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제3조(적용의 예외등)
①비료를 공업용 또는 사료용으로 공급하기 위하여 생산·수입 또는 판매하는 경우에는 이 법의 규정을 적용하지 아니한다. [개정 99·3·31]
②농업·임업·축산업 또는 수산업을 영위하는 자가 그 영위과정에서 나온 부산물비료를 판매하거나 무상으로 유통·공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 이 법의 규정을 적용하지 아니한다. [개정 99·3·31, 2003.3.19.] [[시행일 2003.6.20.]]
③삭제 [99·3·31]

부칙 [96·8·8]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 30일이내에 제41조의 개정규정에 의한 해양수산부와 해양경찰청의 조직에 관한 대통령령의 시행일부터 시행한다. [1996·8·8 대통령령 제15135호에 의하여 공포한 날부터 시행]
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [97·12·13]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 생략

부칙 [99·3·31]
①(시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
②(비료생산업 또는 수입업의 등록 또는 신고에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제11조의 규정에 의하여 비료의 생산업 또는 수입업의 등록을 한 자는 제11조 및 제12조의 개정규정에 의하여 비료생산업의 등록 또는 비료수입업의 신고를 한 것으로 본다. 이 경우 산업자원부장관에게 비료생산업을 등록한 자는 이 법 시행후 3월이내에 관할 시·도지사에게 비료생산업등록증의 재교부를 신청하여야 한다.

부칙 [2003.3.19.]
①(시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
②(비료를 생산하여 유통·공급하는 자에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 비료를 생산하여 무상으로 유통 또는 공급하는 것을 업으로 하는자(폐기물관리법에 의한 폐기물을 비료로 재생처리하여 무상으로 유통 또는 공급하는 자를 포함한다)는 이 법 시행일로부터 6월 이내에 제11조의 규정에 따른 등록기준을 갖추어 시·도지사에게 등록하여야 한다.