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제6조(임원)
① 연수원에는 임원으로 원장 1명을 포함한 13명 이내의 이사와 감사 1명을 둔다.
② 원장은 연수원을 대표하고, 그 업무를 총괄한다.
[전문개정 2009.2.6]

부 칙[1997.8.22 제5364호]
제1조 (施行日) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (이 법의 시행을 위한 준비행위) 이 법에 의하여 한국어업기술훈련소가 사단법인 한국해기연수원을 통합하기 위하여 행하는 준비행위는 이 법 시행전에 할 수 있다.
제3조 (사단법인 한국해기연수원에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시의 사단법인 한국해기연수원은 총회의 결의에 의하여 그 권리와 의무를 이 법에 의한 연수원이 승계할 것을 해양수산부장관에게 신청할 수 있다.
②사단법인 한국해기연수원은 제1항의 규정에 의한 신청에 대하여 해양수산부장관의 승인을 얻은 때에는 이 법 시행과 동시에 민법중 법인의 해산 및 청산에 관한 규정에 불구하고 해산된 것으로 보며, 사단법인 한국해기연수원에 속하였던 모든 권리와 의무는 이 법에 의한 연수원이 포괄승계한다.
제4조 (統合準備) ①해양수산부장관은 5인이내의 통합준비위원을 위촉하여 한국어업기술훈련소가 사단법인 한국해기연수원을 통합하는 사무와 통합당시의 이사 및 감사의 선임에 관한 사무를 담당하게 한다.
②통합준비위원은 이 법 시행전까지 한국어업기술훈련소의 정관을 변경하여 해양수산부장관의 인가를 받아야 한다.
③통합당시 이 법에 의한 연수원의 원장은 해양수산부장관이 임명한다.
④통합준비위원은 통합준비를 완료한 때에는 지체없이 모든 사무를 이 법에 의한 연수원의 원장에게 인계하여야 하고, 사무인계가 끝난 때에는 해촉된 것으로 본다.
제5조 (임원의 임기에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 한국어업기술훈련소의 임원은 이 법 시행과 동시에 그 임기가 만료된 것으로 본다.
제6조 (직원에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 한국어업기술훈련소 및 사단법인 한국해기연수원의 직원은 이 법에 의한 연수원의 직원으로 본다.
제7조 (교육·훈련에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 한국어업기술훈련소와 사단법인 한국해기연수원에서 소정의 교육·훈련을 이수하였거나 이수중인 자는 이 법에 의한 연수원에서 교육·훈련을 이수하였거나 이수중인 자로 본다.
제8조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제9조 (다른 법률의 개정) 선원법중 다음과 같이 개정한다.
제99조를 다음과 같이 한다.
제99조 (선원의 직업안정업무) ①해양수산부장관은 필요한 선원인력을 확보하고 선원의 직업안정을 도모하기 위하여 다음 각호의 업무를 행한다.
1. 선원의 취업알선·모집 및 직업보도에 관한 업무
2. 선원인력의 수요·공급의 실태파악을 위한 선원의 등록과 실업대책에 관한 업무
3. 선원관이사업에 대한 지도·감독에 관한 업무
4. 선원에 대한 적성검사에 관한 업무
5. 선원년금 기타 선원의 복지사업에 관한 업무
②해양수산부장관은 제1항의 규정에 의한 업무의 일부를 대통령령이 정하는 바에 의하여 한국해양수산연수원에 위탁할 수 있다.
③제2항의 규정에 의하여 해양수산부장관으로부터 업무의 일부를 수탁한 한국해양수산연수원은 대통령령이 정하는 바에 의하여 선원을 고용하고 있는 선박소유자 또는 제103조의 규정에 의한 선원관이사업을 영위하는 자로부터 필요한 경비를 징수할 수 있다.
④제2항의 규정에 의하여 해양수산부장관으로부터 업무의 일부를 수탁한 한국해양수산연수원에 대한 감독에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제100조제1항 내지 제4항중 "선원등록기관"을 각각 "한국해양수산연수원"으로 하고 동조제1항 및 제2항중 "해운항만청장"을 각각 "해양수산부장관"으로 한다.
제107조를 다음과 같이 한다.
제107조 (선원의 교육훈련의 위탁) ①해양수산부장관은 대통령령이 정하는 바에 의하여 제106조의 규정에 의한 선원의 교육훈련업무를 한국해양수산연수원에 위탁할 수 있다.
②선원을 고용하고 있는 선박소유자 또는 제106조의 규정에 의한 교육훈련을 받는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 교육훈련에 필요한 경비를 부담한다.
③제1항의 규정에 의하여 해양수산부장관으로부터 선원의 교육훈련업무를 수탁한 한국해양수산연수원에 대한 감독에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제108조중 "해운항만청장은 제99조제2항의 규정에 의한 선원등록기관·제107조제1항의 규정에 의한 선원교육기관"을 "해양수산부장관은 제99조제2항 및 제107조제1항의 규정에 의하여 업무를 수탁한 한국해양수산연수원"으로 한다.

부 칙[2001.3.28 제6456호]
제1조(시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (다른 법률의 개정) 한국해양수산연수원법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제4호를 삭제하고, 동항제5호중 "제3호 및 제4호외에"를 "제3호외에"로 한다.

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만,···<생략>···, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <677> 까지 생략
<678> 한국해양수산연수원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항, 제5조제2항, 제6조제2항, 제12조제2항 전단 및 제3항, 제13조제1항·제2항 및 제3항 각 호 외의 부분, 제19조제2항부터 제4항까지 중 "해양수산부장관"을 각각 "국토해양부장관"으로 한다.
<679> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.2.6 제9453호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <650>까지 생략
<651> 한국해양수산연수원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제2항, 제13조 각 호 외의 부분 및 제19조제2항 중 "국토해양부장관"을 각각 "해양수산부장관"으로 한다.
<652>부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2015.3.27 제13272호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.