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제3조(다른 법률과의 관계)
남한과 북한과의 왕래·접촉·교역·협력사업 및 통신역무의 제공등 남북교류와 협력을 목적으로 하는 행위에 관하여는 이 법률의 목적 범위 안에서 다른 법률에 우선하여 이 법을 적용한다. [개정 2005.5.31]

부칙
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법률의 개정) 조세감면규제법중 다음과 같이 개정한다.제3조에 제24호를 다음과 같이 신설한다.
24. 남북교류협력에관한법률

부칙 [90·12·27]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제10조 생략

부칙 [92·12·8]
제1조 (시행일) 이 법은 1993년 4월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략

부칙 [94·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 7월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제5조 생략

부칙 [96·12·30]
제1조 (시행일) 이 법은 1997년 3월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제9조 생략

부칙 [97·12·13]
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]

부 칙[1998.9.16 제5559호(외국인투자촉진법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포후 2월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(조세감면에 관한 규정의 적용례) 이 법의 규정에 의한 조세감면은 이 법 시행후 최초로 조세감면신청 또는 조세면제신청을 한 것부터 적용한다. 다만, 이 법 시행전에 종전의 외국인투자 및외자도입에관한법률에 의하여 조세감면신청 또는 조세면제신청을 한 것으로서 이 법 시행일까지 조세감면결정 또는 조세면제결정을 받지 못한 것에 대하여는 이 법 시행일에 조세감면신청 또는 조세면제신청을 한 것으로 보아 이 법을 적용한다.
제5조(신고수리 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 종전의 외국인투자 및외자도입에관한법률에 의하여 신고수리를 받았거나 승인·허가·보고·확인 또는 등록 등(이하 "승인등"이라 한다)을 받은 것은 이 법에 의하여 각각 신고를 하였거나 승인등을 받은 것으로 본다.
②이 법 시행당시 종전의 외국인투자 및외자도입에관한법률에 의하여 신고·승인·허가·확인 또는 등록 등의 신청을 받아 그 절차가 진행되고 있는 것에 대하여는 종전의 외국인투자 및외자도입에관한법률의 규정에 의한다.
③이 법 시행전에 종전의 외국인투자 및외자도입에관한법률에 의하여 조세감면결정 또는 조세면제결정을 받은 것은 부칙 제3조의 규정에 불구하고 종전의 외국인투자 및외자도입에관한법률의 규정을 적용한다.
제6조 및 제7조 생략
제8조(다른 법률의 개정) ①남북교류협력에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제26조제3항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 외국인투자촉진법
② 내지 ⑩생략
제9조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 외국인투자 및외자도입에관한법률·외자도입법중 외국인투자와 관련된 규정을 인용하고 있는 경우 이 법중 그 인용된 규정에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2000.12.29.법6316]
제1조(시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략

부칙 [2005.5.31 제7539호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 벌칙의 적용은 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2007.4.11 제8364호(검역법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①남북교류협력에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제2항을 다음과 같이 한다.
②제1항에 따른 검역조사에 관하여는「검역법」 제5조부터 제26조까지 및 제31조부터 제33조까지의 규정을 준용한다. 다만, 「검역법」 제18조 및 제19조에 따라 검역증 또는 임시검역증을 교부하는 것을 생략할 수 있다.
②생략
제5조 생략