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제60조(시정 또는 변경명령)
①교육과학기술부장관은 학교가 시설·설비·수업 및 학사 기타 사항에 관하여 교육관계법령 또는 이에 의한 명령이나 학칙을 위반한 경우에는 기간을 정하여 학교의 설립·경영자 또는 학교의 장에게 그 시정 또는 변경을 명할 수 있다. [개정 2001.1.29. 법률 제6400호, 2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
②교육과학기술부장관은 제1항의 규정에 의한 시정 또는 변경명령을 받은 자가 정당한 사유없이 지정된 기간내에 이를 이행하지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 위반행위를 취소 또는 정지하거나 당해 학교의 학생정원의 감축, 학과의 폐지 또는 학생의 모집정지등의 조치를 할 수 있다.[개정 2001.1.29. 법률 제6400호, 2008.2.29 제8852호(정부조직법)]

부칙 [1997.12.13 제5439호]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 3월 1일부터 시행한다.
제2조 (대학등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 교육법에 의한 대학·교육대학·사범대학·종합교원양성대학·대학원대학·전문대학 및 기술대학과 이에 준하는 각종학교는 각각 이 법에 의한 대학·교육대학·사범대학·종합교원양성대학·대학원대학·전문대학 및 기술대학과 이에 준하는 각종학교로 본다.
제3조 (개방대학에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 교육법에 의한 개방대학은 이 법에 의한 산업대학으로 본다.
제4조 (방송통신대학에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 교육법에 의한 방송통신대학은 이 법에 의한 방송·통신대학으로 본다.
제5조 (대학에 설치된 교육과에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 교육법에 의하여 대학에 설치된 교육과는 이 법에 의한 교육과로 본다.
제6조 (학칙에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 교육법에 의하여 제정된 학칙은 이 법에 의하여 제정된 것으로 본다.
제7조 (졸업자에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 교육법에 의하여 대학·개방대학·교육대학·사범대학·종합교원양성대학·전문대학 및 방송통신대학과 이에 준하는 각종학교를 졸업한 자는 각각 이 법에 의한 대학·산업대학·교육대학·사범대학·종합교원양성대학·전문대학 및 방송·통신대학과 이에 준하는 각종학교를 졸업한 자로 본다.
제8조 (학위에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 교육법에 의하여 수여된 전문학사학위·학사학위·석사학위·박사학위 및 명예박사학위는 각각 이 법에 의하여 수여된 것으로 본다.
제9조 (전문학사학위 수여에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 전문대학을 졸업한 자 또는 방송통신대학의 전문대학과정을 이수한 자에 대하여는 본인의 신청에 의하여 전문학사학위를 수여할 수 있다.
제10조 (학력인정에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 교육법의 규정에 의한 대학·개방대학·교육대학·사범대학·종합교원양성대학·전문대학·방송통신대학 또는 이에 준하는 각종학교를 졸업한 자와 동등 이상의 학력이 있다고 인정된 자는 각각 이 법에 의한 대학·산업대학·교육대학·사범대학·종합교원양성대학·전문대학·방송·통신대학 또는 이에 준하는 각종학교를 졸업한 자와 동등 이상의 학력이 있다고 인정된 자로 본다.
제11조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제12조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 교육법 또는 그 규정을 인용한 경우에는 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 교육법 또는 그 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 [1999.8.31 제6006호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제23조의2제3호의 개정규정은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2001.1.29 제6400호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①및 ②생략
③고등교육법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항·제3항, 제5조제1항·제2항, 제6조제2항, 제24조, 제27조, 제34조제3항, 제46조, 제59조제3항·제4항, 제60조제1항·제2항, 제61조제1항·제3항, 제62조제1항 본문·동항제2호·제2항 및 제63조중 "교육부장관"을 각각 "교육인적자원부장관"으로 한다.
제7조제2항, 제11조제2항 및 제59조제5항중 "교육부령"을 각각 "교육인적자원부령"으로 한다.
④내지 <79>생략
제4조 생략

부칙 [2002.8.26 제6709호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.11.8 제7686호]
이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2005.11.22 제7699호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(부정행위자에 대한 제재조치에 관한 적용례) 제34조제4항 내지 제6항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 실시되는 시험부터 적용한다.

부칙 [2006.7.19 제7961호]
① (시행일) 이 법은 공포 후 1개월이 경과한 날부터 시행한다.
② (소급적용) 제34조제4항 및 제6항의 개정규정은 제34조제3항의 규정에 따라 2005년도에 시행된 시험에서 부정행위를 한 자에 대하여도 이를 적용한다.

부칙 [2007.31.19 제8240호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.4.27 제8388호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.5.25 제8483호(장애인 등에 대한 특수교육법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①고등교육법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제45조제5항중 “「특수교육진흥법」 제15조제3항의 규정을 준용한다”를 “「장애인 등에 대한 특수교육법」 제27조에 따른다”로 한다.
② 내지 ③ 생략
제6조 생략

부칙 [2007.7.13 제8497호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제23조와 제50조의2의 개정규정은 2008년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2007.7.27 제8542호]
이 법은 공포 후 2개월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.10.17 제8638호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(원격대학형태의 평생교육시설에 관한 경과조치) ①「평생교육법」 제22조제3항에 따라 원격대학형태의 평생교육시설을 설치·운영하고 있는 자가 해당 시설을 이 법에 따른 사이버대학으로 전환하고자 하는 경우에는 교육인적자원부장관에게 신청하여 인가를 받아야 한다.
②교육인적자원부장관은 제1항에 따라 원격대학형태의 평생교육시설을 이 법에 따라 사이버대학으로의 전환을 인가할 경우에는 해당 원격대학형태의 평생교육시설의 교육여건, 교육과정의 운영 등을 평가하여 그 결과를 반영하여야 한다.
③제1항 및 제2항에 따른 전환의 신청, 평가·인가의 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제3조(졸업자에 대한 경과조치) 부칙 제2조제1항에 따라 인가받은 원격대학형태의 평생교육시설을 졸업한 자는 이 법에 따른 사이버대학을 졸업한 자로 본다.
제4조(학위에 관한 경과조치) 부칙 제2조1항에 따라 사이버대학으로 전환을 인가받은 원격대학형태의 평생교육시설에서 수여된 전문학사학위·학사학위는 각각 이 법에 따라 수여된 것으로 본다.
제5조(재학생에 대한 경과조치) 부칙 제2조제1항에 따라 사이버대학으로의 전환을 인가받은 원격대학형태의 평생교육시설에 재학 중인 자는 이 법에 따른 사이버대학에 재학 중인 것으로 본다.

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <65> 까지 생략
<66> 고등교육법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항·제3항, 제5조제1항·제2항, 제6조제2항, 제24조, 제27조, 제34조제3항·제4항 단서·제6항, 제46조, 제60조제1항·제2항, 제61조제1항·제3항, 제62조제1항 각 호 외의 부분·같은 항 제2호·제2항, 제63조 중 "교육인적자원부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제7조제2항, 제11조제2항 중 "교육인적자원부령"을 각각 "교육과학기술부령"으로 한다.
제11조의2제1항 중 "교육인적자원부령"을 "교육과학기술부령"으로 하고, 같은 조 제2항 및 제3항 중 "교육인적자원부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제34조제4항 단서·제6항 및 제50조의2제2항 중 "교육인적자원부장관"을 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제59조제3항 및 제4항 중 "교육인적자원부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 하고, 같은 조 제5항 중 "교육인적자원부령"을 "교육과학기술부령"으로 한다.
<67> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.3.28 제8988호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제40조의2의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(산업대학을 폐지하여 대학을 설립하는 경우의 특례의 유효기간) 제40조의2의 개정규정은 이 법 시행일부터 3년간 효력을 가진다.
제3조(폐지되는 산업대학 학생 등에 관한 경과조치) ① 이 법 시행으로 폐지되는 산업대학에 재학 중인 학생에 대하여는 종전의 규정을 적용한다.
② 이 법 시행으로 폐지되는 산업대학은 폐교일부터 6년간 존속하는 것으로 본다.
③ 폐지된 산업대학의 학생 중 정당한 사유로 그 존속기간 내에 학교를 졸업하지 못한 자가 있을 때에는 다른 산업대학이나 산업대학을 폐지하여 설립한 해당 대학에 편입학 할 수 있다.