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제17조(어업권의 등록)
① 어업권과 이를 목적으로 하는 권리의 설정·보존·이전·변경·소멸 및 처분의 제한, 지분(持分) 또는 입어(入漁)에 관한 사항은 어업권원부에 등록한다.
② 제1항에 따른 등록은 등기를 갈음한다.
③ 등록에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.

부 칙[2009.4.22 제9626호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(행정처분의 승계에 관한 적용례) 제44조제3항의 행정처분의 승계는 이 법 시행 후 최초로 행정처분을 받는 것부터 적용한다.
제3조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「수산업법」, 「기르는 어업육성법」 및 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」에 따른 처분ㆍ절차와 그 밖의 행위로서 이 법에 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 법에 따라 행하여진 것으로 본다.
제4조(육상해수양식어업 및 종묘생산어업에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제43조제2항에 따라 어업허가를 받은 육상해수양식어업 및 종묘생산어업은 제41조제3항의 개정규정에 따라 해당 허가의 유효기간 만료일까지 그 허가받은 수면을 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받은 것으로 본다.
제5조(어업허가의 제한 및 조건에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 어업허가에 붙여진 제한 또는 조건은 제43조의 개정규정에 따라 붙여진 것으로 본다.
제6조(기르는어업 발전 기본계획 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「기르는 어업육성법」 제4조 및 제5조에 따라 세워진 기르는어업발전기본계획 및 시행계획은 제50조 및 제51조의 개정규정에 따라 세워진 기본계획 및 시행계획으로 본다.
제7조(기르는어업센터에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」 제20조에 따라 설립된 기르는어업센터는 제55조의 개정규정에 따라 세워진 기르는어업센터로 본다.
제8조(수산진흥종합대책에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」 제18조에 따라 세워진 수산진흥종합대책은 제74조의 개정규정에 따라 세워진 수산진흥종합대책으로 본다.
제9조(어업구조조정에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「농어촌발전 특별조치법」 제11조에 따라 추진하고 있는 어업구조개선사업은 이 법에 따라 추진하는 어업구조조정사업으로 본다.
제10조(수산발전기금에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」에 따른 수산발전기금은 제76조의 개정규정에 따른 수산발전기금으로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」에 따른 수산발전기금의 지원, 위탁기관 등은 이 법에 따른 수산발전기금의 지원, 위탁기관 등으로 본다.
제10조의2(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙을 적용할 때에는 종전의 규정에 따른다.
[본조신설 2010.1.25]
제11조(다른 법률의 개정) ① 국가재정법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 2 제35호를 다음과 같이 한다.
35. 「수산업법」
② 공유수면관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조의2 단서 중 “「수산업법」 제43조제2항제2호 및 제3호”를 “ 「수산업법」 제41조제3항제2호 및 제3호”로 한다.
제9조제1항제6호 중 “같은 법 제43조제2항제2호 및 제3호”를 “같은 법 제41조제3항제2호 및 제3호”로 한다.
③ 공유수면매립법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제4호를 다음과 같이 한다.
4. 「수산업법」 제41조제3항에 따른 구획어업ㆍ육상해수양식어업 및 종묘생산어업의 허가를 받은 자
④ 기르는 어업육성법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호, 제3조제2항제2호, 제4조부터 제8조까지 및 제30조를 각각 삭제한다.
⑤ 내수면어업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항 중 “「수산업법」 제19조제1항”을 “「수산업법」 제17조제1항”으로 하고, 같은 조 제2항 중 “「수산업법」 제18조제2항”을 “「수산업법」 제16조제2항”으로 한다.
제10조제4항 중 “「수산업법」 제86조”를 “「수산업법」 제88조”로 한다.
제16조제1항제3호 중 “「수산업법」 제37조”를 “「수산업법」 제35조”로 하고, 같은 항 제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「수산업법」 제34조제1항제1호부터 제4호까지, 제8호 및 제9호의 어느 하나에 해당하는 때
제21조제1항제1호 중 “「수산업법」 제36조”를 “「수산업법」 제34조”로 하고, 같은 항 제1호의2 중 “「수산업법」 제36조제1항제1호”를 “「수산업법」 제34조제1항제1호”로, “「수산업법」 제36조제1항제5호”를 “「수산업법」 제34조제1항제6호”로 하며, 같은 항 제2호 중 “「수산업법」 제63조제2항의 규정에 의한”을 “「수산업법」 제72조제2항에 따른”으로 하고, 같은 조 제2항 중 “「수산업법」 제79조제2항 내지 제4항을”을 “「수산업법」 제81조제2항부터 제4항까지의 규정을”로 한다.
⑥ 법률 제9426호 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 일부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제6항제18호 중 “「수산업법」 제51조에 따른”을 “「수산업법」 제59조에 따른”으로 한다.
⑦ 선박직원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제5호 중 “「수산업법」 제62조제1항”을 “「수산업법」 제71조제1항”으로 한다.
⑧ 어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호 중 “「수산업법」 제43조”를 “「수산업법」 제41조”로 하고, 제2조제5호, 제18조, 제19조, 제20조, 제21조, 제22조, 제23조, 제24조, 제25조, 제26조, 제28조 및 제32조제1항제2호를 각각 삭제하며, 제29조제1항을 다음과 같이 한다.
① 농림수산식품부장관은 이 법에 따른 권한 또는 업무의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 시ㆍ도지사 또는 수산업협동조합중앙회에 각각 위임 또는 위탁할 수 있다.
⑨ 어장관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호 중 “같은 법 제43조제2항제3호 또는 같은 조 제3항”을 “같은 법 제41조제3항제1호 및 제3호”로 한다.
제3조제3항 전단 및 제4조제3항 전단 중 “「수산업법」 제86조”를 각각 “「수산업법」 제88조”로 한다.
제8조제1항 단서 중 “「수산업법」 제15조제7항”을 “「수산업법」 제13조제7항”으로 하고, 같은 조 제3항 중 “「수산업법」 제37조(같은 법 제48조”를 “「수산업법」 제35조(같은 법 제49조”로 하며, 같은 조 제4항 중 “「수산업법」 제37조”를 “「수산업법」 제35조”로 한다.
제20조제4호 중 “「수산업법」 제43조ㆍ제46조 및 제58조”를 “「수산업법」 제41조ㆍ제42조ㆍ제47조 및 제66조”로 한다.
⑩ 어촌·어항법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제27조제4항 중 “「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」 제22조의 규정”을 “「수산업법」 제76조”로 한다.
⑪ 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제144조제1항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「수산업법」 제54조제1항
제209조제1항 중 “「수산업법」 제43조”를 “「수산업법」 제41조”로, “같은 법 제46조”를 “같은 법 제47조”로, “같은 법 제47조”를 “같은 법 제48조”로 하고, 같은 조 제2항 중 “제15조제6항, 제21조제1항 단서, 제29조제5항, 제31조제2항, 제40조제1항, 제43조제4항”을 “제13조제6항, 제19조제1항 각 호 외의 부분 단서, 제27조제5항, 제29조제2항, 제38조제1항, 제41조제4항”으로, “제46조”를 “제47조”로, “제47조”를 “제48조”로 한다.
제212조제3항 중 “「수산업법」 제86조”를 “「수산업법」 제88조”로 한다.
제213조제4항 중 “「기르는어업 육성법」 제4조, 제7조제1항부터 제3항까지 및”을 “「수산업법」 제50조, 제53조제1항부터 제3항까지 및 「기르는어업 육성법」”으로 하고, 같은 조 제5항 중 “「기르는어업 육성법」 제7조제4항, 제8조제2항,”을 “「수산업법」 제53조제4항, 제54조제2항 및 「기르는어업 육성법」”으로 한다.
⑫ 항만과 그 주변지역의 개발 및 이용에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제4항 중 “같은 법 제43조에 따른 허가어업 및 같은 법 제46조”를 “같은 법 제41조에 따른 허가어업, 같은 법 제42조에 따른 한시어업허가 및 같은 법 제47조”로, “같은 법 제79조부터 제85조까지”를 “같은 법 제81조부터 제87조까지”로 한다.
제18조제1항 중 “같은 법 제43조에 따른 허가어업 및 같은 법 제46조”를 “같은 법 제41조에 따른 허가어업, 같은 법 제42조에 따른 한시어업허가 및 같은 법 제47조”로 한다.
⑬ 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제49조제5항 중 “「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」 제22조의 규정에 의한”을 “「수산업법」 제76조에 따른”으로 한다.
제53조제1항 단서 중 “「수산업법」 제79조의 규정을”을 “「수산업법」 제81조를”로 한다.
⑭ 해양심층수의 개발 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제40조제5항 중 “「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」 제22조”를 “「수산업법」 제76조”로 한다.
⑮ 해양환경관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제19조제4항 중 “「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」 제22조의 규정”을 “「수산업법」 제76조”로 한다.
제12조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「수산업법」, 종전의 「기르는 어업육성법」, 종전의 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」 또는 그 규정을 인용한 경우 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2010.1.25 제9948호]
①(시행일) 이 법은 2010년 4월 23일부터 시행한다. 다만, 제2조, 제8조, 제9조, 제13조, 제13조의2, 제40조의2 및 제89조의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행한다.
②(구획어업 허가 어선에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제43조제3항에 따라 구획어업 중 일정한 수역을 정하여 어구를 설치하여 하는 어업을 하기 위하여 허가를 받은 어선은 제49조제1항의 개정규정에 따라 지정을 받은 관리선으로 본다.

부 칙[2010.4.15 제10272호(공유수면 관리 및 매립에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제12조까지 생략
제13조(다른 법률의 개정) ① 부터 <28> 까지 생략
<29> 법률 제9626호 수산업법 전부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조제1항 및 제2항을 각각 다음과 같이 한다.
① 어업권자에 대하여는 그 면허를 받은 어업에 필요한 범위에서 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 따른 행위가 허용된다.
② 제1항의 경우에 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제46조를 적용하지 아니한다.
제77조제1항제8호 중 “「공유수면관리법」 제9조제2항”을 “「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제13조제2항”으로 한다.
<30> 부터 <75> 까지 생략
제14조 생략

부 칙[2010.5.17 제10292호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.