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부칙
이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [99·1·21]
제1조 (施行日) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제4조의 규정은 진흥원의 설립등기일에 이를 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①및 ②생략

부칙 [2000·1·12]
①(施行日) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(연구개발사업관리기관에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 지정 받은 보건의료기술지원기관은 이 법에 의한 연구개발사업관리기관으로 지정 받은 것으로 본다.

부칙 [2001·5·24]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2003.05.15.]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2003.5.29 제6909호(의료기기법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ①내지 ③생략
④보건의료기술진흥법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제2호중 "의료용구"를 "의료기기"로 하고, 동조제3항을 다음과 같이 한다.
③제1항제1호의 규정에 의한 "의료기기"라 함은 의료기기법 제2조제1항에 규정된 것을 말한다.
④내지 ⑨생략

부칙 [2006.10.27 제8065호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(보건신기술인증에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 한국보건산업진흥원이 보건신기술로 인증한 기술은 제7조의2의 개정규정에 따라 보건신기술로 인증된 것으로 본다.

부칙 [2007.4.11 제8365호(약사법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 제20조 생략
제21조(다른 법률의 개정) ① 내지 ③ 생략
④보건의료기술 진흥법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2항 중 “약사법 제2조제4항 및 제7항”을 “「약사법」 제2조 제4호 및 제7호”로 한다.
제2조제6항 중 “약사법 제2조제5항 및 제6항”을 “「약사법」 제2조 제5호 및 제6호”로 한다.
⑤ 내지 ⑫ 생략
제22조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <463> 까지 생략
<464> 보건의료기술 진흥법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제7항, 제5조제5항, 제7조의2제1항부터 제3항까지, 제5항 및 제7항, 제7조의3제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "보건복지부장관"을 각각 "보건복지가족부장관"으로 한다.
제4조제1항, 제5조제2항 각 호 외의 부분 전단 및 제4항, 제6조제1항, 제7조제1항 각 호 외의 부분·제4항, 제8조 각 호 외의 부분, 제9조, 제11조제2항 및 제12조제1항 중 "보건복지부장관"을 각각 "보건복지가족부장관"으로 한다.
제7조제1항제5호 및 제8조제4호 중 "보건복지부령"을 각각 "보건복지가족부령"으로 한다.
제7조의2제2항, 제5항 및 제7항 중 "보건복지부령"을 각각 "보건복지가족부령"으로 한다.
제11조제1항 중 "보건복지부장관"을 "보건복지가족부장관"으로, "재정경제부장관"을 "기획재정부장관"으로 한다.
<465> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.3.28 제9028호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제2조는 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (설립준비)
①보건복지가족부장관은 한국보건의료연구원의 설립에 관한 사무를 처리하기 위하여 이 법 공포일부터 60일 이내에 7명 이내의 설립위원을 위촉하여야 한다.
②설립위원은 한국보건의료연구원의 정관을 작성하여 기명날인하거나 서명하여 보건복지가족부장관의 인가를 받아야 한다.
③설립위원은 제2항에 따른 인가를 받은 때에는 지체 없이 연명(연명)으로 한국보건의료연구원의 설립등기를 하여야 한다.
④설립위원은 한국보건의료연구원의 원장이 임명되면 지체 없이 그 사무를 원장에게 인계하여야 한다.
⑤설립위원은 제4항에 따른 사무인계가 끝난 경우에는 해촉된 것으로 본다.
제3조 (연구개발사업 관리기관에 관한 경과조치) 법률 제6161호 보건의료기술진흥법중개정법률의 시행일인 2000년 1월 12일 당시 종전의 규정에 따라 지정받은 보건의료기술지원기관은 제7조의 개정규정에 따른 연구개발사업 관리기관으로 지정받은 것으로 본다.
제4조 (보건신기술 인증에 관한 경과조치) 법률 제8065호 보건의료기술진흥법 일부개정법률의 시행일인 2007년 4월 28일 이전에 한국보건산업진흥원이 보건신기술로 인증한 기술은 제8조의 개정규정에 따라 보건복지가족부장관이 인증한 보건신기술로 본다.
제5조 (다른 법률의 개정) 한국보건산업진흥원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제9호 중 “제7조의2제7항의 규정”을 “제8조제7항”으로 한다.
제6조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법률에서 종전의 「보건의료기술 진흥법」의 규정을 인용한 경우에 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정에 갈음하여 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2010.1.18 제9932호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 2개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 부터 <52> 까지 생략
<53> 보건의료기술 진흥법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제7호, 제4조제1항ㆍ제2항, 제5조제2항 각 호 외의 부분 전단ㆍ제4항ㆍ제5항, 제6조제1항, 제7조제1항 각 호 외의 부분ㆍ제2항, 제8조제1항부터 제3항까지ㆍ제5항ㆍ제7항, 제9조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제10조 각 호 외의 부분, 제11조, 제12조제1항ㆍ제2항, 제13조제1항, 제14조제1항ㆍ제2항 각 호 외의 부분 전단, 제16조제2항 및 제20조제2항 중 “보건복지가족부장관”을 각각 “보건복지부장관”으로 한다.
제7조제1항제5호, 제8조제2항ㆍ제5항ㆍ제7항 및 제10조제4호 중 “보건복지가족부령”을 각각 “보건복지부령”으로 한다.
<54> 부터 <137> 까지 생략
제5조 생략

부 칙[2011.8.4 제10996호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제15조부터 제18조까지 및 제30조의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2013.3.23 제11713호(과학기술기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑬까지 생략
⑭ 보건의료기술 진흥법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항 중 "국가과학기술위원회"를 "국가과학기술심의회"로 한다.
⑮부터 <28>까지 생략

부 칙[2013.7.30 제11975호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제4조 및 제7조의2의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2015.1.28 제13105호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2017.9.19 제14883호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2018.1.16 제15344호(과학기술기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑫까지 생략
⑬ 보건의료기술 진흥법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항 중 "「과학기술기본법」 제9조제1항에 따른 국가과학기술심의회"를 "「국가과학기술자문회의법」에 따른 국가과학기술자문회의"로, ""국가과학기술심의회""를 ""국가과학기술자문회의""로 하고, 같은 조 제4항 중 "국가과학기술심의회"를 "국가과학기술자문회의"로 한다.
⑭부터 <29>까지 생략
제4조 생략

부 칙[2024.1.16 제20034호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(연구중심병원 인증 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 연구중심병원으로 지정되거나 재지정된 의료기관은 제15조의 개정규정에 따라 연구중심병원으로 인증받은 의료기관으로 본다. 이 경우 인증의 유효기간은 종전의 규정에 따른 지정 또는 재지정의 남은 기간으로 한다.
제3조(의료기술협력단 설립준비) 의료기관은 의료기술협력단의 설립을 위한 정관의 개정 등 의료기술협력단의 설립을 위한 조치를 이 법 시행 전에도 할 수 있다.

부 칙[2024.1.23 제20096호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(국립치의학연구원의 설립준비) ① 보건복지부장관은 국립치의학연구원의 설립에 관한 사무를 처리하기 위하여 국립치의학연구원 설립위원회(이하 "설립위원회"라 한다)를 설치할 수 있다.
② 설립위원회는 보건복지부장관이 임명·위촉하는 7명 이내의 설립위원으로 구성하며, 보건복지부차관이 위원장이 된다.
③ 국립치의학연구원의 최초 임원은 설립위원회가 복수로 추천한 사람 중에서 보건복지부장관이 임명한다.
④ 설립위원회는 국립치의학연구원의 정관을 작성하여 보건복지부장관의 인가를 받아야 한다.
⑤ 설립위원회는 임원이 임명되면 지체 없이 설립등기를 한 후에 국립치의학연구원의 원장에게 그 사무를 인계하여야 한다.
⑥ 설립위원회 및 설립위원은 제5항에 따른 사무 인계가 끝난 때에는 해산하거나 해임·해촉된 것으로 본다.
⑦ 보건복지부장관은 설립위원회를 보좌하기 위하여 국립치의학연구원 설립추진단을 설치하고, 국립치의학연구원의 설립에 관한 업무를 위하여 소속 공무원을 국립치의학연구원 설립추진단에 파견할 수 있다.
⑧ 설립위원회의 운영에 드는 비용은 국가가 부담한다.