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제29조(시정명령)
식품의약품안전처장 또는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수·구청장은 이 법을 지키지 아니하는 자에 대하여 필요하다고 인정할 때에는 시정을 명할 수 있다.
[전문개정 2014.5.21

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부칙 [2002.8.26 제6727호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (건강기능식품제조업의 허가 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 식품위생법 제22조제5항의 규정에 의하여 식품제조·가공업의 신고를 한 자가 제14조제1항의 규정에 의한 기준·규격의 건강기능식품을 제조하는 경우에는 이 법에 의한 건강기능식품제조업의 영업자로 본다. 이 경우 이 법 시행후 6월 이내에 제5조의 규정에 의하여 식품의약품안전청장의 허가를 받아야 하되, 수수료는 면제한다.
②제1항 전단의 규정에 의한 영업자가 이 법 시행 당시 식품위생법 제22조제6항의 규정에 의하여 제조보고한 품목이 제14조제1항의 규정에 의한 기준·규격의 건강기능식품에 해당하는 경우에는 계속하여 제조·판매할 수 있다. 이 경우 이 법 시행후 6월 이내에 제7조의 규정에 의한 품목의 제조방법설명서 등 보건복지부령이 정하는 구비서류를 갖추어 식품의약품안전청장에게 신고하여야 하되, 수수료는 면제한다.
제3조 (건강기능식품수입업의 신고에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 식품위생법 제16조제1항의 규정에 의하여 식품등 수입판매업의 신고를 한 자가 제14조제1항의 규정에 의한 기준·규격의 건강기능식품을 수입·판매하는 경우 이 법에 의한 건강기능식품수입업의 영업자로 본다. 이 경우 이 법 시행후 6월 이내에 제6조제1항의 규정에 의하여 식품의약품안전청장에게 신고하여야 하되, 수수료는 면제한다.
제4조 (영업허가 취소된 자 등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 식품위생법에 의하여 허가취소 또는 폐쇄명령을 받은 자에 대한 허가 또는 신고제한기한은 식품위생법의 규정에 의한다.
제5조 (벌칙 및 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 또는 과태료의 적용에 있어서는 식품위생법의 규정에 의한다.
제6조 (처분 등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 식품위생법에 의하여 행하여진 처분·신청·신고·보고 그 밖의 행정기관에 대한 행위는 이 법의 규정에 의하여 행한 처분·신청·보고 그 밖의 행정기관에 대한 행위로 본다.
제7조 (단체에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 식품위생법 제44조의 규정에 의하여 설립된 동업자조합중 제28조의 규정에 해당하는 단체는 이 법에 의하여 설립된 것으로 본다.
제8조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 식품위생법의 규정을 인용하고 있는 경우에 이 법중에 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.
제9조 (다른 법률의 개정) ①식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제71조제2항제2호중 "제65조"를 "제65조 및 건강기능식품에관한법률 제37조"로 하고, 동조제3항제1호중 "영업자"를 "영업자(건강기능식품에관한법률에 의한 영업자를 포함한다)"로 하며, 동항제7호중 "식품위생 및 국민영양"을 "식품위생, 국민영양 및 건강기능식품"으로 한다.
②공업배치및공장설립에관한법률중 제16조제6항에 제13호의2를 다음과 같이 신설한다.
13의2. 건강기능식품에관한법률 제5조의 규정에 의한 건강기능식품제조업의 허가
③유통산업발전법중 제10조제1항에 제3호의2를 다음과 같이 신설한다.
3의2. 건강기능식품에관한법률 제5조의 규정에 의한 건강기능식품제조업 또는 동법 제6조의 규정에 의한 건강기능식품판매업
④보건범죄단속에관한특별조치법을 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항 각호외의 부분중 "이미 허가 또는 신고된 식품이나 첨가물"을 "건강기능식품에관한법률 제5조의 규정에 의하여 허가를 받지 아니하고 건강기능식품을 제조·가공한 자, 이미 허가 또는 신고된 식품, 식품첨가물 또는 건강기능식품"으로, "동법 제6조·제7조제4항"을 "식품위생법 제6조·제7조제4항 또는 건강기능식품에관한법률 제24조제1항"으로 하고, 동조제1항제1호 및 제2호중 "식품 또는 첨가물"을 각각 "식품, 식품첨가물 또는 건강기능식품"으로 한다.

부칙 [2004.3.22. 제7211호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.3.31 제7428호(채무자 회생 및 파산에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①,② 생략
③건강기능식품에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제2항중 "파산법"을 "「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」"로 한다.
④ 내지 [145] 생략
제6조 생략

부칙 [2006.10.4 제8033호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.4.11 제8365호(약사법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 제20조 생략
제21조(다른 법률의 개정) ①건강기능식품에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제2항 단서 중 “약사법 제16조의 규정”을 “「약사법」 제20조”로 한다.
② 내지 ⑫ 생략
제22조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>··· 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ①부터 [437]까지 생략
<438> 건강기능식품에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항 각 호 외의 부분, 제5조제1항 전단, 제5조제2항 및 제3항, 제6조제1항, 제2항 본문, 제3항, 제4항, 제7조제1항 전단 및 후단, 제2항, 제8조제1항, 제2항 및 제3항제3호, 제4항, 제10조제1항제5호, 제2항, 제11조제3항, 제12조제1항 및 제4항, 제13조제2항 단서, 제4항 및 제5항, 제18조제2항, 제21조제1항 및 제3항, 제22조제3항, 제4항제4호 및 제6항, 제30조제5항, 제32조제2항, 제33조제2항, 제35조제3항, 제37조제1항 단서, 제40조, 제42조 중 "보건복지부령"을 각각 "보건복지가족부령"으로 한다.
제13조제1항 및 제2항 단서, 제27조제1항, 제28조제3항, 제39조, 제41조제3항 중 "보건복지부장관"을 각각 "보건복지가족부장관"으로 한다.
제27조제1항 중 "보건복지부"를 "보건복지가족부"로 한다.
<439> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008. 3.21 제8941호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2010.1.18 제9932호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 2개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑦ 까지 생략
⑧ 건강기능식품에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항 각 호 외의 부분, 제5조제1항 전단ㆍ제2항ㆍ제3항, 제6조제1항ㆍ제2항 본문ㆍ제3항ㆍ제4항, 제7조제1항 전단 및 후단ㆍ제2항, 제8조제1항ㆍ제2항ㆍ제3항제3호ㆍ제4항, 제10조제1항제5호ㆍ제2항, 제11조제3항, 제12조제1항 본문ㆍ제4항, 제13조제2항 단서ㆍ제4항ㆍ제5항, 제18조제2항, 제21조제1항ㆍ제3항, 제22조제3항ㆍ제4항제4호ㆍ제6항, 제22조의2제1항ㆍ제5항 단서ㆍ제8항, 제30조제5항, 제32조제2항, 제33조제2항, 제35조제3항 단서, 제37조제1항 단서 및 제42조 각 호 외의 부분 중 “보건복지가족부령”을 각각 “보건복지부령”으로 한다.
제13조제1항ㆍ제2항 단서, 제22조의2제6항, 제27조제1항 각 호 외의 부분, 제28조제3항, 제39조 각 호 외의 부분 및 제41조제3항 중 “보건복지가족부장관”을 각각 “보건복지부장관”으로 한다.
제27조제1항 각 호 외의 부분 중 “보건복지가족부”를 “보건복지부”로 한다.
⑨ 부터 <137> 까지 생략
제5조 생략

부 칙[2010.3.17 제10128호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제6조제1항의 개정규정은 2011년 1월 1일부터 시행한다.
②(건강기능식품수입업 신고에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제6조제1항에 따른 건강기능식품수입업 신고에 관하여 행한 식품의약품안전청장에 대한 행위 또는 식품의약품안전청장의 행위는 제6조제1항의 개정규정에 따라 해당 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장에 대한 행위 또는 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장의 행위로 본다.

부 칙[2010.3.31 제10219호(지방세기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 건강기능식품에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제2항 중 “지방세법”을 “「지방세기본법」”으로 한다.
③ 부터 <61> 까지 생략
제12조 생략

부 칙[2012.10.22 제11508호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행하되, 같은 조 제477항에 따른 「약사법」 제47조제1항 및 제481항에 따른 「의료기기법」 제18조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 1년의 범위에서 해당 법률에 관한 대통령령으로 정하는 날부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <460>까지 생략
<461> 건강기능식품에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항 각 호 외의 부분, 제5조제1항 전단, 같은 조 제2항·제3항, 제6조제1항, 같은 조 제2항 본문, 같은 조 제3항·제4항, 제7조제1항 전단·후단, 같은 조 제2항, 제8조제1항·제2항, 같은 조 제3항제3호, 같은 조 제4항, 제10조제1항제5호, 같은 조 제2항, 제11조제3항, 제12조제1항 본문, 같은 조 제4항, 제13조제2항 단서, 같은 조 제4항·제5항, 제18조제2항, 제21조제1항·제3항, 제22조제3항, 같은 조 제4항제4호, 같은 조 제6항, 제22조의2제1항, 같은 조 제5항 단서, 같은 조 제8항, 제30조제5항, 제32조제2항, 제33조제2항, 제35조제3항 단서, 제37조제1항 단서 및 제42조 각 호 외의 부분 중 "보건복지부령"을 각각 "총리령"으로 한다.
제5조제1항 전단, 같은 조 제2항, 제6조제3항, 제7조제1항 전단, 제8조제1항·제2항, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분, 같은 항 제1호·제2호, 제10조제2항, 제11조제3항, 제12조제4항, 제14조제1항·제2항·제4항, 제15조제1항부터 제3항까지, 제16조제1항·제2항, 제16조의2제1항부터 제3항까지, 제17조제1항제6호, 같은 조 제2항, 제19조, 제20조제1항, 제21조제2항, 제22조제1항·제2항, 같은 조 제4항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항, 제22조의2제1항부터 제4항까지, 같은 조 제7항, 제23조제2호 단서, 제24조제3항, 제29조, 제30조제1항부터 제3항까지, 제31조제1항, 제32조제1항 각 호 외의 부분, 제33조제1항, 제35조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항 전단, 같은 조 제3항 본문, 제36조, 제37조제1항 본문, 같은 조 제3항·제4항, 제40조제1항, 제41조제1항 및 제47조제2항 중 "식품의약품안전청장"을 각각 "식품의약품안전처장"으로 한다.
제13조제1항, 같은 조 제2항 단서 및 제28조제3항 중 "보건복지부장관"을 각각 "식품의약품안전처장"으로 한다.
법률 제11508호 건강기능식품에 관한 법률 일부개정법률 제16조제4항 각 호 외의 부분 전단 및 제22조의2제5항 중 "식품의약품안전청장"을 각각 "식품의약품안전처장"으로 한다.
법률 제11508호 건강기능식품에 관한 법률 일부개정법률 제16조제5항 중 "보건복지부령"을 "총리령"으로 한다.
제22조의2제6항, 제27조제1항 각 호 외의 부분, 제39조 각 호 외의 부분 및 제41조제3항 중 "보건복지부장관 또는 식품의약품안전청장"을 각각 "식품의약품안전처장"으로 한다.
제27조제1항 각 호 외의 부분 중 "보건복지부"를 "식품의약품안전처"로 한다.
제47조제3항부터 제5항까지를 각각 삭제한다.
<462>부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2013.7.30 제11985호(식품·의약품분야 시험·검사 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 건강기능식품에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제3항제2호 중 "식품위생법 제18조의 규정에 의하여 식품의약품안전처장이 지정한 식품위생검사기관(이하 "검사기관"이라 한다) 또는 식품의약품안전처장이 인정하여 고시한 국외 검사기관에서"를 "「식품·의약품분야 시험·검사 등에 관한 법률」 제6조에 따라 식품의약품안전처장이 지정한 식품 등 시험·검사기관(이하 "검사기관"이라 한다) 또는 같은 법 제8조에 따라 식품의약품안전처장이 지정한 국외시험·검사기관에서"로 한다.
제38조제1항 중 "동법 제18조에 의한 식품위생검사기관의 지정 규정을"을 "「식품·의약품분야 시험·검사 등에 관한 법률」 제6조에 따른 식품 등 시험·검사기관 지정 규정을"로 한다.
②부터 ⑥까지 생략

부 칙[2013.8.13 제12106호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.1.28 제12389호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제8조제1항의 개정규정은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.5.21 제12669호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제8조제3항 및 제38조의 개정규정은 2014년 7월 31일부터 시행하고, 법률 제12389호 건강기능식품에 관한 법률 일부개정법률 제8조제1항의 개정규정은 2015년 1월 29일부터 시행하며, 제37조의2, 제43조 및 제44조의 개정규정은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(금치산자에 대한 경과조치) 제9조의 개정규정에 따른 피성년후견인에는 법률 제10429호 민법 일부개정법률 부칙 제2조에 따라 금치산 선고의 효력이 유지되는 사람을 포함하는 것으로 본다.
제3조(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙 규정을 적용할 때에는 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2015.2.3 제13201호(수입식품안전관리 특별법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제7조까지 생략
제8조(다른 법률의 개정) ① 건강기능식품에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제6호 중 "건강기능식품을 제조·수입하는 단계"를 "건강기능식품을 제조하는 단계"로 한다.
제4조제1항제2호를 삭제한다.
제6조제1항을 삭제하고, 같은 조 제3항 중 "제1항과 제2항"을 "제2항"으로 하며, 같은 조 제4항 중 "제1항부터 제3항까지"를 "제2항 및 제3항"으로 한다.
제8조를 삭제한다.
제9조제2항 각 호 외의 부분 중 "제6조제1항 및 제2항"을 "제6조제2항"으로 한다.
제14조제2항 중 "제5조제1항 또는 제6조제1항에 따른 영업자"를 "제5조제1항에 따른 영업자 또는 「수입식품안전관리 특별법」 제15조제1항에 따라 등록한 수입식품등 수입·판매업자"로 한다.
제15조제2항 중 "제5조제1항 또는 제6조제1항에 따른 영업자"를 "제5조제1항에 따른 영업자 또는 「수입식품안전관리 특별법」 제15조제1항에 따라 등록한 수입식품등 수입·판매업자"로 한다.
제22조의2제1항 본문, 같은 조 제2항, 같은 조 제5항 본문 및 단서 중 "제조·수입"을 각각 "제조"로 한다.
제23조제6호 중 "금지된 것 또는 제8조"를 "금지된 것 또는 「수입식품안전관리 특별법」 제20조제1항"으로 한다.
제24조제1항 중 "영업자"를 "영업자(「수입식품안전관리 특별법」 제15조에 따라 등록한 수입식품등 수입·판매업자를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)"로 한다.
제25조 중 "영업자"를 "영업자(「수입식품안전관리 특별법」 제15조에 따라 등록한 수입식품등 수입·판매업자를 포함한다)"로 한다.
제30조제1항 중 "영업자가"를 "영업자(「수입식품안전관리 특별법」 제15조에 따라 등록한 수입식품등 수입·판매업자를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가"로 한다.
제32조제1항제1호 중 "제7조제1항 전단, 제8조제1항"을 "제7조제1항 전단"으로 한다.
제35조제1항 각 호 외의 부분 중 "제6조제1항 및 제2항"을 "제6조제2항"으로 한다.
제38조제1항제7호 중 "규정"을 "규정(이 경우 영업자에는 「수입식품안전관리 특별법」 제15조에 따라 등록한 수입식품등 수입·판매업자를 포함하고, 건강기능식품에는 같은 법에 따라 수입한 건강기능식품을 포함한다)"으로 한다.
제40조제1항 중 "제6조제1항·제2항"을 "제6조제2항"으로 한다.
제42조제2호 중 "제6조제1항부터 제3항까지"를 "제6조제2항 및 제3항"으로 하고, 같은 조 제4호를 삭제한다.
제44조제1호 중 "제6조제1항 또는 제2항"을 "제6조제2항"으로 한다.
② 및 ③ 생략
제9조 생략

부 칙[2015.5.18 제13330호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제6조(법률 제13201호 수입식품안전관리 특별법 부칙 제8조제1항에 따라 개정된 것을 말한다)제4항 및 제5항의 개정규정은 2016년 2월 4일부터 시행하고, 제14조제2항·제3항, 제15조제2항·제3항, 제15조의2, 제37조의3 및 제44조의 개정규정은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(시험·검사기관 등의 검사성적서 등 제출에 관한 적용례) 제14조제2항의 개정규정은 같은 개정규정 시행 후 최초로 건강기능식품의 기준과 규격을 검토하여 인정하는 분부터 적용한다.
제3조(원료 등의 인정에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 인정 검토가 진행 중인 원료 또는 성분에 대해서는 제15조제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2016.2.3 제14018호]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제9조제1항제1호·제4호·제5호, 같은 조 제2항제4호·제5호, 제13조제4항, 제21조제2항·제3항, 제32조제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 중 제4조제1항·제5조제2항·제6조제3항 위반 관련 부분, 같은 항 제4호·제9호의2·제11호, 제37조제1항 본문 중 제32조제1항제9호의2·제11호 관련 부분, 제38조, 제42조제4호의2, 제42조의2, 제45조제5호의2의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
② 제1항에도 불구하고, 제22조, 제32조제1항제5호, 제39조제2호, 제42조제8호, 제44조제6호 및 제45조제5호의3의 개정규정과 제33조제1항 중 제22조 위반 관련 부분은 다음 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.
1. 2017년 매출액이 20억 이상인 제조업자: 2018년 12월 1일
2. 2017년 매출액이 10억 이상 20억 미만인 제조업자: 2019년 12월 1일
3. 2017년 매출액이 10억 미만인 제조업자: 2020년 12월 1일
제2조(영업허가 등의 제한에 관한 적용례) 제9조제1항제4호·제5호 및 같은 조 제2항제4호·제5호의 개정규정은 같은 개정규정 시행 이후 제5조제2항 또는 제6조제3항에 따른 폐업신고를 하는 경우부터 적용한다.
제3조(영업허가취소 등에 관한 적용례) 제32조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 영업자가 제32조제1항제1호·제4호·제4호의2·제5호·제9호의2 또는 제11호의 개정규정에 해당하게 되는 경우부터 적용한다.
제4조(과징금 부과처분에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 제37조제1항에 따라 과징금 부과처분을 한 경우에는 제37조제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2016.12.27 제14476호(지방세징수법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 건강기능식품에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제2항제3호 중 "「지방세기본법」"을 "「지방세징수법」"으로 한다.
③부터 <65>까지 생략
제5조 생략

부 칙[2018.3.13 제15480호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(건강기능식품의 표시에 관한 경과조치) 이 법 시행일부터 2년 이내에 제조·가공 또는 수입하는 건강기능식품에 대하여는 제17조의 개정규정 및 「식품 등의 표시·광고에 관한 법률」에도 불구하고 종전의 제17조에 따른 건강기능식품의 표시기준에 따라 표시할 수 있다. 이 경우 해당 건강기능식품은 그 유통기한까지 판매하거나 판매할 목적으로 진열 또는 운반하거나 영업에 사용할 수 있다.
제3조(기능성 표시·광고의 심의에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제16조 및 제16조의2에 따라 신청된 건강기능식품의 기능성에 대한 표시·광고의 심의 및 이의신청에 관하여는 제16조 및 제16조의2의 개정규정 및 「식품 등의 표시·광고에 관한 법률」에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제4조(행정처분 및 과징금의 부과·징수에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 건강기능식품의 표시 또는 광고와 관련된 위반행위에 대한 행정처분 및 과징금의 부과·징수에 관하여는 종전의 규정에 따른다.
제5조(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 건강기능식품의 표시 또는 광고와 관련된 행위에 대한 벌칙의 적용에 관하여는 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2018.6.12 제15706호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제30조제3항 및 제37조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2018.12.11 제15938호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(어린이가 섭취할 용도로 제조하는 건강기능식품에 관한 적용례) 제14조제1항 후단의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제조하는 건강기능식품부터 적용한다.

부 칙[2019.1.15 제16295호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제27조, 제32조제1항제3호의2 및 제8호의2의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(건강기능식품제조업의 허가·변경허가 등에 관한 적용례) 제5조제4항·제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 건강기능식품제조업의 허가 또는 변경허가를 신청하거나 변경신고를 하는 경우부터 적용한다.
제3조(건강기능식품판매업의 신고 등에 관한 적용례) 제6조제4항·제5항, 제7조제2항·제3항 및 제12조제5항·제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 건강기능식품판매업의 신고·변경신고, 품목제조의 신고·변경신고 또는 품질관리인 선임신고·해임신고를 하는 경우부터 적용한다.
제4조(위원회의 위원 구성에 관한 경과조치) ① 제27조의 개정규정 시행 후 위원을 임명 또는 위촉할 당시 같은 조 제2항 후단의 개정규정을 충족하지 못하는 경우에는 해당 개정규정의 요건이 충족될 때까지는 공무원이 아닌 위원을 위촉하여야 한다.
② 위원회의 위원 구성에 관해서는 제1항에 따라 제27조제2항 후단의 개정규정을 충족할 때까지는 종전의 규정에 따른다.
제5조(과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 제31조제1항에 따른 시설의 개수명령을 이행하지 아니한 행위에 대하여 과태료를 적용할 때에는 제47조제1항제9호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2019.12.3 제16715호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2020.3.24 제17091호(지방행정제재·부과금의 징수 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 ④까지 생략
⑤ 건강기능식품에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제37조제4항 본문ㆍ단서 및 제37조의2제3항 중 "「지방세외수입금의 징수 등에 관한 법률」"을 각각 "「지방행정제재·부과금의 징수 등에 관한 법률」"로 한다.
⑥부터 <102>까지 생략
제5조 생략