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제3조(다른 법률과의 관계)
이 법은 전사자유해의 조사·발굴(유해수습, 현장 감식 등을 포함한다. 이하 "조사·발굴"이라 한다)에 관하여 다른 법률에 우선하여 적용한다.

부칙 [2008.3.21 제8924호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(전사자유해의 조사·발굴 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 국방부장관이나 전사자유해의 조사·발굴 등의 업무를 관장하는 국방부 직할기관의 장이 행한 전사자유해의 조사·발굴·신원확인 및 안장 등은 이 법의 취지에 반하지 아니하는 범위에서 이 법에 따라 행한 것으로 본다.
③(손실보상에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 국방부장관이나 전사자유해의 조사·발굴 등의 업무를 관장하는 직할기관의 장이 전사자유해의 조사·발굴 및 안장 등의 업무를 수행하면서 타인에게 끼친 손실에 대하여는 제13조를 적용하여 보상할 수 있다.

부칙 [2011.3.29 제10465호(개인정보 보호법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 6·25 전사자유해의 발굴 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제14조제1항제2호 중 “「공공기관의 개인정보보호에 관한 법률」 제2조제2호”를 “「개인정보 보호법」 제2조제1호”로 한다.
②부터 ⑭까지 생략
제7조 생략

부 칙[2012.2.1 제11250호(생명윤리 및 안전에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 6ㆍ25 전사자유해의 발굴 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제2항 중 “「생명윤리 및 안전에 관한 법률」 제29조”를 “「생명윤리 및 안전에 관한 법률」 제52조”로 한다.
② 생략
제7조 생략

부 칙[2014.5.9 제12563호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.11.19 제12844호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <48>까지 생략
<49> 6ㆍ25 전사자유해의 발굴 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제2항 중 "해양경찰서장"을 "해양경비안전서장"으로 한다.
<50>부터 <258>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2015.3.27 제13236호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2015.12.22 제13609호(참전유공자 예우 및 단체설립에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 6·25 전사자유해의 발굴 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호 중 "「참전유공자예우에 관한 법률」"을 "「참전유공자 예우 및 단체설립에 관한 법률」"로 한다.
②부터 ⑦까지 생략

부 칙[2016.12.20 제14416호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2017.7.26 제14839호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제5조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①부터 <40>까지 생략
<41> 6·25 전사자유해의 발굴 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제2항 중 "해양경비안전서장"을 "해양경찰서장"으로 한다.
<42>부터 <382>까지 생략
제6조 생략

부 칙[2017.11.28 제15045호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2021.4.13 제17992호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(적용례) 제6조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 5년 단위의 기본계획을 수립·시행하는 경우부터 적용한다.