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제139조(징수부족액의 이월징수)
제137조 또는 제138조의 규정에 의한 원천징수(이하 "근로소득세액년말정산"이라 한다)에 있어서 징수하여야 할 소득세가 지급할 근로소득을 초과하는 때에는 그 초과하는 세액은 그 다음달의 근로소득을 지급하는 때에 징수한다. 다만, 그 다음달에 지급할 근로소득이 없는 경우에는 전액 원천징수하여야 한다.

부칙 <제4803호,1994.12.22>
제1조 (시행일) ①이 법은 1996년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제17조제2항(종전의 제26 조제1항의 개정 규정을 말한다)·제32조제1항(종전의 제39조제1항의 개정 규정을 말한다)·제47조제1항(종전의 제61조제1항의 개정규정을 말한다)·제69조제1항(종전의 제90조제1항의 개정규정을 말한다)·제84조(종전의 제130조의 개정규정을 말한다)·제99조(종전의 제60조의 개정규정을 말한다)·제105조제1항(종전의 제95조제1항의 개정규정을 말한다)·제163조(종전의 제189조의 개정규정을 말한다)·제164조제7항(종전의 제193조제6항의 개정규정을 말한다) 및 제166조(종전의 제195조의 개정규정을 말한다)의 규정은 1995년 1월 1일부터 시행하고, 제16조제1항제11호의 규정은 1999년 1월 1일부터 시행한다.
②제47조제1항(종전의 제61조제1항의 개정규정을 말한다)은 1995년 1월 1일부터 시행하되, 1995년 1월 1일부터 1995년12월31일까지 발생한 근로소득에 대하여는 동조동항의 규정에 불구하고 다음의 금액을 공제한다. 이 경우 공제액이 690만원을 초과하는 경우에는 690만원을 공제한다.
〈급여액〉 〈공제액〉
310만원이하 급여액
310만원초과 310만원＋310만원을 초과하는 금액의 100분의 30
제2조 (일반적 적용례) 이 법은 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다. 다만, 제69조제1항(종전의 제90조제1항의 개정규정을 말한다)의 규정은 1995년 1월 1일이후 최초로 매매하는 것부터 적용한다.
제3조 (양도소득에 관한 적용례) 이 법중 양도소득에 관한 규정은 각 해당 조항의 시행후 최초로 양도하는 것부터 적용한다.
제4조 (직장공제회 초과반환금에 관한 적용례) 제16조제1항제11호의 규정은 1999년 1월 1일이후 최초로 직장공제회에 가입하여 불입하는 것부터 적용한다.
제5조 (과세표준확정신고등의 적용례) 제24조 내지 제36조·제38조 내지 제45조·제57조 ·제70조제4항제3호 및 제4호·제78조 내지 제80조·제81조제1항·제2항 및 제6항·제85조 및 제160조의 규정은 1996년 1월 1일이후 최초로 신고기한이 도래하는 것부터 적용한다.
제6조 (주택저축등의 공제에 관한 적용례) 제52조제1항제5호의 규정은 1996년 1월 1일이후 최초로 불입한 저축금액 또는 1996년 1월 1일이후 주택을 취득하거나 임차하기 위하여 차입한 차입금의 원리금 상환금액부터 적용한다. 다만, 1996년 1월 1일현재 종전의 근로자의주거안정과목돈마련지원에관한법률 제6조의 규정에 의한 주택자금 상환세액공제의 적용대상이 되는 자에게는 1995년12월 31일이전에 취득하거나 임차한 당해 주택에 대한 차입금에 대하여도 1996년 1월 1일이후 최초로 상환하는 금액부터 동호 나목의 규정을 적용한다.
제7조 (원천징수세율에 관한 적용례) 제129조제1항 및 제2항의 규정은 1996년 1월 1일이후 최초로 발생하는 소득을 지급하는 것부터 적용한다.
제8조 (양도자산의 취득시기에 관한 의제) 제94조제1호에 규정하는 자산으로서 1984년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1985년 1월 1일에 취득한 것으로 보며, 동조제2호 내지 제5호에 규정하는 자산의 경우로서 대통령령이 정하는 자산에 대하여는 대통령령이 정하는 날에 취득한 것으로 본다.<전문개정 1995·12·29>
제9조 (비과세 리자에 대한 경과조치) 다음 각호의 1의 채권 또는 저축에서 발생하는 리자에 대하여는 소득세를 부과하지 아니한다.
1. 1982년 1월 1일전에 한국주택은행이 주택건설촉진법에 의하여 발행한 국민주택채권
2. 1983년 1월 1일전에 발행한 다음 각목의 1에 해당하는 채권
가. 종전의 산업복흥채권법에 의하여 국가가 발행한 산업복흥국채
나. 징발재산정리에관한특별조치법에 의하여 국가가 발행한 징발보상채권
다. 종전의 통신시설확장에따른림시조치법에 의하여 국가가 발행한 전신·전화채권
라. 주택건설촉진법에 의하여 국가가 발행한 국민주택채권
마. 지방재정법에 의하여 지방자치단체가 발행한 지하철공채·도로공채 및 상수도공채
바. 한국토지개발공사가 한국토지개발공사법에 의하여 발행한 토지개발채권
3. 1991년 1월 1일전에 발생된 국민저축조합저축의 리자
제10조 (원천징수세률에 관한 특례) 1991년 1월 1일전에 발생한 리자소득 및 배당소득으로서 1991년 1월 1일현재의 소득세와 1990년 12월 31일이전의 방위세법 및 교육세법에 의한 방위세 및 교육세를 납부하지 아니한 것에 대한 원천징수세률은 법률 제4281호(소득세법중개정법률) 부칙 제16조의 규정에서 정하는 바에 의한다.
제11조 (일반적 경과조치) 이 법 각 해당 조항의 시행전에 종전의 규정에 의하여 과세하였거나 과세하여야 할 소득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제12조 (다른 법령과의 관계) 1996년 1월 1일 당시 다른 법령에서 종전의 소득세법의 규정을 인용한 경우에는 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.
제13조 (다른 법률의 개정) ①법인세법중 다음과 같이 개정한다.
제1조제1항제3호중 "소득세법 제17조제1항각호"를 "소득세법 제16조제1항각호"로 하고, 동조동항제4호중 "소득세법 제18조제1항 각호"를 "소득세법 제17조제1항 각호"로 한다.
제12조의2제1항제1호중 "소득세법 제17조제1항제1호 내지 제10호"를 "소득세법 제16조제1항제1호 내지 제11호"로 하고, 동조동항제2호중 "소득세법 제18조제1항제6호"를 "소득세법 제17조제1항제5호"로 한다.
제16조제11호 다목중 "소득세법 제17조제1항제1호·제2호·제6호 및 제9호"를 "소득세법 제16조제1항제1호·제2호·제6호 및 제9호"로 한다.
제27조제1항중 "소득세법 제17조제1항제11호"를 "소득세법 제16조제1항제12호"로 한다.
제39조제1항 본문중 "소득세법 제142조제1항제1호"를 "소득세법 제127조제1항제1호"로, "동법 제18조제1항제6호"를 "동법 제17조제1항제5호"로, "소득세법 제146조의2"를 "소득세법 제131조"로 하고, 동조동항제1호중 "소득세법 제17조제1항제11호"를 "소득세법 제16조제1항제12호"로 한다.
제41조제4항 본문 중 "납세지관할세무서장은 내국법인이 제63조제1항의 규정에 의하여 제출하여야 할 지급조서를 동조제5항의 기한내에 제출하지 아니하였거나"를 "납세지관할세무서장은 제63조 또는 소득세법 제164조의 규정에 의하여 지급조서를 제출하여야할 내국법인이 동법 동조제1항 및 제3항의 규정에 의한 기한내에 이를 제출하지 아니하였거나"로 하고, 동조동항의 단서를 다음과 같이 하며, 동조제5항중 "제63조제1항 및 제5항"을 "제63조"로 한다.
다만, 소득세법 제164조제1항 및 제3항의 규정에 의한 기한을 경과하여 동법 동조제5항의 기한내에 제출한 경우에는 소득세법 제81조제5항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 가산하여 법인세로 징수한다. 이 경우 산출세액이 없을 때에도 가산세는 징수한다.
제55조제1항제1호 중 "소득세법 제135조제1항 및 제3항"을 "소득세법 제120조제1항 및 제3항"으로, "소득세법 제17조제1항"을 "소득세법 제16조제1항"으로 하고, 동조제1항제2호중 "소득세법 제18조제1항에 규정하는 배당소득(동조동항제7호의 규정에 의한 소득을 제외한다)"을 "소득세법 제17조제1항에 규정하는 배당소득(동조동항제6호의 규정에 의한 소득을 제외한다)"으로 하며, 동조제1항제4호중 "소득세법 제135조제1항 및 제3항"을 "소득세법 제120조제1항 및 제3항"으로 하고, 동조제1항제7호중 "소득세법 제23조제1항에 규정하는 양도소득(동조동항제4호의 규정에 의한 소득을 제외한다)"을 "소득세법 제94조에 규정하는 양도소득(동조제4호의 규정에 의한 소득을 제외한다)"으로 하며, 동조동항제8호 중 "소득세법 제24조"를 "소득세법 제23조"로 한다.
제55조제1항제10호 중 "소득세법 제23조제1항제5호"를 "소득세법 제94조제5호"로 한다.
제59조제8항중 "소득세법 제135조"를 "소득세법 제120조"로 한다.
제59조의6제2항중 "소득세법 제15조"를 "소득세법 제92조"로 하고, "동법 제70조제3항 각호"를 "동법 제104조제1항 각호"로 한다.
제59조의7제1항중 "소득세법 제95조 내지 제98조"를 "소득세법 제105조 내지 제108조"로, "소득세법 제99조 및 제107조의 2"를 "소득세법 제109조 및 제112조"로 한다.
제63조를 다음과 같이 한다.
제63조 (지급조서의 제출의무) ①제1조의 규정에 의하여 납세의무있는 법인에게 소득세법 제16조제1항의 리자소득 또는 소득세법 제17조제1항제5호의 증권투자신탁수익의 분배금을 지급하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 지급조서를 제출하여야 한다.
②지급조서의 제출에 대해서는 소득세법 제164조의 규정을 준용한다.
②토지초과이득세법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제7호중 "소득세법 제4조제3항"을 "소득세법 제88조제1항"으로 하고, 동조제10호중 "소득세법 제23조"를 "소득세법 제94조"로 한다.
제11조제4항중 "소득세법 제51조"를 "소득세법 제39조"로 한다.
제26조제4항중 "소득세법 제95조 또는 제100조"를 "소득세법 제105조 또는 제110조"로 한다.
③조세감면규제법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제3호중 "소득세법 제100조 또는 제102조"를 "소득세법 제70조 내지 제72조·제74조 및 제110조"로 하고, 동조동항제4호중 "소득세법 제28조"를 "소득세법 제24조"로 하며, 동조동항제5호중 "소득세법 제31조"를 "소득세법 제27조"로 하고, 동조동항제6호중 "소득세법 제23조"를 "소득세법 제94조"로 한다.
제10조제1항제2호중 "소득세법 제43조"를 "소득세법 제33조제1항제6호"로 한다.
제13조중 "소득세법 제23조제1항제4호"를 "소득세법 제94조제4호"로 한다.
제31조제1항제2호중 "소득세법 제23조제2항 각호 및 동법제45조"를 "소득세법 제95조제2항·동법 제97조 및 동법 제103조"로 하고, 동조제3호중 "소득세법 제55조"를 "소득세법 제101조"로 한다.
제32조제3항중 "소득세법 제55조"를 "소득세법 제101조"로 한다.
제36조제4항중 "소득세법 제55조제2항"을 "소득세법 제101조제2항"으로 한다.
제40조중 "소득세법 제26조제1항제4호"를 "소득세법 제17조제2항제4호"로 한다.
제67조제2항중 "소득세법 제5조제6호의(자)목"을 "소득세법 제89조제3호"로 한다.
제80조제3항중 "소득세법 제17조제1항제3호"를 "소득세법 제16조제1항제3호"로 한다.
제81조제1항중 "소득세법 제144조"를 "소득세법 제129조"로 한다.
제83조제1항중 "소득세법 제25조제1항제4호"를 "소득세법 제21조제1항제4호"로 하고, "소득세법 제15조제2항"을 "소득세법 제14조제2항"으로 하며, 동조제4항중 "소득세법 제17조제1항각호 및 동법 제18조제1항제6호"를 "소득세법 제16조제1항각호 및 동법 제17조제1항제5호"로 한다.
제88조제4항중 "소득세법 제55조"를 "소득세법 제41조"로 한다.
④자산재평가법 중 다음과 같이 개정한다.
제2조제2항 후단중 "소득세법 제38조 및 제39조"를 "소득세법 제31조 및 제32조"로 한다.

부칙 <제4856호,1994.12.31>
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략
제10조 (다른 법률의 개정) ①내지 ③생략
④소득세법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제4호(자)목 및 제5호(나)목중 "국가유공자예우등에관한법률"을 "독립유공자예우에관한법률 및 국가유공자예우등에관한법률"로 한다.
⑤내지 ⑦생략
제11조 생략

부칙 <제5031호,1995.12.29>
제1조 (시행일) 이 법은 1996년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제17조·제56조제1항·제165조 및 법률 제4803호 부칙 제8조의 개정규정은 1997년 1월 1일부터 시행하고, 제12조제4호의2·제20조의2제1항제1호의 개정규정은 1998년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (적용예) 이 법은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제3조 (일시재산소득에 관한 적용예) 제4조제1항제1호·제12조제4호의2 및 제20조의2의 개정규정은 각 해당 조항의 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제4조 (세액감면신청에 관한 적용예) 제13조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 과세표준을 신고하는 분 또는 근로를 제공하고 지급받는 급여분부터 적용한다.
제5조 (채권등의 소득금액 계산에 관한 적용예) ① 제46조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 리자등을 지급받거나 법인에게 매도하는 분부터 적용한다.
②이 법 시행전에 발행한 채권등으로서 이 법 시행후 최초로 리자등을 지급받거나 법인에게 매도하는 것에 대하여는 당해 채권등의 발행일 또는 직전 원천징수일부터 1995년 12월 31일 까지 발생한 리자상당액에 대하여도 당해 리자등을 지급받는 자에게 리자소득이 귀속되는 것으로 보아 제46조의 규정을 적용하되, 원천징수시 과세표준과 세액의 계산은 종전의 규정을 적용한다.
제6조 (중도해지로 인한 리자소득금액 계산의 특례에 관한 적용예) 제46조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생한 리자소득으로서 중도해지로 감액된 분부터 적용한다.
제7조 (소액불징수에 관한 적용예) 제86조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 원천징수시기가 도래하는 분부터 적용한다.
제8조 (양도소득에 관한 적용예) ①이 법중 양도소득에 관한 규정은 각 해당 조항 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 제165조의 개정규정은 1997년 1월 1일이후 최초로 부동산매매계약을 체결하는 분(등기부에 기재된 등기원인일을 말한다)부터 적용한다.<개정 1996·12·30>
②제112조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 납기가 도래하는 분부터 적용한다.
③법률 제4803호 부칙 제8조의 개정규정은 1997년 1월 1일이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제9조 (비거주자의 국내원천소득에 관한 적용예) 제119조제1호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득을 지급하는 것부터 적용한다.
제10조 (원천징수의무에 관한 적용예) 제127조제6항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득을 지급하는 것부터 적용한다.
제11조 (지급조서제출에 관한 적용예) 제164조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득을 지급하는 것부터 적용한다.
제12조 (부동산양도신고등에 관한 적용예) 제165조의 개정규정은 1997년 1월 1일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제13조 (다른 법령의 개정) 농어촌특별세법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제4항제1호중 "100분의 20을"을 "100분의 15를"로 한다.

부칙(지가공시및토지등의평가에관한법율) <제5108호,1995.12.29>
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑧생략
②소득세법중 다음과 같이 개정한다.
제99조제1항제1호 가목중 "지가공시및토지등의평가에관한법률의 규정에 의한 공시지가 및 시장· 군수· 구청장(자치구의 구청장을 말한다)이 동법 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가"를 "토지공시및토지등의평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가"로 한다.
⑩생략

부칙 <제5155호,1996.8.14>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용예) 이 법은 이 법 시행일이 속하는 과세기간분부터 적용한다.
제3조 (년도중 퇴직자에 대한 초과납부세액의 환급) ①이 법 시행전의 퇴직으로 인하여 종전 규정을 적용하여 거주자의 1996년도분 근로소득세액이 년말정산되었거나 퇴직소득세액이 원천징수된 경우로서 당해 세액이 이 법의 개정규정에 의하여 납부할 세액을 초과하는 경우에는 제70조 또는 제71조의 규정에 의한 과세표준확정신고에 의하여 초과납부한 세액을 환급받을 수 있다.
②제1항의 규정에 의한 환급신청 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부칙 <제5191호,1996.12.30>
제1조 (시행일) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용예) 이 법은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제3조 (우리사주조합원의 배당소득에 관한 적용예) 제14조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.
제4조 (보고불성실가산세등에 관한 적용예) 제81조 및 제163조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 분에 대한 계산서부터 적용한다.
제5조 (양도소득세에 관한 적용예) ①이 법중 양도소득에 관한 규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
②제95조제4항 단서, 제97조제4항 및 제6항, 제101조제2항, 제104조제2항 단서의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 배우자로부터 증여받아 양도하는 분부터 적용한다.
③제112조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 납기가 도래하는 분부터 적용한다.
제6조 (국내원천소득에 관한 적용예) 제119조제11호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하는 소득분부터 적용한다.

부칙 (상속세법) <제5193호,1996.12.30>
제1조 (시행일) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제13조 생략
제14조 (다른 법률의 개정) ①및 ②생략
③소득세법중 다음과 같이 개정한다.
제88조제1항중 "상속세법 제29조의4제2항 본문"을 "상속세및증여세법 제47조제3항 본문"으로 한다.
④내지 ⑧생략
제15조 생략

부칙 (북한이탈주민의보호및정착지원에관한법율) <제5259호,1997.1.13>
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제12조 생략
제13조 (다른 법률의 개정) ①생략
②소득세법중 다음과 같이 개정한다.
제12조제5호중 "귀순북한동포보호법"를 "북한이탈주민의보호및정착지원에관한법률"로 한다.

부칙 (국가유공자예우등에관한법율) <제5291호,1997.1.13>
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑦생략
②소득세법중 다음과 같이 개정한다.
제12조제4호 차목 및 제12조제5호 가목중 "국가유공자예우등에관한법률"을 각각 "국가유공자등예우및지원에관한법률"로 한다.