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제16조(소요의 수정)
①국방부장관은 제15조제1항의 규정에 의하여 결정된 무기체계 등의 소요를 수정할 수 있다. 이 경우 합동참모의장은 국방부장관에게 소요의 수정을 건의할 수 있다.
②제1항의 규정에 의하여 무기체계 등의 소요를 수정하는 경우에는 제15조제1항의 규정을 준용한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 수정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

부칙 [2006.1.2 제7845호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제32조의 규정은 공포후 1월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 폐지) 방위산업에관한특별조치법은 이를 폐지한다.
제3조 (국방기술품질원의 설립준비) ①방위사업청장은 이 법 공포일부터 30일 이내에 5인 이하의 설립위원을 위촉하여 국방기술품질원의 설립에 관한 사무를 처리하게 하여야 한다.
②설립위원은 국방기술품질원의 정관을 작성하여 방위사업청장의 인가를 받아 국방기술품질원의 설립등기를 하여야 한다.
③설립위원은 국방기술품질원의 설립등기를 완료한 때에는 지체 없이 국방기술품질원의 장에게 사무를 인계하여야 하며, 사무인계가 끝난 때에는 해촉된 것으로 본다.
제4조 (방산업체지정의 결격사유에 관한 적용례) 제47조의 규정은 이 법 시행후 최초로 방산업체 지정의 취소를 받은 경우부터 적용한다.
제5조 (처분 등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 「방위산업에 관한 특별조치법」의 규정에 의하여 행정기관이 행한 처분과 행정기관에 대하여 행한 신청 또는 신고 등에 대하여 이 법에 그에 관한 규정이 있는 경우에는 이 법의 규정에 의하여 행한 처분·신청 또는 신고 등으로 본다.
제6조 (전문화·계열화업체 등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 「방위산업에 관한 특별조치법」의 규정에 의하여 전문화·계열화된 업체 및 물자에 대하여는 이 법 시행일부터 2008년 12월 31일까지는 종전의 「방위산업에 관한 특별조치법」의 규정을 적용한다.
제7조 (방위산업육성기금에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 「방위산업에 관한 특별조치법」에 의하여 설치된 방위산업육성기금은 이 법 시행일부터 2006년 12월 31까지는 종전의 「방위산업에 관한 특별조치법」의 규정을 적용한다. 종전의 「방위산업에 관한 특별조치법」 제7조의2제5항의 규정에 의한 국방부장관의 권한은 이를 방위사업청장이 행한다.
②제1항의 규정에 의한 방위산업육성기금의 자산과 채권·채무는 2007년 1월 1일부터 국가의 일반회계가 이를 승계한다.
제8조 (전문연구기관의 지정에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 「방위산업에 관한 특별조치법」에 의하여 연구기관으로 지정받은 기관은 이 법에 의하여 지정을 받은 것으로 본다.
제9조 (방산업체 등의 지정에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 「방위산업에 관한 특별조치법」에 의하여 방산업체 또는 방산물자로 지정받은 업체 또는 물자에 대하여는 이 법에 의하여 지정받은 것으로 본다.
제10조 (방위산업진흥회에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 「방위산업에 관한 특별조치법」에 의하여 설립인가를 받은 방위산업진흥회는 제42조의 규정에 의하여 설립허가를 받은 단체로 본다.
②제1항의 규정에 의한 방위산업진흥회는 제43조의 규정에 의하여 보증기관으로 지정받은 것으로 본다.
③이 법 시행당시 종전의 「방위산업에 관한 특별조치법」 제22조의3제7항의 규정에 의하여 방위산업진흥회가 대행하고 있는 업무는 방위사업청장이 이를 승계한다.
제11조 (국방부조달본부 및 각군의 행위에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 시험평가·협약 등 방위사업과 관련하여 국방부조달본부 및 각군이 행한 행위는 이 법에 의하여 방위사업청장이 행한 것으로 본다.
제12조 (국방품질관리소의 채권·채무 및 직원 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 국방과학연구소가 소속기구인 국방품질관리소의 장의 명의로 한 행위와 관련된 채권·채무와 국방과학연구소의 자산 중 국방품질관리소의 장이 사용·관리하고 있는 자산은 국방기술품질원이 승계한다.
②국방기술품질원의 설립 당시 국방품질관리소에 근무하고 있는 직원에 대하여는 국방기술품질원의 설립과 동시에 정관이 정하는 기능·조직 및 정원의 범위 안에서 국방기술품질원이 이를 승계한다.
③이 법 시행 전에 국방품질관리소의 장이 행한 행위 중 방위사업청의 업무에 속하는 행위는 방위사업청장이 한 것으로 보고, 국방기술품질원의 업무에 속하는 행위는 국방기술품질원장이 한 것으로 본다.
제13조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행 전 종전의 「방위산업에 관한 특별조치법」의 위반행위에 관한 벌칙의 적용에 있어서는 동법의 규정에 의한다.
제14조 (특별채용 등의 특례) ①이 법 시행당시 방위사업을 효율적으로 추진하고 그 업무의 연속성을 유지하기 위하여 방위사업과 관련한 업무를 수행하거나 수행하던 군무원을 2006년 6월 30일까지 방위사업청 소속 공무원으로 특별채용할 수 있다. 이 경우 「국가공무원법」 제28조제2항제3호의 규정에 불구하고 임용예정직급에 상응한 소요근무기간을 단축할 수 있다.
②제1항의 규정에 의하여 특별채용된 자에 대하여는 「국가공무원법」 제29조제1항 본문의 규정에 불구하고 시보임용을 면제할 수 있으며, 동법 제40조의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 승진임용할 수 있다.
③제1항의 규정에 의하여 특별채용된 자의 봉급액이 특별채용되기 전의 봉급액보다 적은 경우에는 「국가공무원법」 제47조제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 봉급차액의 전부 또는 일부를 보전할 수 있다.
④제1항의 규정에 의하여 특별채용된 군무원 중 30년 이상 군무원으로 재직(군인 및 다른 공무원으로 재직한 기간을 포함한다)한 자에 대하여 「상훈법」 제15조의 규정에 의한 훈장을 수여하기 위하여 재직기간을 산정할 경우 방위사업청에 근무한 기간은 군무원으로 계속 근무한 것으로 본다.
⑤제1항의 규정에 의한 특별채용에 있어서의 응시자격 및 시험방법 등에 관하여는 대통령령으로 정한다.
제15조 (다른 법률의 개정) ①軍刑法 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제3항제2호중 "방위산업에관한특별조치법"을 "「방위사업법」"으로 한다.
②基金管理基本法 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 2 제8호를 삭제한다.
③勞動組合및勞動關係調整法 일부를 다음과 같이 개정한다.
제41조제2항중 "防衛産業에관한特別措置法"을 "「방위사업법」"으로 한다.
④民·軍兼用技術事業促進法 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제3호중 "軍需品管理法令"을 "「방위사업법」"으로, "國防部長官"을 "방위사업청장"으로 한다.
제6조제4항, 제9조제2항·제3항, 제10조제3항 및 제11조제2항중 "國防部長官"을 각각 "방위사업청장"으로 한다.
제14조제2항중 "방위산업에관한특별조치법 제12조"를 "「방위사업법」 제46조"로 한다.
제15조제2항중 "國防部長官"을 "방위사업청장"으로, "방위산업에관한특별조치법 제4조 내지 제4조의3의 規定에 의한 방산업체 및 방산물자로 지정하거나 전문화 및 계열화함에"를 "「방위사업법」 제34조 및 제35조의 규정에 의한 방산물자 및 방산업체로 지정함에"로 하고, 동조제5항 전단 및 후단중 "국방부장관"을 각각 "방위사업청장"으로 한다.
제18조제4호를 삭제한다.
⑤兵役法 일부를 다음과 같이 개정한다.
제38조제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「방위사업법」 제18조 및 제35조의 규정에 의한 전문연구기관 및 방위산업체[군정비부대(軍整備部隊)를 포함한다] 중에서 지정업체로 선정된 전문연구기관 또는 방위산업체에 종사하고 있는 사람
⑥租稅特例制限法 일부를 다음과 같이 개정한다.
제105조제1항제1호중 "防衛産業에관한特別措置法"을 "「방위사업법」"으로, "防衛産業體"를 "방산업체"로, "防衛産業物資"를 "방산물자"로 한다.
⑦기술개발촉진법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항 및 제2항중 "주무부장관"을 각각 "관계중앙행정기관의 장"으로 한다.
제16조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 「방위산업에 관한 특별조치법」의 규정을 인용하고 있는 경우에 이 법 중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2007.5.25 제8486호(산업표준화법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략
제9조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑦ 생략
⑧방위사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제26조제1항 후단중 “제10조의 규정에 의한 한국산업규격”을 “제12조에 따른 한국산업표준”으로 한다.
⑨ 내지 <22> 생략
제10조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <178> 까지 생략
<179> 방위사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제4항제2호 중 "과학기술부"를 "교육과학기술부"로, "산업자원부"를 "지식경제부"로, "기획예산처"를 "기획재정부"로 한다.
제29조제1항·제3항, 제34조제1항 본문, 제35조제1항부터 제4항까지, 제36조제1항·제3항 전단, 제48조제1항 각 호 외의 부분 및 같은 항 제13호, 같은 조 제2항, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분, 같은 조 제5항, 제49조제1항·제2항, 제56조 전단·후단 및 제57조제2항 중 "산업자원부장관"을 각각 "지식경제부장관"으로 한다.
제46조제3항 후단 중 "재정경제부장관"을 "기획재정부장관"으로 한다.
<180> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.1.30 제9401호(국유재산법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 부터 <32> 까지 생략
<33> 방위사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제45조제1항 중 “잡종재산”을 “일반재산”으로 한다.
<34> 부터 <86> 까지 생략
제11조 생략

부 칙[2009.4.1 제9561호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2010.3.31 제10218호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(분석ㆍ평가 결과 등의 제출에 관한 적용례) 제5조제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 분석ㆍ평가하는 방위력개선사업부터 적용한다.

부 칙[2011.7.25 제10907호(산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ① 방위사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제31조제1항제4호 중 “「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」”을 “「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」”로 한다.
②부터 ⑦까지 생략
제3조 생략

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <143>까지 생략
<144> 방위사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제4항제2호 중 "교육과학기술부ㆍ지식경제부ㆍ기획재정부"를 "기획재정부ㆍ미래창조과학부ㆍ산업통상자원부"로 한다.
제29조제1항ㆍ제3항, 제34조제1항 본문, 제35조제1항 전단 및 후단, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분 전단, 같은 조 제3항 본문 및 단서, 같은 조 제4항, 제36조제1항 각 호 외의 부분 전단, 같은 조 제3항 전단, 제48조제1항 각 호 외의 부분 및 같은 항 제13호, 같은 조 제2항, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분, 같은 조 제5항, 제49조제1항ㆍ제2항, 제56조 전단ㆍ후단 및 제57조제2항 중 "지식경제부장관"을 각각 "산업통상자원부장관"으로 한다.
<145>부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2013.3.23 제11713호(과학기술기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑫까지 생략
⑬ 방위사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제30조제1항 후단 중 "국가과학기술위원회"를 "국가과학기술심의회"로 한다.
⑭부터 <28>까지 생략