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제35조(무권리자의 특허와 정당한 권리자의 보호)
제69조제1항제2호의 규정에 해당하는 사유로 취소결정이 확정되거나 제133조제1항제2호의 규정에 해당하는 사유로 특허를 무효로 한다는 심결이 확정된 경우에는 그 특허출원후에 한 정당한 권리자의 특허출원은 취소 또는 무효로 된 그 특허의 출원시에 특허출원한 것으로 본다. 다만, 그 특허의 등록공고가 있는 날부터 2년을 경과한 후에 특허출원을 하거나 취소결정 또는 심결이 확정된 날부터 30일을 경과한 후에 특허출원을 한 경우에는 그러하지 아니하다.
[전문개정 1997·4·10]

부칙 <제4207호,1990.1.13>
제1조 (시행일) 이 법은 1990년 9월 1일부터 시행한다. 다만, 제201조·제205조 및 제211조의 특허협력조약 제2장에 관한 사항은 특허협력조약 제2장이 대한민국에 대하여 효력이 발생하는 날부터 시행한다.
제2조 (일반적 경과조치) 이 법은 부칙 제3조 내지 제9조에 특별히 규정한 경우를 제외하고 이 법의 시행전에 발생한 사항에도 적용한다. 다만, 종전의 규정에 의하여 발생한 효력에 관하여는 영향을 미치지 아니한다.
제3조 (특허출원등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 한 특허출원에 관한 심사 및 거절사정에 관한 항고심판은 종전의 규정에 의한다.
제4조 (권리설정된 특허의 심판등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 한 특허출원에 의하여 권리설정된 특허에 관한 심판·항고심판·재심 및 소송은 종전의 규정에 의한다.
제5조 (조약에 의한 우선권발명서류 제출에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 대한민국에 우선권주장을 한 특허출원의 우선권발명서류의 제출기간은 종전의 규정에 의한다.
제6조 (보정각하에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 한 보정에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제7조 (특허권의 존속기간에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 설정된 특허권 및 특허출원되어 설정되는 특허권의 존속기간은 종전의 규정에 의한다.
제8조 (특허권의 수용등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 청구한 특허권의 제한·수용·취소 또는 실시에 관한 처분이나 소송은 종전의 규정에 의한다.
제9조 (심판의 절차·비용 및 손해배상등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 청구한 심판·항고심판·재심 및 소송에 관한 절차·비용 및 손해배상등은 종전의 규정에 의한다.

부칙(정부조직법) <제4541호,1993.3.6>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (상공자원부 신설에 따른 다른 법률의 개정) ①내지 <46>생략
<47>특허법중 다음과 같이 개정한다.
제16조제1항, 제28조제4항, 제42조제6항, 제79조제2항, 제82조제3항, 제83조제2항·제3항, 제90조제1항제6호, 제192조제4호, 제193조제1항·제5항, 제194조제4항, 제195조제4호, 제196조제1항제2호 및 제3호·제2항, 제197조제2항, 제198조제2항, 제200조, 제206조제2항 및 제214조제1항·제2항중 "상공부령"을 각각 "상공자원부령"으로 한다.
<48>내지 <100>생략
제5조 생략

부칙 <제4594호,1993.12.10>
①(시행일) 이 법은 1994년 1월 1일부터 시행한다.
②(특허료등의 반환기간에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 착오로 인하여 납부된 특허료 및 수수료의 반환에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
③(특허료의 반환에 관한 적용예) 특허에 관한 무효심결의 확정으로 인한 특허료의 반환에 관한 제84조제1항제2호 및 제3호의 개정규정은 이 법 시행 이후에 무효심결이 확정되는 것부터 적용한다.

부칙(발명진흥법) <제4757호,1994.3.24>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) 특허법중 다음과 같이 개정한다.
제40조제4항을 삭제한다.
제4조 및 제5조 생략

부칙 <제4892호,1995.1.5>
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 3월 1일부터 시행한다.
제2조 (계속중인 사건에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 심판이 청구되었거나 거절사정·취소결정 또는 보정각하결정에 대한 항고심판이 청구되어 계속중인 사건은 이 법에 의하여 특허심판원에 심판이 청구되어 계속중인 것으로 본다.<개정 1997.4.10>
②이 법 시행전에 심결에 대한 항고심판이 청구되었거나 심판청구서 각하결정에 대한 즉시항고가 청구되어 계속중인 사건은 이 법에 의하여 특허법원에 소가 제기되어 계속중인 것으로 본다.
제3조 (불복을 제기할 수 있는 사건등에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 심판의 심결, 심판청구서의 각하결정, 거절사정·취소결정 또는 심사관의 보정각하결정이 송달된 사건으로서 종전의 규정에 의한 항고심판소에 불복을 하지 아니한 것에 대하여는 이 법 시행일부터 30일이내에, 심판의 심결과 심판청구서의 각하결정에 대하여는 제186조제1항의 규정에 의한 소를 제기할 수 있고, 거절사정·취소결정 또는 심사관의 보정각하결정에 대하여는 제132조의3 또는 제132조의4의 규정에 의한 심판을 청구할 수 있다. 다만, 이 법 시행당시 이미 종전의 규정에 의한 불복기간이 경과된 것은 그러하지 아니한다.<개정 1997.4.10>
②이 법 시행당시 항고심판의 심결, 항고심판청구서의 각하결정, 항고심판관의 보정각하결정이 송달된 사건으로서 대법원에 불복을 하지 아니한 것에 대하여는 이 법 시행일부터 30일이내에 대법원에 불복을 할 수 있다. 다만, 이 법 시행당시 이미 종전의 규정에 의한 불복기간이 경과된 것은 그러하지 아니하다.
③이 법 시행전에 대법원에 불복이 제기되어 계속중인 사건 및 제2항의 규정에 의하여 불복이 제기되는 사건은 이 법에 의하여 대법원에 계속중이거나 제기된 것으로 본다.
제4조 (재심사건에 관한 경과조치) 부칙 제2조 및 부칙 제3조의 규정은 계속중인 재심사건에 관하여 이를 준용한다.
제5조 (서류의 이관등) ①특허청장은 부칙 제2조제1항(부칙 제4조의 규정에 의하여 준용되는 경우를 포함한다)에 규정된 계속중인 사건에 관한 서류를 지체없이 특허심판원장에게 이관하여야 한다.
②특허청장은 부칙 제2조제2항(부칙 제4조의 규정에 의하여 준용되는 경우를 포함한다)에 규정된 계속중인 사건에 관한 서류를 지체없이 특허법원장에게 이관하여야 한다. 이 경우 서류의 이관등에 관하여 필요한 사항은 대법원규칙으로 정한다.
제6조 (다른 법률의 개정) 정부조직법중 다음과 같이 개정한다.
제37조제5항중 "심사·심판 및 항고심판사무"를 "심사 및 심판사무"로 한다.

부칙 <제5080호,1995.12.29>
제1조 (시행일) 이 법은 1996년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (원자핵변환방법에 의하여 제조될 수 있는 물질의 발명에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 특허청에 계속중인 특허출원(특허사정등본 송달이 있은 경우를 제외한다)중 특허출원서에 최초로 첨부한 명세서 또는 도면에 원자핵변환방법에 의하여 제조될 수 있는 물질의 발명을 기재한 특허출원의 출원인은 이 법 시행일부터 6월이내에 그 명세서 또는 도면을 보정할 수 있다.
②제1항의 규정에 의한 보정은 출원공고결정 등본의 송달전에 한 보정으로 본다.
제3조 (특허권의 존속기간에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 종전의 규정에 의한 존속기간이 만료된 특허권에 대하여는 이 법을 적용하지 아니한다.
②이 법 시행당시 존속중인 특허권 및 특허청에 계속중인 특허출원중 이 법의 시행으로 인하여 존속기간이 단축되는 특허권의 존속기간은 종전의 규정에 의한다.
제4조 (실시사업을 준비하고 있는 자에 대한 통상실시권 인정의 특례) ①제32조의 개정규정에 의하여 원자핵변환방법에 의하여 제조될 수 있는 물질의 발명에 대한 특허권이 설정된 경우 1995년 1월 1일전에 국내에서 원자핵변환방법에 의하여 제조될 수 있는 물질의 발명의 실시사업을 하고 있는 자 또는 그 실시사업의 준비를 하고 있는 자는 그 발명의 실시 또는 준비를 하고 있는 발명 및 사업의 목적의 범위안에서 당해 발명의 특허권에 대하여 통상실시권을 가진다.
②이 법이 시행으로 특허권의 존속기간이 연장되는 경우 종전의 규정에 따라 당해 특허권이 종료될 것으로 예상하여 1995년 1월 1일전에 국내에서 그 발명의 실시사업을 준비하고 있는 자는 종전의 규정에 의한 존속기간의 만료일부터 이 법의 시행으로 인하여 연장되는 존속기간동안 그 준비를 하고 있는 발명 및 사업의 목적의 범위안에서 당해 특허권에 대하여 통상실시권을 가진다.
③제1항 및 제2항의 규정에 의하여 통상실시권을 가지는 자는 특허권자 또는 전용실시권자에게 상당한 대가를 지급하여야 한다.
④제118조제2항의 규정은 제1항 및 제2항의 규정에 의한 통상실시권에 관하여 이를 준용한다.
제5조 (심판의 절차·비용 및 손해배상등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 이루어진 행위에 대하여 청구한 심판·항고심판·재심 및 소송에 관한 절차·비용 및 손해배상등은 종전의 규정에 의한다.

부칙 <제5329호,1997.4.10>
제1조 (시행일) 이 법은 1997년 7월 1일부터 시행한다. 다만, 제15조제2항, 제16조제1항·제2항, 제46조, 제132조의3, 제140조의2, 제164조제1항, 제170조, 제171조제2항, 제172조, 제176조제1항·제2항, 제224조의2와 법률 제4892호 특허법중개정법률 부칙 제2조제1항 및 제3조제1항의 개정규정은 1998년 3월 1일부터 시행한다.
제2조 (특허이의신청에 대한 특례) ①제6조의 규정을 적용함에 있어서 1998년 2월 28일까지는 동조중 "제167조의 규정에 의한 거절사정에 대한 항고심판의 청구"는 "제167조의 규정에 의한 거절사정 또는 취소결정에 대한 항고심판의 청구"로 본다.
②제164조제1항의 규정을 적용함에 있어서 1998년 2월 28일까지는 동항중 "타심판의 심결이나 항고심판의 심결이 확정될 때까지"는 "특허이의신청에 대한 결정, 타심판의 심결이나 항고심판의 심결이 확정될 때까지"로 본다.
③제170조제1항의 규정을 적용함에 있어서 1998년 2월 28일까지는 동항 전단중 "제50조·제51조·제63조 및 제66조 내지 제75조"는 "제51조·제63조 및 제66조"로, 동항 후단은 삭제된 것으로 보고, 동조제3항의 규정을 적용함에 있어서 1998년 2월 28일까지는 동항중 "제51조제4항 내지 제6항"은 "제51조제1항·제5항"으로 본다.
④제171조제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 1998년 2월 28일까지는 동항중 "거절사정"은 각각 "거절사정 또는 취소결정"으로 본다.
⑤제172조의 규정을 적용함에 있어서 1998년 2월 28일까지는 동조중 "심사 또는 심판에서 밟은 특허에 관한 절차"는 "심사·특허이의신청 또는 심판에서 밟은 특허에 관한 절차"로 본다.
⑥제176조의 규정을 적용함에 있어서 1998년 2월 28일까지는 동조중 "거절사정 또는 심판의 심결을 파기하여야 한다"는 "거절사정·취소결정 또는 심판의 심결을 파기 또는 취소하여야 한다"로 본다.
제3조 (특허이의신청제도의 변경에 따른 경과조치) ①이 법 시행전에 특허청에 계속중인 특허출원으로서 출원공고결정등본의 송달이 있었던 특허출원 및 이 법 시행전에 출원공고결정등본의 송달이 있었던 특허출원에 관련된 특허·특허권·심판 또는 재심에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
②이 법 시행전에 출원공고결정등본이 송달된 특허출원 또는 실용신안등록출원의 출원일후에 그 출원서에 최초로 첨부된 명세서 또는 도면에 기재된 발명 또는 고안과 동일한 발명으로 출원된 특허출원에 관하여는 제29조제3항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제4조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제5조 (다른 법률의 개정) ①상표법중 다음과 같이 개정한다.
제16조제2항을 다음과 같이 하고, 동조에 제3항을 다음과 같이 신설한다.
②출원공고결정등본의 송달전에 한 상표등록출원에 관한 상표 또는 지정상품의 보정이 요지를 변경하는 것으로 상표권의 설정등록이 있은 후에 인정된 때에는 그 상표등록출원은 그 보정서를 제출한 때에 상표등록출원한 것으로 본다.
③출원공고결정등본의 송달후에 한 상표등록출원에 관한 상표 또는 지정상품의 보정이 제15조의 규정에 위반된 것으로 상표권의 설정등록이 있은 후에 인정된 때에는 그 상표등록출원은 그 보정을 하지 아니하였던 상표등록출원에 관하여 상표권이 설정등록된 것으로 본다.
제89조제2항을 제4항으로 하고, 동조에 제2항 및 제3항을 각각 다음과 같이 신설한다.
②상표공보는 통상산업부령이 정하는 바에 의하여 전자적 매체로 발행할 수 있다.
③특허청장은 전자적 매체로 상표공보를 발행하는 경우에는 전산망을 활용하여 상표공보의 발행사실·주요목록 및 공시송달에 관한 사항을 알려야 한다.
②의장법중 다음과 같이 개정한다.
제30조중 "제77조 및 동법 제78조제1항"은 "제68조 및 동법 제78조"로 하고 동조 후단을 삭제한다.
제78조제2항을 제4항으로 하고, 동조에 제2항 및 제3항을 각각 다음과 같이 신설한다.
②의장공보는 통상산업부령이 정하는 바에 의하여 전자적 매체로 발행할 수 있다.
③특허청장은 전자적 매체로 의장공보를 발행하는 경우에는 전산망을 활용하여 의장공보의 발행사실·주요목록 및 공시송달에 관한 사항을 알려야 한다.

부칙 <제5576호,1998.9.23>
제1조 (시행일) 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제193조제1항·제198조의 2, 제201조제6항의 개정규정중 국어로 출원된 국제특허출원의 명세서·청구의 범위·도면 및 요약서의 효력에 관한 개정규정, 제208조제1항의 개정규정중 국어로 출원된 국제특허출원에 대한 번역문 제출면제에 관한 개정규정과 제210조의 개정규정중 국어로 출원된 국제특허출원에 대한 번역문 제출면제에 관한 개정규정은 특허협력조약 제16조(3)(b)의 규정에 의하여 대한민국 정부가 국제조사기관 선정과 관련하여 국제사무국과 체결하는 협정이 발효되는 날부터 시행하고, 제6조·제11조·제29조·제36조·제49조·제53조·제55조·제56조·제59조·제69조·제87조·제88조·제102조·제104조·제133조·제202조·제209조 및 제215조의 개정규정과 부칙 제5조제1항중 의장법 제21조 및 제22조의 개정규정은 1999년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 출원된 특허출원 및 동 특허출원에 관한 특허등록, 특허권, 특허이의신청, 심판, 재심 및 소송은 종전의 규정에 의한다.
제3조 (전자문서에 의한 특허출원 관련절차의 처리에 관한 적용예) 제28조의3 내지 제28조의5 및 제217조의2제5항의 개정규정은 1999년 1월 1일이후 최초로 출원되는 특허출원부터 적용한다.
제4조 (특허요건에 관한 적용예) 제29조제3항의 개정규정은 이 법 시행후에 특허출원한 발명(이하 이 조에서 "후출원발명"이라 한다)이 이 법 시행전에 실용신안등록출원을 하여 후출원발명의 출원일후에 출원공개된 실용신안등록출원의 출원서에 첨부된 명세서 또는 도면에 기재된 고안과 동일한 경우에도 이를 적용한다.
제5조 (다른 법률의 개정) ①의장법중 다음과 같이 개정한다.
제4조중 "특허법 제3조 내지 제28조"를 "특허법 제3조 내지 제28조의5"로 한다.
제21조 및 제22조를 각각 삭제한다.
제81조중 "특허법 제218조"를 "특허법 제217조의2"로 한다.
제89조중 "특허법 제231조"를 "특허법 제229조의2 및 동법 제231조"로 한다.
②상표법중 다음과 같이 개정한다.
제5조중 "동법 제28조"를 "동법 제28조 내지 제28조의5"로 한다.
제92조중 "특허법 제218조"를 "특허법 제217조의2"로 한다.