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제3조(자율적 운영의 보장)
투자기관의 책임경영체제의 확립을 위하여 투자기관의 자율적 운영은 보장된다.

부 칙[1983.12.31 제3690호]
제1조 (시행일) 이 법은 1984년 3월 1일부터 시행한다.
제2조 (법률의 폐지) 정부투자기관관리법 및 정부투자기관예산회계법은 이를 폐지한다.
제3조 (적용례) 이 법 시행당시의 각 투자기관의 설입법 기타 법령에서 규정하고 있는 투자기관의 정관, 이사회와 임·직원, 예산, 결산, 물품구매, 공사계약, 물품관리, 감사 및 자본금의 납입시기와 출자방법에 관한 규정이 이 법의 관계규정과 저촉되는 경우에는 이 법이 정하는 바에 의한다.
제4조 (임·직원의 임명에 관한 경과조치) ①주무부장관은 이 법 시행후 3월이내에 이 법에 의한 임원을 임명함에 필요한 조치를 하여야 한다.
②이 법 시행당시의 투자기관의 임원은 이 법에 의한 임원 또는 집행간부가 임명될 때까지는 종전의 규정에 따라 그 직무를 행한다.
③이 법 시행당시의 투자기관의 임원은 제15조제1항 후단의 규정에 불구하고 당해 투자기관의 집행간부로 임명될 수 있다.
제5조 (정관의 변경) 투자기관의 사장은 이 법 시행후 3월이내에 이 법에 따라 정관을 변경하여 주무부장관의 인가를 받아야 한다.
제6조 (경영목표 및 예산에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 설정된 1984연도 투자기관의 경영목표와 편성된 예산은 이 법에 의하여 설정되거나 편성된 것으로 본다.
제7조 (정부투자기관관리법 폐지에 따른 다른 법률의 정비) ①주식회사의외부감사에관한법률 제2조 단서중 "정부투자기관관리법"을 "정부투자기관관리기본법"으로 한다.
②제1항외의 다른 법률에서 정부투자기관관리법의 규정을 인용한 경우에 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 대치하여 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부 칙[1987.11.28 제3980호(한국방송공사법)]
제1조 (시행일) 이 법은 방송법에 의한 방송위원회가 구성된 날로부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) 정부투자기관관리기본법중 다음과 같이 개정한다.
제2조에 단서를 다음과 같이 신설한다.
다만, 한국방송공사법에 의한 한국방송공사를 제외한다.

부칙 [97·8·28]
①(시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제2조제2항중 한국수출입은행에 관한 개정규정은 정부가 납입자본금의 5할이상을 출자한 때부터 시행한다.
②(이사장의 임기에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 재임중인 투자기관의 이사장은 이 법 시행과 동시에 그 임기가 종료된 것으로 본다.
③(감사의 임기에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 재임중인 투자기관의 감사의 임기에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [99·2·5]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (일반적 경과조치) 이 법 시행당시 재정경제부장관이 행하거나 재정경제부장관에 대하여 행하여진 절차·처분 기타의 행위는 운영위원회 및 기획예산위원회위원장이 행하거나 운영위원회 및 기획예산위원회위원장에 대하여 행하여진 절차·처분 기타의 행위로 본다.
제3조 (경영평가위원회의 의결사항에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 경영평가위원회가 의결한 사항은 운영위원회가 의결한 것으로 본다.
제4조 (투자기관의 기존임원에 대한 특례) ①이 법 시행당시의 투자기관의 사장과 감사는 이 법에 의하여 선임된 것으로 보되, 그 임기는 선임당시의 법령 및 정관에 따른 잔여임기 종료시에 만료된다. 다만, 이 법 시행당시 경영혁신실적이 저조하다고 인정되는 투자기관의 사장에 대하여는 기획예산위원회위원장이 대통령에게 그 해임을 건의할 수 있다.
②이 법 시행당시의 투자기관의 이사는 이 법 시행과 동시에 그 임기가 종료된다. 다만, 새로운 이사가 임명될 때까지 그 직무를 수행한다.
③주무부장관과 기획예산위원회위원장은 이 법 시행후 2월이내에 제13조의2의 개정규정에 의하여 새로이 이사를 임명하여야 한다. 이 경우 상임이사의 수는 주무부장관이, 비상임이사의 수는 기획예산위원회위원장이 제9조제2항 및 제11조제3항의 개정규정에서 정하는 범위안에서 각 투자기관의 사정을 고려하여 결정하되, 주무부장관과 기획예산위원회위원장은 서로 협의하여야 한다.
④투자기관은 이 법 시행후 3월이내에 제1항의 규정에 의한 사장과 계약을 체결하여야 한다. 이 경우 이사회가 작성하여 주무부장관의 승인을 얻은 계약안에 의하되, 비상임이사중 호선에 의하여 선출된 자가 투자기관을 대표하여 계약서에 서명한다.
⑤기획예산위원회위원장은 제3항의 규정에 의하여 비상임이사를 임명함에 있어서 제12조제1항의 규정에 불구하고 임기 1년·2년 및 3년의 비상임이사를 동수로 임명하여야 한다. 이 경우 비상임이사의 수가 3의 배수가 아닌 경우 3의 배수를 제외한 인원이 2인인 때에는 이를 임기 2년의 비상임이사와 임기 3년의 비상임이사 각 1인의 정원으로 하고, 3의 배수를 제외한 인원이 1인인 때에는 임기 3년의 비상임이사의 정원으로 한다.
제5조 (집행간부에 대한 특례) 이 법 시행당시의 투자기관의 집행간부는 당해 투자기관의 직원으로 본다.
제6조 (정관의 변경) 각 투자기관은 이 법 시행후 3월이내에 이 법에 따라 정관을 변경하여 주무부장관의 인가를 받아야 한다.
제7조 (경영목표 및 예산에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 경영목표 및 예산은 이 법에 의하여 설정된 것으로 본다.

부 칙[1999.5.24 제5982호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑥생략
⑦정부투자기관관리기본법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항중 "기획예산위원회"를 "기획예산처"로 하고, 동조제3항제4호를 삭제한다.
제4조제3항제1호·제4항·제6항, 제5조제2항·제4항, 제6조제1항, 제7조제1항 내지 제5항, 제13조의2제2항·제3항, 제21조, 제22조제4항, 제24조제2항 및 제26조의2제1항제6호중 "기획예산위원회위원장"을 각각 "기획예산처장관"으로 한다.
⑧ 내지 <78>생략
제4조 내지 제5조 생략

부 칙[2000.1.12 제6136호(한국교육방송공사법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 2월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략
제7조 (다른 법률의 개정) ① 내지③생략
④정부투자기관관리기본법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제2항중 "한국방송공사법에 의한 한국방송공사"를 "방송법에 의한 한국방송공사, 한국교육방송공사법에 의한 한국교육방송공사"로 한다.

부 칙[2000.1.28 제6256호(수산업협동조합법)]
제1조 (시행일) ①이 법은 2000년 7월 1일부터 시행한다.
②생략
제2조 내지 제11조 생략
제12조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ③생략
④정부투자기관관리기본법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제2항중 "은행법 제2조"를 "은행법 제2조 및 제5조"로 한다.
제13조 및 제14조 생략

부칙 [2006.10.4 제8049호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.1.19 제8258호(공공기관의 운영에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 4월 1일부터 시행한다. 다만, 제9조의 규정에 따른 운영위원회의 구성과 이 법 시행 후 최초로 이 법의 적용을 받을 공기업·준정부기관과 기타공공기관의 지정에 필요한 행위는 이 법 시행 전에 할 수 있다.
제2조(다른 법률의 폐지) 다음 각 호의 법률은 이를 각각 폐지한다.
1. 「정부투자기관 관리기본법」
2. 생략
제3조 내지 제5조 생략