를 신규등록하는 경우에 한정한다.
제34조(해외진출 기업의 국내복귀에 대한 관세감면에 관한 적용례) ① 제118조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 국내에서 창업하거나 사업장을 신설 또는 증설하는 경우부터 적용한다.
② 제118조의2제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 수입신고하는 경우부터 적용한다.
제35조(사업재편계획에 따른 기업의 채무면제익에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제121조의29제3항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제36조(합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제121조의31제1항·제2항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제37조(사업재편계획에 따른 합병시 주식교부비율 특례에 관한 적용례) 제121조의32의 개정규정은 이 법 시행 이후 합병하는 경우부터 적용한다.
제38조(상생협력을 위한 기금의 출연에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 제8조의3제1항제2호 및 같은 조 제4항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 출연한 분에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제39조(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 제11조제2항제3호의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자한 분에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제40조(기술이전 및 기술취득 등에 관한 과세특례에 관한 경과조치) 제12조제1항 및 제2항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 특허권등을 이전·취득한 분에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제41조(연구개발특구 입주기업 등이 영위하는 서비스업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 제12조의2제3항·제5항 및 제8항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 기업이 입주한 경우에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제42조(기술혁신형 합병에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 제12조의3제1항제3호의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 합병한 경우에는 종전의 규정에 따른다.
제43조(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 제12조의4제1항제2호 및 제4호의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 주식등을 취득한 경우에는 종전의 규정에 따른다.
제44조(벤처기업 임직원의 주식매수선택권 행사가액 상한에 관한 경과조치) 제16조의3제1항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 주식매수선택권을 행사한 분에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제45조(의약품 품질관리 개선시설투자에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 제25조의4제1항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 투자한 분에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제46조(고용창출투자세액공제에 관한 경과조치) 제26조제1항제2호의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 투자한 분에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제47조(경력단절 여성 재고용 중소기업에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 제29조의3제1항제3호의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 경력단절여성을 고용한 경우에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제48조(주식의 포괄적 교환에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 제38조제1항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 주식의 포괄적 교환을 한 경우에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제49조(소기업·소상공인 공제부금에 관한 경과조치) 제86조의3제5항부터 제7항까지의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 공제계약을 해지한 경우에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제50조(근로 장려 및 자녀 장려를 위한 조세특례에 관한 경과조치) 제100조의3제1항제3호, 제100조의5제1항, 제100조의6제9항, 제100조의7제3항, 제100조의28제1항제3호 및 제100조의31(제100조의10제3항 단서의 개정규정을 준용하는 부분은 제외한다)의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 근로장려금 또는 자녀장려금을 신청한 분에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제51조(해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면에 관한 경과조치) 제104조의24제1항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 국내에서 창업하거나 사업장을 신설한 경우에는 종전의 규정에 따른다.
제52조(석유제품 전자상거래에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 104조의25제1항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 전자결제망을 이용하여 석유제품을 공급하였거나 공급받았던 분에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제53조(노후경유자동차 교체에 대한 개별소비세 감면 등에 관한 경과조치) 부칙 제33조에도 불구하고 2016년 12월 4일 이전에 제조장 또는 보세구역으로부터 반출되어 개별소비세가 납부되었거나 납부될 승용자동차를 2016년 12월 4일 현재 보유하고 있는 제조업자, 도·소매업자 또는 수입업자 등 사업자에 대하여는 해당 승용자동차에 대한 판매확인서, 재고물품확인서, 환급신청서 등 국세청장 또는 관세청장이 정하는 증거서류를 첨부하여 관할세무서장 또는 관할세관장의 확인을 받으면 해당 승용자동차는 2016년 12월 5일 이후에 제조장 또는 보세구역으로부터 반출된 것으로 보아 제109조의2에 따라 감면, 환급 또는 공제받을 수 있다.
제54조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 제121조의2 및 제121조의5의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 조세감면을 신청한 분에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제55조(제주첨단과학기술단지 입주기업이 영위하는 서비스업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 제121조의8제2항·제4항 및 제7항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 기업이 입주한 경우에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제56조(제주투자진흥기구 또는 제주자유무역지역 입주기업이 영위하는 서비스업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 제121조의9제4항·제6항 및 제9항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 기업이 입주한 경우(개발사업시행자는 이 법 시행 전에 투자를 개시한 경우를 말한다)에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제57조(기업도시개발구역 등의 창업기업 등이 영위하는 서비스업에 대한 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 제121조의17제1항·제2항·제4항·제6항 및 제10항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 창업하였거나 사업장을 신설한 경우(개발사업시행자는 이 법 시행 전에 투자를 개시한 경우를 말한다)에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제58조(아시아문화중심도시 투자진흥기구 입주기업 등이 영위하는 서비스업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 제121조의20제4항·제6항 및 제12항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 기업이 입주한 경우에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제59조(금융중심지 창업기업 등이 영위하는 서비스업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 제121조의21제4항·제6항 및 제12항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 창업하였거나 사업장을 신설한 경우에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제60조(첨단의료복합단지 입주기업이 영위하는 서비스업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 제121조의22제3항·제5항 및 제8항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 기업이 입주한 경우에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
제61조(세액공제액의 이월공제에 관한 경과조치) 제144조제3항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 투자한 분에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2016.12.27 제14481호(농업협동조합법)]
제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제11조까지 생략
제12조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제121조의23제1항 중 "제134조의2부터 제134조의5까지"를 "제161조의2, 제161조의10부터 제161조의12까지"로 하고, 같은 조 제2항 중 "제134조의3"을 "제161조의10"으로 하며, 같은 조 제3항 중 "제134조의2"를 "제161조의2"로 하고, 같은 조 제6항제2호 및 같은 조 제8항 중 "명칭사용료"를 각각 "농업지원사업비"로 하며, 같은 조 제10항 중 "제134조의2부터 제134조의5까지"를 "제161조의2, 제161조의10부터 제161조의12까지"로 하고, 같은 조 제11항 중 "제134조의5제1항"을 "제161조의12제1항"으로 한다.
⑦ 및 ⑧ 생략

부 칙[2017.2.8 제14567호(도시 및 주거환경정비법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제38조까지 생략
제39조(다른 법률의 개정) ①부터 <18>까지 생략
<19> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제77조제3항제2호 중 "사업시행인가"를 "사업시행계획인가"로 한다.
제104조의7제1항 본문 중 "「도시 및 주거환경정비법」 제18조"를 "「도시 및 주거환경정비법」 제38조"로 하고, 같은 조 제2항 전단 중 "제18조"를 "제35조"로 한다.
제104조의26제1항 각 호 외의 부분 중 "「도시 및 주거환경정비법」 제16조의2"를 "「도시 및 주거환경정비법」 제113조"로 하고, 같은 항 제1호 중 "「도시 및 주거환경정비법」 제16조의2제7항"을 "「도시 및 주거환경정비법」 제133조"로 한다.
<20>부터 <24>까지 생략
제40조 생략

부 칙[2017.2.8 제14569호(빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제7조까지 생략
제8조(다른 법률의 개정) ①부터 <17>까지 생략
<18> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제98조의3제2항제1호 중 "주택재개발사업 또는 주택재건축사업"을 "재개발사업 또는 재건축사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 에 따른 소규모재건축사업"으로 한다.
제104조의19제1항제3호 중 "「도시 및 주거환경정비법」 제7조부터 제9조까지"를 "「도시 및 주거환경정비법」 제24조부터 제28조까지 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제17조부터 제19조까지"로 한다.
<19>부터 <26>까지 생략
제9조 생략

부 칙[2017.4.18 제14760호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제29조의5제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 증가하는 청년 정규직 근로자 분부터 적용한다.
제3조(정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제에 관한 적용례) 제30조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 정규직 근로자로 전환하는 분부터 적용한다.
제4조(근로장려금의 신청자격에 관한 적용례) 제100조의3제1항제1호다목 및 라목의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 귀속되는 소득분부터 적용한다.
제5조(자녀장려금의 신청자격에 관한 적용례) 제100조의28제1항제4호의 개정규정은 이 법 시행 후 자녀장려금을 신청하는 경우부터 적용한다.
제6조(고용창출투자세액공제에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 투자한 경우에는 제26조제1항제2호 본문의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2017.9.12 제14874호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의28제5항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간에 재화 또는 용역을 공급받는 분부터 적용한다.

부 칙[2017.10.31 제15022호(주식회사 등의 외부감사에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제13조까지 생략
제14조(다른 법률의 개정) ①부터 <29>까지 생략
<30> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제104조의23제1항 각 호 외의 부분 중 "「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제13조제1항제1호"를 "「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제5조제1항제1호"로 한다.
<31>부터 <37>까지 생략
제15조 생략