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제17조(다른 법률의 적용배제 등)
①입주외국인투자기업에 대하여는 국가유공자등예우및지원에관한법률 제33조의2, 장애인고용촉진및직업재활법 제24조, 고령자고용촉진법 제12조의 규정을 적용하지 아니한다. [개정 2005.1.27] [[시행일 2005.4.28]]
②입주외국인투자기업에 대하여는 「대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제4조 및 제12조의 규정을 적용하지 아니한다. [개정 2006.3.3 제7864호(「대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」)] [[시행일 2006.6.4]]
③입주외국인투자기업에 대하여는 수도권정비계획법 제7조·제8조·제12조·제18조 및 제19조의 규정을 적용하지 아니한다.
④입주외국인투자기업에 대하여는 근로기준법 제54조 및 제71조의 규정에 불구하고 무급휴일 또는 여성인 근로자에게 무급생리휴가를 줄 수 있고, 동법 제57조의 규정을 적용하지 아니한다.
⑤노동부장관은 입주외국인투자기업에 대하여 파견근로자보호등에관한법률 제5조 및 제6조의 규정에 불구하고 경제자유구역위원회의 심의·의결을 거친 전문업종에 한하여 근로자파견대상업무를 확대하거나 파견기간을 연장할 수 있다.
⑥입주외국인투자기업에 대하여는 국유재산법 제24조제3항·제27조제1항·제36조제1항 및 지방재정법 제82조제2항·제83조제2항의 규정에 불구하고 국·공유재산 임대기간을 50년의 범위 이내로 할 수 있으며, 영구시설물을 축조하게 할 수 있다. 이 경우 당해 시설물의 종류 등을 고려하여 임대기간이 종료되는 때에 이를 국가 또는 지방자치단체에 기부하거나 원상회복하여 반환하는 조건을 붙일 수 있다.

부칙[2002.12.30 제6835호]
이 법은 2003년 7월 1일부터 시행한다.

부칙 [2002.12.30 제6841호(산지관리법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 9월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①내지 <73>생략
<74>경제자유구역의지정및운영에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제11조제1항제2호중 "산림법 제18조의 규정에 의한 보전임지의 전용허가, 동법"을 "산지관리법 제14조·제15조의 규정에 의한 산지전용허가 및 산지전용신고, 산림법"으로, "제90조"를 "제90조제1항"으로 한다.
제15조제2항중 "산림법"을 "산지관리법"으로, "대체조림비"를 "대체산림자원조성비"로 한다.
제27조제1항제14호중 "제90조·제90조의2·제90조의6"을 "제90조, 산지관리법 제14조·제15조·제25조 및 제32조"로, "산림형질변경"을 "산지전용"으로 한다.
제12조 생략

부칙 [2003.5.29 제6916호(주택법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제11조 생략
제12조 (다른 법률의 개정) ①내지 <43>생략
<44>경제자유구역의지정및운영에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제11조제1항제23호를 삭제한다.
제27조제1항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 주택법 제29조·제32조·제38조의 규정에 의한 주택의 공급 등에 관한 사무
<45>내지 <47>생략
제13조 생략

부칙 [2004.12.31 제7291호(토양환경보전법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제6조 생략
제7조 (다른 법률의 개정) ①경제자유구역의지정및운영에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제27조제1항제6호중 "토양환경보전법 제11조 및 제12조"를 "토양환경보전법 제12조 및 제14조"로 한다.
②내지 ④생략

부칙 [2005.1.27 제7349호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (경제자유구역개발계획의 변경에 관한 적용례) 제7조의2의 개정규정 중 시·도지사가 요청하는 경제자유구역개발계획의 변경에 관한 규정은 이 법 시행 후 최초로 변경을 요청하는 경제자유구역개발계획부터 적용한다.
제3조 (유통단지의 지정의제에 관한 적용례) 제8조제5호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제4조의 규정에 따라 지정되는 경제자유구역부터 적용한다.
제4조 (개발사업의 구역 안에서의 행위의 제한에 관한 적용례 등) ①제8조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 행하는 행위부터 적용한다.
②이 법 시행 당시 이미 관계법령에 따라 허가·인가 등을 받아(관계법령에 따라 허가·인가 등을 받을 필요가 없는 경우를 포함한다) 제8조의2제1항의 개정규정에 따른 행위에 착수한 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 관할 시·도지사에게 신고한 후 그 공사 또는 사업이 종료될 때까지 이를 계속 시행할 수 있다.
제5조 (인·허가 등의 의제에 관한 적용례) 제11조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제9조의 개정규정에 따라 승인 또는 변경승인을 얻은 실시계획부터 적용한다.
제6조 (지방자치단체 등의 사무의 이관에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제27조제1항의 규정에 따라 시·도지사(행정기구를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 수행하던 사무 및 관계법령에 따라 시장·군수·구청장이 수행하던 사무 가운데 완결되지 아니하고 시장·군수·구청장 또는 시·도지사에게 이관되는 사무는 그 처리권한을 이관받은 시장·군수·구청장 또는 시·도지사가 각각 이를 지체 없이 인수받아 처리한다. 이 경우 시장·군수·구청장 또는 시·도지사는 인수받아 처리하는 사무의 신청인에게 그 사무의 처리권한이 변경된 사실을 지체 없이 통지하여야 한다.
제7조 (기본운영규정의 작성에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 제27조제3항의 규정에 따라 임명되어 있는 행정기구의 장은 이 법 시행 후 1월 이내에 제27조의2의 개정규정에 따른 기본운영규정을 작성하여 그 행정기구의 장을 임명한 시·도지사의 승인을 얻어야 한다.

부칙 [2005.3.31 제7476호(도시공원및녹지등에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략
제9조 (다른 법률의 개정) ①및 ②생략
③경제자유구역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제27조제1항제15호중 "도시공원법 제4조 내지 제9조·제11조 내지 제16조·제18조·제20조·제21조·제23조의2·제26조·제29조"를 "「도시공원 및 녹지 등에 관한 법률」 제16조 내지 제25조·제27조·제29조 내지 제33조·제36조 내지 제41조·제43조·제45조 내지 제47조·제49조제3항·제51조·제56조"로 한다.
④내지 ⑭생략
제10조 생략

부칙 [2005.7.21 제7604호(농지법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제6조제3항·제7조제4항·제22조제6호 및 제22조제7호의 개정규정은 2005년 10월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정)①생략
②경제자유구역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제2항중 "농지조성비"를 "농지보전부담금"으로 한다.
③내지<19> 생략
제7조 생략

부칙 [2005.8.4 제7678호(산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률)]
제1조 (시행일)
이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정)①생략
②경제자유구역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제1항제2호중 “산림법 제57조의 규정에 의한 보안림의 지정해제, 동법 제62조의 규정에 의한 보안림 구역안에서의 행위의 허가, 동법 제73조의 규정에 의한 국유림안에서의 벌채 승인 또는 동의 및 동법 제90조제1항의 규정에 의한 입목벌채 등의 허가”를 “「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」 제36조제1항·제4항의 규정에 의한 입목벌채등의 허가·신고, 동법 제45조제1항·제2항의 규정에 의한 보안림 안에서의 행위의 허가·신고 및 동법 제46조제1항의 규정에 의한 보안림의 지정해제”로 한다.
제27조제1항제14호중 “산림법 제90조”를 “「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」 제36조의 규정에 의한 입목벌채”로, “임목벌채ㆍ산지전용”을 “산지전용”으로 한다.
③내지<87> 생략
제12조 생략

부칙 [2006.3.3 제7864호(대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①경제자유구역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제17조제2항중 “「중소기업의 사업영역 보호 및 기업간 협력증진에 관한 법률」”을 “「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」”로 한다.
제②항 내지 제⑥항 생략

부칙 [2006.9.27 제8014호(하수도법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 생략
②경제자유구역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제1항제8호를 다음과 같이 하고, 동항제17호중 “하수도법 제13조”를 “「하수도법」제16조”로, “동법 제20조”를 “동법 제24조”로 한다.
8. 「하수도법」제11조의 규정에 따른 공공하수도(분뇨처리시설에 한한다)의 설치인가
제27조제1항제8호를 삭제하고, 동항제12호를 다음과 같이 한다.
12. 「하수도법」제8조, 제9조, 제18조, 제22조 내지 제24조, 제27조, 제28조, 제30조, 제31조, 제34조, 제37조, 제39조, 제40조, 제57조, 제58조, 제61조, 제69조, 제72조, 제73조 및 제80조의 규정에 따른 하수도관리 등에 관한 사무
③ 내지 <57>
제11조 생략