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제12조(연구기관 결산서의 제출기한)
법 제15조제3항에서 “대통령령이 정하는 기간 이내”라 함은 매년 3월 31일 이내를 말한다.

부칙 [2004.12.3.]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(연구기관의 원장선임에 관한 경과조치) 이 영 시행당시 연구회 이사회에서 연구기관의 원장선임을 위한 심사위원회 또는 원장추천위원회를 구성하여 절차가 진행중인 경우에는 동 절차가 이 영에 의하여 진행된 것으로 본다.
제3조(운영위원회의 위원장 및 대학원대학의 장 등에 관한 경과조치) ①이 영 시행당시 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률시행령 제3조의4제2항 및 제3조의5제3항의 규정에 의하여 호선되거나 선임된 운영위원회의 위원장 및 대학원대학의 장은 이 영 제26조제2항 및 제29조제1항의 규정에 의하여 호선되거나 선임된 것으로 본다. 다만, 그 임기는 종전의 규정에 의한 운영위원회의 위원장 및 대학원대학의 장의 잔임기간으로 한다.
②이 영 시행당시 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률시행령 제3조의5제4항제2호 및 제5호의 규정에 의하여 지정되거나 선임된 운영위원회의 위원은 이 영 제26조제3항제2호 및 제5호의 규정에 의하여 지정되거나 선임된 것으로 본다. 다만, 그 임기는 종전의 규정에 의한 운영위원회의 위원의 잔임기간으로 한다.
제4조(다른 법령의 개정) ①개발제한구역의지정및관리에관한특별조치법시행령중 다음과 같이 개정한다.
별표 3 제27호중 “특정연구기관육성법”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로, “한국전기연구소”를 “한국전기연구원”으로 한다.
②건설기계관리법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제18조의2제1호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
③건설기술관리법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제29조의2제1항제2호 및 제61조제2항제3호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 각각 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
④골재채취법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항제2호 및 동조제2항제2호·제3호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 각각 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
⑤공증인법시행령중 다음과 같이 개정한다
별표 1 제122호를 다음과 같이 한다.
122. 한국식품연구원
⑥공직자윤리법시행령중 다음과 같이 개정한다.
별표 1 제4호의 기관·단체란중 제91호를 다음과 같이 한다.
91. 한국식품연구원
별표 2 제2호의 기관·단체란중 제97호를 다음과 같이 한다.
97. 한국식품연구원
⑦교통체계효율화법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제16조제1항중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
⑧국가연구개발사업의관리등에관한규정중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 제2조제1호의 규정에 의한 정부출연연구기관”을 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 제2조제1호의 규정에 의한 정부출연연구기관 및 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 제2조제1호의 규정에 의한 과학기술분야 정부출연연구기관”으로 한다.
⑨기술개발촉진법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제14조제2항제3호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
⑩기술이전촉진법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제14조제1항제2호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 및 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
⑪농산물가공산업육성법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제3조제3항제2호마목을 다음과 같이 한다.
마. 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률에 의한 한국식품연구원
제43조제1항제3호 각목외의 부분중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률에 의한 한국식품개발연구원장”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률에 의한 한국식품연구원장”으로 한다.
⑫농산물품질관리법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제3조제3항제2호사목을 다음과 같이 한다.
사. 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률에 의한 한국농촌경제연구원 및 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률에 의한 한국식품연구원
⑬도로법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제9조의2제2항제1호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
⑭도시및주거환경정비법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제20조제4항제3호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
⑮도시철도법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제14조의2제1호 내지 제5호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 각각 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
무역거래기반조성에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
제5조제1호를 다음과 같이 한다.
1. 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률에 의한 산업연구원, 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률에 의한 한국과학기술정보연구원 및 한국생산기술연구원
벤처기업육성에관한특별조치법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제2조의2제3호가목을 다음과 같이 한다.
가. 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 제2조제1호의 규정에 의한 정부출연연구기관 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 제2조제1호의 규정에 의한 과학기술분야 정부출연연구기관
제4조제6호를 다음과 같이 한다.
6. 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률에 의한 한국과학기술연구원 및 한국과학기술정보연구원
산업기술단지지원에관한특례법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제15조제1호를 다음과 같이 한다.
1. 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 제2조제1호의 규정에 의한 정부출연연구기관 및 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 제2조제1호의 규정에 의한 과학기술분야 정부출연연구기관
산업집적활성화및공장설립에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
제8조의3제1항제3호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
소프트웨어산업진흥법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제9조제1항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률에 의한 한국전자통신연구원
수산물품질관리법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제11조제3항제2호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
승강기제조및관리에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
제14조의3제1호나목중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
에너지및자원사업특별회계법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항제4호 및 제5호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 각각 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
영재교육진흥법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제21조제1항제3호 및 제28조중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 각각 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
온라인디지털콘텐츠산업발전법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항제2호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
우정사업운영에관한특례법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제14조의2제1항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률에 의한 정보통신정책연구원 및 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률에 의한 한국전자통신연구원
유통단지개발촉진법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제34조제4항제4호를 다음과 같이 한다.
4. 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률에 의한 산업연구원·한국해양수산개발원·교통개발연구원·한국농촌경제연구원 및 국토연구원과 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률에 의한 한국건설기술연구원
유해화학물질관리법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항제1호마목중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
전기통신기본법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제1호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
정보통신기반보호법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제12조제2항제3호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
제3조의2 내지 제3조의12를 각각 삭제한다.
제15조제1항제3호 내지 제5호를 각각 삭제한다.
조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제16조제1항제2호의2를 다음과 같이 한다.
2의2. 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률에 의한 정부출연연구기관중 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 연구기관에서 연구원으로 근무하는 자
가. 과학기술정책연구원
나. 한국과학기술연구원
다. 한국기초과학지원연구원
라. 한국천문연구원
마. 한국생명공학연구원
바. 한국과학기술정보연구원
사. 한국전자통신연구원
아. 한국표준과학연구원
자. 한국해양연구원
차. 한국지질자원연구원
카. 한국기계연구원
타. 한국항공우주연구원
파. 한국에너지기술연구원
하. 한국전기연구원
거. 한국화학연구원
별표 5 제6호나목중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 하고, 동호라목중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
별표 6 제1호바목중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
주택법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제59조제3항제3호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
중소기업수출지원센터의설치및운영에관한규정중 다음과 같이 개정한다.
제2조제14호를 다음과 같이 한다.
14. 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률에 의한 한국생산기술연구원
중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
제18조제2항제6호 및 제7호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 각각 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
제28조제10호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 및 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
중소기업협동조합법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제11조의2제3호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 및 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
지방재정법시행령중 다음과 같이 개정한다
제88조제1항제26호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
제61조제6호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
지하수법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항제1호 및 제5호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 각각 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
철도산업발전기본법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제50조제1항제1호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
행정권한의위임및위탁에관한규정중 다음과 같이 개정한다.
제51조제3항 각호외의 부분중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
환경친화적산업구조로의전환촉진에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
제10조제1항제2호 내지 제6호중 “정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”을 각각 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률”로 한다.
제5조(다른 법령과의 관계) 이 영 시행당시 특정연구기관육성법 및 동법시행령을 제외한 다른 법령(1999년 1월 29일 이후 특정연구기관을 인용하는 규정이 제정 또는 개정되지 아니한 법령에 한한다)에서 특정연구기관을 인용한 경우 그 특정연구기관에는 법 제8조제1항 및 별표에 의한 한국과학기술연구원, 한국표준과학연구원, 한국기계연구원, 한국에너지기술연구원, 한국지질자원연구원, 한국해양연구원, 한국전기연구원, 한국화학연구원, 한국전자통신연구원, 한국항공우주연구원, 한국생명공학연구원, 한국기초과학지원연구원, 한국천문연구원 및 한국과학기술정보연구원이 각각 포함된 것으로 본다.

부칙 [2006.6.12 제19513호(고위공무원단 인사규정)]
제1조(시행일) 이 영은 2006년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ① 내지 <25> 생략
<26>과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제4항·제15조제3항 및 동조제4항중 “1급 또는 1급상당 공무원”을 “고위공무원단에 속하는 일반직공무원 또는 이에 상당하는 공무원”으로 한다.
제26조제3항제4호중 “소속 1급공무원”을 “그 부처의 고위공무원단에 속하는 일반직공무원”으로 한다.
<27> 내지 <241> 생략

부칙 [2007.3.16 제19929호]
제1조(시행일) 이 영은 2007년 3월 27일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 폐지) 한국원자력연구소법시행령은 이를 폐지한다.
제3조(다른 법령의 개정) ①개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 3 제20호중 “한국원자력연구소가”를 “한국원자력연구원이”로 한다.
②공공보건의료에관한법률시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제5호를 다음과 같이 한다.
5. 「방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법」 제13조의2에 따른 한국원자력의학원
③공직자윤리법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1 제4호의 기관·단체란중 제155호를 다음과 같이 한다.
155. 한국원자력연구원
별표 1 제5호의 기관·단체란중 제93호를 다음과 같이 한다.
93. 한국원자력의학원
별표 2 제2호의 기관·단체란중 제64호 및 제133호를 다음과 같이 한다.
64. 한국원자력의학원
133. 한국원자력연구원
④과학기술기본법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제48조제2항제4호를 다음과 같이 한다.
4. 「방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법」 제13조의2에 따른 한국원자력의학원
⑤민방위기본법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제21호를 다음과 같이 한다.
21. 한국원자력연구원장
⑥벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조의2제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법」 제13조의2에 따른 한국원자력의학원
⑦원자력법시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제303조제1항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」에 따른 한국원자력연구원
제323조제3항·제335조중 “한국원자력연구소”를 각각 “한국원자력연구원”으로 한다.
별표 9의 제목중 “한국원자력연구소”를 “한국원자력연구원”으로 한다.
⑧원자력시설등의 방호 및 방사능방재대책법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제3항제10호를 다음과 같이 한다.
10. 「방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법」 제13조의2에 따른 한국원자력의학원(이하 “한국원자력의학원”이라 한다)
제27조제2호를 다음과 같이 한다.
2. 한국원자력의학원의 장
제39조중 “「한국원자력연구소법」에 의한 한국원자력연구소(이하 “한국원자력연구소”라 한다)”를 “「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」에 따른 한국원자력연구원”으로 한다.
⑨재난 및 안전관리 기본법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1 제39호를 다음과 같이 한다.
39. 한국원자력연구원
⑩특정연구기관 육성법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제5호를 다음과 같이 한다.
5. 「방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법」 제13조의2에 따른 한국원자력의학원
⑪한국전력공사법시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제3항제3호를 다음과 같이 하고, 동항에 제18호를 다음과 같이 신설한다.
3. 한국원자력연구원
18. 한국원자력의학원
제4조(다른 법령과의 관계) 이 영 시행 당시 「특정연구기관육성법」 및 동법 시행령을 제외한 다른 법령(2007년 3월 27일 이후 특정연구기관을 인용하는 규정이 제정 또는 개정되지 아니한 법령에 한한다)에서 특정연구기관을 인용한 경우 그 특정연구기관에는 법 제8조제1항 및 별표에 따른 한국원자력연구원이 포함된 것으로 본다.

부칙 [2008.2.29 제20678호(지식경제부와 그 소속기관 직제)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법령의 개정) ①및 ②생략
③과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제3항 전단 중 "재정경제부장관"을 "기획재정부장관"으로 한다.
제3조제2항 중 "과학기술부장관"을 "감독관청의 장(법 제29조제1항의 구분에 따른 감독관청의 장을 말한다. 이하 같다)"으로 한다.
제6조제4항, 제9조 각 호 외의 부분, 제11조 본문 및 단서, 제15조제3항, 제16조제1항 각 호 외의 부분 및 제2항, 제17조, 제18조, 제19조 각 호 외의 부분, 제20조제3항, 제21조 각 호 외의 부분, 제29조제1항 중 "과학기술부장관"을 각각 "감독관청의 장"으로 한다.
제15조제1항제1호 및 제2호를 각각 다음과 같이 하고, 같은 항 제3호를 삭제한다.
1. 기초기술연구회
가. 기획재정부차관·교육과학기술부차관 및 지식경제부차관
나. 보건복지가족부차관 및 국토해양부차관 중 1명
2. 산업기술연구회
가. 기획재정부차관·교육과학기술부차관 및 지식경제부차관
나. 농림수산식품부차관 및 국토해양부차관 중 1명
제21조 각 호 외의 부분 중 "기획예산처장관"을 "기획재정부장관"으로 한다.
제26조제3항제4호 중 "교육인적자원부장관·과학기술부장관 및 기획예산처장관"을 "기획재정부장관·교육과학기술부장관 및 지식경제부장관"으로 한다.
④부터 <86>까지 생략

부 칙[2009.7.27 제21641호(국유재산법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2009년 7월 31일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제13조까지 생략
제14조(다른 법령의 개정) ① 부터 ⑩ 까지 생략
⑪ 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제3항 후단 중 “「국유재산법 시행령」 제47조”를 “「국유재산법 시행령」 제58조”로 한다.
⑫ 부터 <65> 까지 생략
제15조 생략

부 칙[2010.3.15 제22075호(보건복지부와 그 소속기관 직제)]
제1조(시행일) 이 영은 2010년 3월 19일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법령의 개정) ① 부터 <18> 까지 생략
<19> 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제1항제1호나목 중 “보건복지가족부차관”을 “보건복지부차관”으로 한다.
<20> 부터 <187> 까지 생략