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제22조(검사명령)
① 식품의약품안전처장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 영업자에게 「식품·의약품분야 시험·검사 등에 관한 법률」에서 정한 검사기관에서 검사를 받을 것을 명할 수 있다. 다만, 검사로써 위해성분을 확인할 수 없다고 식품의약품안전처장이 인정하는 경우에는 관계 자료 제출 등으로 갈음할 수 있다.
1. 국내외에서 식품의약품안전처장이 정하는 유해물질이 검출된 수입식품등
2. 제21조에 따른 수입검사 또는 제25조에 따른 출입·검사·수거 결과 부적합이 반복적으로 발생하는 수입식품등
3. 그 밖에 국내외에서 위해발생의 우려가 제기된 수입식품등
② 제1항에 따른 검사명령 대상 수입식품등의 범위, 제출 자료 등 세부사항은 식품의약품안전처장이 정하여 고시한다.

부 칙[2015.2.3 제13201호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(영업 등에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 전에 「식품위생법」, 「건강기능식품에 관한 법률」, 「축산물 위생관리법」에 따라 수입 관련 영업 인·허가를 받은 자와 우수수입업소 및 수입식품등 사전확인등록업소로 등록된 자는 이 법에 따른 영업자와 우수수입업소 및 해외우수제조업소로 등록된 것으로 본다.
② 이 법 시행 전에 수입신고 절차가 진행 중인 사항은 이 법에 따른 절차로 본다.
제3조(축산물의 수입위생평가 등에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 전에 「축산물 위생관리법」, 「가축전염병 예방법」에 따라 수입이 허용된 국가 또는 지역의 축산물은 이 법에 따라 수입이 허용된 것으로 본다.
② 이 법 시행 전에 「가축전염병 예방법」에 따라 승인된 수출축산물을 생산하는 작업장과 「축산물 위생관리법」에 따라 이미 수입된 이력이 있는 축산물의 해외작업장은 이 법 제12조에 따라 해외작업장으로 등록된 것으로 본다.
③ 이 법 시행 전에 「가축전염병 예방법」에 따라 운용 중인 수입위생조건과 수출검역증명서는 이 법에 따른 것으로 본다. 다만, 식품의약품안전처장이 필요하다고 판단하는 경우 농림축산식품부장관과 협의하여 수입위생조건 또는 수출검역증명서를 개정하거나 이 법에 따른 별도의 수입위생요건의 고시 또는 별도의 위생증명서 발급을 요구할 수 있다.
④ 이 법 시행 전에 수입위생평가 등의 절차가 진행 중인 사항은 이 법에 따른 절차로 본다.
제4조(금치산자에 대한 경과조치) 제15조제7항제5호(제16조제4항에 따라 준용되는 경우를 포함한다)에 따른 피성년후견인에는 법률 제10429호 민법 일부개정법률 부칙 제2조에 따라 금치산 선고의 효력이 유지되는 사람이 포함되는 것으로 본다.
제5조(포상금 지급에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 「건강기능식품에 관한 법률」 제40조에 따라 같은 법 제6조제1항을 위반한 자를 행정관청이나 수사기관에 신고하거나 고발한 자에게는 종전의 규정에 따라 포상금을 지급할 수 있다.
제6조(고시·처분·명령·지정 및 계속 중인 행위에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 「식품위생법」, 「건강기능식품에 관한 법률」, 「축산물 위생관리법」에 따라 행한 고시·처분·명령·지정, 그 밖의 행정기관의 행위 또는 각종 신청·신고, 그 밖의 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 따른 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제7조(벌칙 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 「식품위생법」, 「건강기능식품에 관한 법률」, 「축산물 위생관리법」을 위반한 행위에 대한 벌칙 또는 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 따른다.
제8조(다른 법률의 개정) ① 건강기능식품에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제6호 중 "건강기능식품을 제조·수입하는 단계"를 "건강기능식품을 제조하는 단계"로 한다.
제4조제1항제2호를 삭제한다.
제6조제1항을 삭제하고, 같은 조 제3항 중 "제1항과 제2항"을 "제2항"으로 하며, 같은 조 제4항 중 "제1항부터 제3항까지"를 "제2항 및 제3항"으로 한다.
제8조를 삭제한다.
제9조제2항 각 호 외의 부분 중 "제6조제1항 및 제2항"을 "제6조제2항"으로 한다.
제14조제2항 중 "제5조제1항 또는 제6조제1항에 따른 영업자"를 "제5조제1항에 따른 영업자 또는 「수입식품안전관리 특별법」 제15조제1항에 따라 등록한 수입식품등 수입·판매업자"로 한다.
제15조제2항 중 "제5조제1항 또는 제6조제1항에 따른 영업자"를 "제5조제1항에 따른 영업자 또는 「수입식품안전관리 특별법」 제15조제1항에 따라 등록한 수입식품등 수입·판매업자"로 한다.
제22조의2제1항 본문, 같은 조 제2항, 같은 조 제5항 본문 및 단서 중 "제조·수입"을 각각 "제조"로 한다.
제23조제6호 중 "금지된 것 또는 제8조"를 "금지된 것 또는 「수입식품안전관리 특별법」 제20조제1항"으로 한다.
제24조제1항 중 "영업자"를 "영업자(「수입식품안전관리 특별법」 제15조에 따라 등록한 수입식품등 수입·판매업자를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)"로 한다.
제25조 중 "영업자"를 "영업자(「수입식품안전관리 특별법」 제15조에 따라 등록한 수입식품등 수입·판매업자를 포함한다)"로 한다.
제30조제1항 중 "영업자가"를 "영업자(「수입식품안전관리 특별법」 제15조에 따라 등록한 수입식품등 수입·판매업자를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가"로 한다.
제32조제1항제1호 중 "제7조제1항 전단, 제8조제1항"을 "제7조제1항 전단"으로 한다.
제35조제1항 각 호 외의 부분 중 "제6조제1항 및 제2항"을 "제6조제2항"으로 한다.
제38조제1항제7호 중 "규정"을 "규정(이 경우 영업자에는 「수입식품안전관리 특별법」 제15조에 따라 등록한 수입식품등 수입·판매업자를 포함하고, 건강기능식품에는 같은 법에 따라 수입한 건강기능식품을 포함한다)"으로 한다.
제40조제1항 중 "제6조제1항·제2항"을 "제6조제2항"으로 한다.
제42조제2호 중 "제6조제1항부터 제3항까지"를 "제6조제2항 및 제3항"으로 하고, 같은 조 제4호를 삭제한다.
제44조제1호 중 "제6조제1항 또는 제2항"을 "제6조제2항"으로 한다.
② 식품위생법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제9호 중 "채취·제조·수입·가공·조리"를 "채취·제조·가공·조리"로, "제조·수입·운반·판매"를 "제조·운반·판매"로 한다.
제2조제13호 중 "제조·수입·가공단계"를 "제조·가공단계"로 한다.
제4조제6호 중 "금지된 것 또는 제19조제1항"을 "금지된 것 또는 「수입식품안전관리 특별법」 제20조제1항"으로 한다.
제19조, 제19조의2 및 제19조의3을 각각 삭제한다.
제19조의4제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "채취·제조·수입·가공·사용·조리·저장·소분·운반"을 "채취·제조·가공·사용·조리·저장·소분·운반"으로 하고, 같은 항 제2호를 삭제한다.
제20조를 삭제한다.
제21조제2항 본문 중 "위해평가 또는 제19조제2항"을 "위해평가 또는 「수입식품안전관리 특별법」 제21조제1항"으로 한다.
제22조의2를 삭제한다.
제23조제1항 중 "제19조 또는 제22조"를 "제22조, 「수입식품안전관리 특별법」 제21조 또는 제25조"로 한다.
제44조제5항을 삭제한다.
제45조제1항 전단 중 "영업자"를 "영업자(「수입식품안전관리 특별법」 제15조에 따라 등록한 수입식품등 수입·판매업자를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)"로 하고, 같은 항 후단에 단서를 다음과 같이 신설한다.
다만, 해당 식품등이 「수입식품안전관리 특별법」에 따라 수입한 식품등이고, 보고의무자가 해당 식품등을 수입한 자인 경우에는 식품의약품안전처장에게 보고하여야 한다.
제49조제1항 본문 중 "식품을 제조·수입·가공"을 "식품을 제조·가공"으로 하고, 같은 항 단서 중 "영유아식 제조·수입·가공업자"를 "영유아식 제조·가공업자"로 하며, 같은 조 제2항, 같은 조 제5항 본문 및 단서 중 "제조·수입·가공"을 각각 "제조·가공"으로 한다.
제72조제1항 중 "영업을 하는 자"를 "영업자(「수입식품안전관리 특별법」 제15조에 따라 등록한 수입식품등 수입·판매업자를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)"로 한다.
제75조제1항제4호 및 제4호의2를 각각 삭제한다.
제81조제1호를 삭제한다.
제92조제3호 및 제3호의2를 각각 삭제한다.
제95조제1호 중 "제9조제4항(제88조에서 준용하는 경우를 포함한다), 제13조제1항제2호부터 제5호까지의 규정 또는 제19조제1항"을 "제9조제4항(제88조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제13조제1항제2호부터 제5호까지의 규정"으로 한다.
제97조제2호 중 "제19조제2항, 제22조제1항"을 "제22조제1항"으로 하고, 같은 조 제3호를 삭제한다.
제101조제2항제1호의2를 삭제한다.
③ 축산물 위생관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조의3제1항 중 "제12조, 제15조제2항 및 제19조"를 "제12조, 제19조, 「수입식품안전관리 특별법」 제21조 또는 제25조"로 한다.
제15조를 삭제한다.
제18조 중 "영업자 또는 판매를 목적으로 하거나 영업에 사용할 목적으로 축산물을 수입한 자는 제11조·제12조 또는 제15조"를 "영업자는 제11조 또는 제12조"로 한다.
제24조제1항 단서를 삭제한다.
제27조제1항제1호 중 "제14조제2항, 제15조제1항·제3항, 제16조"를 "제14조제2항, 제16조"로 한다.
제31조의2제2항에 단서를 다음과 같이 신설한다.
다만, 해당 축산물이 「수입식품안전관리 특별법」에 따라 수입한 축산물이고, 보고의무자가 해당 축산물을 수입한 자인 경우에는 식품의약품안전처장에게 보고하여야 한다.
제33조제1항제5호 중 "금지된 것을 수입하거나 제15조제1항"을 "금지된 것을 수입하거나 「수입식품안전관리 특별법」 제20조제1항"으로 한다.
제36조제1항제4호를 삭제한다.
제41조제9호 및 제10호를 각각 삭제한다.
제45조제4항제6호 및 제6호의2를 각각 삭제하고, 같은 조 제6항제5호 중 "제15조제2항, 제19조제1항·제2항"을 "제19조제1항·제2항"으로 한다.
제9조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 이 법 제정 전의 「식품위생법」, 「건강기능식품에 관한 법률」 또는 「축산물 위생관리법」의 규정을 인용한 경우에 이 법 중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 법 제정 전의 「식품위생법」, 「건강기능식품에 관한 법률」 또는 「축산물 위생관리법」 규정을 갈음하여 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2016.12.27 제14476호(지방세징수법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 <28>까지 생략
<29> 수입식품안전관리 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제2항제3호 중 "「지방세기본법」"을 "「지방세징수법」"으로 한다.
<30>부터 <65>까지 생략
제5조 생략

부 칙[2016.12.27 제14478호(가축 및 축산물 이력관리에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, ㆍㆍㆍ<생략>ㆍㆍㆍ 부칙 제3조는 공포 후 2년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) 수입식품안전관리 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제1항 본문 중 "수입 쇠고기는"을 "수입 쇠고기 및 수입 돼지고기는"으로 한다.

부 칙[2018.3.13 제15482호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(행정처분 및 과징금의 부과·징수에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 수입식품등의 표시 또는 광고와 관련된 위반행위에 대한 행정처분 및 과징금의 부과·징수에 관하여는 종전의 규정에 따른다.
제3조(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 수입식품등의 표시 또는 광고와 관련된 행위에 대한 벌칙의 적용에 관하여는 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2018.12.11 제15940호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제10조의2, 제17조 및 제46조제1항제1호의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(특별위생관리식품의 수입위생평가 등에 관한 경과조치) ① 제10조의2의 개정규정 시행 전에 수입하고 있는 특별위생관리식품에 대하여는 같은 조 제1항의 개정규정에 따른 수입위생평가가 적합한 것으로 본다.
② 제10조의2의 개정규정 시행 전에 제5조에 따라 등록한 특별위생관리식품에 관한 해외제조업소는 제10조의2제3항의 개정규정에 따라 수출국 정부를 통하여 식품의약품안전처장에게 등록한 것으로 본다.

부 칙[2018.12.31 제16101호(부가가치세법)]
제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 수입식품안전관리 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제4항 전단 중 "「부가가치세법」 제8조제6항"을 "「부가가치세법」 제8조제7항"으로 한다.
⑦부터 ⑭까지 생략

부 칙[2019.4.23 제16401호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제13조제1항제3호의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2019.12.3 제16716호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(해외제조업소 및 해외작업장에 대한 정보 공개에 관한 적용례) 제6조제4항 및 제13조제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수입중단 조치 또는 수입중단 해제조치를 받은 해외제조업소 또는 해외작업장부터 적용한다.

부 칙[2020.4.7 제17245호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제6조의2(같은 조 제4항의 개정규정은 제외한다), 제8조, 제9조제1항, 제21조제3항제2호 및 제41조의 개정규정은 2021년 7월 1일부터 시행하고, 제6조의2제4항의 개정규정은 2021년 10월 1일부터 시행한다.
제2조(총리령으로 정하는 수입식품등의 수입에 관한 적용례) 제6조의2제4항의 개정규정은 같은 개정규정 시행 후 선적(해당 수출국에서 출발하는 선박이나 그 밖의 운송수단에 싣는 것을 말한다)하는 수입식품등부터 적용한다.
제3조(해외우수제조업소에 관한 경과조치) 2021년 7월 1일 전에 종전의 규정에 따라 등록된 해외우수제조업소에 관하여는 제8조, 제9조제1항, 제21조제3항제2호 및 제41조의 개정규정에도 불구하고 그 등록의 유효기간이 만료될 때까지 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2020.12.22 제17653호(부가가치세법)]
제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제13조까지 생략
제14조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑥까지 생략
⑦ 수입식품안전관리 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제4항 전단 중 "「부가가치세법」 제8조제7항"을 "「부가가치세법」 제8조제8항"으로 한다.
⑧부터 ⑬까지 생략

부 칙[2020.12.29 제17807호]
이 법은 2021년 7월 1일부터 시행한다.