로앤비

제50조(생태계보전부담금의 반환·지원)
①환경부장관은 생태계보전부담금을 납부한 자 또는 생태계보전부담금을 납부한 자로부터 자연환경보전사업의 시행 및 생태계보전부담금의 반환에 관한 동의를 받은 자(이하 “자연환경보전사업 대행자”라 한다)가 환경부장관의 승인을 받아 대체자연의 조성, 생태계의 복원 등 대통령령으로 정하는 자연환경보전사업을 시행하는 경우에는 납부한 생태계보전부담금 중 대통령령으로 정하는 금액을 돌려줄 수 있다. 다만, 산림 또는 산지에서 시행하는 제46조제2항제3호에 따른 사업으로 인하여 부과된 생태계보전부담금에 대하여는 반환금 또는 반환예정금액의 범위에서 다른 법률에 따라 시행하는 산림 또는 산지를 대상으로 하는 훼손지 복원사업에 지원할 수 있다. [개정 2007.5.17

, 2013.3.22

, 2017.11.28

, 2020.5.26

제17326호(법률용어 정비를 위한 환경노동위원회 소관 65개 법률 일부개정을 위한 법률), 2021.1.5

] [[시행일 2022.1.6]]
②제1항에 따른 환경부장관의 승인, 생태계보전부담금을 납부한 자의 동의, 자연환경보전사업 대행자의 자격과 범위, 생태계보전부담금의 반환·지원에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. [개정 2007.5.17

, 2020.5.26

제17326호(법률용어 정비를 위한 환경노동위원회 소관 65개 법률 일부개정을 위한 법률), 2021.1.5

] [[시행일 2022.1.6]]
[본조제목개정 2021.1.5

] [[시행일 2022.1.6]]

부칙 [97·8·28]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제49조 내지 제52조 및 부칙 제10조제2항의 규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다. [개정 99·2·8 법5876]
제2조 (특정야생동·식물의 포획등의 허가에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 특정야생동·식물의 포획·채취·이식·가공·수출·유통 또는 보관에 관한 허가를 받은 경우에는 제11조제1항 단서의 개정규정에 의한 멸종위기야생동· 식물 또는 보호야생동·식물의 포획·채취·이식·가공·수출·유통 또는 보관에 관한허가를 받은 것으로 본다.
제3조 (멸종위기에 처한 야생동·식물에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 멸종위기에 처한 야생동·식물의 수출·재수출·수입·반입, 수입· 반입목적외 사용, 점유·소유 또는 진열의 승인을 얻은 경우에는 제14조제1항 내지 제3항의 개정규정에 의한 국제적멸종위기종의 수출·재수출·수입·반입, 수입· 반입목적외 사용, 점유·소유 또는 진열의 승인을 얻은 것으로 본다.
제4조 (자연생태계보전지역에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 지정·고시된 다음 각호의 자연생태계보전지역은 각각 다음과 같이 지정·고시된 것으로 본다.
1. 대덕산·금대봉자연생태계보호지역 : 강원도 생태계보전지역
2. 광양백운산자연생태계보호지역 : 전라남도 생태계보전지역
3. 조종천상류 명지산·청계산자연생태보호지역 : 경기도 생태계보전지역
4. 거제고란초 특정야생동·식물보호지역 : 경상남도 생태계보전지역 및 야생동· 식물특별보호구역
제5조 (자연환경에 관한 기초조사등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 실시한 자연환경에 관한 기초조사·보완조사 및 정밀조사는 제32조 및 제33조의 개정규정에 의한 자연환경조사·보완조사 및 정밀조사로 본다.
제6조 (자연생태계위해동·식물의 수입에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 자연생태계위해동·식물의 수입·반입 또는 목적외 사용 승인을 얻은 경우에는 제39조제1항 및 제2항의 개정규정에 의한 생태계위해동·식물의 수입·반입 또는 목적외 사용 승인을 얻은 것으로 본다.
제7조 (협회에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 설립된 한국자연보존협회는 제56조의 개정규정에 의한 한국자연보전협회로 본다.
제8조 (계속중인 행위에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 행한 처분 기타 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위는 이 법에 의한 처분 기타 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제9조 (벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 행한 위반행위에 대한 벌칙의 적용은 종전의 규정에 의한다.
제10조 (다른 법률의 개정) ①환경정책기본법중 다음과 같이 개정한다. 제25조를 삭제한다.
②환경개선특별회계법중 다음과 같이 개정한다. 제3조에 제6호를 다음과 같이 신설한다.
6. 자연환경보전법 제49조의 규정에 의한 생태계보전협력금 제4조제1항 단서중 "제3조제11호의 환경개선부담금"을 "제3조제6호의 생태계보전협력금 및 그 가산금으로 조성된 재원을 제3호의2의 용도에, 동조제11호의 환경개선부담금"으로 하고, 동조에 제3호의2를 다음과 같이 신설한다.
3의2. 자연환경보전법 제52조의 규정에 의한 용도
제11조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 자연환경보전법의 규정을인용한 경우에 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 [99·2·8 법5876]
① (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② (벌칙 등의 적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [99·2·8 법5914]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략

부칙 [99·5·24]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제6조 생략

부칙 [99·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략

부칙 [2001.4.7]
① (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제49조·제50조제1항 및 제52조의 개정규정은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
② (생태계보전협력금의 부과·징수에 관한 적용례) 제49조의 개정규정은 이 법 공포후 6월이 경과한 날 이후 최초로 인가·허가·승인 등을 신청하는 사업부터 적용한다.
③ (생태계보전지역에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 지정된 생태계보전지역은 제2조제12호의 규정에 의하여 지정·고시된 것으로 본다.

부칙 [2002.2.4 제6656호(공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①내지 <46>생략
<47>자연환경보전법중 다음과 같이 개정한다.
제11조제1항제5호중 "토지수용법 제3조"를 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제4조"로 한다.
제25조제2항중 "공공용지의취득및손실보상에관한특례법"을 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률"로 한다.
제53조제2항중 "토지수용법"을 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률"로 한다.
제53조제3항중 "토지수용법"을 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률"로 하고, "토지수용법 제14조 및 제16조"를 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제20조제1항 및 제22조"로 하며, "동법 제17조 및 동법 제25조제2항"을 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제23조제1항 및 동법 제28조제1항"으로 한다.
<48>내지 <85>생략
제12조 생략

부칙 [2002.12.26]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2002.12.30 제6846호(환경정책기본법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법령의 개정) ① 및 ② 생략
③자연환경보전법중 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항중 "의견을 듣고 환경정책기본법 제36조의 규정에 의한 환경보전위원회(이하 "환경보전위원회"라 한다) 및 국무회의의"를 "의견을 듣고 국무회의의"로 한다.
④ 내지 ⑥ 생략

부칙 [2004.2.9 제7167호(야생동식물보호법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제28조 생략
제29조 (다른 법률의 개정) ①자연환경보전법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제5호 내지 제8호를 각각 삭제한다.
제2조제12호중 “멸종위기야생동·식물 또는 보호야생동·식물의 서식지·도래지로서 중요하거나 생물다양성”을 “생물다양성”으로 한다.
제2조제18호를 삭제한다.
제9조 내지 제15조를 각각 삭제한다.
제16조제1항중 “환경부장관은 멸종위기야생동·식물 또는 보호야생동·식물의 보호를 위하여 필요한 지역”을 “환경부장관은”으로 한다.
제17조를 삭제한다.
제18조제1항제3호 및 동조제2항제1호를 각각 삭제한다.
제39조 내지 제41조를 각각 삭제한다.
제52조제2호 및 제10호를 각각 다음과 같이 개정한다.
2. 야생동·식물보호법 제7조의 규정에 의한 서식지외보전기관의 지원
10. 야생동·식물보호법 제58조제3호의 규정에 의한 생태계교란야생동·식물의 퇴치기술 개발 및 천적의 연구
제60조제1항중 “제8조, 제10조”를 “제8조”로 하고, “제36조, 제39조, 제40조”를 “제36조 하며, 동조제2항중 “제10조제3항, 제21조제1항·제2항”을 “제1조제1항·제2항”으로 한다.
제62조 및 제63조를 각각 삭제한다.
제64조제1호 내지 제3호를 각각 삭제한다.
제65조 및 제66조를 각각 삭제한다.
제67조중 “제62조 내지 제65조”를 “제64조”로 한다.
제68조제2항제1호를 삭제한다.
② 이하 생략

부칙 [2004.12.31 제7297호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (생태계보전지역에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 환경부장관이 지정·고시한 생태계보전지역은 제12조제2항 및 제13조제3항의 규정에 의하여 생태·경관핵심보전구역으로 지정·고시된 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사가 지정·고시한 시·도생태계보전지역은 제23조제1항 및 제24조제3항의 규정에 의하여 시·도 생태·경관보전지역으로 지정·고시된 것으로 본다.
제3조 (생태계보전지역관리기본계획에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 환경부장관이 수립한 생태계보전지역관리기본계획은 제14조의 규정에 의하여 수립한 생태·경관보전지역관리기본계획으로 본다.
제4조 (재결신청 기간에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 자연환경보전·이용시설의 설치에 관한 계획이 고시된 사업의 재결신청 기간에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제5조 (한국자연보전협회에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 설립된 한국자연보전협회는 제55조의 규정에 의한 한국자연환경보전협회로 본다.
제6조 (행정처분 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 행한 처분 그 밖의 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제7조 (벌칙 및 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제8조 (다른 법률의 개정) ①국토의계획및이용에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제8조제2항제1호 라목을 다음과 같이 한다.
라. 자연환경보전법 제12조의 규정에 의한 생태·경관보전지역
②산지관리법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항제1호 나목(10)중 "생태계보전지역"을 "생태·경관보전지역"으로 한다.
③야생동·식물보호법중 다음과 같이 개정한다.
제12조제2항제3호를 다음과 같이 한다.
3. 자연환경보전법 제12조의 규정에 의한 생태·경관보전지역
제54조제2호를 다음과 같이 한다.
2. 자연환경보전법 제12조의 규정에 의하여 지정된 생태·경관보전지역 및 동법 제23조의 규정에 의하여 지정된 시·도 생태·경관보전지역
④외국인토지법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항제4호를 다음과 같이 한다.
4. 자연환경보전법 제2조제12호의 규정에 의한 생태·경관보전지역
⑤초지법중 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항제5호를 다음과 같이 한다.
5. 자연환경보전법 제12조의 규정에 의한 생태·경관보전지역
⑥환경범죄의단속에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제7호 나목을 다음과 같이 한다.
나. 자연환경보전법 제2조제12호의 규정에 의한 생태·경관보전지역, 동법 제2조제13호의 규정에 의한 자연유보지역 및 동법 제23조의 규정에 의하여 지정·고시된 시·도 생태·경관보전지역
제9조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 자연환경보전법의 규정을 인용한 경우에 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2005.8.4 제7678호(산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률)]
제1조 (시행일)
이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정)①내지<84> 생략
<85>자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제2항제6호 및 제3항제3호중 “산림법에 의한 영림계획”을 각각 “「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」 에 의한 산림경영계획”으로 한다.
<86>내지<87> 생략
제12조 생략

부칙 [2006.9.27 제8014호(하수도법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 내지 <33> 생략
<34>자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제20조제1항중 “오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률의 규정에 의한 오수 및 분뇨의 처리시설”을 “「하수도법」의 규정에 따른 개인하수처리시설 및 분뇨처리시설”로 한다.
<35> 내지 <57> 생략
제11조 생략

부칙 [2006.10.4 제8045호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 생략
②자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호중 “지표(해양을 포함한다)”를 “지표(해양을 제외한다)”로 하고, 동조제7호중 “육상생태계, 해양 그 밖의 수생생태계”를 “육상생태계 및 수생생태계(해양생태계를 제외한다)”로 하며, 동조제14호중 “산·하천·습지·호소(湖沼)·농지·도시·해양 등”을 “산·하천·내륙습지·호소(湖沼)·농지·도시 등”으로 한다.
제6조제2항제5호중 “산·하천·습지·농지·섬·해양 등”을 “산·하천·내륙습지·농지·섬 등”으로 한다.
제37조제1항 각 호외의 부분 및 동조제2항중 “토지 또는 공유수면”을 각각 “토지”로 한다.
제46조제2항 각 호외의 부분에 단서를 다음과 같이 신설한다.
다만, 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」 제49조제2항의 규정에 의한 해양생태계보전협력금의 부과대상이 되는 사업을 제외한다.
제46조제6항 후단을 다음과 같이 한다.
이 경우 단위면적당 부과금액은 훼손된 생태계의 가치를 기준으로 하고, 지역계수는 「국토의 계획 및 이용에 관한 번률」에 의한 토지의 용도를 기준으로 한다.
제49조 각 호 외의 부분 단서를 다음과 같이 한다.
다만, 「광업법」 제4조의 규정에 의한 광업으로서 산림 및 산지를 대상으로 하는 사업에서 조성된 생태계보전협력금은 이를 산림 및 산지 훼손지의 생태계복원사업을 위하여 사용하여야 한다.
제61조제1항중 “환경부장관 또는 해양수산부장관”을 “환경부장관”으로, “시·도지사, 지방환경관서의 장 또는 지방해양수산관서의 장”을 “시·도지사 또는 지방환경관서의 장”으로 한다.
제62조를 삭제한다.
③ 내지 ⑥ 생략
제11조 생략

부칙 [2007.4.11 제8355호(광업법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑭ 생략
⑮자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제46조제2항제2호 및 제49조 각 호 외의 부분 단서 중 “광업법 제4조의 규정에 의한”을 각각 “「광업법」 제3조제2호에 따른”으로 한다.
<16> 내지 <20> 생략
제6조 생략

부칙 [2007.5.17 제8466호(수질 및 수생태계 보전에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 내지 <32> 생략
<32>자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제1호 중 “수질환경보전법”을 “「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」”로 한다.
<33> 내지 <55> 생략
제5조 생략

부칙 [2007.5.17 제8468호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(사전환경성검토 대상 개발사업의 생태계보전협력금 부과에 관한 적용례) 제46조제2항제3호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 「환경정책기본법」 제25조의3의 규정에 따라 사전환경성검토협의를 요청하는 개발사업부터 적용한다.

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>···, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <515> 까지 생략
<516> 자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제41조제1항 및 제2항 중 "문화관광부장관"을 각각 "문화체육관광부장관"으로 한다.
<517> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.3.28 제9037호(환경영향평가법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제17조까지 생략
제18조 (다른 법률의 개정) ① 생략
② 자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제28조제1항 각 호 외의 부분 및 제46조제2항제1호 중 "환경·교통·재해등에관한영향평가법"을 각각 "「환경영향평가법」"으로 한다.
③ 부터 <22> 까지 생략
제19조 생략

부 칙[2009.1.30 제9401호(국유재산법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 부터 <57> 까지 생략
<58> 자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조제1항 본문 중 “국유재산법 제15조의 규정에 의한 관리환(관리환)”을 “「국유재산법」 제2조제5호에 따른 관리전환”으로 하고, 같은 조 제2항 중 “관리환”을 “관리전환”으로 한다.
<59> 부터 <86> 까지 생략
제11조 생략

부 칙[2009.6.9 제9763호(산림보호법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 9개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법률의 개정) ① 부터 <39> 까지 생략
<40> 자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제2항제6호 중 “산림보호ㆍ산림유전자원보호림”을 “산림보호와 「산림보호법」에 따른 산림유전자원보호구역”으로 하고, 같은 조 제3항제3호 중 “산림유전자원보호림”을 “「산림보호법」에 따른 산림유전자원보호구역”으로 한다.
<41> 부터 <61> 까지 생략
제8조 생략

부 칙[2009.6.9 제9774호(측량·수로조사 및 지적에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제17조까지 생략
제18조(다른 법률의 개정) ① 부터 <31> 까지 생략
<32> 자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제3항제1호 중 “지적법에 의한”을 “「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따른”으로 한다.
<33> 부터 <44> 까지 생략
제19조 생략

부 칙[2010.1.27 제9982호(광업법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑦ 까지 생략
⑧ 자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제46조제2항제2호 중 “노천탐광”을 “노천탐사”로 한다.
⑨ 및 ⑩ 생략

부 칙[2010.2.4 제10032호(환경정책기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ① 자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항 중 “환경보전자문위원회(이하 “중앙환경보전자문위원회”라 한다)”를 “환경정책위원회(이하 “중앙환경정책위원회”라 한다)”로 한다.
제8조제2항ㆍ제5항 단서, 제13조제1항 본문ㆍ단서 및 제28조제2항 중 “중앙환경보전자문위원회”를 각각 “중앙환경정책위원회”로 하고, 제24조제1항 본문 중 “시ㆍ도환경보전자문위원회”를 “시ㆍ도환경정책위원회”로, “지방환경보전자문위원회”를 “지방환경정책위원회”로 하며, 같은 항 단서 중 “지방환경보전자문위원회”를 “지방환경정책위원회”로 한다.
② 및 ③ 생략

부 칙[2011.7.21 제10892호(환경영향평가법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제8조까지 생략
제9조(다른 법률의 개정) ①부터 <19>까지 생략
<20> 자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제28조제1항 각 호 외의 부분 중 “환경정책기본법 제25조의 규정에 의한 사전환경성검토협의 대상사업 또는 「환경영향평가법」 제4조의 규정에 의한 환경영향평가협의 대상사업에”를 “「환경영향평가법」 제9조에 따른 전략환경영향평가 대상계획, 같은 법 제22조에 따른 환경영향평가 대상사업 또는 같은 법 제43조에 따른 소규모 환경영향평가 대상사업에”로, “사전환경성검토협의 또는 환경영향평가협의”를 “전략환경영향평가 협의, 환경영향평가 협의 또는 소규모 환경영향평가 협의”로 한다.
제28조제3항 본문 중 “사전환경성검토협의 및 환경영향평가협의”를 “환경영향평가 협의 및 소규모 환경영향평가 협의”로 한다.
제46조제2항제1호 중 “「환경영향평가법」 제4조의 규정에 의한”을 “「환경영향평가법」 제22조에 따른”으로 한다.
제46조제2항제3호 중 “「환경정책기본법」 제25조의2의 규정에 따른 사전환경성검토”를 “「환경영향평가법」 제43조에 따른 소규모 환경영향평가”로 한다.
<21>부터 <35>까지 생략
제10조 생략

부 칙[2011.7.21 제10893호(환경정책기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑭까지 생략
⑮ 자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항 및 제24조제1항 본문 중 “환경정책기본법 제37조의 규정에 의한”을 각각 “「환경정책기본법」 제58조에 따른”으로 한다.
제46조제4항 중 “환경개선특별회계법”을 “「환경정책기본법」”으로 한다.
<16>부터 <33>까지 생략
제6조 생략

부 칙[2011.7.28 제10977호(야생생물 보호 및 관리에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑪까지 생략
⑫ 자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제34조제1항제1호가목 중 “야생동ㆍ식물보호법 제2조의 규정에 의한 멸종위기야생동ㆍ식물(이하 “멸종위기야생동ㆍ식물”이라 한다)”을 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제2조제2호에 따른 멸종위기 야생생물(이하 “멸종위기야생생물”이라 한다)”로 한다.
제36조제1항 중 “야생동ㆍ식물보호법 제2조의 규정에 의한 생태계교란야생동ㆍ식물”을 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 생태계교란 야생생물”로 한다.
제37조제1항제1호 및 제44조제1호 중 “멸종위기야생동ㆍ식물”을 각각 “멸종위기야생생물”로 한다.
제49조제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제7조제2항에 따른 서식지외보전기관의 지원
제57조제2호 중 “멸종위기야생동ㆍ식물”을 “멸종위기야생생물”로 한다.
⑬부터 <20>까지 생략
제11조 생략

부 칙[2011.7.28 제10979호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2012.2.1 제11257호(생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제5호를 다음과 같이 한다.
5. “생태계”란 식물·동물 및 미생물 군집(群集)들과 무생물 환경이 기능적인 단위로 상호작용하는 역동적인 복합체를 말한다.
제2조제16호를 다음과 같이 한다.
16. “생물자원”이란 「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제2조제3호에 따른 생물자원을 말한다.
제35조의 제목 “(생물다양성과 생물자원의 보전대책 수립 및 국제협력)”을 “(생태계 보전대책 및 국제협력)”으로 하고, 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 중 “이행을 위하여 대통령령이 정하는 바에 따라 다음의 사항을 포함하는 생물다양성 및 생물자원의 보전대책을”을 “이행에 필요한 시책을”로 하며, 같은 항 각 호를 삭제하고, 같은 조 제2항 전단 중 “국제기구 및 관련국 정부와 협조하여”를 “생물다양성에관한협약등과 관련된 국제기구 및 외국정부와 협조하여”로 하며, 같은 항 후단을 삭제한다.
제36조의 제목 “(생물다양성의 연구·기술개발 등)”을 “(생태계의 연구·기술개발 등)”으로 하고, 같은 조 제1항 중 “생물다양성구성요소의 서식지 및 서식지외에서의 보전, 생물자원의 관리 및 「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 생태계교란 야생생물의 관리상황”을 “기후변화 등에 의한 생태계 변화와 적응”으로 하며, 같은 조 제2항 본문 중 “생물다양성의 보전과 생물다양성구성요소의 지속가능한 이용을 위하여 별도의 보전조치가 필요하거나 사회적·경제적·문화적·과학적 가치가 있는 생물다양성구성요소의 분포상태·변화추이 등과 생물다양성의 보전과 생물다양성구성요소의 지속가능한 이용에 부정적 영향을 미칠 수 있는 개발사업등에 대하여 필요한”을 “기후변화에 따른 생태계의 변화 양상 및 적응·관리 사례, 기후변화 등에 취약한 생태계 등에 대한”으로 하고, 같은 항 단서를 삭제하며, 같은 조 제3항을 삭제한다.
제37조를 삭제한다.
제49조제8호를 다음과 같이 한다.
8. 「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제16조에 따른 생물다양성관리계약의 이행
⑦ 생략

부 칙[2013.3.22 제11671호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제16조의2, 제65조, 제66조제2항제2호의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(자연환경조사에 관한 적용례) 제30조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 실시하는 자연환경조사부터 적용한다.
제3조(생태계보전협력금의 부과에 관한 적용례) ① 제46조제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 사업의 인·허가 등을 받거나 계획을 수립·확정하는 사업(인·허가 등을 받지 아니하는 사업에 한한다)부터 적용한다.
② 제48조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 체납되는 생태계보전협력금부터 적용한다.

부 칙[2013.6.4 제11862호(화학물질관리법)]
제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑥까지 생략
⑦ 자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제1호 중 "유해화학물질관리법 제2조의 규정에 의한 유독물"을 "「화학물질관리법」 제2조에 따른 유독물질"로 한다.
⑧부터 <29>까지 생략
제12조 생략

부 칙[2014.6.3 제12738호(공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법률의 개정) ①부터 <47>까지 생략
<48> 자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제3항제1호 중 "「측량·수로조사 및 지적에 관한 법률」"을 "「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」"로 한다.
<49>부터 <65>까지 생략
제3조 생략

부 칙[2015.2.3 제13168호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2016.1.27 제13885호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2017.1.17 제14532호(물환경보전법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <58>까지 생략
<59> 자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제1호 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제2조"를 "「물환경보전법」 제2조"로 한다.
<60>부터 <89>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2017.11.28 제15100호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제4조제2항, 제34조제6항, 제34조의2, 제43조의2, 제46조제3항·제6항, 제59조제3항·제5항 및 제59조의2제3항·제4항의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(생태계보전협력금의 부과 제외에 관한 적용례) 제46조제2항 각 호 외의 부분 단서의 개정규정은 이 법 시행 전에 제50조제1항 본문에 따른 승인을 받아 시행 중인 자연환경보전사업에 대해서도 적용한다.
제3조(생태계보전협력금의 감면에 관한 적용례) 제46조제3항 단서의 개정규정은 같은 개정규정 시행 후에 사업의 인·허가등을 받는 사업부터 적용한다.
제4조(양성기관 지정의 취소에 관한 적용례) 이 법 시행 전에 지정된 양성기관의 업무기간에 대한 제59조의3제1항제3호의 개정규정에 따른 1년 이상의 기간은 같은 개정규정 시행 후 양성기관 업무를 하지 아니한 날부터 기산한다.
제5조(도시생태현황지도 작성에 관한 경과조치 등) ① 제34조의2의 개정규정 시행 전에 종전의 규정에 따라 작성한 도시생태현황지도는 같은 개정규정에 따라 작성한 도시생태현황지도로 본다.
② 제34조의2의 개정규정 시행 당시 도시생태현황지도를 작성하지 아니한 도시생태현황지도 작성 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 구분에 따른 날까지 같은 개정규정에 따라 도시생태현황지도를 작성하여야 한다.
1. 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도: 2018년 12월 31일
2. 시
가. 인구 30만명 이상의 시: 2019년 12월 31일
나. 그 밖의 시: 2021년 12월 31일
③ 제34조의2의 개정규정 시행 전에 종전의 규정에 따라 작성한 도시생태현황지도의 재작성은 제34조의2제1항 전단의 개정규정에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 도시생태현황지도를 작성한 후 제2항 각 호의 구분에 따른 날을 기준으로 5년이 경과되는 경우: 제2항 각 호의 구분에 따른 날까지 다시 작성
2. 도시생태현황지도를 작성한 후 제2항 각 호의 구분에 따른 날을 기준으로 5년이 경과되지 아니하는 경우: 작성일 기준으로 5년마다 다시 작성

부 칙[2018.10.16 제15839호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2019.12.10 제16806호(생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제49조제8호 중 "생물다양성관리계약"을 "생태계서비스지불제계약"으로 한다.
② 생략

부 칙[2020.5.26 제17326호(법률용어 정비를 위한 환경노동위원회 소관 65개 법률 일부개정을 위한 법률)]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>

부 칙[2021.1.5 제17846호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(생태계보전부담금에 관한 적용례) 제46조제3항의 개정규정은 이 법 시행 이후 생태계보전부담금을 부과·징수하는 경우부터 적용한다.
제3조(생태계보전협력금에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 부과된 생태계보전협력금은 제46조의 개정규정에 따른 생태계보전부담금으로 본다.
제4조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 "생태계보전협력금"을 인용한 경우에는 이 법에 따른 "생태계보전부담금"을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2021.4.13 제18031호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(생태계보전부담금에 관한 경과조치) 제48조의2의 개정규정 중 "생태계보전부담금"은 2022년 1월 5일까지는 "생태계보전협력금"으로 본다.