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제9조(보호결정의 기준)
제8조제1항 본문의 규정에 의하여 보호여부를 결정함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 자에 대하여는 보호대상자로 결정하지 아니할 수 있다. [개정 2007.1.26] [[시행일 2007.2.27]]
1. 항공기납치·마약거래·테러·집단살해등 국제형사범죄자
2. 살인등 중대한 비정치적 범죄자
3. 위장탈출혐의자
4. 체류국에서 10년 이상 생활근거지를 두고 있는 자 [[시행일 2007.2.27]]
5. 기타 보호대상자로 정하는 것이 부적당하다고 대통령령이 정하는 자

부 칙[1997.1.13]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (폐지법률) 귀순북한동포보호법(이하 "귀순보호법"이라 한다)은 이를 폐지한다.
제3조 (협의회의 심의에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 귀순보호법 제13조의 규정에 의하여 설치된 귀순북한동포보호위원회에서 심의중인 안건에 대하여는 이 법 제6조의 규정에 의한 협의회에서 이를 심의한다.
제4조 (등록에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 귀순보호법에 의하여 귀순북한동포로 등록된 자는 이 법에 의한 보호대상자로 등록된 것으로 본다.
제5조 (사회적응교육 및 직업훈련에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 귀순보호법에 의하여 귀순북한동포로 등록된 자는 제15조 및 제16조의 규정에 의한 사회적응교육 및 직업훈련을 받을 수 있다.
제6조 (정착금 및 보로금에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 귀순보호법에 의하여 지급하기로 결정된 정착금 및 보로금에 대하여는 통일원장관이 종전의 규정에 의하여 지급한다.
제7조 (주거지원에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 귀순보호법에 의하여 주거지원을 받기로 결정된 자에 대하여는 통일원장관이 종전의 규정에 의하여 지원한다.
제8조 (교육보호에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 귀순보호법에 의하여 교육보호를 받고 있거나 받기로 결정된 자에 대하여는 통일원장관이 종전의 규정에 의하여 교육보호를 행한다.
제9조 (예산의 이체) 이 법 시행당시 귀순보호법에 의한 사업을 실시하는 관계중앙행정기관의 장은 이 법 시행일에 그 사업예산을 통일원장관에게 이체한다.
제10조 (후원회의 설립준비) ①통일원장관은 이 법 시행일부터 2월이내에 귀순보호법에 의하여 설립된 귀순북한동포후원회(이하 "귀순북한동포후원회"라 한다)의 리사중에서 5인이하의 설립위원(이하 "설립위원"이라 한다)을 위촉하여 후원회의 설립에 관한 사무와 설립당시의 리사 및 감사의 선임에 관한 사무를 담당하게 한다.
②설립위원은 정관을 작성하여 통일원장관의 인가를 받아야 한다.
③설립당시의 후원회의 회장은 통일원장관이 임명한다.
④설립위원은 제2항의 규정에 의한 인가를 받은 때에는 지체없이 련명으로 후원회의 설립등기를 한 후 회장에게 사무를 인계하여야 한다.
⑤설립위원은 제4항의 규정에 의한 사무인계가 끝난 때에는 해촉된 것으로 본다.
⑥후원회가 설립될 때까지 후원회의 설립을 위하여 지출하는 경비는 귀순북한동포후원회가 이를 부담한다.
제11조 (귀순북한동포후원회에 관한 경과조치) ①귀순북한동포후원회는 부칙 제2조의 규정에 불구하고 이 법에 의한 후원회가 설립될 때까지 존속한다.
②이 법 시행당시 귀순북한동포후원회는 리사회의 의결에 의하여 그 모든 권리와 의무를 이 법에 의하여 설립될 후원회가 승계하도록 통일원장관에게 신청할 수 있다.
③귀순북한동포후원회는 제2항의 규정에 의한 승계신청에 대하여 통일원장관의 승인을 얻은 때에는 이 법에 의한 후원회의 설립과 동시에 해산된 것으로 보며, 귀순북한동포후원회에 속한 모든 권리와 의무는 후원회가 이를 승계한다.
④제3항의 규정에 의하여 후원회에 승계될 재산의 가액은 후원회의 설립등기일 전일의 장부가액으로 한다.
제12조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제13조 (다른 법률의 개정) ①의료보호법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항제6호중 "귀순북한동포보호법"을 "북한리탈주민의보호및정착지원에관한법률"로 한다.
②소득세법중 다음과 같이 개정한다.
제12조제5호중 "귀순북한동포보호법"을 "북한리탈주민의보호및정착지원에관한법률"로 한다.

부칙 [99·1·21]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ① 및 ③생략
④북한이탈주민의보호 및정착지원에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제7조제2항ㆍ제3항, 제8조제1항 단서, 제10조제1항 단서 및 제12조제2항, 후단중 "국가안전기획부장"을 각각 "국가정보원장"으로한다.
⑤ 내지 ⑭생략
제4조 생략

부칙 [99·12·28]
①(시행일) 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다.
②(취업보호에 관한 소급적용) 제17조 및 제17조의2의 개정규정은 1993년 12월 12일 이후 남한에 들어온 북한이탈주민에 대하여도 이를 적용한다. 이 경우 취업보호의 실시기간은 이 법 시행후 최초로 취업한 날부터 기산한다.
③(국민연금특례에 관한 경과조치) 제26조의2의 개정규정은 1999년 4월 2일부터 이 법 시행전까지 제8조의 규정에 의하여 보호결정된 자에게도 이를 적용한다.

부칙 [2001·5·24]
제1조 (시행일) 이 법은 2001년 10월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제11조 생략
제12조 (다른 법률의 개정) ① 및 ②생략
③북한이탈주민의보호 및정착지원에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제25조의 제목 "(의료보호)"를 "(의료급여)"로 하고, 동조 본문중 "의료보호법"을 "의료급여법"으로, "의료보호"를 "의료급여"로 한다.
제13조 생략

부칙 [2007.1.26 제8269호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 1개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(이혼의 특례 규정의 소급적용) 제19조의2의 개정규정은 대법원 호적예규 제644호가 시행된 2003년 3월 18일 이후 취적한 북한이탈주민에게 적용한다.