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제125조(서류보존)
선박소유자는 승무원명부·선원근로계약서·취업규칙·임금대장 및 재해보상등에 관한 서류를 작성한 날로부터 3년간 이를 보존하여야 한다.

부칙 <제3751호,1984.8.7>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1월이 경과한 날로부터 시행한다. 다만, 제63조 및 제64조의 규정은 1985년 7월 1일부터, 제78조의 규정은 1987년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (선원근로계약에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 생긴 사유로 인하여 선박소유자가 선원에게 지급하여야 할 임금·수당·송환비용 또는 재해보상에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
②이 법 시행전에 체결된 선원근로계약중 특정계약에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제3조 (임금등의 조정에 관한 경과조치) 해운항만청장은 이 법 시행전에 일반계약에 의하여 선원을 고용한 선박소유자가 제47조 내지 제51조 및 제67조 내지 제71조의 규정을 적용함에 있어 선원로동조합과 협의한 경우에는 이 법 시행일로부터 1년의 범위 안에서 동 규정의 전부 또는 일부의 규정을 적용하지 아니하게 할 수 있다. 이 경우 선원로동조합이 없거나 협의가 이루어지지 아니하는 경우에는 해운항만청장이 이를 조정할 수 있다.

부칙 <제3961호,1987.11.28>
①(시행일) 이 법은 1988년 1월 1일부터 시행한다.
②(벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 <제4255호,1990.8.1>
①(시행일) 이 법은 공포후 1월이 경과한 날부터 시행한다.
②(주근로시간에 관한 경과조치) 제57조 내지 제59조의 개정규정에 의한 1주간 근로시간 44시간은 1991년 12월 31일까지 46시간으로 한다.
③(퇴직금에 관한 경과조치) 선원의 퇴직금에 관한 규정을 적용함에 있어 이 법 시행일까지의 근속년삭에 따른 퇴직금에 대하여는 제51조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. 이 경우 퇴직금 산정의 기준이 되는 기본급의 산정방법등에 대하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부칙(해운법) <제4546호,1993.3.10>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①및 ②생략
③선원법중 다음과 같이 개정한다.
제103조제1항중 "해운업법"을 "해운법"으로 한다.
④내지 ⑥생략

(항만법) <제4925호,1995.1.5>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 ③생략
④선원법중 다음과 같이 개정한다.
제14장에 제130조의2를 다음과 같이 신설한다.
제130조의2 (민원사무의 전산처리등) 이 법에 의한 민원사무의 전산처리등에 관하여는 항만법 제70조의3의 규정을 준용한다.
⑤생략
제4조 생략

(한국어업기술훈련소법) <제5364호,1997.8.22>
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략
제9조 (다른 법률의 개정) 선원법중 다음과 같이 개정한다.
제99조를 다음과 같이 한다.
제99조 (선원의 직업안정업무) ①해양수산부장관은 필요한 선원인력을 확보하고 선원의 직업안정을 도모하기 위하여 다음 각호의 업무를 행한다.
1. 선원의 취업알선·모집 및 직업보도에 관한 업무
2. 선원인력의 수요·공급의 실태파악을 위한 선원의 등록과 실업대책에 관한 업무
3. 선원관리사업에 대한 지도·감독에 관한 업무
4. 선원에 대한 적성검사에 관한 업무
5. 선원년금 기타 선원의 복지사업에 관한 업무
②해양수산부장관은 제1항의 규정에 의한 업무의 일부를 대통령령이 정하는 바에 의하여 한국해양수산연수원에 위탁할 수 있다.
③제2항의 규정에 의하여 해양수산부장관으로부터 업무의 일부를 수탁한 한국해양수산연수원은 대통령령이 정하는 바에 의하여 선원을 고용하고 있는 선박소유자 또는 제103조의 규정에 의한 선원관리사업을 영위하는 자로부터 필요한 경비를 징수할 수 있다.
④제2항의 규정에 의하여 해양수산부장관으로부터 업무의 일부를 수탁한 한국해양수산연수원에 대한 감독에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제100조 제1항 내지 제4항중 "선원등록기관"을 각각 "한국해양수산연수원"으로 하고 동조제1항 및 제2항중 "해양항만청장"을 각각 "해양수산부장관"으로 한다.
제107조를 다음과 같이 한다.
제107조 (선원의 교육훈련의 위탁) ①해양수산부장관은 대통령령이 정하는 바에 의하여 제106조의 규정에 의한 선원의 교육훈련업무를 한국해양수산연수원에 위탁할 수 있다.
②선원을 고용하고 있는 선박소유자 또는 제106조의 규정에 의한 교육훈련을 받는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 교육훈련에 필요한 경비를 부담 한다.
③제1항의 규정에 의하여 해양수산부장관으로부터 선원의 교육훈련업무를 수탁한 한국해양수산연수원에 대한 감독에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제108조중 "해운항만청장은 제99조제2항의 규정에 의한 선원등록기관·제107조제1항의 규정에 의한 선원교육기관"을 "해양수산부장관은 제99조제2항 및 제107조1항의 규정에 의하여 업무를 수탁한 한국해양수산연수원"으로 한다.

부칙 <제5366호,1997.8.22>
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제2조제1항제3호의 개정규정은 1999년 1월 1일부터 시행한다.
②(항해당직자의 근로시간에 관한 적용예) 항해당직자의 근로시간은 제55조제1항의 개정규정에 불구하고 1998년 12월 31일까지는 54시간으로 하고 매년 2시간씩 단축하여 2003년 1월1일부터는 44시간으로 한다.
③(선원근로계약에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 체결된 선원근로계약은 이 법에 의하여 체결된 것으로 본다.
④(임금·수당등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 생긴 사유로 인하여 선박소유자가 선원에게 지급하여야 할 임금·수당·보상 또는 송환에 든 비용에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

(근로자직업훈련촉진법) <제5474호,1997.12.24>
제1조 (시행일) 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑦생략
⑧선원법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제2항중 "직업훈련기본법"을 "근로자직업훈련촉진법"으로 한다.
⑨내지 ⑫생략
제9조 생략

(해양사고의조사및심판에관한법율) <제5809호,1999.2.5>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑧생략
⑨선원법중 다음과 같이 개정한다.
제21조제1호중 "해난이"를 "해양사고가"로 한다.
제93조중 "해난사고"를 "해양사고"로 한다.
⑩내지 <17>생략

<제5973호,1999.4.15>
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제130조의3제2항의 개정규정은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
②(위생관리자에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 위생관리자는 이 법에 의한 의료관리자로, 종전의 규정에 의한 위생관리자자격증은 이 법에 의한 의료관리자자격증으로 본다.
③(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.