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제21조(허가의 취소)
①해양수산부장관은 제20조제1항 단서에 따라 허가를 받은 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 허가를 취소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 그 허가를 취소하여야 한다. [개정 2008.2.29

제8852호(정부조직법), 2013.3.23

제11690호(정부조직법), 2018.12.31

, 2020.2.18

]
1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 허가를 받은 경우
2. 해양보호생물의 포획·채취등을 할 때 허가내용을 위반한 경우
② 제1항에 따라 허가가 취소된 자는 취소된 날부터 7일 이내에 허가증을 해양수산부장관에게 반납하여야 한다. [개정 2008.2.29

제8852호(정부조직법), 2013.3.23

제11690호(정부조직법), 2020.2.18

]

부칙 [2006.10.4 제8045호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(해양생태계보전협력금의 부과·징수에 관한 적용례) 제49조의 규정은 이 법 시행 후 최초로 인·허가등을 신청하는 개발사업부터 적용한다.
제3조(해양생태계에 관한 기초조사 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 「자연환경보전법」 제30조의 규정에 의하여 실시한 해양 분야에 대한 자연환경조사는 제10조의 규정에 의한 해양생태계 기본조사로 본다.
제4조(해양동물의 포획금지행위에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 「야생동·식물보호법」 제19조의 규정에 의하여 포획이 금지된 회유성해양동물 및 해양포유동물은 제16조제3항의 규정에 의하여 포획이 금지된 것으로 본다.
제5조(서식지외보전기관에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「야생동·식물보호법」 제7조의 규정에 의하여 지정된 서식지외보전기관은 제17조의 규정에 의하여 서식지외보전기관으로 지정된 것으로 본다.
제6조(해양보호구역에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 「자연환경보전법」 제12조제1항·제2항 및 제13조제3항의 규정에 의하여 해양수산부장관이 지정·고시한 생태·경관보전지역은 제25조제1항·제2항 및 제26조제3항의 규정에 의한 해양보호구역으로 지정·고시된 것으로 본다.
제7조(해양동물 및 해양생물자원의 수출·수입 등 행위에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 「문화재보호법」 제21조와 「야생동·식물보호법」 제21조 및 제41조의 규정에 의하여 수출·수입·반출·반입허가를 받거나 승인을 얻은 경우에는 제42조제1항의 규정에 의하여 허가를 받은 것으로 본다.
제8조(계속 중인 행위에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 「자연환경보전법」 및 「야생동·식물보호법」의 규정에 의하여 행한 인가·허가·지정 등의 처분 그 밖의 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위는 이 법 중 그에 해당하는 규정이 있는 경우에는 이 법에 의한 처분 그 밖에 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제9조(벌칙 등의 적용에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 행한 「자연환경보전법」 또는 「야생동·식물보호법」의 위반행위에 대한 벌칙 또는 과태료의 적용은 「자연환경보전법」 및 「야생동·식물보호법」에 의한다.
제10조(다른 법률의 개정) ①국토의 계획 및 이용에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제2항제1호에 바목을 다음과 같이 신설한다.
바. 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」 제25조의 규정에 의한 해양보호구역
제8조제3항제2호에 바목을 다음과 같이 신설한다.
바. 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」 제12조제1항제1호의 규정에 의한 해양생태도 1등급 권역
제76조제5항제4호중 “문화재보호법에 의하여 지정된 지정문화재 또는 천연기념물과 그 보호구역”을 “「문화재보호법」에 의하여 지정된 지정문화재 또는 천연기념물과 그 보호구역, 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」에 의한 해양보호구역”으로, “수도법 또는 문화재보호법”을 “「수도법」·「문화재보호법」 또는 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」”로 한다.
제76조제6항을 다음과 같이 한다.
⑥보전관리지역 또는 생산관리지역에 대하여 농림부장관·환경부장관·해양수산부장관 또는 산림청장이 농지보전·자연환경보전·해양환경보전 또는 산림보전에 필요하다고 인정하는 경우 「농지법」, 「자연환경보전법」, 「야생동·식물보호법」, 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」 또는 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 의하여 건축물 그 밖에 시설의 용도·종류 및 규모 등의 제한을 할 수 있다. 이 경우 이 법에 의한 제한의 취지와 형평을 이루도록 하여야 한다.
②자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호중 “지표(해양을 포함한다)”를 “지표(해양을 제외한다)”로 하고, 동조제7호중 “육상생태계, 해양 그 밖의 수생생태계”를 “육상생태계 및 수생생태계(해양생태계를 제외한다)”로 하며, 동조제14호중 “산·하천·습지·호소(湖沼)·농지·도시·해양 등”을 “산·하천·내륙습지·호소(湖沼)·농지·도시 등”으로 한다.
제6조제2항제5호중 “산·하천·습지·농지·섬·해양 등”을 “산·하천·내륙습지·농지·섬 등”으로 한다.
제37조제1항 각 호외의 부분 및 동조제2항중 “토지 또는 공유수면”을 각각 “토지”로 한다.
제46조제2항 각 호외의 부분에 단서를 다음과 같이 신설한다.
다만, 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」 제49조제2항의 규정에 의한 해양생태계보전협력금의 부과대상이 되는 사업을 제외한다.
제46조제6항 후단을 다음과 같이 한다.
이 경우 단위면적당 부과금액은 훼손된 생태계의 가치를 기준으로 하고, 지역계수는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 토지의 용도를 기준으로 한다.
제49조 각 호 외의 부분 단서를 다음과 같이 한다.
다만, 「광업법」 제4조의 규정에 의한 광업으로서 산림 및 산지를 대상으로 하는 사업에서 조성된 생태계보전협력금은 이를 산림 및 산지 훼손지의 생태계복원사업을 위하여 사용하여야 한다.
제61조제1항중 “환경부장관 또는 해양수산부장관”을 “환경부장관”으로, “시·도지사, 지방환경관서의 장 또는 지방해양수산관서의 장”을 “시·도지사 또는 지방환경관서의 장”으로 한다.
제62조를 삭제한다.
③습지보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제2항중 “야생동·식물보호법 제2조제4호의 규정에 의한 생태계교란야생동·식물”을 “「야생동·식물보호법」 제2조제4호의 규정에 의한 생태계교란야생동·식물 또는 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」 제2조제12호의 규정에 의한 해양생태계교란생물”로 한다.
④야생동·식물보호법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제65조제1항 및 제2항을 각각 제3항 및 제4항으로 하고, 동조에 제1항 및 제2항을 각각 다음과 같이 신설한다.
①해양수산부장관은 개체수가 현저하게 감소되어 멸종위기에 처한 해양동·식물을 멸종위기야생동·식물로 지정해 줄 것을 환경부장관에게 요청할 수 있다. 이 경우 환경부장관은 특별한 사유가 없는 한 이에 응하여야 한다.
②환경부장관은 해양동·식물에 대하여 제13조의 규정에 의한 중·장기보전대책을 수립하고자 하는 경우에는 미리 해양수산부장관과 협의하여야 한다.
⑤어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제1항에 제7호의3을 다음과 같이 신설한다.
7의3. 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」 제49조 및 제51조의 규정에 의한 해양생태계보전협력금 및 가산금
제25조제1항에 제7호의3을 다음과 같이 신설한다.
7의3. 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」의 규정에 의한 해양생태계의 보전 및 관리에 필요한 사업
⑥부담금관리기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표에 제117호를 다음과 같이 신설한다.
117. 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」 제49조의 규정에 의한 해양생태계보전협력금
제11조(다른 법률과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 해양생태계와 관련하여 「자연환경보전법」 및 「야생동·식물보호법」 또는 그 규정을 인용한 경우에 이 법 중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2007.1.19 제8260호(해양환경관리법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제19조제1 항제2호의 규정은 공포한 후 2년이 경과한 날부터, 제110조제1항의 규정은 공포 후 3년이 경과한 날부터, 제40조 및 제53조의 규정은 이 법 시행 후 「선박 유해 방오시스템의 규제에 관한 국제협약」이 우리나라에서 효력을 발생하는 날부터 시행한다.
제2조 내지 제22조 생략
제23조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑪ 생략
⑫해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제3항중 “해양오염방지법 제63조의 규정에 의한 해양환경보전자문위원회”를 “「해양환경관리법」 제17조의 규정에 따른 해양환경관리위원회”로 하고, 제26조제1항 각 호 외의 부분 본문중 “「해양오염방지법」 제63조의 규정에 의한 해양환경보전자문위원회”를 “「해양환경관리법」 제17조의 규정에 따른 해양환경관리위원회”로 하며, 동항 각 호 외의 부분 단서중 “해양환경보전자문위원회”를 “해양환경관리위원회”로 한다.
⑬ 내지 <17> 생략

부칙 [2007.4.11 제8351호(농어촌정비법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제14조제25항의 개정규정은 법률 제 8170호 자연재해대책법 일부개정법률 부칙 제1조에 따른 시행일부터 시행하고, 부칙 제14조제34항 및 제35항의 개정규정은 2007년 7월 4일부터 시행하며, 부칙 제14조제16항 및 제18항의 개정규정은 2007년 7월 27일부터 시행하고, 제21조제1항과 제92조제1항제12호의 개정규정은 2007년 9월 28일부 터 시행한다.
제2조 내지 제13조 생략
제14조(다른 법률의 개정) ① 내지 <40> 생략
<41>해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제27조제2항제6호 중 “「농어촌정비법」 제2조제3호”를 “「농어촌정비법」 제2조제5호”로 한 다.
<42> 생략
제15조 생략

부칙 [2007.4.11 제8377호(수산업법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조 내지 제14조 생략
제15조(다른 법률의 개정) ① 내지 <22> 생략
<23>해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제53조제1항 단서 중 “「수산업법」 제81조”를 “「수산업법」 제79조”로 한다.
<24> 생략
제16조 생략

부칙 [2007.12.21 제8762호(유전자변형생물체의 국가간 이동 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 의정서가 우리나라에 대하여 효력을 발생하는 날부터 시행한다.
제2조 내지 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 생략
②해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제2항 단서 중 “「유전자변형 생물체의 국가간 이동 등에 관한 법률」 제2조”를 “「유전자변형생물체의 국가간 이동 등에 관한 법률」 제2조”로 한다.

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>··· 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <689> 까지 생략
<690> 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제9호·제10호 및 제11호 각 목 외의 부분, 같은 조 제12호 각 목 외의 부분 및 제13호, 제8조제3항, 제11조제5항, 제13조제2항, 제14조제4항, 제16조제4항, 제17조제4항, 제18조제5항, 제20조제1항제6호 및 제4항부터 제6항까지, 제23조제2항 본문, 제25조제4항, 제26조제3항, 제27조제1항제1호, 제42조제1항제3호 및 제2항, 제43조제2항 및 제4항, 제50조제3항, 제57조제2항 및 제63조제6호 중 "해양수산부령"을 각각 "국토해양부령"으로 한다.
제2조제14호, 제5조제1항 본문·단서 및 제2항, 제7조제1항, 같은 조 제2항 전단 및 제3항, 제9조제1항 및 제3항부터 제6항까지, 같은 조 제7항 전단 및 제8항·제11항, 제10조제1항·제2항 및 제4항, 제11조제1항부터 제3항까지, 제12조제1항 각 호 외의 부분 및 제2항부터 제5항까지, 제13조제1항, 제14조제1항, 제15조제1항부터 제3항까지, 제16조제3항, 제17조제1항 본문, 같은 조 제2항 및 제3항 각 호 외의 부분 본문, 제18조제1항부터 제3항까지 및 제4항 각 호 외의 부분 본문, 제19조제1항부터 제5항까지, 제20조제1항 각 호 외의 부분 단서 및 제2항, 같은 조 제3항제3호 및 제4항·제5항, 제21조제1항 각 호 외의 부분 본문 및 제2항, 제23조제2항 본문 및 제3항 전단·후단, 제24조, 제25조제1항 각 호 외의 부분 및 제3항, 제26조제1항 각 호 외의 부분 본문 및 제2항·제3항, 제27조제2항제4호, 같은 항 제5호 후단 및 제7호, 같은 조 제5항, 제28조 각 호 외의 부분, 제29조제1항 및 제2항, 같은 조 제3항 전단 및 제4항, 제30조 본문, 제31조제1항부터 제4항까지, 제32조제1항 본문 및 제2항, 제33조제1항, 제34조제1항 각 호 외의 부분 및 제2항·제3항, 제35조제1항 본문, 제36조제3항, 제41조제1항 각 호 외의 부분 및 제2항, 제42조제1항 각 호 외의 부분 본문 및 단서, 같은 조 제2항 및 제3항 각 호 외의 부분 본문, 제43조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항 및 제3항 본문, 제45조제1항 및 제3항, 제46조제1항, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분 및 제3항부터 제5항까지, 제47조 각 호 외의 부분, 제48조제1항 및 제2항, 제49조제1항 및 제5항, 같은 조 제6항 전단 및 제7항, 제50조제1항 및 제2항 전단, 제51조제1항 전단, 제52조제1항 전단 및 제2항, 제53조제1항 본문 및 제2항·제3항, 제56조 각 호 외의 부분, 제57조제1항, 제58조, 제59조, 제60조제1항·제2항 및 제65조제4항부터 제6항까지 중 "해양수산부장관"을 각각 "국토해양부장관"으로 한다.
<691> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.3.28 제9037호(환경영향평가법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제17조까지 생략
제18조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <17> 까지 생략
<18> 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제49조제2항제1호 중 "「환경·교통·재해 등에 관한 영향평가법」"을 "「환경영향평가법」"으로 한다.
<19> 부터 <22> 까지 생략
제19조 생략

부 칙[2009.1.30 제9401호(국유재산법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 부터 <85> 까지 생략
<86> 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제32조제1항 본문 중 "「국유재산법」 제15조의 규정에 의한 관리환(관리환)"을 "「국유재산법」 제2조제5호에 따른 관리전환"으로 하고, 같은 조 제2항 중 "관리환"을 "관리전환"으로 한다.
제11조 생략

부 칙[2009.2.6 제9454호(해양수산발전 기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제3항 및 제26조제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “「해양환경관리법」 제17조의 규정에 따른 해양환경관리위원회”를 각각 “「해양수산발전 기본법」 제7조에 따른 해양수산발전위원회”로 한다.
제26조제1항 각 호 외의 부분 단서 중 “해양환경관리위원회”를 “해양수산발전위원회”로 한다.

부 칙[2009.4.1 제9614호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2009.4.22 제9626호(수산업법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑫ 까지 생략
⑬ 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제49조제5항 중 “「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」 제22조의 규정에 의한”을 “「수산업법」 제76조에 따른”으로 한다.
제53조제1항 단서 중 “「수산업법」 제79조의 규정을”을 “「수산업법」 제81조를”로 한다.
⑭ 및 ⑮ 생략
제12조 생략

부 칙[2010.1.27 제9982호(광업법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑨ 까지 생략
⑩ 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제49조제2항제2호 중 “「광업법」 제4조”를 “「광업법」 제3조제2호”로, “탐광”을 “탐사”로 한다.

부 칙[2011.5.19 제10676호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(해양생태계보전협력금의 부과대상에 관한 적용례) 제49조제2항제3호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 허가 등을 신청하는 개발사업부터 적용한다.

부 칙[2011.7.21 제10892호(환경영향평가법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제8조까지 생략
제9조(다른 법률의 개정) ①부터 <27>까지 생략
<28> 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제49조제2항제1호 중 “「환경영향평가법」 제4조의 규정에 의한”을 “「환경영향평가법」 제22조에 따른”으로 한다.
<29>부터 <35>까지 생략
제10조 생략

부 칙[2011.7.28 제10977호(야생생물 보호 및 관리에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑮까지 생략
<16> 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제20조제2항 중 “「야생동ㆍ식물보호법」”을 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」”로 하고, 같은 조 제3항제6호를 다음과 같이 한다.
6. 「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제2조제2호에 따른 멸종위기 야생생물에 해당하는 경우
제42조제1항 각 호 외의 부분 단서 중 “「야생동ㆍ식물보호법」”을 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」”로 한다.
<17>부터 <20>까지 생략
제11조 생략

부 칙[2012.2.1 제11257호(생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑥까지 생략
⑦ 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제42조제1항 각 호 외의 부분 단서 중 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제21조 및 제41조의 규정에 의하여”를 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제21조 및 「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제11조에 따라”로 한다.

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <665>까지 생략
<666> 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제9호·제10호, 같은 조 제11호 각 목 외의 부분, 같은 조 제12호 각 목 외의 부분, 같은 조 제13호, 제8조제3항, 제11조제5항, 제13조제2항, 제14조제4항, 제16조제4항, 제17조제4항, 제18조제5항, 제20조제1항제6호, 같은 조 제4항부터 제6항까지, 제23조제2항 본문, 제25조제4항, 제26조제3항, 제27조제1항제1호, 제42조제1항제3호, 같은 조 제2항, 제43조제2항·제4항, 제50조제3항, 제57조제2항 및 제63조제6호 중 "국토해양부령"을 각각 "해양수산부령"으로 한다.
제2조제14호, 제5조제1항 본문 및 단서, 같은 조 제2항, 제7조제1항, 같은 조 제2항 전단, 같은 조 제3항, 제9조제1항·제3항부터 제6항까지, 같은 조 제7항 전단, 같은 조 제8항·제11항, 제10조제1항·제2항·제4항, 제11조제1항부터 제3항까지, 제12조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항부터 제5항까지, 제13조제1항, 제14조제1항, 제15조제1항부터 제3항까지, 제16조제3항, 제17조제1항 본문, 같은 조 제2항, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분 본문, 제18조제1항부터 제3항까지, 같은 조 제4항 각 호 외의 부분 본문, 제19조제1항부터 제5항까지, 제20조제1항 각 호 외의 부분 단서, 같은 조 제2항, 같은 조 제3항제3호, 같은 조 제4항·제5항, 제21조제1항 각 호 외의 부분 본문, 같은 조 제2항, 제23조제2항 본문, 같은 조 제3항 전단 및 후단, 제24조, 제25조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제3항, 제26조제1항 각 호 외의 부분 본문, 같은 조 제2항·제3항, 제27조제2항제4호, 같은 항 제5호 후단, 같은 항 제7호, 같은 조 제5항, 제28조 각 호 외의 부분, 제29조제1항·제2항, 같은 조 제3항 전단, 같은 조 제4항, 제30조 본문, 제31조제1항부터 제4항까지, 제32조제1항 본문, 같은 조 제2항, 제33조제1항, 제34조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항·제3항, 제35조제1항 본문, 제36조제3항, 제41조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항, 제42조제1항 각 호 외의 부분 본문 및 단서, 같은 조 제2항, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분 본문, 제43조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항, 같은 조 제3항 본문, 제45조제1항·제3항, 제46조제1항, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분, 같은 조 제3항부터 제5항까지, 제47조 각 호 외의 부분, 제48조제1항·제2항, 제49조제1항·제5항, 같은 조 제6항 전단, 같은 조 제7항, 제50조제1항, 같은 조 제2항 전단, 제51조제1항 전단, 제52조제1항 전단, 같은 조 제2항, 제53조제1항 본문, 같은 조 제2항·제3항, 제56조 각 호 외의 부분, 제57조제1항, 제58조, 제59조, 제60조제1항·제2항 및 제65조제4항 중 "국토해양부장관"을 각각 "해양수산부장관"으로 한다.
<667>부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2013.6.4 제11862호(화학물질관리법)]
제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑫까지 생략
⑬ 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다. [개정 2014.3.18 제12490호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률)]
제17조제3항제3호나목 중 "유독물(「유해화학물질 관리법」 제2조제3호의 규정에 의한 유독물을 말한다. 이하 같다)"을 "유독물질(「화학물질관리법」 제2조제2호에 따른 유독물질을 말한다. 이하 같다)"로 한다.
제20조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제27조제1항제1호·제6호, 제61조제2호 및 제63조의2제1항·제2항 중 "유독물"을 각각 "유독물질"로 한다.
⑭부터 <29>까지 생략
제12조 생략

부 칙[2014.3.18 제12490호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제2조는 2015년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) 법률 제11862호 유해화학물질 관리법 전부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
부칙 제11조제13항을 다음과 같이 한다.
⑬ 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제17조제3항제3호나목 중 "유독물(「유해화학물질 관리법」 제2조제3호의 규정에 의한 유독물을 말한다. 이하 같다)"을 "유독물질(「화학물질관리법」 제2조제2호에 따른 유독물질을 말한다. 이하 같다)"로 한다.
제20조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제27조제1항제1호·제6호, 제61조제2호 및 제63조의2제1항·제2항 중 "유독물"을 각각 "유독물질"로 한다.

부 칙[2014.5.21 제12661호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(가산금에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 해양생태계보전협력금의 납부 독촉을 받은 자의 가산금 부과기준에 대하여는 제51조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2015.1.20 제13057호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2015.3.27 제13275호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2015.6.22 제13383호(수산업·어촌 발전 기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 <54>까지 생략
<55> 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제49조제5항 중 "「수산업법」 제76조에 따른 수산발전기금"을 "「수산업·어촌 발전 기본법」 제46조에 따른 수산발전기금"으로 한다.
<56>부터 <63>까지 생략

부 칙[2016.12.27 제14514호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(해양생태계보전협력금의 부과·징수에 관한 적용례) 제49조제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 허가·인가·지정 등을 하는 사업부터 적용한다.
제3조(국가해양생태계종합조사에 관한 업무의 위탁에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 제10조제1항에 따른 해양생태계기본조사, 제29조제1항에 따른 해양보호구역 조사·관찰, 제39조제2항에 따른 조사 및 「습지보전법」 제4조에 따른 기초조사에 관한 업무를 위탁받은 기관 또는 단체는 제10조제1항의 개정규정에 따른 국가해양생태계종합조사에 관한 업무를 위탁받은 것으로 본다.
제4조(행정처분에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 위반행위에 대한 행정처분에 관하여는 종전의 규정에 따른다.
제5조(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 위반행위에 대한 벌칙을 적용할 때에는 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2017.1.17 제14532호(물환경보전법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <78>까지 생략
<79> 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제27조제1항제6호 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제2조제8호의 규정에 의한"을 "「물환경보전법」 제2조제8호에 따른"으로 한다.
<80>부터 <89>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2017.11.28 제15135호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(해양생태계보전협력금에 관한 적용례) 제49조제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 부과·징수하는 해양생태계보전협력금부터 적용한다.

부 칙[2018.12.31 제16165호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(해양생태계보전협력금 분할납부에 관한 적용례) 제49조제4항의 개정규정은 이 법 시행일 당시 납부기한이 도래하지 아니한 것부터 적용한다.
제3조(다른 법률의 개정) 동물원 및 수족관의 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항제7호 중 "보호대상 해양생물종"을 "해양보호생물종"으로, "보호대상해양생물"을 "해양보호생물"로 한다.

부 칙[2019.8.20 제16516호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2019.8.27 제16568호(양식산업발전법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제14조까지 생략
제15조(다른 법률의 개정) ①부터 <57>까지 생략
<58> 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제26조제1항제5호 중 "어업권"을 "어업권ㆍ양식업권"으로 한다.
제53조제1항 단서 중 "「수산업법」 제81조"를 "「수산업법」 제81조 또는 「양식산업발전법」 제67조"로 한다.
<59>부터 <61>까지 생략
제16조 생략

부 칙[2020.2.21 제17061호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2020.12.8 제17621호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.