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제6조(조직)
① 국정원의 조직은 원장이 대통령의 승인을 받아 정한다.
② 제1항에도 불구하고 원장은 제4조에 따른 직무범위를 일탈하여 정치관여의 우려가 있는 정보 등을 수집·분석하기 위한 조직을 설치하여서는 아니 된다.
③ 국정원은 직무 수행상 특히 필요한 경우에는 대통령의 승인을 받아 특별시·광역시·특별자치시·도 또는 특별자치도에 지부(支部)를 둘 수 있다.

부 칙[2020.12.15 제17646호]
제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제4조제1항제1호다목·라목, 제5조제2항(제4조제1항제1호다목 및 라목과 관련된 조사에 한정한다) 및 부칙 제5조제5항·제6항·제7항의 개정규정은 2024년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「국가정보원법」에 따른 행위로서 이 법에 그에 해당하는 규정이 있는 경우에는 이 법에 따라 한 것으로 본다.
제3조(수사권에 관한 경과조치) 2023년 12월 31일까지는 종전의 「국가정보원법」 제3조제1항제3호 및 제4호, 제11조제2항, 제16조, 제19조제2항을 계속 적용한다.
제4조(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 「국가정보원법」 제9조 또는 제11조를 위반한 행위에 대하여 벌칙을 적용할 때는 종전의 규정에 따른다.
제5조(다른 법률의 개정) ① 고위공직자범죄수사처 설치 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제3호바목을 다음과 같이 한다.
바. 「국가정보원법」 제21조 및 제22조의 죄
② 공직자윤리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제10조제1항제4호 중 "외무공무원과 국가정보원의 기획조정실장"을 "외무공무원"으로 한다.
③ 국회법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제37조제1항제16호나목 및 제84조제4항 중 "「국가정보원법」 제3조제1항제5호"를 각각 "「국가정보원법」 제4조제1항제5호"로 한다.
④ 군 사망사고 진상규명에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제5항 중 "「국가정보원법」 제3조제2항"을 "「국가정보원법」 제4조제3항"으로 한다.
⑤ 군사법원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제43조제3호 및 제44조제3호를 각각 삭제한다.
⑥ 사법경찰관리의 직무를 수행할 자와 직무범위에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조를 삭제한다.
⑦ 정부조직법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제17조제1항 중 "정보·보안 및 범죄수사에"를 "정보 및 보안에"로 한다.
⑧ 항공보안법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항제4호 단서 중 "「국가정보원법」 제3조"를 "「국가정보원법」 제4조"로 한다.
⑨ 항공안전기술원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제3항 중 "「국가정보원법」 제13조제4항"을 "「국가정보원법」 제4조제1항제2호"로 한다.
⑩ 형의 실효 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항제5호 중 "「국가정보원법」 제3조제2항"을 "「국가정보원법」 제4조제3항"으로 한다.
제6조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「국가정보원법」의 규정을 인용하고 있는 경우 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.