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제3조(적용의 예외등)
①비료를 공업용 또는 사료용으로 공급하기 위하여 생산·수입 또는 판매하는 경우에는 이 법의 규정을 적용하지 아니한다.<개정 1999.3.31>
②농업·림업·축산업 또는 수산업을 영위하는 자가 그 영위과정에서 나온 부산물비료를 다른 비료의 원료로 판매하거나 포장하지 아니하고 판매하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 이 법의 규정을 적용하지 아니한다.<개정 1999.3.31>
③삭제<1999.3.31>

부칙 <제5019호,1995.12.6>
①(시행일) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제8조제3항의 규정은 공포한 날부터 시행한다.
②(비료의 생산업 등록에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 비료의 생산업 허가를 받은 자는 이 법에 의한 비료의 생산업 등록을 한 것으로 본다.
③(비료의 판매업 신고에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 비료의 판매업을 등록한 자는 이 법에 의한 비료의 판매업 신고를 한 것으로 본다.
④(벌칙의 적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙(정부조직법) <제5153호,1996.8.8>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 30일이내에 제41조의 개정규정에 의한 해양수산부와 해양경찰청의 조직에 관한 대통령령의 시행일부터 시행한다.
[1996.8.8 대통령령 제15135호에 의하여 공포한 날부터 시행]
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 <58>생략
<59>비료관리법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제3호, 제3조제1항·제3항·제4항, 제4조제1항, 제5조, 제6조, 제8조제1항·제3항, 제9조, 제11조제1항 본문, 동조제2항·제4항, 제17조 단서, 제21조 및 제26조제1항 내지 제3항중 "농수산부장관"을 각각 "농림부장관"으로 한다.
제3조제2항, 제11조제3항, 제13조제1항·제3항, 제16조 및 제25조중 "농수산부령"을 각각 "농림부령"으로 한다.
<60>법률 제5019호 비료관리법개정법률중 다음과 같이 개정한다.
제2조제3호·제4호, 제4조제1항·제2항·제4항, 제5조제1항·제3항·제4항, 제7조, 제9조, 제10조제1항·제2항, 제11조제1항 본문, 동조제2항·제4항, 제18조제2항, 제19조 본문 및 제24조제2항중 "농림수산부장관"을 각각 "농림부장관"으로 한다.
제3조제3항, 제4조제2항, 제11조제5항, 제12조제1항, 제13조제2항, 제14조제1항, 제19조제1호·제3호, 제20조제1항제3호·제4호, 동조제3항 및 제25조중 "농림수산부령"을 각각 "농림부령"으로 한다.
<61>내지 <69>생략
제4조 생략

부칙(행정절차법의시행에따른공인회계사법등의정비에관한법율부칙<제5453호,1997.12.13>
제1조(시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략

부칙 <제5947호,1999.3.31>
①(시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
②(비료생산업 또는 수입업의 등록 또는 신고에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제11조의 규정에 의하여 비료의 생산업 또는 수입업의 등록을 한 자는 제11조 및 제12조의 개정규정에 의하여 비료생산업의 등록 또는 비료수입업의 신고를 한 것으로 본다. 이 경우 산업자원부장관에게 비료생산업을 등록한 자는 이 법 시행후 3월이내에 관할 시·도지사에게 비료생산업등록증의 재교부를 신청하여야 한다.