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제29조(잉여금의 처리)
공단은 매 사업연도 말에 결산상 잉여금이 있을 때에는 이월손실을 보전하고 나머지는 다음 연도의 수입으로 하여야 한다.

부 칙[2009. 2.6 제9433호]
제1조(시행일) 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 폐지) 한국환경자원공사법과 환경관리공단법은 각각 폐지한다.
제 3조(공단설립위원회의 설치) ① 환경부장관은 이 법 공포일로부터 30일 이내에 종전의 「한국환경자원공사법」에 따른 한국환경자원공사(이하 “한국환경자원공사”라 한다)와 종전의 「환경관리공단법」에 따른 환경관리공단(이하 “환경관리공단”이라 한다)의 해산과 공단의 설립에 관한 사무 등을 처리하기 위하여 공단설립위원회(이하 “설립위원회”라 한다)를 설치한다.
② 설립위원회는 15인 이내의 위원으로 구성하되, 위원장은 환경부차관이 되고, 위원은 환경부장관이 임명하거나 위촉하며, 정부, 한국환경자원공사, 환경관리공단 및 환경에 관하여 학식과 경험이 풍부한 자를 참여시켜야 한다.
③ 설립위원회는 공단의 정관을 작성하여 환경부장관의 인가를 받아야 한다.
④ 이 법 시행 후 최초로 선임되는 공단의 임원후보자는 「공공기관의 운영에 관한 법률」제26조 및 이 법 제7조에도 불구하고 설립위원회가 추천한다.
⑤ 설립위원회는 제4항에 따라 임원이 임명되면 지체 없이 공단의 설립등기를 하여야 한다.
⑥ 설립위원회는 제5항에 따라 설립등기를 마치면 지체 없이 그 사무를 공단의 이사장에게 인계하여야 하며, 인계가 끝나면 설립위원회는 해산된 것으로 보고, 설립위원은 해임 또는 해촉된 것으로 본다.
⑦ 설립위원회는 공단의 설립준비에 드는 비용을 종전의 한국환경자원공사 및 환경관리공단의 예산 범위에서 지원받을 수 있다.
제4조(공공기관 지정에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 한국환경자원공사 및 환경관리공단에 대하여 기획재정부장관이 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 공공기관으로 지정한 것은 이 법에 따른 공단에 대하여 지정한 것으로 본다.
제5조(재산과 권리ㆍ의무의 승계 등) ① 공단은 한국환경자원공사와 환경관리공단에 속하는 모든 재산과 권리ㆍ의무를 공단의 설립과 동시에 포괄승계한다.
② 제1항에 따라 포괄승계된 재산과 권리ㆍ의무에 관한 등기부, 그 밖에 공적 문서와 장부에 표시된 한국환경자원공사와 환경관리공단의 명의는 공단의 설립과 동시에 공단의 명의로 본다.
③ 이 법 시행 당시 종전의 한국환경자원공사와 환경관리공단이 시행한 사업 또는 시행 중인 사업은 공단이 시행하였거나 시행 중인 사업으로 본다.
제 6조(무상대부 또는 무상사용ㆍ수익에 관한 경과조치) 종전의 「한국환경자원공사법」 제13조에 따라 한국환경자원공사에 국공유재산을 무상으로 대부한 경우와 「환경관리공단법」 제16조의6에 따라 환경관리공단에 국유재산을 무상으로 대부하거나 사용ㆍ수익하게 한 경우 그 대부기간 또는 사용ㆍ수익허가기간이 끝날 때까지는 종전의 규정을 따른다.
제7조(조직통합 및 기능 이관에 따른 소속 직원에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 한국환경자원공사와 환경관리공단의 직원은 공단의 직원으로 본다.
제8조(벌칙 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 벌칙과 과태료의 적용에 있어서는 종전의 「한국환경자원공사법」 및 「환경관리공단법」에 따른다.
제 9조(해산 및 청산의 특례) 한국환경자원공사와 환경관리공단은 이 법에 따른 공단의 설립과 동시에 「민법」 중 해산 및 청산에 관한 규정에도 불구하고 해산된 것으로 본다. 이 경우 공단의 설립은 한국환경자원공사 및 환경관리공단의 합병으로 본다.
제10조(다른 법률의 개정) ① 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제6항 중 “「한국환경자원공사법」에 의한 한국환경자원공사(이하 “공사”라 한다)”를 “「한국환경공단법」에 따른 한국환경공단(이하 “공단”이라 한다)”으로 한다.
제19조제6항 중 “공사”를 “공단”으로 한다.
제38조제2항 중 “공사”를 “공단”으로 한다.
② 잔류성유기오염물질 관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제31조제2항 중 “「한국환경자원공사법」에 따른 한국환경자원공사 등”을 “「한국환경공단법」에 따른 한국환경공단 등”으로 한다.
③ 전기ㆍ전자제품 및 자동차의 자원순환에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조제6항 중 “「한국환경자원공사법」에 따른 한국환경자원공사(이하 “공사”라 한다) 등”을 “「한국환경공단법」에 따른 한국환경공단(이하 “공단”이라 한다) 등”으로 한다.
제38조제2항 중 “공사”를 “공단”으로 한다.
제42조제2항 중 “공사”를 “공단”으로 한다.
④ 지방세법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제286조제2항 각 호 외의 부분 중 “「한국환경자원공사법」에 의하여 설립된 한국환경자원공사가 같은 법 제11조”를 “「한국환경공단법」에 따른 한국환경공단이 같은 법 제17조”로 하고, 같은 항 제1호 중 “「한국환경자원공사법」 제11조제1항1호부터 제3호까지의 규정”을 “「한국환경공단법」 제17조제1항제2호 및 제5호”로 하며, 같은 항 제2호 중 “「한국환경자원공사법」 제11조제1항제5호 및 제9호부터 제11호까지의 규정”을 “「한국환경공단법」 제17조제1항제11호ㆍ제15호 및 제16호”로 한다.
⑤ 환경개선특별회계법 일부를 다음과 같이 한다.
제4조제1항제3호 및 같은 조 제3항 중 “환경관리공단 및 한국환경자원공사”를 각각 “한국환경공단”으로 한다.
⑥ 환경기술개발 및 지원에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제31조제2항제2호 중 “「환경관리공단법」에 따른 환경관리공단”을 “「한국환경공단법」에 따른 한국환경공단”으로 하고, 같은 항 제3호 중 “「환경관리공단법」에 따른 환경관리공단과 「한국환경자원공사법」에 따른 한국환경자원공사”를 “「한국환경공단법」에 따른 한국환경공단”으로 한다.
제32조제3호 중 “환경관리공단”을 “한국환경공단”으로 한다.
⑦ 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제17조제1항제3호 중 “환경관리공단 등”을 “한국환경공단 등”으로 한다.
⑧ 개성공업지구 지원에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제2항 중 “환경관리공단”을 “한국환경공단”으로, “「환경관리공단법」제16조제1항”을 “「한국환경공단법」제17조제1항”으로 한다.
⑨ 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제48조제1항 각 호 외의 부분 중 “「환경관리공단법」에 따른 환경관리공단”을 “「한국환경공단법」에 따른 한국환경공단”으로 하고, 같은 항 제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「한국환경공단법」에 따른 한국환경공단
제49조의6제2항 중 “환경관리공단등”을 “한국환경공단등”으로 하고, 같은 조 제3항 중 “환경관리공단등”을 각각 “한국환경공단등”으로 한다.
⑩ 환경개선비용 부담법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조 중 “환경관리공단법에 의한 환경관리공단”을 “「한국환경공단법」에 따른 한국환경공단”으로 한다.
제11조(다른 법률과의 관계) ① 이 법 시행 당시 다른 법률에서 종전의 「한국환경자원공사법」 및 「환경관리공단법」을 인용한 경우에는 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 각각 인용한 것으로 본다.
② 이 법 시행 당시 다른 법률에서 한국환경자원공사 및 환경관리공단을 인용한 경우에는 이 법에 따른 한국환경공단을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2010.4.15 제10272호(공유수면 관리 및 매립에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제12조까지 생략
제13조(다른 법률의 개정) ① 부터 <68> 까지 생략
<69> 한국환경공단법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제19조제5호를 다음과 같이 하고, 같은 조 제6호를 삭제한다.
5. 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제8조에 따른 공유수면의 점용ㆍ사용허가, 같은 법 제17조에 따른 공유수면의 점용ㆍ사용 실시계획의 승인 또는 신고, 같은 법 제28조에 따른 공유수면의 매립면허와 같은 법 제38조에 따른 공유수면매립실시계획의 승인
<70> 부터 <75> 까지 생략
제14조 생략

부 칙[2011.4.28 제10615호(환경기술 및 환경산업 지원법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제7조까지 생략
제8조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑩까지 생략
⑪ 한국환경공단법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제17조제1항제3호 중 “「환경기술개발 및 지원에 관한 법률」”을 “「환경기술 및 환경산업 지원법」”으로 한다.
⑫ 및 ⑬ 생략
제9조 생략

부 칙[2012.5.23 제11446호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.1.14 제12248호(도로법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제23조까지 생략
제24조(다른 법률의 개정) ①부터 <121>까지 생략
<122> 한국환경공단법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제19조제3호 중 "「도로법」 제34조"를 "「도로법」 제36조"로 하고, "같은 법 제38조"를 "같은 법 제61조"로 한다.
<123>부터 <126>까지 생략
제25조 생략

부 칙[2014.3.18 제12467호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.3.24 제12519호(수질 및 수생태계 보전에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 한국환경공단법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제17조제1항제10호 중 "「낙동강수계 물관리 및 주민지원 등에 관한 법률」 제18조에 따른 산업단지"를 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제21조의4에 따른"으로 한다.

부 칙[2016.1.27 제13879호(수질 및 수생태계 보전에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제11조까지 생략
제12조(다른 법률의 개정) ①부터 <16>까지 생략
<17> 한국환경공단법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조제1항 중 "폐수종말처리시설"을 "공공폐수처리시설"로 한다.
<18>부터 <20>까지 생략

부 칙[2017.1.17 제14532호(물환경보전법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <77>까지 생략
<78> 한국환경공단법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제17조제1항제10호 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제21조의4"를 "「물환경보전법」 제21조의4"로 한다.
제18조제1항 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」"을 "「물환경보전법」"으로 한다.
<79>부터 <89>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2017.11.28 제15098호(석면피해구제법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법률의 개정) 한국환경공단법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제17조제1항제16호를 다음과 같이 한다.
16. 석면안전관리 사업

부 칙[2020.3.31 제17181호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(공단이 수행 중인 수도시설 설치, 운영ㆍ관리 및 진단ㆍ지원 사업에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 국가나 지방자치단체가 위탁하여 공단이 수행하고 있는 수도시설 설치, 운영ㆍ관리 및 진단ㆍ지원 사업은 제17조제1항의 개정규정에도 불구하고 해당 사업 종료 시까지는 종전의 규정에 따라 공단이 수행한다. 다만, 위탁계약 변경ㆍ해지 등의 사유로 공단이 사업을 수행할 수 없는 경우에는 그러하지 아니하다.

부 칙[2021.1.5 제17853호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(당연퇴직에 관한 적용례) 제10조제2항의 개정규정에 따라 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제34조제2항제1호를 적용할 때에는 이 법 시행 이후 파산선고를 받거나 형의 선고유예를 받은 사람부터 적용한다.