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제9조(다른 법률과의 관계)
① 특별회계의 예산에 관하여는 이 법에 규정된 것을 제외하고는 「국가재정법」 을 적용한다.
② 특별회계의 수입 및 지출 등 국고금의 관리에 관하여는 이 법에 규정된 것을 제외하고는 「국고금관리법」 을 적용한다.

부칙 [62·12·7]
①본법은 1963년 1월 1일부터 시행한다.
②양곡관리특별회계에 관하여 제18조제2항 및 제4항의 규정은 법률 제928호 부칙 제2항제2호의 규정에 불구하고 본법 공포일로부터 시행한다.

부칙 [63·12·16 법1525]
이 법은 1964년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [63·12·16 법1566]
이 법은 1962년 12월 26일에 공포된 개정헌법의 시행일부터 시행한다.

부칙 [68·3·18]
①(시행일) 이 법은 1968년 1월 1일부터 적용한다.
②(폐지법률) 국민생명보험과 우편연금특별회계법은 이를 폐지한다.

부칙 [70·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 1971년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (경과조치) 철도사업특별회계의 1970년도 결산은 종전의 규정에 의한다.
제3조 (철도사업특별회계에 대한 특례) ①철도사업특별회계는 제27조의 규정에 불구하고 매회계연도마다 손익계산서와 대차대조표 이외에 대통령령이 정하는 결산서를 작성하여 재무부장관에게 제출하여야 한다.
②철도청장은 제26조제1항의 규정에 의하여 예산을 이월하여 사용하고자 할 때에는 당해연도 12월 31일까지 예산이월추정액조서를 사항별로 작성하여 경제기획원장관의 승인을 받아야 한다.
③철도사업특별회계의 예산 및 회계에 관하여 예산회계법 및 다른 법률을 적용함에 있어서는 기업회계원칙에 적합하지 아니한 규정은 이를 적용하지 아니한다.

부칙 [73·2·6]
제1조 (시행일) 이 법은 1974년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (경과조치) 통신사업특별회계·전매사업특별회계·양곡 관리사업특별회계· 국민생명보험·우편연금사업특별회계 및 조달사업특별회계에 관하여는 따로 대통령령이 정하는 날까지 종전의 규정을 적용한다.

부칙 [74·12·26]
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 [76·12·22]
①(시행일) 이 법은 1977년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 국민생명보험사업특별회계에 속하는 1976회계연도 소속의 세입·세출 및 결산에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
②(경과조치) 국민생명보험사업특별회계에 속하는 자산중 부채액에 상당하는 자산은 농업협동조합중앙회에 이관하고, 그 이외의 자산은 이를 통신사업특별회계에 이관한다.

부칙 [86·12·26]
제1조 (시행일) 이 법은 1987년 4월 1일부터 시행한다. 다만, 부칙 제2조 내지 제7조 및 제11조의 규정은 공포한 날로부터 시행하며, 부칙 제13조의 규정은 부칙 제8조의 공사업무개시일로부터 시행한다.
제2조 내지 제13조 생략

부칙 [93·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 1994년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략

부칙 [99·5·24]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제6조 생략

부칙 [99·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 4월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [2002.12.30.(국고금관리법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2003년1월1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 및 제7조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) 제1항 생략
제2항 기업예산회계법중 다음과 같이 개정한다.
제9조에 제3항을 다음과 같이 신설한다.
③특별회계의 수입 및 지출 등 국고금의 관리에 관하여는 이 법에 규정된 것을 제외하고는 국고금관리법의 규정을 적용한다.
제19조를 삭제한다.
제20조에 제2항을 다음과 같이 신설한다.
②국고금관리법 제35조, 제37조, 제38조, 제40조 및 제45조의 규정은 회전자금의 출납보관에 관하여 이를 준용한다.
제3항 내지 제31항은 생략

부칙[법률 제7052호(한국철도공사법) 일부개정 2003. 12. 31]
제1조 (시행일) 이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 부칙 제4조ㆍ제5조ㆍ제7조 및 제10조의 규정은 공포한 날부터 시행하고, 부칙 제8조의 규정은 2004년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제11조 생략
제12조(다른 법률의 개정) ① 생략
②기업예산회계법중 다음과 같이 개정한다.
제2조중 "철도사업ㆍ통신사업"을 "통신사업"으로 하고, 제3조제1호를 삭제한다.
③ 이하 생략

부칙 [2006.10.4 제8047호]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ①공적자금상환기금법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항제5호 및 제5조제4항 중 “통신사업특별회계”를 각각 “우체국예금특별회계”로 한다.
②국가균형발전특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제35조제1항제2호를 삭제한다.
③물품관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제40조제3항 중 “기업예산회계법 제3조제5호의 규정에 의한 조달특별회계”를 “「기업예산회계법」 제3조제4호의 규정에 의한 조달특별회계”로 한다.

부칙 [2006.10.4 제8050호(국가재정법)]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제56조의 규정은 법률에 따라 정부회계에 관한 기준이 마련되어 시행되는 회계연도부터, 부칙 제11조제14항, 동조제17항(「국유재산법」 제48조제4항 관련 규정에 한한다) 및 동조제29항(「물품관리법」 제21조 관련 규정에 한한다)의 규정은 각각 2008년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 내지 <22> 생략
<23>기업예산회계법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제1항 및 제2항 중 “예산회계법”을 각각 “「국가재정법」”으로 한다.
제25조제1항 중 “예산회계법 제35조제1항”을 “「국가재정법」 제46조제1항”으로 한다.
<24> 내지 <59> 생략
제12조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>··· 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <696> 까지 생략
<697> 기업예산회계법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조제3항 및 제27조 각 호 외의 부분 중 "재정경제부장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
제24조제2항부터 제4항까지 중 "기획예산처장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
제24조제4항 중 "재정경제부장관 및 감사원"을 "감사원"으로 한다.
제25조제2항 및 제26조제2항 중 "기획예산처장관·재정경제부장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
제26조제3항 중 "기획예산처장관은 세입징수상황등을 감안하여 필요하다고 인정할 때에는 재정경제부장관과 협의하여"를 "기획재정부장관은 세입징수상황 등을 감안하여 필요하다고 인정할 때에는"으로 한다.
<698> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.12.31 제9280호]
제1조(시행일) 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(결산에 관한 경과조치) 2008회계연도 결산은 종전의 규정에 따른다.
제3조(예산요구서의 첨부서류에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 “추정손익계산서, 추정대차대조표, 손익계산서, 대차대조표”는 제17조의 개정규정에 따른 “추정재정운영표, 추정재정상태표, 재정운영표, 재정상태표”로 각각 본다.
제4조(이익잉여금에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 “이익잉여금”은 제21조의 개정규정에 따른 “적립금 및 잉여금”으로 본다.
제5조(다른 법률의 개정) ① 공적자금상환기금법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항제5호 중 “기업예산회계법”을 “「정부기업예산법」”으로 한다.
제4조제4항을 삭제한다.
② 국가재정법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1 제5호를 다음과 같이 한다.
5. 정부기업예산법
③ 국고금관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항 단서 및 제18조제1항 중 “기업예산회계법”을 각각 “「정부기업예산법」”으로 한다.
④ 물품관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제40조제3항 중 “「기업예산회계법」”을 “「정부기업예산법」”으로 한다.
⑤ 방송법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제55조제2항 중 “기업예산회계법”을 “「정부기업예산법」”으로 한다.
⑥ 양곡관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조의2제2항 중 “기업예산회계법 제3조제4호의 규정에 의한”을 “「정부기업예산법」 제3조제3호에 따른”으로 한다.
⑦ 우정사업운영에 관한 특례법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항 중 “「기업예산회계법」 제25조”를 “「정부기업예산법」 제20조”로 한다.
제14조제1항 중 “「기업예산회계법」 제24조”를 “「정부기업예산법」 제19조”로 한다.
제14조의2제1항 본문 중 “「기업예산회계법」 제29조제1항”을 “「정부기업예산법」 제21조”로 한다.
⑧ 책임운영기관의 설치ㆍ운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제30조의 제목 및 같은 조 제1항ㆍ제2항 중 “「기업예산회계법」”을 각각 “「정부기업예산법」”으로 하고, 같은 조 제3항 중 “「기업예산회계법」 제20조”를 “「정부기업예산법」 제13조”로 한다.
제31조를 삭제한다.
제36조제1항 중 “「기업예산회계법」 제25조”를 “「정부기업예산법」 제20조”로 한다.
제37조제2항 중 “「예산회계법」 제38조제3항ㆍ제5항 및 「기업예산회계법」 제26조제2항ㆍ제3항”을 “「국가재정법」 제48조제4항ㆍ제7항”으로 한다.
⑨ 한국교육방송공사법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조제2항 중 “기업예산회계법”을 “「정부기업예산법」”으로 한다.
제6조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「기업예산회계법」 또는 그 규정을 인용하고 있는 경우 이 법 중 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2010.4.12 제10247호(우정사업 운영에 관한 특례법)]
①(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(다른 법률의 개정) 정부기업예산법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조 중 “「우정사업운영에 관한 특례법」”을 “「우정사업 운영에 관한 특례법」”으로 한다.
제6조 중 “「우정사업운영에 관한 특례법」”을 “「우정사업 운영에 관한 특례법」”으로 한다.