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제25조(공기업 임원의 임면)
①공기업의 장은 제29조의 규정에 따른 임원추천위원회(이하 "임원추천위원회"라 한다)가 복수로 추천하여 운영위원회의 심의·의결을 거친 사람 중에서 주무기관의 장의 제청으로 대통령이 임명한다. 다만, 기관 규모가 대통령령이 정하는 기준 이하인 공기업의 장은 임원추천위원회가 복수로 추천하여 운영위원회의 심의·의결을 거친 사람 중에서 주무기관의 장이 임명한다.
② 공기업의 상임이사는 공기업의 장이 임명한다. 다만, 제20조제2항 및 제3항에 따른 감사위원회의 감사위원이 되는 상임이사(이하 "상임감사위원"이라 한다)는 제4항에서 정한 절차에 따라 대통령 또는 기획재정부장관이 임명한다. [개정 2009.12.29]
③공기업의 비상임이사는 임원추천위원회가 복수로 추천하는 경영에 관한 학식과 경험이 풍부한 사람(국·공립학교의 교원이 아닌 공무원을 제외한다) 중에서 운영위원회의 심의·의결을 거쳐 기획재정부장관이 임명한다. 이 경우 제6조의 규정에 따른 지정 당시 비상임이사가 없는 공기업은 지정 후 3월 이내에 비상임이사 2인 이상을 선임하여야 한다. [개정 2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
④공기업의 감사는 임원추천위원회가 복수로 추천하여 운영위원회의 심의·의결을 거친 사람 중에서 기획재정부장관의 제청으로 대통령이 임명한다. 다만, 기관 규모가 대통령령이 정하는 기준 이하인 공기업의 감사는 임원추천위원회가 복수로 추천하여 운영위원회의 심의·의결을 거친 사람 중에서 기획재정부장관이 임명한다. [개정 2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
⑤공기업의 장은 제22조제1항,제35조제3항,제48조제4항·제8항 및 제52조의3제3항에 따라 그 임명권자가 해임하거나 정관으로 정한 사유가 있는 경우를 제외하고는 임기 중 해임되지 아니한다. [개정 2008.12.31, 2009.3.25, 2018.3.27] [[시행일 2018.9.28]]

부칙 [2007.1.19 제8258호]
제1조 (시행일) 이 법은 2007년 4월 1일부터 시행한다. 다만, 제9조의 규정에 따른 운영위원회의 구성과 이 법 시행 후 최초로 이 법의 적용을 받을 공기업·준정부기관과 기타공공기관의 지정에 필요한 행위는 이 법 시행 전에 할 수 있다.
제2조 (다른 법률의 폐지) 다음 각 호의 법률은 이를 각각 폐지한다.
1. 「정부투자기관 관리기본법」
2. 「정부산하기관 관리기본법」
제3조 (공공기관 등의 최초 지정 및 구분) ①기획예산처장관은 이 법 시행과 동시에 주무기관의 장과의 협의와 운영위원회의 심의·의결을 거쳐 이 법의 적용을 받는 공기업·준정부기관 및 기타공공기관을 지정하여 고시한다.
②기획예산처장관은 제1항의 규정에 따라 공기업·준정부기관을 최초로 지정하여 고시하는 경우에는 이 법 시행 당시 「정부투자기관 관리기본법」, 「정부산하기관 관리기본법」 및 「공기업의 경영구조개선 및 민영화에 관한 법률」의 적용 대상 기관 중 직원 정원이 50인 이상인 기관 중에서 지정하여 고시한다.
제4조 (경과조치) ①제9조제2항의 규정에 불구하고 운영위원회의 위원 중 제9조제1항제4호의 규정에 따라 최초로 위촉되는 위원의 임기는 3년·2년·1년으로 각각 달리 정할 수 있다.
②제31조제5항의 규정에 불구하고 이 법 시행 후 최초로 지정되는 공기업 또는 준정부기관의 기관장이 임명 당시 임명과 관련하여 체결한 경영 및 성과에 관한 계약은 이 법에 따라 주무기관의 장과 기관장이 체결한 계약으로 본다.
③제46조제2항의 규정에 불구하고 이 법 시행 후 최초로 지정되는 공기업 또는 준정부기관이 이 법 시행 당시 설정한 경영목표는 이 법에 따라 설정된 것으로 본다.
④제48조제1항 단서의 규정에 불구하고 이 법 시행 후 최초로 지정되는 공기업·준정부기관의 경영실적 보고 및 경영실적 평가는 「정부투자기관 관리기본법」 및 「정부산하기관 관리기본법」의 관련 규정을 적용하여 이를 실시한다.
⑤이 법 시행 당시 종전의 정부투자기관운영위원회 및 정부산하기관운영위원회가 의결한 사항은 이 법에 따른 운영위원회가 의결한 것으로 본다.
제5조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 정부투자기관 또는 정부산하기관을 인용하고 있는 경우에는 2009년 12월 31일까지는 각각 이 법 시행 당시 「정부투자기관 관리기본법」 또는 「정부산하기관 관리기본법」에 따라 정부투자기관 또는 정부산하기관으로 확정된 기관을 인용한 것으로 본다. [개정 2009.1.30]

부칙 [2007.8.3 제8635호(자본시장과 금융투자업에 관한 법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년 6개월이 경과한 날부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 41조 생략
제42조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <66> 생략
<67>공공기관의 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제20조제4항 중 "「증권거래법」 제54조의6(감사위원회)"을 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제26조(감사위원회의 설치)"로 한다.
제43조 내지 제44조 생략

부칙 [2007.12.14 제8696호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>···, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <694> 까지 생략
<695> 공공기관의 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항 각 호 외의 부분·제2항 각 호 외의 부분, 제5조제1항·제2항·제3항 각 호 외의 부분·제4항, 제6조제1항부터 제3항까지, 제7조제1항 각 호 외의 부분·제2항, 제8조 각 호 외의 부분, 제9조제1항제4호, 제11조제1항 각 호 외의 부분, 같은 항 제10호, 제12조제1항부터 제3항까지, 제13조제2항 후단, 제14조제1항부터 제3항까지, 제15조제2항, 제21조제2항 단서, 제25조제3항 전단·제4항, 제26조제4항, 제31조제3항 전단·제4항 단서, 제35조제2항, 제36조제1항부터 제3항까지, 제40조제6항 본문, 제42조제3항, 제46조제1항부터 제4항까지, 제47조제1항, 제48조제1항부터 제6항까지, 제49조, 제50조제1항 각 호 외의 부분·같은 항 제3호, 같은 조 제2항 및 제51조제1항·제2항·제4항 중 "기획예산처장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
제9조제1항 각 호 외의 부분 중 "위원장 1인과 부위원장 1인 및"을 "위원장 1인 및"으로, "기획예산처장관이 위원장이 되고, 재정경제부장관이 지명하는 재정경제부차관이 부위원장이 된다"를 "기획재정부장관이 위원장이 된다"로 하고, 같은 항 제1호 중 "국무조정실"을 "국무총리실"로, "국무조정실장"을 "국무총리실장"으로 한다.
제10조제1항 중 "위원장과 부위원장"을 "위원장"으로 한다.
제32조제5항 전단 중 "기획예산처장관이 재정경제부장관과 협의하여"를 "기획재정부장관이"로 하고, 같은 항 후단 중 "기획예산처장관"을 "기획재정부장관"으로 한다.
제39조제3항 중 "재정경제부령"을 "기획재정부령"으로 한다.
제43조제2항 각 호 외의 부분·제3항·제4항·제6항 및 제45조 중 "재정경제부장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
<696> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.12.31 제9277호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2009.1.30 제9345호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2009.3.25 제9513호]
①(시행일) 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 법률 제9277호 공공기관의 운영에 관한 법률 일부개정법률 제25조·제34조 및 제48조의 개정규정(이 법에 따라 개정된 부분에 한한다)은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(회계감사, 회계감사인의 선임 및 회계감사인 등의 손해배상책임 등에 관한 적용례) 제43조·제43조의2 및 제43조의3의 개정규정은 2010회계연도 결산분부터 적용한다.
③(경영평가단 구성·운영에 관한 적용례) 법률 제9277호 공공기관의 운영에 관한 법률 일부개정법률 제48조의 개정규정(이 법에 따라 개정된 부분에 한한다)은 이 법 시행 후 최초로 실시하는 경영실적 평가 분부터 적용한다.

부 칙[2009.12.29 제9829호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제24조ㆍ제26조제3항 및 제44조의 개정규정은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(결산서의 제출에 관한 적용례) 제43조의 개정규정은 2010회계연도의 결산부터 적용한다.
③(임원의 임면에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 공기업 및 준정부기관 임원의 임면절차가 진행되고 있는 경우에는 제25조 및 제26조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2010.5.17 제10286호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(중장기재무관리계획의 수립 등에 관한 적용례) 제39조의2 및 제46조의 개정규정은 2012년에 수립하는 중장기재무관리계획 및 중장기 경영목표부터 각각 적용한다.

부 칙[2011.7.25 제10896호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 공공기관의 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제1항제1호 중 "국무총리실"을 "국무조정실"로, "국무총리실장"을 "국무조정실장"으로 한다.
③부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2013.5.28 제11845호(자본시장과 금융투자업에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제15조까지 생략
제16조(다른 법률의 개정) ① 공공기관의 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제54조 중 "유가증권시장"을 "대통령령으로 정하는 증권시장"으로 한다.
②부터 <23>까지 생략
제17조 생략

부 칙[2014.1.21 제12268호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.5.28 제12673호(과학기술기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 공공기관의 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제48조제2항 중 "「과학기술기본법」 제32조(정부출연연구기관등의 육성)제2항의 규정에"를 "「과학기술기본법」 제32조(정부출연연구기관등의 육성)제3항에"로 한다.
②부터 ⑤까지 생략

부 칙[2016.3.22 제14076호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2016.12.27 제14461호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2017.10.31 제15022호(주식회사 등의 외부감사에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제13조까지 생략
제14조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 공공기관의 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제43조제1항제2호 중 "「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조제1항제3호"를 "「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제7호나목"으로 한다.
제43조의3제3항 전단 중 "「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조제3항부터 제5항까지, 제7항, 제4조제7항 및 제6조제1항"을 "「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제9조제3항부터 제6항까지, 제10조제5항 및 제21조제1항"으로 한다.
제43조의4 전단 중 "「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제17조제1항부터 제5항까지 및 제7항"을 "「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제31조제1항부터 제5항까지 및 제7항"으로 하고, 같은 조 후단의 "제4조"를 "제10조"로 한다.
③부터 <37>까지 생략
제15조 생략

부 칙[2018.3.27 제15524호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(기타공공기관의 세부분류 등을 위한 준비행위) 기획재정부장관은 이 법 시행 전에 제5조의 개정규정에 따른 기타공공기관의 세분 및 관련 정책 등의 수정·보완·협의 등을 위하여 필요한 준비를 할 수 있다.
제3조(예비타당성조사 결과 관련 자료의 공개에 관한 적용례) 제40조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 실시하는 예비타당성조사부터 적용한다.
제4조(비위행위자 수사 의뢰 등에 관한 적용례) 제52조의3부터 제52조의6까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제52조의3제2항의 개정규정에 따른 비위행위를 한 경우부터 적용한다.