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제12조(공업단지지정의 효력)
①제6조 내지 제8조의 규정에 의하여 공업단지 로 지정·고시된 지역안에서 토지형질의 변갱, 건축물의 건축, 공작물의 설치 또는 토석·사력의 채취 기타 대통령령이 정하는 행위를 하고자 하는 자는 서울특별시장·직할시장 또는 시장·군수의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변갱하고자 할 때에도 또한 같다.
②제1항의 규정은 공업단지의 지정·고시 당시 이미 관계법령에 의하여 토지형질의 변갱 또는 건축물의 건축등에 관하여 허가·인가·승인등을 받은 자(관계법령에 의하여 허가·인가·승인등을 받을 필요가 없는 경우로서 토지형질의 변갱, 건축물의 건축등에 착수한 경우를 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. 이 경우 허가·인가·승인등을 받은 자는 공업단지의 지정·고시일부터 30일이내에 그 사실을 시장·군수에게 신고하여야 한다.
③서울특별시장·직할시장 또는 시장·군수는 제1항의 규정에 위반한 자에 대하여 원장회복을 명할 수 있다. 이 경우 명령을 이행하지 아니하는 때에는 시장·군수는 행정대집행법에 의하여 원장회복을 대집행할 수 있다.

부칙 <제4216호,1990.1.13>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (폐지법률) 산업기지개발촉진법 및 지방공업개발법은 각각 이를 폐지한다.
제3조 (경과조치) ①종전의 산업기지개발촉진법에 의한 산업기지개발구역과 종전의 공업단지관리법에 의한 직할공업단지는 각각 이 법에 의한 국가공업단지로, 종전의 산업기지개발촉진법에 의한 특수지역은 이 법에 의한 특수지역으로 본다.
②종전의 지방공업개발법에 의한 공업개발장려지구와 종전의 공업배치법에 의한 유치지역 및 공업단지예정지와 종전의 공업단지관리법에 의한 공업단지(직할공업단지를 제외한다)는 각각 이 법에 의한 지방공업단지로, 농어촌소득원개발촉진법에 의한 농공지구는 이 법에 의한 농공단지로 본다.
③종전의 산업기지개발촉진법에 의한 산업기지개발구역 및 특수지역의 기본계획·시행자지정·실시계획승인과 종전의 지방공업개발법에 의한 공업개발장려지구의 기본계획 및 종전의 공업배치법에 의한 유치지역의 조성을 지정받은 자는 각각 이 법에 의한 수립·승인·지정을 받은 것으로 본다.
④농어촌소득원개발촉진법 제24조의 규정에 의한 중앙농어촌소득원개발위원회에서 심의·의결한 사항중 농공지구의 지정·개발 및 지원에 관한 사항은 이 법에 의한 심의회에서 심의·의결된 것으로 본다.
제4조 (다른 법률의 개정) ①국토리용관리법중 다음과 같이 개정한다.
제13조의3제1항의 표중 공업지역란의 제1호 "산업기지개발촉진법 제5조의 규정에 의한 산업기지개발구역"을 "산업립지및개발에관한법률 제6조 내지 제8조의 규정에 의한 국가공업단지·지방공업단지·농공단지"로 하고, 동란의 제2호를 삭제한다.
제14조의2제1항제5호중 "산업기지개발촉진법에 의한 산업기지개발구역, 지방공업개발법에 의한 공업개발장려지구, 공업배치법에 의한 유치지역"을 "산업립지및개발에관한법률 제6조 내지 제8조의 규정에 의한 국가공업단지·지방공업단지·농공단지"로 한다.
제15조제10항중 "산업기지개발구역 또는 공업개발장려지구등"을 "공업단지등"으로 한다.
②수도권정비계획법중 다음과 같이 개정한다.
제22조제1항중 "산업기지개발구역의 지정"을 "공업단지의 지정"으로 한다.
③지방세법중 다음과 같이 개정한다.
제110조의3제2항제1호, 제128조의2제2항제1호 및 제184조의2제2항제1호중 "지방공업개발법의 규정에 의한 공업개발장려지구와"를 "산업립지및개발에관한법률에 의하여 지정된 지방공업단지와"로 한다.
제110조의3제2항제2호,제128조의2제2항제2호 및 제184조의2제2항제2호중 "공업개발장려지구"를 "지방공업단지"로 한다.
④농지의보전및리용에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항제1호중 "지방공업개발법 제2조의 규정에 의한 공업개발장려지구, 산업기지개발촉진법 제5조의 규정에 의한 산업기지개발구역"을 "산업립지및개발에관한법률에 의한 국가공업단지·지방공업단지 및 농공단지"로 한다.
⑤초지법중 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항중 "산업기지개발촉진법에 의한 산업기지개발구역, 지방공업개발법에 의한 공업개발장려지구"를 "산업립지및개발에관한법률에 의한 국가공업단지·지방공업단지·농공단지"로 한다.
⑥항만법중 다음과 같이 개정한다.
제3조중 "산업기지개발촉진법 제5조의 규정에 의하여 지정하는 산업기지개발구역"을 "산업립지및개발에관한법률 제6조의 규정에 의하여 지정하는 국가공업단지"로 한다.
⑦공유수면관리법중 다음과 같이 개정한다.
제3조중 "국토건설종합계획법 제6조제2항의 규정에 의하여 지정된 특정지역"을 "국토건설종합계획법 제6조제2항의 규정에 의하여 지정된 특정지역 및 산업립지및개발에관한법률 제6조의 규정에 의하여 지정된 국가공업단지"로 한다.
제5조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 부칙 제2조에서 폐지되는 법률 또는 그 규정을 인용한 경우에 이 법에 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 법 또는 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부칙(정부조직법) <제4268호,1990.12.27>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (부처간 사무조정에 따른 다른 법률의 개정) ①내지 ⑤생략
⑥산업립지및개발에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제17조제1항중 "건설부장관"을 "건설부장관 또는 해운항만청장(국가공단실시계획중 공업항의 건설과 항만시설의 축조사업에 관한 실시계획에 한하며, 이 경우 건설부장관과 협의하여야 한다. 이하 같다)"으로 하고, 동조제2항 및 제3항중 "건설부장관"을 "건설부장관 또는 해운항만청장"으로 한다.
제18조제1항 및 제2항중 "건설부장관"을 "건설부장관 또는 해운항만청장"으로 한다.
제6장에 제48조의2를 다음과 같이 신설한다.
제48조의2 (공업항 건설에 관한 관계기관간의 협조) 건설부장관 또는 시·도지사는 법 제14조 및 제15조의 규정에 의하여 공업항의 건설과 항만시설의 축조사업이 포함되는 공업단지개발기본계획을 수립하는 때에는 해운항만청장의 의견을 우선 반영하여야 한다.
⑦내지 ⑩생략
제9조 (부처간 사무조정에 따른 경과조치) 이 법 시행당시 부칙 제8조제1항 내지 제10항의 규정에 의한 내무부장관·문교부장관·농림수산부장관·건설부장관 또는 해운항만청장이 각각 행한 허가·인가·승인 기타의 처분은 이 법에 의하여 건설부장관·체육청소년부장관·교통부장관·내무부장관 또는 해운항만청장이 각각 행한 것으로 본다.
제10조 생략

부칙(항만법) <제4358호,1991.3.8>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①산업립지및개발에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제21조제1항제5호중 "항만법 제12조의 규정에 의한 항만공사시행의 허가"를 "항만법 제9조제2항의 규정에 의한 항만공사시행의 허가 및 동법 제10조제2항의 규정에 의한 실시계획의 승인"으로 한다.
②내지 ⑧생략

부칙(수도법) <제4429호,1991.12.14>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정등) ①내지 ③생략
④산업립지및개발에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제21조제1항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 수도법 제12조 및 제34조의 규정에 의한 수도사업의 인가, 동법 제36조 및 제38조의 규정에 의한 전용수도설치의 인가
⑤내지 <18>생략

부칙(정부조직법) <제4541호,1993.3.6>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (상공자원부 신설에 따른 다른 법령의 개정) ①내지 <61>생략
<62>산업립지및개발에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제5조제3항, 제6조제2항, 제40조제2항, 제42조제1항 및 제44조제1항중 "상공부장관"을 각각 "상공자원부장관"으로 한다.
<63>내지 <100>생략
제5조 생략

부칙 <제4574호,1993.8.5>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (종전에 지정된 공업단지의 기본계획에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 종전의 제6조 또는 제7조의 규정에 의하여 국가공업단지 또는 지방공업단지로 지정된 공업단지에 대하여는 종전의 제14조 또는 제15조의 규정을 적용한다. 다만, 제6조 또는 제7조의 개정규정에 의하여 공업단지개발계획을 수립하는 경우에는 그러하지 아니하다.
②제1항 본문의 경우 사업시행자의 지정에 대하여는 종전의 제16조의 규정에 의한다.
제3조 (토지수용에 관한 경과조치등) ①이 법 시행전에 종전의 제6조 또는 제7조의 규정에 의하여 지정된 국가공업단지 또는 지방공업단지의 공업단지개발사업에 있어서의 토지등의 수용에 관하여는 종전의 제22조의 규정에 의한다.
②이 법 시행전에 종전의 제6조 또는 제7조의 규정에 의하여 국가공업단지 또는 지방공업단지로 지정된 공업단지(부칙 제2조제1항 단서의 규정에 해당하는 공업단지를 제외한다)중 이 법 시행당시 종전의 제17조 또는 제18조의 규정에 의한 실시계획의 승인을 얻지 아니한 공업단지의 경우로서 사업시행자가 지정되어 있고 그 사업시행자의 신청에 의하여 당해 공업단지지정권자가 공업단지의 지정 및 사업시행의 개요, 사업시행자 및 수용·사용할 토지등의 세목을 고시한 때에는 제1항의 규정에 불구하고 이를 토지수용법 제14조 및 동법 제16조의 규정에 의한 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 보아 제22조의 개정규정을 적용한다.
제4조 (다른 법령의 개정등) ①공업배치및공장설립에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제19조제2항 단서를 삭제한다.
제36조제1항 본문중 "인계·양도받거나"를 "양도받거나"로 한다.
②항만법중 다음과 같이 개정한다.
제6조제2항중 "산업립지및개발에관한법률 제14조 및 제15조의 규정에 의하여 수립된 공업단지개발기본계획"을 "산업립지및개발에관한법률 제6조 또는 제7조의 규정에 의하여 수립된 공업단지개발계획"으로 한다.
③이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 제14조 또는 제15조의 규정에 의한 공업단지개발기본계획을 인용하고 있는 것은 당해 법령의 규정에 저촉되지 아니하는 한 제6조 또는 제7조의 개정규정에 의한 공업단지개발계획을 인용한 것으로 본다.

부칙(사방사업법) <제4748호,1994.3.24>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 개정등) ①내지 ④생략
⑤산업립지및개발에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제21조제1항제11호중 "동법 제20조의2"를 "동법 제20조"로 한다.
⑥내지 ⑩생략