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제3조(적용범위)
이 법은 기초과학연구의 진흥에 관하여 다른 법률에 우선한다.

부칙
이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [90·12·27]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제10조 생략

부칙 [93·3·6]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제5조 생략

부칙 [95·1·5]
이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [97·12·13]
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]

부칙 [99·1·29]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제11조 생략

부칙 [2000·1·28]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략

부칙 [2001·1·16]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략

부칙 [2001.5.24. 법률 제6472호]
제1조(시행일) 이 법은 2001년 7월 17일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [2004.9.23. 법률 제7219호(과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ③ 생략
④기초과학연구진흥법중 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항제4호중 “정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”로 한다.
⑤ 내지 [20] 생략

부칙 [2005.3.31. 제7424호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (경과조치) ①이 법 시행 전에 「민법」제32조의 규정에 따라 설립된 사단법인 한국과학기술한림원(이하 "종전의 한림원"이라 한다)은 「민법」중 법인의 해산 및 청산에 관한 규정에 불구하고 이 법 시행일에 해산된 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 한림원에 속하던 모든 재산과 권리 · 의무는 이 법에 따른 한림원이 포괄승계한다.
③이 법 시행 당시 등기부 그 밖의 공부에 표시된 종전의 한림원의 명의는 이 법에 따른 한림원의 명의로 본다.
④제2항의 규정에 따라 이 법에 따른 한림원에 포괄승계되는 재산의 가액은 이 법 시행일 전일의 장부가액으로 한다.
⑤이 법 시행 전에 종전의 한림원이 행한 행위 또는 종전의 한림원에 대하여 행하여진 행위는 이 법에 따른 한림원이 행하였거나 이 법에 따른 한림원에 대하여 행하여진 행위로 본다.
⑥이 법 시행 당시 종전의 한림원의 회원 및 직원은 각각 이 법에 따른 한림원의 회원 및 직원으로 본다. 이 경우 그 회원의 임기 및 직원의 고용기간은 종전의 한림원에서 선출되거나 고용된 날부터 기산한다.
⑦이 법 시행 당시 종전의 한림원에서 선출되어 재직 중인 이사 등 임원은 이 법에 따른 한림원의 임원으로 선출된 것으로 본다. 이 경우 그 임기는 종전의 한림원에서 선출되어 임기가 시작된 날부터 기산한다.

부칙 [2008.2.29제8852호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <127> 까지 생략
<128> 기초과학연구 진흥법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제3항제6호 중 "과학기술부장관"을 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제16조제2항 중 "과학기술처장관"을 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제18조제2항부터 제4항까지 중 "과학기술부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 한다.
<129> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략