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제46조(시정의 권고 및 의견의 표명)
① 권익위원회는 고충민원에 대한 조사결과 처분 등이 위법·부당하다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 경우에는 관계 행정기관등의 장에게 적절한 시정을 권고할 수 있다.
② 권익위원회는 고충민원에 대한 조사결과 신청인의 주장이 상당한 이유가 있다고 인정되는 사안에 대하여는 관계 행정기관등의 장에게 의견을 표명할 수 있다.

부칙 [2008.2.29 제8878호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 폐지) 다음 각 호의 법률은 이를 폐지한다.
1. 「부패방지법」
2. 「국민고충처리위원회의 설치 및 운영에 관한 법률」
제3조(위원회 조직의 폐지 및 신설에 따른 소관사무 및 공무원등에 대한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 국민고충처리위원회, 국가청렴위원회의 각 소관사무는 국민권익위원회가 각각 승계한다.
② 이 법 시행 당시 국민고충처리위원회, 국가청렴위원회의 각 위원장과 정무직 상임위원을 제외한 위원은 이 법에 따라 국민권익위원회의 위원으로 임명 또는 위촉된 것으로 본다. 이 경우 위원의 임기는 잔여기간으로 한다.
③ 이 법 시행 당시 국민고충처리위원회, 국가청렴위원회의 각 소속공무원은 국민권익위원회의 소속공무원으로 본다.
제4조(사무이관에 따른 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 「국민고충처리위원회의 설치 및 운영에 관한 법률」 및 「부패방지법」에 따라 행한 국민고충처리위원회 및 국가청렴위원회의 행위와 위 기관에 대한 행위는 국민권익위원회의 행위 또는 국민권익위원회에 대한 행위로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 「부패방지법」에 따라 청구된 국민감사청구와 감사원·국회·법원·헌법재판소 또는 중앙선거관리위원회에서 이루어진 국민감사청구에 관한 사무는 이 법에 따라 행한 것으로 본다.
제5조(파견공무원 등에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 국민고충처리위원회 및 국가청렴위원회에 파견된 공무원 또는 관련기관·단체의 직원은 이 법에 따라 국민권익위원회에 파견된 공무원 또는 직원으로 본다.
제6조(다른 법령과의 관계) ① 이 법 시행 당시 다른 법령에서 국민권익위원회가 승계하는 국가청렴위원회, 국민고충처리위원회의 소관사무와 관련하여 "국가청렴위원회", "국민고충처리위원회" 또는 "국가청렴위원회위원장", "국민고충처리위원회위원장"을 인용한 경우에는 "국민권익위원회" 또는 "국민권익위원회위원장"을 인용한 것으로 본다.
② 이 법 시행 당시 다른 법령에서 「국민고충처리위원회의 설치 및 운영에 관한 법률」과 「부패방지법」을 인용한 경우 이 법의 해당조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2009.1.7 제9342호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제91조의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙[2009.2.3 제9402호(공직자윤리법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ① 부터 ③ 까지 생략
④ 부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호라목 중 “「공직자윤리법」 제3조제1항제10호”를 “「공직자윤리법」 제3조제1항제12호”로 한다.

부 칙[2010.1.25 제9968호(행정심판법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제7조까지 생략
제8조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑨ 까지 생략
⑩ 부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제19호 및 제13조제1항 중 “국무총리행정심판위원회”를 각각 “중앙행정심판위원회”로 한다.
제9조 생략

부 칙[2012.2.17 제11327호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(적용례) 제13조제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 임명 또는 위촉되는 상임이 아닌 위원부터 적용하며, 대통령은 상임이 아닌 위원이 궐위되는 경우 국회와 대법원장이 추천하는 사람이 각각 3명이 될 때까지 국회와 대법원장이 추천하는 사람을 번갈아가며 임명 또는 위촉한다.

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <700>까지 생략
<701> 부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제62조제8항 전단 및 후단 중 "행정안전부장관"을 각각 "안전행정부장관"으로 한다.
제81조제2항 중 "교육과학기술부장관"을 "교육부장관"으로 한다.
<702>부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2014.5.28 제12717호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(공무원의 구분 변경에 따른 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 국민권익위원회의 상임위원으로 재직 중인 별정직공무원은 이 법 시행일에 「국가공무원법」 제26조의5에 따른 임기제공무원으로 임용된 것으로 본다. 이 경우 그 임기는 상임위원으로 임명될 당시 임기의 남은 기간으로 한다.

부 칙[2014.11.19 제12844호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <252>까지 생략
<253> 부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제62조제8항 전단 및 후단 중 "안전행정부장관"을 각각 "인사혁신처장"으로 한다.
<254>부터 <258>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2016.3.29 제14145호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(비위면직자 등의 취업제한 등에 관한 적용례) 제82조제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 퇴직하는 공직자부터 적용한다.
제3조(비위면직자 등의 취업제한 관련 경과조치) 제82조제2항부터 제4항까지의 개정규정에도 불구하고, 이 법 시행 전에 직무와 관련된 부패행위로 당연퇴직, 파면 또는 해임된 공직자의 취업제한은 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2017.3.21 제14609호(군인사법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑮까지 생략
<16> 부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제59조제4항제5호 중 "장관급"을 "장성급(將星級)"으로 한다.
<17>부터 <19>까지 생략
제3조 생략

부 칙[2017.4.18 제14831호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2017.10.31 제15024호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2018.4.17 제15617호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2019.4.16 제16324호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(위원회 소속 공무원의 제척·기피·회피에 대한 적용례) 제18조제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제18조제1항부터 제3항까지에 따른 제척·기피·회피 사유가 발생한 경우부터 적용한다.
제3조(신분보장등조치에 관한 적용례) 제62조의2 및 제62조의3의 개정규정(제65조 및 제67조에서 각각 준용하는 경우를 포함한다)은 이 법 시행 이후 부패행위 신고를 하는 경우부터 적용한다.
제4조(행정소송의 제기 등에 관한 적용례) 제62조의4의 개정규정(제65조 및 제67조에서 준용하는 경우를 포함한다)은 이 법 시행 이후 위원회로부터 신분보장등조치결정을 통보받는 경우부터 적용한다.
제5조(이행강제금에 관한 적용례) 제62조의6의 개정규정(제65조 및 제67조에서 준용하는 경우를 포함한다)은 이 법 시행 이후 신고자에게 불이익조치를 한 자부터 적용한다.
제6조(화해의 권고 등에 관한 적용례) 제63조의2의 개정규정(제65조 및 제67조에서 준용하는 경우를 포함한다)은 이 법 시행 이후 위원회에 신분보장등조치를 신청하는 경우부터 적용한다.
제7조(책임의 감면 등에 관한 적용례) 제66조의 개정규정(제65조 및 제67조에서 준용하는 경우를 포함한다)은 이 법 시행 이후 부패행위 신고를 하는 경우부터 적용한다.
제8조(포상, 포상금, 보상금 및 구조금에 관한 적용례) 제68조 및 제70조의2(보상금의 반환에 관한 사항은 제외한다)의 개정규정은 이 법 시행 이후 부패행위 신고를 하는 경우부터 적용한다.
제9조(보상심의위원회 위원의 결격사유에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 보상심의위원회의 위원인 사람에 대하여는 제69조제4항 단서의 개정규정에도 불구하고 해당 위원의 임기가 만료될 때까지 종전의 규정에 따른다.
제10조(과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 과태료를 적용할 때에는 종전의 규정에 따른다.
제11조(다른 법률의 개정) 부정청탁 및 금품등 수수의 금지에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제7항 전단 중 "「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」 제68조부터 제71조까지의 규정을"을 "「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」 제68조부터 제70조까지, 제70조의2 및 제71조를"로 하고, 같은 항 후단 중 ""부패행위의 신고자""를 ""신고자""로, ""이 법에 따른 신고""를 ""신고""로 한다.

부 칙[2019.12.10 제16827호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제77조제1항 및 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2020.6.9 제17384호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>··· 부칙 제2조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ① 부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조 제목 외의 부분을 제1항으로 하고, 같은 조에 제2항을 다음과 같이 신설한다.
② 위원회는 「정부조직법」 제2조에 따른 중앙행정기관으로서 그 권한에 속하는 사무를 독립적으로 수행한다.
② 및 ③ 생략