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제3조(적용 범위)
이 법은 독도 등 대한민국의 주권이 미치는 특정도서의 자연생태계등의 보호에 관한 사항에 대하여 적용한다.
[전문개정 2011.7.28

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부칙
①(施行日) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②(經過措置) 이 법 시행당시 이미 관계법령에 의하여 제8조제1항 각호의 규정에 의한 행위를 적법하게 하고 있는 자에 대하여는 제8조의 규정을 적용하지 아니한다.

부 칙[1999·5·24 제5982호(정부조직법)]
제1조 (施行日) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 <76>생략
<77>독도등도서지역의생태계보전에관한특별법중 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항 단서, 제8조제1항 본문, 제9조제1항 본문 및 제10조제1항중 "문화체육부장관"을 "문화재청장"으로 한다.
<78>생략
제4조 내지 제5조생략
제6조 (조직폐지 및 신설에 따른 다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 기획예산위원회 또는 예산청을 인용한 경우에는 기획예산처를, 기획예산위원회위원장 또는 예산청장을 인용한 경우에는 기획예산처장관을, 기획예산위원회 또는 예산청소속공무원을 인용한 경우에는 기획예산처소속공무원을, 공보실 또는 해외홍보와 관련하여 문화관광부를 인용한 경우에는 국정홍보처를, 공보실장 또는 문화관광부장관을 인용한 경우에는 국정홍보처장을, 공보실 또는 문화관광부소속공무원을 인용한 경우에는 국정홍보처소속공무원을, 문화재와 관련하여 문화관광부 또는 문화재관리국을 인용한 경우에는 문화재청을, 문화관광부장관 또는 문화재관리국장을 인용한 경우에는 문화재청장을, 문화관광부 또는 문화재관리국소속 공무원을 인용한 경우에는 문화재청소속 공무원을 각각 인용한 것으로 본다.

부칙 [2002.12.30. (환경정책기본법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법령의 개정) ①독도등도서지역의생태계보전에관한특별법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항 각호외의 부분중 "의견을 들은 후 환경정책기본법 제36조의 규정에 의한 환경보전위원회의 심의를 거쳐야 한다."를 "의견을 들어야 한다."로 한다.
제5조제1항중 "협의한 후 환경정책기본법 제36조의 규정에 의한 환경보전위원회의 심의를 거쳐 이를 확정한다."를 "협의한 후 이를 확정한다."로 한다.
② 내지 ⑥ 생략

부칙 [2003.12.30.]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제6조의2ㆍ제12조의2 및 제12조의3의 개정규정은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.2.9. 법률 제7167호(야생동식물보호법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제28조 생략
제29조 ① 내지 ③ 생략
④독도등도서지역의생태계보전에관한특별법중 다음과 같이 개정한다.
제8조제1항제10호중 “자연환경보전법 제2조제18호의 규정에 의한 생태계위해외래동·식물”을 “야생동·식물보호법 제2조제4호의 규정에 의한 생태계교란야생동·식물”로 한다.
⑤ 이하생략

부칙 [2007.5.17 제8465호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2009.5.21 제9696호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙을 적용할 때에는 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2011.4.28 제10612호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(진행 중인 행위에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 행한 처분, 그 밖의 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위는 이 법에 따른 처분, 그 밖의 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
③(시·도특정도서에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 시·도지사가 지정·고시한 시·도특정도서는 제4조에 따라 지정·고시한 특정도서로 본다.

부 칙[2011.7.28 제10974호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2011.7.28 제10977호(야생생물 보호 및 관리에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 및 ② 생략
③ 독도 등 도서지역의 생태계보전에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제1항제10호 중 “「야생동ㆍ식물보호법」 제2조제4호에 따른 생태계교란야생동ㆍ식물”을 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 생태계교란 야생생물”로 한다.
④부터 <20>까지 생략
제11조 생략

부 칙[2012.2.1 제11257호(생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 독도 등 도서지역의 생태계 보전에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제1항제10호 중 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 생태계교란 야생생물”을 “「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 생태계교란 생물”로 한다.
②부터 ⑦까지 생략

부 칙[2014.3.18 제12458호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2020.5.26 제17326호(법률용어 정비를 위한 환경노동위원회 소관 65개 법률 일부개정을 위한 법률)]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>