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제99조(벌칙 적용에서의 공무원 의제)
제24조제2항에 따라 지정된 식품위생검사기관의 임직원은 「형법」제129조부터 제132조까지의 규정에 따른 벌칙의 적용에서는 공무원으로 본다.

부칙 [1962.1.20 제1007호]
①본법은 공포한 날로부터 90일을 경과한 후에 시행한다.
②다음 각호의 법령은 이를 폐지한다.
1. 1900년 법률 제15호 음식물 기타 물품취체 규칙에 관한 건
2. 1911년 총령 제133호 위생상 유해음식물 및 유해물품취체 규칙
3. 1912년 총령 제121호 메칠알콜(木精)취체 규칙
4. 1911년 총령 제134호 청량음료수 및 빙설영업취체 규칙
5. 1916년 경령 제2호 요리옥, 음식점영업취체 규칙
6. 1945년 군정법령 제23호 주정음료의 판매금지
7. 1946년 군정법령 제83호 공설욕장 및 음식점의 면허중 본법에 저촉되는 조항
8. 1940년 총령 제114호 조선우유영업취체 규칙
9. 1916년 경령 제3호 예기, 작부, 예기치옥취체 규칙
③본법 시행당시 종전의 법령에 의하여 받은 영업허가는 본법에 의하여 받은 허가로 본다. 단 본법에 의한 시설기준에 적합하지 아니하는 시설은 본법 시행일로부터 1년이내에 본법에 의한 시설기준에 적합하도록 그 시설을 개수하지 아니할 때에는 그 영업허가를 취소한다.

부칙 [1967.3.30 제1921호]
이 법은 공포후 2월이 경과한 날로부터 시행한다.

부칙 [1973.2.16 제2532호]
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 [1974.12.21 제2701호]
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 [1976.12.31 제2971호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(조리사에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 보건사회부장관이 지정하는 조리사의 양성학교 또는 양성기관에 재학중인 자에 대하여는 제29조의 규정에 불구하고 종전의 예에 의하여 조리사면허를 할 수 있다.
③(영양사에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 보건사회부장관이 지정한 영양사의 양성학교 또는 양성기관에 재학중인 자로서 1977년 3월이전에 수료하는 자에 대하여는 제30조의 규정에 불구하고, 종전의 예에 의하여 영양사면허를 할 수 있다.

부칙 [1980.12.31 제3334호]
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 [1986.5.10 제3823호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 (처분등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 행하여진 처분·신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위는 이 법의 규정에 의하여 행한 처분·신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위로 본다.
제3조 (동업자조합등에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 영업자를 회원으로 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 사단법인은 이 법 시행후 1년 이내에 제44조제3항의 규정에 불구하고 이 법에 적합하도록 정관을 변경하고 기타 요건을 갖추어 보건사회부장관 또는 시·도지사의 인가를 받음으로써 이 법에 의한 조합이 될 수 있다.
②이 법 시행당시의 동업자조합 및 동업자조합연합회는 이 법에 의한 조합 및 연합회로 본다. 다만, 이 법 시행후 6월 이내에 이 법에 맞도록 정관을 변경하고 기타 필요한 요건을 갖추어야 한다.
제4조 (한국식품공업협회에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 사단법인 한국식품공업협회는 이 법에 의한 협회로 본다. 다만, 이 법 시행후 6월 이내에 이 법에 맞도록 정관을 변경하고 기타 필요한 요건을 갖추어야 한다.
제5조 (집단급식소에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 집단급식소를 운영하는 자는 이 법 시행후 6월 이내에 시·도지사에게 신고하여야 한다.
제6조 (영업허가제한에 해당하는 영업자에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 영업자로서 제24조제1항제5호 및 제6호의 1에 해당하는 자에 대하여는 이 법 시행후 6월동안은 제58조제1항제3호(제24조제1항제1호에 해당하는 경우를 제외한다)의 규정을 적용하지 아니한다.
제7조 (다른 법률의 개정) 보건범죄단속에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항 본문중 "식품위생법 제23조제1항 및 제3항"을 "식품위생법 제22조제1항 및 제3항"으로, "동법 제5조, 제6조제4항"을 "동법 제6조, 제7조제4항"으로 한다.
제8조 (과징금의 귀속에 관한 특례) 제65조제1항 및 제3항의 규정에 의하여 시·도지사가 과징금으로 징수한 금액은 동조제4항 본문의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 기한까지는 식품진흥기금에 귀속된다.

부칙 [1988.12.31 제4071호]
①(시행일) 이 법은 1989년 1월 1일부터 시행한다.
②(동업자조합등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 설립·운영되고 있는 동업자조합은 제44조의 개정규정에 불구하고 이 법에 의한 조합으로 본다. 다만, 이 법 시행후 1년 이내에 이 법에 적합하도록 정관을 변경하고 필요한 요건을 갖추어 보건사회부장관의 인가를 받아야 한다.

부칙 [1991.12.14 제4432호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제4조제8호의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (영업허가가 취소된 자등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 허가취소 또는 폐쇄명령을 받은 자에 대한 제24조제1항제3호 또는 동조제2항제2호의 규정에 의한 허가 또는 신고제한기간은 종전의 규정에 의한다.
제3조 (연구원의 설립준비) ①보건사회부장관은 이 법 시행일부터 60일 이내에 5인 이내의 설립위원을 위촉하여 연구원의 설립에 관한 사무를 처리하게 하여야 한다.
②설립위원은 연구원의 정관을 작성하여 보건사회부장관의 인가를 받아야 한다.
③설립위원은 제2항의 규정에 의한 인가를 받은 때에는 지체없이 연구원의 설립등기를 하여야 한다.
④설립위원은 연구원의 설립등기후 지체없이 연구원의 원장에게 사무를 인계하여야 하며, 사무의 인계가 끝난 때에는 해촉된 것으로 본다.

부칙 [1994.12.22 제4791호(기금관리기본법)]
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 개정) ①식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제65조제4항을 다음과 같이 한다.
④제1항 및 제3항의 규정에 의하여 징수한 과징금중 보건사회부장관이 부과·징수한 과징금은 국가에, 시·도지사, 시장·군수 또는 구청장이 부과·징수한 과징금은 제71조의 규정에 의한 식품진흥기금에 각각 귀속된다.
제71조제1항중 "보건사회부·"를 삭제하고, 동조제3항제4호를 삭제하며, 동조제4항중 "보건사회부장관 및"을 삭제한다.
②내지 ⑨생략

부칙 [1995.1.5 제4908호(먹는물관리법)]
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 5월 1일부터 시행한다.
제2조 (영업의 허가등에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 식품위생법 제22조의 규정에 의하여 광천음료수제조업의 허가를 받은 자는 이 법에 의한 먹는샘물제조업의 허가를 받은 것으로 본다. 다만, 이 법 시행일부터 1년 이내에 제17조의 규정에 의한 시설기준에 적합하도록 시설을 갖추어야 하며 제10조의 규정에 의한 조사서를 작성·제출하여야 한다.
②환경처장관은 제1항 단서의 규정에 의하여 제출된 조사서의 심사결과에 따라 제18조제4항의 규정에 의한 필요한 조건을 붙일 수 있으며, 시설이 미비된 경우에는 6월내의 기간을 정하여 그 시설의 보완을 명할 수 있다.
③생략
제3조 생략
제4조 (계속중인 행위에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 식품위생법 또는 공중위생법의 규정에 의하여 행한 고시·행정처분 기타 행정기관의 행위 또는 각종 신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위는 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 경우에는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제5조 (벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 행한 식품위생법 또는 공중위생법의 위반행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 식품위생법 또는 공중위생법의 종전의 규정에 의한다.
제6조 (다른 법률의 개정) ①식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제8호를 삭제한다.
②및 ③생략
제7조 생략

부칙 [1995.1.5 제4914호(국민건강증진법)]
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 9월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 (국민영양조사에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 식품위생법 제70조의 규정에 의하여 실시된 국민영양조사는 제16조의 규정에 의하여 실시한 국민영양조사로 본다.
제3조 생략
제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ①생략
②식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제70조를 삭제한다.
③생략

부칙 [1995.12.29 제5099호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 9월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제4조, 제7조, 제9조, 제16조의2 및 제22조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (동업자조합에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 설립·운영되고 있는 동업자조합은 제44조의 개정규정에 의하여 설립된 것으로 본다. 다만, 이 법 시행후 1년 이내에 이 법에 적합하도록 정관을 변경하여 보건복지부장관의 인가를 받아야 한다.
제3조 (식품공업협회의 회원에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 협회의 회원이 된 자는 제52조제3항의 개정규정에 의하여 협회의 회원이 된 것으로 본다.
제4조 (처분등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 행하여진 처분·신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위는 이 법에 의하여 행하여진 처분·신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위로 본다.

부칙 [1997.12.13 제5453호(행정절차법의시행에따른공인회계사법등의정비에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략

부칙 [1997.12.13 제5454호(정부부처명칭등의변경에따른건축법등의정비에관한법률)]
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>

부칙 [1998.2.28 제5529호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ①내지 <26>생략
<27>식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제2호 단서, 제6조 단서, 제7조제2항, 제9조제2항, 제17조제1항, 제18조제1항, 제20조의2제1항, 제22조제1항 전단·제3항·제4항·제6항 전단, 제23조, 제25조제3항, 제29조제2항, 제32조제1항 내지 제3항, 제55조, 제56조제1항 내지 제3항, 제56조의2제1항, 제57조제1항, 제58조제1항 본문·제2항 전단·제3항 본문, 제59조제1항 본문, 제62조제1항 본문·제2항·제3항, 제64조 본문, 제65조제1항 본문·제3항·제4항 및 제78조제2항 내지 제4항중 "보건복지부장관"을 각각 "식품의약품안전청장"으로 한다.
제20조제1항중 "보건복지부"를 "식품의약품안전청"으로 한다.
제16조제1항·제2항, 제17조의2제1항 내지 제3항·제4항 전단, 제60조제1항 본문 및 제68조제1항중 "보건복지부장관"을 각각 "보건복지부장관·식품의약품안전청장"으로 한다.
제72조를 다음과 같이 한다.
제72조 (위임) 이 법에 의한 보건복지부장관·식품의약품안전청장의 권한은 그 일부를 시·도지사 또는 지방식품의약품안전청장에게, 시·도지사의 권한은 그 일부를 시장·군수 또는 구청장 또는 보건소장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 각각 위임할 수 있다.
<28>내지 <34>생략
제6조 및 제7조 생략

부칙 [1999.1.21 제5671호(한국보건산업진흥원법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제4조의 규정은 진흥원의 설립등기일에 이를 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제10장제3절(제54조의2 및 제54조의3)을 삭제한다.
②생략

부칙 [1999.5.24 제5982호(政府組織法)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.<단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 <33>생략
<34>식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항, 제9조제1항, 제10조제1항, 제12조, 제19조제2항, 제32조의2제1항·제2항중 "보건복지부장관"을 각각 "식품의약품안전청장"으로 한다.
제66조제5호중 "제45조제6호 및 제54조의2"를 "제45조제6호"로 한다.
제42조 본문, 제66조 및 제67조제3항중 "보건복지부장관"을 "보건복지부장관·식품의약품안전청장"으로 한다.
<35>내지 <78>생략
제4조 내지 제6조 생략

부칙 [2000.1.12 제6154호]
제1조 (시행일)이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제10조제1항 단서의 개정규정은 공포후 1년 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (영업허가등이 취소된 영업장소등에 관한 경과조치)이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 허가취소 또는 폐쇄명령을 받은 자에 대한 제24조제1항제2호의2·제3호의2, 동조제2항제1호의2·제2호의2의 개정규정에 의한 허가 또는 신고의 제한기간은 종전의 규정에 의한다.
제3조 (조건부 영업허가 신청자에 대한 경과조치)이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 조건부 영업허가를 신청한 자에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
제4조 (벌칙 및 과태료에 관한 경과조치)이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 또는 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제5조 (다른 법률의 개정) 기업활동규제완화에관한특별조치법중 제28조제1항제2호를 삭제하고, 동조제4항중 "동항제2호"를 각각 "동항제3호"로 한다.

부칙 [2002.1.26 제6627호(민사집행법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2002년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ①내지 <31>생략
<32>식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제25조제2항 전단중 "민사소송법"을 "민사집행법"으로 한다.
<33>내지 <55>생략
제7조 생략

부칙 [2002.8.26 제6724호]
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제7조제1항 단서의 개정규정은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행하고, 제15조의 개정규정은 공포후 1년 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②(영업허가 등의 제한에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제24조제1항제4호 및 제30조의 규정에 의하여 보건복지부장관이 행한 영업의 제한등에 관한 사항은 시·도지사가 동 개정규정에 의하여 그에 관한 사항을 따로 정할 때까지 이를 시·도지사가 행한 것으로 본다.
③(조리사의 면허에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 시·도지사로부터 조리사의 면허를 받은 자는 제36조의 개정규정에 의하여 시장·군수 또는 구청장으로부터 조리사의 면허를 받은 자로 본다.
④(집단급식소의 설치·운영신고에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 시·도지사에게 신고한 집단급식소는 제69조의 개정규정에 의하여 시장·군수 또는 구청장에게 신고한 것으로 본다.
⑤(벌칙 등에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙·과징금 또는 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2002.8.26 제6727호(건강기능식품에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략
제9조 (다른 법률의 개정) ①식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제71조제2항제2호중 "제65조"를 "제65조 및 건강기능식품에관한법률 제37조"로 하고, 동조제3항제1호중 "영업자"를 "영업자(건강기능식품에관한법률에 의한 영업자를 포함한다)"로 하며, 동항제7호중 "식품위생 및 국민영양"을 "식품위생, 국민영양 및 건강기능식품"으로 한다.
②내지 ④생략

부칙 [2003.9.29 제6986호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(적용례) 제24조제1항제3호 및 제3호의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 제58조제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 영업의 허가가 취소된 자부터 적용한다.

부칙 [2004.1.20 제7096호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.1.27 제7374호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (영업허가 등의 제한에 관한 적용례) 제24조제1항제3호의3 및 동조제2항제3호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 위반행위를 한 영업자부터 적용한다.
제3조 (위해식품등의 회수에 관한 적용례) 제31조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 식품등을 제조·가공·소분·수입 또는 판매한 영업자부터 적용한다.
제4조 (영양사의 면허취소 등에 관한 적용례) 제63조제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 식중독 그 밖에 중대한 위생사고부터 적용한다.
제5조 (과징금부과처분에 관한 적용례) 제65조제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과징금부과처분을 받은 영업자부터 적용한다.
제6조 (위반사실의 공표에 관한 적용례) 제65조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 행정처분을 하는 영업자부터 적용한다.
제7조 (포상금 지급에 관한 적용례) 제71조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 신고한 자부터 적용한다.
제8조 (식품진흥기금의 사용에 관한 적용례) 제71조제3항제1호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 융자를 받는 영업자부터 적용한다.
제9조 (명예식품위생감시원에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 위촉된 명예식품위생감시원은 제20조의2의 개정규정에 의하여 위촉된 소비자식품위생감시원으로 본다.
제10조 (영업의 제한에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사가 행한 영업의 제한은 제30조제2항의 개정규정에 의하여 행한 것으로 본다.
제11조 (식중독의 조사보고 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 발생한 식중독 사고에 대하여는 제67조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제12조 (과태료 처분에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 위반행위에 대한 과태료 처분에 대하여는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2005.3.31 제7428호(채무자 회생 및 파산에 관한 법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <68>생략
<69>식품위생법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조제2항 전단중 "파산법"을 "「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」"로 한다.
<70>내지 <145>생략
제6조 생략

부칙 [2005.3.31 제7450호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
②(신고관청 변경 등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 따라 시·도지사에게 신고 또는 보고를 한 자는 제22조제5항·제6항의 개정규정에 따라 시장·군수·구청장에게 신고 또는 보고를 한 것으로 본다.

부칙 [2005.12.23 제7735호]
이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2006.9.27 제8005호]
이 법은 제2007년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2006.12.28 제8113호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제10조의3·제11조 및 제78조의 개정규정은 2008년 1월 1일부터 시행한다.
②(식품위생검사기관의 지정취소에 관한 적용례) 제18조제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취소사유가 발생하는 분부터 적용한다.
③(식품위생검사기관 지정의 제한에 관한 적용례) 제18조제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 식품위생검사기관의 지정이 취소되는 분부터 적용한다.

부칙 [2007.12.21 제8779호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제10조의3제1항제2호의 개정규정의 원산지 표시 및 같은 항 제3호의 개정규정 중 돼지고기·닭고기의 원산지등 표시에 관한 사항은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <471> 까지 생략
<472> 식품위생법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제3항, 제5조, 제11조제2항, 제16조제1항 및 제2항 본문, 제18조제2항, 제19조제1항 및 제3항, 제21조제1항 각 호 외의 부분, 제22조제6항 전단 및 후단, 제25조제3항, 제26조제1항 본문 및 제4항, 제27조제6항, 제29조제1항 및 제2항, 제31조제1항, 제32조제1항 및 제4항, 제37조제1항제1호 및 제2항, 제41조제1항, 제56조제5항, 제58조제4항, 제59조제3항, 제63조제2항, 제65조제1항 단서 및 제69조제1항 중 "보건복지부령"을 각각 "보건복지가족부령"으로 한다.
제10조의2제1항, 제10조의3제1항, 제16조제3항제3호 및 제4항, 제18조제3항 각 호 외의 부분 본문, 제2호 및 제3호, 제20조의3제5항 각 호 외의 부분 및 제6항 각 호 외의 부분 본문, 제31조의2제3항, 제32조의2제2항, 제4항 및 제5항, 제6항제4호 및 제8항, 제40조제2항, 제69조제2항제2호·제5호 및 제4항, 제71조의2 및 제73조 각 호 외의 부분 중 "보건복지부령"을 각각 "보건복지가족부령"으로 한다.
제16조제1항·제2항 본문 및 제3항제1호, 제17조의2제1항부터 제4항까지, 제27조제2항 단서, 제37조제1항 각 호 외의 부분 및 제3호, 제2항, 제41조제2항, 제42조, 제44조제3항, 제45조제6호, 제60조제1항 본문, 제63조제1항 각 호 외의 부분, 제66조 각 호 외의 부분, 제67조제3항 및 제72조 중 "보건복지부장관"을 각각 "보건복지가족부장관"으로 한다.
제16조제3항 각 호 외의 부분 및 제2호, 제17조제2항 전단, 제40조제1항 본문, 제67조제4항 중 "보건복지부장관"을 각각 "보건복지가족부장관"으로 한다.
제42조 중 "보건복지부"를 "보건복지가족부"로 한다.
<473> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.12.19 제9164호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2009.2.6 제9432호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제6조제12항(제11조제1항의 개정부분으로 한정한다)은 2010년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(영업허가 등의 제한에 관한 적용례) 제38조제1항제6호 및 같은 조 제2항제5호의 개정규정은 법률 제7374호 식품위생법중개정법률의 시행일인 2005년 7월 28일 이후 최초로 위반행위를 한 영업자부터 적용한다.
제3조(집단급식소에 관한 적용례) 제88조제2항제2호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 집단급식소에서 식품을 조리ㆍ제공하는 경우부터 적용한다.
제4조(처분 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 행정기관이 행한 허가나 그 밖의 행정기관의 행위 또는 각종 신고나 그 밖의 행정기관에 대한 행위는 이 법에 따른 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제5조(벌칙이나 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙이나 과태료 규정을 적용할 때에는 종전의 규정을 따른다.
제6조(다른 법률의 개정) ① 관광진흥법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조제1항제2호 중 "「식품위생법」 제21조"를 "「식품위생법」 제36조"로 한다.
제39조제3항 중 "「식품위생법」 제27조제1항"을 "「식품위생법」 제41조제1항"으로 한다.
제74조 중 "「식품위생법」 제30조"를 "「식품위생법」 제43조"로 한다.
② 금강수계 물관리 및 주민지원 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제3호가목 중 "「식품위생법」 제21조제1항제3호"를 "「식품위생법」 제36조제1항제3호"로 한다.
③ 기업활동 규제완화에 관한 특별조치법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제28조제2항 중 "식품위생법 제34조의 규정에"를 "「식품위생법」 제51조에도"로 한다.
④ 낙농진흥법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제2항제4호 중 "식품위생법 제22조의 규정에 의하여"를 "「식품위생법」 제37조에 따라"로 한다.
⑤ 낙동강수계 물관리 및 주민지원 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제3호가목 중 "「식품위생법」 제21조제1항제3호"를 "「식품위생법」 제36조제1항제3호"로 한다.
⑥ 농산물품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조의2제1항 중 "「식품위생법」 제21조제1항제3호"를 "「식품위생법」 제36조제1항제3호"로, "같은 법 제69조"를 "같은 법 제88조"로 하고, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분 중 "「식품위생법」 제21조제1항제3호"를 "「식품위생법」 제36조제1항제3호"로 한다.
⑦ 도시와 농어촌 간의 교류촉진에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제10조 중 "「식품위생법」 제21조"를 "「식품위생법」 제36조"로 한다.
⑧ 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제21조제2항제3호 중 "「식품위생법」 제22조"를 "「식품위생법」 제37조"로 한다.
⑨ 보건범죄단속에관한특별조치법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항 각 호 외의 부분 중 "식품위생법 제22조제1항 및 제2항"을 "「식품위생법」 제37조제1항 및 제4항"으로 한다.
⑩ 사료관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제2항 단서 중 "「식품위생법」 제21조"를 "「식품위생법」 제36조"로 한다.
⑪ 식품산업진흥법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제33조제1항제8호 중 "「식품위생법」 제32조의2제3항"을 "「식품위생법」 제48조제3항"으로 한다.
⑫ 어린이 식생활안전관리 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제2항 중 "「식품위생법」 제20조의2제1항"을 "「식품위생법」 제33조제1항"으로 하고, 같은 조 제3항 중 "「식품위생법」 제71조"를 "「식품위생법」 제89조"로 한다.
제7조제3항 본문 중 "「식품위생법」 제71조"를 "「식품위생법」 제89조"로 한다.
제11조제1항 중 "「식품위생법」 제21조제1항제3호"를 "「식품위생법」 제36조제1항제3호"로 한다.
제21조제4항 중 "「식품위생법」 제71조"를 "「식품위생법」 제89조"로 한다.
제22조제1항 본문 중 "「식품위생법」 제35조"를 "「식품위생법」 제52조"로 한다.
⑬ 여객자동차 운수사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제47조제2항제2호 중 "「식품위생법」 제22조"를 "「식품위생법」 제37조"로 한다.
⑭ 염업조합법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조 중 "「식품위생법」 제22조"를 "「식품위생법」 제37조"로 한다.
⑮ 영산강ㆍ섬진강수계 물관리 및 주민지원 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제3호가목 중 "「식품위생법」 제21조제1항제3호"를 "「식품위생법」 제36조제1항제3호"로 한다.
<16> 법률 제9374호 외국인투자촉진법 일부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1 제7호나목 중 "「식품위생법」 제22조에 따른"을 "「식품위생법」 제37조에 따른"으로 하고, 같은 표 제10호타목 중 "「식품위생법」 제22조에 따른"을 "「식품위생법」 제37조에 따른"으로 한다.
<17> 유통산업발전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제1항제3호 중 "「식품위생법」 제22조제1항 또는 제5항의 규정에 의한"을 "「식품위생법」 제37조제1항 또는 제4항에 따른"으로 하고, 같은 항 제4호 중 "「식품위생법」 제69조제1항의 규정에 의한"을 "「식품위생법」 제88조제1항에 따른"으로 한다.
<18> 인삼산업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제8호의2 중 "「식품위생법」 제12조"를 "「식품위생법」 제14조"로 한다.
제12조제4항 후단 중 "식품위생법 제22조의 규정에 의한"을 "「식품위생법」 제37조에 따른"으로 하고, 같은 조 제5항 중 "식품위생법 제21조제1항제1호의 규정에 의한"을 "「식품위생법」 제36조제1항제1호에 따른"으로 하며, 같은 조 제6항 중 "식품위생법 제22조의 규정에 의한"을 "「식품위생법」 제37조에 따른"으로 한다.
제14조제3항 전단 중 "식품위생법 제25조제3항의 규정에 의한"을 "「식품위생법」 제39조제3항에 따른"으로 한다.
<19> 전시산업발전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제1항제1호 중 "「식품위생법」 제22조제1항 또는 제5항"을 "「식품위생법」 제37조제1항 또는 제4항"으로 하고, 같은 항 제2호 중 "「식품위생법」 제69조제1항"을 "「식품위생법」 제88조제1항"으로 한다.
<20> 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제327조 중 "「식품위생법」 제21조제1항"을 "「식품위생법」 제36조제1항"으로, "제31조제1항"을 "제44조제1항"으로 한다.
<21> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조제1항제8호 중 "식품위생법 제32조의2의 규정에 의하여"를 "「식품위생법」 제48조에 따라"로 한다.
<22> 지역특화발전특구에 대한 규제특례법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제43조제2항 전단 중 "「식품위생법」 제30조의 규정에"를 "「식품위생법」 제43조에도"로 한다.
<23> 직업안정법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제26조 중 "「식품위생법」 제21조의 규정"을 "「식품위생법」 제36조"로 한다.
<24> 청소년활동진흥법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제33조제2항제3호 중 "식품위생법 제22조 및 제69조의 규정에 의한"을 "「식품위생법」 제37조 및 제88조에 따른"으로 한다.
<25> 파견근로자보호 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제14조제1호 중 "식품위생법 제21조제1항제3호의 규정에 의한"을 "「식품위생법」 제36조제1항제3호에 따른"으로 한다.
<26> 풍속영업의 규제에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호 중 "식품위생법 제21조제1항제3호의 규정에 의한"을 "「식품위생법」 제36조제1항제3호에 따른"으로 한다.
<27> 하수도법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제71조제1항 각 호 외의 부분 중 "「식품위생법」 제22조의 규정"을 "「식품위생법」 제37조"로 한다.
<28> 학교급식법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항 중 "「식품위생법」 제36조의 규정"을 "「식품위생법」 제53조제1항"으로 한다.
<29> 한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제3호가목 중 "「식품위생법」 제21조제1항제3호"를 "「식품위생법」 제36조제1항제3호"로 한다.
<30> 환경범죄의단속에관한특별조치법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제4호바목 중 "식품위생법 제21조제1항제3호의 규정에 의한"을 "「식품위생법」 제36조제1항제3호에 따른"으로 한다.
제7조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「식품위생법」의 규정을 인용한 경우 이 법 중 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2009.5.21 제9692호]
이 법은 2009년 8월 7일부터 시행한다.

부 칙[2009.12.29 제9847호(감염병의 예방 및 관리에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제20조까지 생략
제21조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑩ 까지 생략
⑪ 식품위생법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제54조제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」 제2조제13호에 따른 감염병환자. 다만, 같은 조 제3호아목에 따른 B형간염환자는 제외한다.
⑫ 부터 <30> 까지 생략
제22조 생략

부 칙[2010.1.18 제9932호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 2개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 부터 <72> 까지 생략
<73> 식품위생법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제3항, 제5조, 제11조제1항, 제12조제3항, 제13조제2항, 제17조제1항제1호, 제19조제1항ㆍ제3항제4호ㆍ제4항, 제20조제3항 전단 및 후단ㆍ제4항제3호ㆍ제5항, 제24조제1항제1호ㆍ제3항, 제25조제2항, 제27조 각 호 외외 부분 본문 및 제4호, 제29조제3항, 제30조제2항, 제31조제1항ㆍ제3항, 제34조제5항 각 호 외의 부분ㆍ제6항 각 호 외의 부분 본문, 제35조제2항ㆍ제3항, 제36조제1항 각 호 외의 부분, 제37조제5항 전단 및 후단, 제39조제3항, 제40조제1항 본문ㆍ제4항, 제41조제6항, 제42조제1항ㆍ제2항, 제44조제1항, 제45조제3항, 제46조제5항, 제47조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항, 제48조제2항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제7항ㆍ제8항제4호ㆍ제11항, 제49조제1항ㆍ제5항 단서ㆍ제8항, 제50조제4항ㆍ제5항 전단ㆍ제7항ㆍ제9항, 제53조제2항제1호ㆍ제3항ㆍ제4항, 제56조제2항, 제69조제1항, 제70조제3항, 제72조제5항, 제75조제4항, 제76조제2항, 제80조제2항, 제82조제1항 단서, 제88조제1항ㆍ제2항제2호 및 제5호ㆍ제4항, 제92조 각 호 외의 부분, 제97조제6호 단서 및 제101조제3항제2호 중 “보건복지가족부령”을 각각 “보건복지부령”으로 한다.
제41조제2항 단서, 제49조제6항, 제53조제2항 각 호 외의 부분 및 제3호ㆍ제3항, 제56조제1항 본문ㆍ제3항, 제57조 각 호 외의 부분, 제59조제3항, 제60조제6호, 제77조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제80조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제85조 각 호 외의 부분, 제86조제2항 및 제91조 중 “보건복지가족부장관”을 각각 “보건복지부장관”으로 한다.
제57조 각 호 외의 부분 및 제87조제1항 중 “보건복지가족부”를 각각 “보건복지부”로 한다.
<74> 부터 <137> 까지 생략
제5조 생략

부 칙[2010.2.4 제10022호(농수산물의 원산지 표시에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 식품위생법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조를 삭제한다.
제13조제1항 전단 중 “품질ㆍ영양표시, 육류의 원산지등 표시, 쌀ㆍ김치류의 원산지 표시 및 식품이력추적관리”를 “품질ㆍ영양표시 및 식품이력추적관리”로 한다.
제75조제1항제2호 중 “제12조제1항ㆍ제2항 또는 제13조제1항”을 “제13조제1항”으로 한다.
제101조제1항제2호를 삭제한다.
③ 생략
제5조 생략