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제18조(직원의 임면)
①사무총장·사무차장 및 4급이상의 공무원은 감사위원회의의 의결을 거쳐 원장의 제청으로 대통령이 임면한다. <개정 1973.1.25, 1995.1.5>
②5급공무원은 원장의 제청으로 대통령이 임면하며, 6급이하의 공무원은 원장이 행한다. <개정 1995.1.5>
③감사원소속 직원의 인사사무감사는 국가공무원법 제17조제1항의 규정에 불구하고 원장의 명을 받아 사무총장이 이를 실시하고 감사결과는 감사원이 정하는 바에 따라 처리한다. <신설 1995.1.5>

부칙 <제1495호,1963.12.13>
①(시행일) 이 법은 1963년 12월 17일부터 시행한다.
②(폐지법률) 법률 제1286호 감사원법은 이 법 시행과 동시에 이를 폐지한다.
③(경과규정) 이 법 시행전에 감사원법에 의하여 행하여진 모든 행위는 이 법에 의하여 행하여진 것으로 본다.
④(이 법 시행당시의 공무원) 이 법 시행당시의 1급 내지 5급공무원은 각각 이 법에 의하여 임명된 것으로 본다.

부칙 <제2245호,1970.12.31>
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행당시의 감사위원은 제3조의 규정에 의한 정원에 불구하고 임기만료시까지 재임한다.

부칙 <제2446호,1973.1.25>
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(다른 법률과의 관계) 감사원의 감사를 배제하거나 제한하는 다른 법률의 규정은 이 법의 시행일로부터 그 효력을 상실한다. 다만, 국가정보원법 및 군수품관리법의 규정은 예외로 한다.<개정 1995.1.5, 1999.1.21>
③(국등의 존속에 관한 경과조치등) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 설치된 국, 실, 과는 이 법 제16조제2항의 규정에 의한 규칙에 의하여 설치된 것으로 보며, 이 법 시행당시의 사무차장은 제19조제1항의 규정에 의한 별정직으로 이 법 시행일에 임명된 것으로 본다.

부칙 <제4937호,1995.1.5>
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(심사청구기간에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 행하여진 처분에 대한 심사청구기간은 종전의 규정에 의한다.
③(행정소송과의 관계에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 감사원의 심사청구 및 결정을 거친 행정기관의 장의 처분에 대하여는 종전의 규정에 의한다.

부칙(국가정보원법) <제5681호,1999.1.21>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑪생략
⑫감사원법중 다음과 같이 개정한다.
법률 제2446호 감사원법중개정법률 부칙 제2항 단서중 "국가안전기획부법"을 "국가정보원법"으로 한다.
⑬내지 ⑭생략
제4조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 국가안전기획부법을 인용한 경우에는 국가정보원법을, 국가안전기획부를 인용한 경우에는 국가정보원을, 국가안전기획부장을 인용한 경우에는 국가정보원장을 각각 인용한 것으로 본다.

부칙 <제5998호,1999.8.31>
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(원장의 정년에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 원장에 대하여는 제6조제2항 단서의 개정규정은 이를 적용하지 아니한다.
③(징계 또는 문책사유의 시효에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 시효기간이 1월미만인 징계 또는 문책사유에 대하여는 제32조의2의 개정규정은 이를 적용하지 아니한다.