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제59조(통합교육)
국가 및 지방자치단체는 특수교육을 필요로 하는 자가 유치원·초등학교·중학교 및 고등학교와 이에 준하는 각종학교에서 교육을 받고자 하는 경우에는 별도의 입학절차, 교육과정 등을 마련하는 등 통합교육의 실시에 필요한 시책을 강구하여야 한다.

부칙 [99·8·31]
이 법은 2000년 3월 1일부터 시행한다.

부칙 [2000·1·28]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제30조의2 및 제30조의3의 개정규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
②(중등학교 정교사1급 자격에 관한 적용례) 별표 2의 중등학교 정교사(1급)자격에 관한 개정규정은 교육대학원 및 교육부장관이 지정하는 대학원 교육과의 2001년도 신입생부터 적용한다.
③(양호교사 2급 자격에 관한 적용례) 별표 2의 양호교사(2급)자격에 관한 개정규정은2002년도 대학 신입생부터 적용한다.

부칙 [2001.1.29. 법률제6400호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제3조제20항은 2002년 3월 1일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략

부칙 [2001·4·7]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(외국인학교의 설립인가에 관한 특례) 종전의 출입국관리법(법률 제5755호로 개정되기 전의 것) 제39조제1항의 규정에 의하여 교육인적자원부에 등록한 외국단체가 2002년 12월 31일까지 이 법에 의한 외국인학교의 설립인가를 받고자 하는 경우에는 학교보건법 제5조제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

부칙 [2002.8.26.]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (양호교사 자격에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 양호교사 자격증을 가지고 있는 자는 이 법에 의한 보건교사 자격증을 가지고 있는 것으로 본다.
제3조 (학교운영위원회 위원의 결격사유에 관한 적용례) 제31조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 선출되는 학교운영위원회 위원부터 적용한다.
제4조 (특수학교 정교사 2급 자격에 관한 적용례) 별표 2의 특수학교 정교사(2급)자격에 관한 개정규정(교육대학원 및 교육인적자원부장관이 지정하는 대학원에서 특수교육을 전공하고 석사학위를 받은 자에 관한 사항에 한한다)은 교육대학원 및 교육인적자원부장관이 지정하는 대학원의 2003학년도 입학자부터 적용한다.
제5조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 초중등교육법의 양호교사를 인용한 경우에는 보건교사를 인용하는 것으로 본다.

부칙 [2003.07.25.]
이 법은 2006년 3월 1일부터 시행한다.

부칙 [2004.1.20.]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (경과조치) ①이 법 시행 당시 전문상담교사 자격증을 가지고 있는 자는 제21조제2항 및 별표 2의 개정규정에 의하여 전문상담교사(1급) 자격증을 가지고 있는 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 사서교사 자격증을 가지고 있는 자는 제21조제2항 및 별표 2의 개정규정에 의하여 사서교사(2급) 자격증을 가지고 있는 것으로 본다.
제3조 (자격기준에 관한 특례) 별표 2의 영양교사(2급)란 제2호의 개정규정을 적용함에 있어서 학교급식법 제5조의 규정에 따라 설치된 학교급식시설에서 3년 이상 학교급식을 전담한 교직원(교육청이나 직속기관의 식품위생직을 포함한다)중 학사학위소지자에 대하여는 1년 이상의, 전문학사학위소지자에 대하여는 2년 이상의 영양교육과정을 이수한 경우 교사자격기준을 충족한 것으로 본다.