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제47조(심판의 방법 등)
① 심판위원회의 위원장은 제46조제1항 또는 제2항에 따른 심판이 청구되면 제49조에 따라 심판하게 한다.
② 심판위원은 직무상 독립하여 심판한다.

부칙
제1조 (시행일) 이 법은 1999년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 폐지) 농산물검사법은 이를 폐지한다.
제3조 (농수산물의 표준규격 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 농수산물가공산업육성및품질관리에관한법률 제12조제1항의 규정에 의하여 정하여진 표준출하규격은 제4조제1항의 규정에 의한 표준규격으로 본다.
②이 법 시행당시 종전의 농수산물가공산업육성및품질관리에관한법률 제13조의 규정에 의하여 품질인증을 받은 농수산물은 제5조제1항의 규정에 의하여 품질인증을 받은 것으로 본다.
③이 법 시행당시 종전의 농수산물가공산업육성및품질관리에관한법률 제15조의 규정에 의하여 표시변경 등의 처분을 받은 자는 제11조의 규정에 의하여 표시변경 등의 처분을 받은 것으로 본다.
④이 법 시행당시 종전의 농수산물가공산업육성및품질관리에관한법률 제17조제1항의 규정에 의한 원산지의 표시품목은 제15조제1항의 규정에 의한 원산지의 표시품목으로 본다.
제4조 (검사 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 농산물검사법에 의하여 검사를 받은 농산물은 이 법에 의하여 검사를 받은 것으로 본다.
②이 법 시행당시 종전의 농산물검사법 제9조의 규정에 의한 검사공무원은 제20조의 규정에 의한 검사원의 자격이 있는 것으로 본다.
③이 법 시행당시 종전의 농산물검사법 제13조의 규정에 의하여 표시받은 검사결과 또는 교부받은 검사증명서는 제21조의 규정에 의하여 표시받거나 교부받은 것으로 본다.
제5조 (일반적 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 농산물검사법 및 종전의 농수산물가공산업육성및품질관리에관한법률 의 규정에 의하여 행정기관이 행한 처분 그밖의 행정기관의 행위 또는 각종 신청 그밖의 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제6조 (벌칙 및 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 종전의 농산물검사법 및 종전의 농수산물가공산업육성및품질관리에관한법률 의 규정에 의한다.
제7조 (다른 법률의 개정) ①농수산물가공산업육성및품질관리에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제명 "농수산물가공산업육성및품질관리에관한법률"을 "농수산물가공산업육성법"으로 한다.
제1조중 "농수산물의 적정한 품질관리를 통하여"를 "농수산물의"로 한다.
제2조제6호를 삭제하고, 동조제7호중 "농수산물 또는 농수산물을 원료로 하여"를 "농수산물을 원료로 하여"로 하며, 동조제8호를 삭제한다.
제4조의 제목 "(농수산물가공산업육성및품질관리심의회 )"를 "(농수산물가공산업육성심의회)"로 하고, 동조제1항중 "농수산물가공산업육성및품질관리"를 "농수산물가공산업육성"으로, "농산물가공산업육성및품질관리심의회"를 "농산물가공산업육성심의회"로, "수산물가공산업육성및품질관리심의회"를 "수산물가공산업육성심의회"로 하며, 동조제2항 본문중 "각 심의회"를 "심의회"로 하고, 동항제1호중 "산지가공지원대상자의 지정, 전통식품의 품목지정"을 "전통식품의 품목지정"으로 하며, 동항제2호·제3호 및 제5호를 각각 삭제하고, 동항제6호중 "농수산식품"을 "농수산물가공품"으로 한다.
제5조제2항을 삭제하고, 동조제3항을 다음과 같이 하며, 동조제4항 본문중 "산지가공 지원대상자로 지정된 자"를 "제1항의 규정에 의한 자금지원의 대상자"로 한다.
③제1항의 규정에 의한 자금지원의 대상자가 가공품생산을 위한 공장을 설치하고자 하는 경우에는 농림부령 또는 해양수산부령이 정하는 바에 의하여 해당 공장설치 지역을 관할하는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장에 한한다. 이하 같다)에게 사업계획서를 제출하여 승인을 얻어야 한다.
제6조제4항·제8조 및 제9조를 각각 삭제한다.
제3장의 제목중 "농수산물"을 "농수산물가공품"으로 한다.
제12조를 삭제한다.
제13조제5항 단서중 "농림부장관 또는 해양수산부장관의 승인을 얻어"를 "농림부령 또는 해양수산부령이 정하는 바에 의하여"로 하고, 동조제6항 내지 제8항을 각각 삭제한다.
제14조·제15조 및 제15조의2를 각각 삭제한다.
제16조의 제목중 "규격품"을 "인증표시가 된 특산물등"으로 하고, 동조중 "농수산물 또는 가공품"을 "농수산물가공품"으로, "표준출하규격이 표시된 농수산물 또는 인증표시가 된 특산물등"을 "품질인증표시가 된 특산물등"으로 한다.
제17조·제17조의2·제17조의3 및 제18조를 각각 삭제한다.
제19조제1항중 "농수산물가공기술등의 보급과 농수산물 및 가공품의 품질관리 또는 표준규격화의 촉진을 위하여"를 "농수산물가공기술 등의 보급과 가공품의 품질관리를 위하여"로 한다.
제22조·제23조제2호 내지 제4호 및 제24조를 각각 삭제한다.
제25조중 "제22조 및 제23조 또는 제24조"를 "제23조"로 한다.
제26조를 삭제한다.
②사법경찰관리의직무를행할자와그직무범위 에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제5조제30호 및 제6조제25호중 "농수산물가공산업육성및품질관리에관한법 률"을 각각 "농수산물품질관리법"으로 한다.
③인삼산업법중 다음과 같이 개정한다.
제18조중 "농수산물가공산업육성및품질관리에관한법률"을 "농수산물품질관리법"으로 한다.
제8조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 농산물검사법 또는농수산물가공산업육성및품질관리에관한 법률이나 그 규정을 인용하고 있는 경우 이 법에 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2000·1·21]
이 법은 2001년 3월 1일부터 시행한다.

부칙 [2001·1·26 법률 제6378호]
제1조 (시행일) 이 법은 2001년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략

부칙 [2001·1·29]
제1조 (시행일) 이 법은 2001년 9월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략

부칙 [2002.1.14]
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②(과태료에 대한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 과태료의 적용에 있어서는 종전의규정에 의한다.

부칙 [2002.12.26]
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다
②(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 제17조의 규정을 위반한 자에 대하여는 종전의 벌칙을 적용한다.

부칙 [2005.8.4 제7675호]
이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2006.9.27 제7996호(친환경농업육성법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략
제7조(다른 법률의 개정) 농산물품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항중 "농산물(「친환경농업육성법」 제16조제1항의 규정에 의한 친환경농산물중 일반친환경농산물이 아닌 친환경농산물을 제외한다)"을 "농산물(「친환경농업육성법」 제16조제1항의 규정에 따른 친환경농산물을 제외한다)"로 한다.

부칙 [2006.12.28 제8103호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <293> 까지 생략
<294> 농산물품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제4항제1호 중 "과학기술부·산업자원부·보건복지부·환경부·농촌진흥청·산림청·특허청·식품의약품안전청"을 "지식경제부·보건복지가족부·환경부·특허청·식품의약품안전청·산림청"으로, "농림부"를 "농림수산식품부"로 한다.
제2조제2호, 제4조제3항, 제5조제2항·제3항, 제6조 단서, 제7조제3항, 제8조제2항·제3항 본문 및 단서, 제12조제1항 각 호 외의 부분·제2항, 제14조제1항 각 호 외의 부분, 제19조제2항, 제21조, 제23조제1호, 제26조제3항, 제27조제3항, 제29조제3항 및 제31조제1항제3호 중 "농림부령"을 각각 "농림수산식품부령"으로 한다.
제3조제1항 및 제4항제1호·제3호·제4호, 제7조의2제1항부터 제3항까지·제6항, 제7조의3제1항 각 호 외의 부분 및 제3호·제2항·제4항 각 호 외의 부분 본문, 제7조의4제1항 전단 및 후단·제2항·제3항 각 호 외의 부분 본문·제4항, 제7조의5제1항 본문 및 단서·제2항·제3항·제6항, 제12조제1항 각 호 외의 부분, 제13조제1항, 제14조제1항 각 호 외의 부분·제3항·제4항, 제18조제1항 본문·제2항 본문, 제18조의2제1항 각 호 외의 부분·제2항, 제28조의2제1항·제3항, 제29조의2, 제29조의4제1항, 제29조의6제1항 각 호 외의 부분, 제29조의7 및 제38조제2항 각 호 외의 부분 본문 중 "농림부장관"을 각각 "농림수산식품부장관"으로 한다.
제4조제1항, 제5조제1항·제2항, 제7조제1항·제2항·제4항 각 호 외의 부분, 제8조제1항·제2항, 제10조제1항 각 호 외의 부분, 제11조, 제12조제2항, 제15조제1항, 제16조제1항, 제19조제1항, 제20조제1항, 제24조 각 호 외의 부분, 제25조제1항, 제26조제1항·제2항·제4항 각 호 외의 부분, 제27조제1항·제2항, 제29조제1항·제2항, 제30조, 제31조제1항 각 호 외의 부분·제2항, 제33조 각 호 외의 부분 및 제34조제1항·제2항 중 "농림부장관"을 각각 "농림수산식품부장관"으로 한다.
제7조의2제3항·제4항·제5항 단서, 제7조의3제1항 각 호 외의 부분·제5항,제7조의4제1항 전단·제5항, 제7조의5제1항 본문·제4항 본문·제5항 단서·제7항, 제28조의2제2항·제4항, 제29조의3제3호 및 제32조 각 호 외의 부분 본문·단서 중 "농림부령"을 각각 "농림수산식품부령"으로 한다.
<295> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.6.13 제9117호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제15조의2제2항의 개정규정 중 쌀은 2008년 6월 22일부터, 같은 조 제1항의 개정규정 중 쇠고기를 제외한 축산물과 같은 조 제2항의 개정규정 중 김치류는 2008년 12월 22일부터 각각 시행한다.

부 칙[2009.2.6 제9432호(식품위생법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑤ 까지 생략
⑥ 농산물품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제 15조의2제1항 중 “「식품위생법」 제21조제1항제3호”를 “「식품위생법」 제36조제1항제3호”로, “같은 법 제69조”를 “같 은 법 제88조”로 하고, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분 중 “「식품위생법」 제21조제1항제3호”를 “「식품위생법」 제36조제 1항제3호”로 한다.
⑦ 부터 <30> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.5.8 제9667호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(적용례) 제15조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 통신판매를 개시하는 것부터 적용한다.

부 칙[2009.6.9 제9759호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(지리적표시 등록에 관한 적용례) 제8조제3항의 개정규정은 이 법 시행 이후 최초로 지리적표시의 등록신청을 하는 것부터 적용한다.
제3조(농산물이력추적관리 등록 유효기간에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 농산물이력추적관리 등록의 유효기간을 연장받은 자는 제7조의5제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제4조(우수농산물관리인증 등에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 제7조의2부터 제7조의4까지의 규정에 따라 우수농산물관리인증, 우수농산물인증기관의 지정, 우수농산물관리시설의 지정을 받은 자는 제5조ㆍ제6조ㆍ제7조의 개정규정에 따라 우수관리인증, 인증기관의 지정, 우수관리시설의 지정을 받은 것으로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 제7조의4에 따라 우수농산물인증기관으로 지정받은 기관은 제6조제3항의 개정규정에 따라 이 법 시행일부터 5년간 인증기관으로 지정받은 것으로 본다.
③ 이 법 시행 당시 종전의 제7조의3에 따라 우수농산물관리시설로 지정받은 시설은 제7조제4항의 개정규정에 따라 이 법 시행일부터 5년간 농산물우수관리시설로 지정받은 것으로 본다.
④ 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지리적표시를 한 자는 제8조의 개정규정에 따른 지리적표시의 등록을 한 것으로 본다. 다만, 등록된 지리적표시가 제8조제7항의 개정규정에 따른 등록거절 사유에 해당되면 제8조의4 및 제8조의5의 개정규정에 따른 권리침해의 금지청구권 및 손해배상청구권이 발생하지 아니한다.
제5조(벌칙 및 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 따른다.
제6조(다른 법률의 개정) ① 농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제38조의2제1항 중 “「농산물품질관리법」 제12조”를 “「농산물품질관리법」 제12조의2”로 한다.
② 식품산업진흥법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제33조제1항제3호를 삭제하고, 같은 항 제4호를 다음과 같이 한다.
4. 「농산물품질관리법」 제5조제2항에 따라 농산물우수관리인증을 받은 농산물
③ 인삼산업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조를 삭제한다.
④ 학교급식법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제1항제4호 중 “「농산물품질관리법」 제5조 또는 「수산물품질관리법」 제6조의 규정”을 “「수산물품질관리법」 제6조”로 한다.
제7조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령(이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법령을 포함한다)에서 종전의 「농산물품질관리법」의 규정을 인용한 경우에 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2010.1.18 제9932호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 2개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 부터 <38> 까지 생략
<39> 농산물품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제4항제1호 중 “보건복지가족부”를 “보건복지부”로 한다.
<40> 부터 <137> 까지 생략
제5조 생략

부 칙[2010.2.4 제10022호(농수산물의 원산지 표시에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 농산물품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제10호를 다음과 같이 한다.
10. “원산지”란 「농수산물의 원산지 표시에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 원산지를 말한다.
제2조제11호를 삭제한다.
제3조의2제6호를 다음과 같이 한다.
6. 지리적표시, 유전자변형농산물 표시 및 「농수산물의 원산지 표시에 관한 법률」에 따른 원산지 표시에 관한 사항
제3장의 장 번호 및 제목을 다음과 같이 한다.
제3장 유전자변형농산물의 표시
제15조, 제15조의2 및 제15조의3을 각각 삭제한다.
제17조제1항 각 호 외의 부분 중 “제15조제1항 및 제16조제1항의 규정에 의하여 원산지의 표시를 하도록 한 농산물 또는 그 가공품을 판매하거나 가공하는 자 또는 유전자변형농산물”을 “제16조제1항에 따른 유전자변형농산물”로 하고, 같은 항 제1호 및 제2호 중 “원산지 또는 유전자변형농산물”을 각각 “유전자변형농산물”로 하며, 같은 항 제3호를 삭제한다.
제17조제2항 및 제3항을 각각 삭제한다.
제18조의 제목 “(원산지의 표시 등의 조사)”를 “(유전자변형농산물의 표시 등의 조사)”로 하고, 같은 조 제1항을 삭제하며, 같은 조 제3항 중 “제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 수거 또는 조사를 하는 때에는 원산지의 표시대상농산물이나 그 가공품을 판매하거나 가공하는 자, 축산물ㆍ쌀ㆍ김치류를 조리하여 판매ㆍ제공하는 자 또는 유전자변형농산물”을 “제2항에 따른 수거 또는 조사를 하는 때에는 유전자변형농산물”로 하고, 같은 조 제4항 중 “제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 원산지의 표시대상농산물이나 그 가공품, 축산물ㆍ쌀ㆍ김치류 또는 유전자변형농산물”을 “제2항에 따른 유전자변형농산물”로 한다.
제18조의2의 제목 “(원산지표시 등의 위반에 대한 처분 등)”을 “(유전자변형농산물의 표시 위반에 대한 처분 등)”으로 하고, 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “제15조ㆍ제15조의2ㆍ제15조의3ㆍ제16조 및 제17조”를 “제16조 및 제17조”로 하며, 같은 항 각 호 외의 부분 단서를 삭제하고, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분 중 “농산물 또는 그 가공품 및 유전자변형농산물 등의 원산지 등을 거짓으로”를 “유전자변형농산물을 거짓으로”로 하며, 같은 항 제1호부터 제4호까지를 각각 삭제한다.
제18조의3을 삭제한다.
제28조의2제1항 중 “안전성조사, 원산지표시”를 “안전성조사”로 한다.
제30조 중 “제15조ㆍ제15조의2ㆍ제16조”를 “제16조”로 한다.
제34조의3 중 “제17조제1항 또는 제3항의 규정”을 “제17조제1항”으로 한다.
제35조제4호를 삭제한다.
제38조제1항제3호 중 “제15조제2항, 제15조의2제1항ㆍ제2항, 제15조의3제1항 또는 제16조제2항의 규정을 위반하여 원산지등 또는 유전자변형농산물”을 “제16조제2항을 위반하여 유전자변형농산물”로 하고, 같은 항 제4호 중 “제15조제3항, 제15조의2제3항 또는 제16조제3항의 규정에 의한 원산지의 표시방법 또는 유전자변형농산물”을 “제16조제3항에 따른 유전자변형농산물”로 한다.
② 및 ③ 생략
제5조 생략

부 칙[2011.5.19 제10629호(지식재산 기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 2개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑥까지 생략
⑦ 농산물품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제9호 및 제8조의9제4항 중 “지적재산권”을 각각 “지식재산권”으로 한다.
⑧부터 <22>까지 생략

부 칙[2011.7.21 제10885호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 폐지) 수산물품질관리법은 폐지한다.
제3조(품질인증기관의 지정신청 제한에 관한 적용례) 제17조제3항 단서의 개정규정을 적용하는 경우 제18조제1항 각 호의 개정규정의 사유는 이 법 시행 후 최초로 발생한 사유부터 적용한다.
제4조(지리적표시 원부의 작성 등에 관한 특례) ① 부칙 제11조제2항에도 불구하고 농림수산식품부장관은 이 법 시행 전에 종전의 「농산물품질관리법」(이하 “종전의 법률”이라 한다) 또는 부칙 제2조에 따라 폐지되기 전의 「수산물품질관리법」(이하 “종전의 「수산물품질관리법」”이라 한다)에 따라 작성ㆍ관리한 지리적표시 원부(이하 “종전의 지리적표시 원부”라 한다)의 등록사항에 관하여 제33조제1항의 개정규정에 따른 사유가 발생한 때에는 제33조의 개정규정에 따라 종전의 등록사항을 옮겨 적어 지리적표시 원부를 새로 작성할 수 있다.
② 농림수산식품부장관은 제1항에 따라 지리적표시 원부를 새로 작성한 경우에는 종전의 지리적표시 원부를 폐쇄하여 제33조의 개정규정에 따른 지리적표시권 소멸 시의 지리적표시 원부의 관리 방법 및 절차에 준하여 별도로 관리하여야 한다.
제5조(처분 등에 관한 일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 법률 및 종전의 「수산물품질관리법」에 따라 행한 처분ㆍ절차나 그 밖의 행정기관의 행위와 행정기관에 대한 행위는 이 법 중 그에 해당하는 규정에 따른 처분ㆍ절차나 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제6조(표준규격에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 법률에 따른 표준규격 및 종전의 「수산물품질관리법」에 따른 표준규격은 제5조의 개정규정에 따른 표준규격으로 본다.
제7조(농산물우수관리인증 등에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 법률에 따라 농산물우수관리의 인증을 받은 자는 제6조의 개정규정에 따라 우수관리인증을 받은 것으로 본다. 이 경우 그 유효기간은 제7조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 법률에 따라 부여된 유효기간으로 한다.
② 이 법 시행 당시 종전의 법률에 따라 지정받은 농산물우수관리인증기관 및 농산물우수관리시설은 각각 제9조의 개정규정에 따라 지정받은 우수관리인증기관 및 제11조의 개정규정에 따라 지정받은 우수관리시설로 본다.
③ 이 법 시행 당시 법률 제9759호 농산물품질관리법 일부개정법률 부칙 제4조제2항에 따른 인증기관은 같은 항에 규정된 기간 동안 제9조의 개정규정에 따라 우수관리인증기관의 지정을 받은 것으로 본다.
④ 이 법 시행 당시 법률 제9759호 농산물품질관리법 일부개정법률 부칙 제4조제3항에 따른 농산물우수관리시설은 같은 항에 규정된 기간 동안 제11조의 개정규정에 따라 우수관리시설의 지정을 받은 것으로 본다.
제8조(수산물 등의 품질인증에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「수산물품질관리법」에 따라 품질인증을 받은 수산물 및 수산특산물은 제14조의 개정규정에 따라 품질인증을 받은 것으로 본다. 이 경우 그 유효기간은 제15조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 「수산물품질관리법」에 따라 부여된 유효기간으로 한다.
제9조(친환경수산물인증에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「수산물품질관리법」에 따라 친환경수산물인증을 받은 친환경수산물은 제21조의 개정규정에 따라 친환경수산물의 인증을 받은 것으로 본다. 이 경우 그 유효기간은 제22조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 「수산물품질관리법」에 따라 부여된 유효기간으로 한다.
제10조(이력추적관리에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 법률에 따라 이력추적관리의 등록을 한 농산물과 종전의 「수산물품질관리법」에 따라 수산물이력추적등록을 한 수산물은 제24조의 개정규정에 따라 이력추적관리의 등록을 한 것으로 본다. 이 경우 그 유효기간은 제25조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 법률 및 종전의 「수산물품질관리법」에 따라 부여된 유효기간으로 한다.
제11조(지리적표시에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 법률 또는 종전의 「수산물품질관리법」에 따라 지리적표시의 등록을 받은 자는 제32조의 개정규정에 따른 지리적표시의 등록을 받은 것으로 본다. 다만, 등록된 지리적표시가 제32조제9항의 개정규정에 따른 등록거절 사유에 해당되면 제36조의 개정규정에 따른 권리침해의 금지 청구권 및 제37조의 개정규정에 따른 손해배상청구권이 발생하지 아니한다.
② 종전의 지리적표시 원부는 제33조의 개정규정에 따른 지리적표시 원부로 본다.
③ 지리적표시에 관한 제32조에서 제55조까지의 개정규정은 이 법 또는 다른 법률에 특별한 규정이 없으면 이 법 시행 전에 청구되어 계속 중인 사건에도 적용한다. 다만, 종전의 법률에 따라 이미 효력이 발생한 사항에는 영향을 미치지 아니한다.
제12조(안전성검사기관에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 법률에 따라 지정받은 안전성검사기관은 제64조의 개정규정에 따라 지정받은 안전성검사기관으로 본다.
제13조(지정해역 등에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 「수산물품질관리법」에 따라 고시된 위생관리기준 및 위해요소중점관리기준은 각각 제69조 및 제70조에 따라 고시된 것으로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 「수산물품질관리법」에 따라 지정ㆍ고시된 지정해역은 제71조의 개정규정에 따라 지정ㆍ고시된 것으로 본다.
제14조(생산ㆍ가공시설등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「수산물품질관리법」에 따라 등록한 생산ㆍ가공시설등은 제74조의 개정규정에 따라 등록한 생산ㆍ가공시설등으로 본다.
제15조(검사 등에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 법률에 따라 검사 또는 재검사를 받은 농산물은 각각 제79조의 개정규정에 따른 검사 또는 제85조제1항의 개정규정에 따른 재검사를 받은 것으로 보고, 종전의 법률에 따라 이의신청을 한 경우에는 제85조제2항의 개정규정에 따라 이의신청을 한 것으로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 「수산물품질관리법」에 따라 검사 또는 재검사를 받은 수산물 및 수산가공품은 제88조의 개정규정에 따른 검사 또는 제96조의 개정규정에 따른 재검사를 받은 것으로 본다.
③ 이 법 시행 당시 종전의 법률 및 종전의 「수산물품질관리법」에 따른 검사결과의 표시 및 검사증명서는 각각 제84조ㆍ제93조 및 제94조의 개정규정에 따른 검사 결과의 표시 및 검사증명서로 본다.
제16조(검사기관 및 검정기관에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 법률에 따라 지정된 검사기관은 제80조의 개정규정에 따라 지정된 농산물검사기관으로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 「수산물품질관리법」에 따라 지정된 검사기관(안전성조사 업무를 수행하기 위하여 지정된 검사기관은 제외한다)은 제89조의 개정규정에 따라 지정된 수산물검사기관으로 본다.
③ 이 법 시행 당시 종전의 「수산물품질관리법」에 따라 지정된 검사기관 중 안전성조사 업무를 수행하기 위하여 지정된 검사기관은 제64조의 개정규정에 따라 지정된 안전성검사기관으로 본다.
④ 이 법 시행 당시 종전의 법률 또는 종전의 「수산물품질관리법」에 따라 지정된 검정기관은 제99조의 개정규정에 따라 지정된 검정기관으로 본다.
제17조(농산물검사관 및 수산물검사관에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 법률에 따른 검사원은 제82조의 개정규정에 따른 농산물검사관으로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 「수산물품질관리법」에 따른 검사관은 제91조의 개정규정에 따른 수산물검사관으로 본다.
③ 이 법 시행 전에 발생한 사유로 인하여 농산물검사관 및 수산물검사관의 자격이 취소(이 법 시행 전에 종전의 법률에 따라 검사원의 자격이 취소된 경우 및 종전의 「수산물품질관리법」에 따라 검사관의 자격이 취소된 경우를 포함한다)된 사람에 대한 농산물검사관 또는 수산물검사관 전형시험의 응시 또는 자격 취득 제한에 관하여는 각각 종전의 법률 및 종전의 「수산물품질관리법」에 따른다.
제18조(행정처분 및 벌칙 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 행정처분 또는 벌칙이나 과태료를 적용할 때에는 종전의 법률 및 종전의 「수산물품질관리법」에 따른다.
제19조(다른 법률의 개정) ① 법률 제10884호 김치산업 진흥법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제24조제1항 각 호를 다음과 같이 한다.
1. 「농수산물 품질관리법」 제6조에 따른 우수관리인증농산물
2. 「농수산물 품질관리법」 제14조제3항에 따른 품질인증품
3. 「농수산물 품질관리법」 제21조제2항에 따른 친환경수산물인증품
4. 「농수산물 품질관리법」 제32조에 따라 지리적표시의 등록을 받은 제품
5. 「친환경농업육성법」 제17조에 따라 친환경농산물 인증을 받은 제품
6. 그 밖에 대통령령으로 정하는 국가인증제도에 따라 인증을 받은 제품
② 법률 제10886호 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률 일부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제38조의2제1항 중 “「농산물품질관리법」 제12조의2 또는 「수산물품질관리법」 제42조”를 “「농수산물 품질관리법」 제61조”로 한다.
③ 농수산물의 원산지 표시에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호 및 제2호를 각각 다음과 같이 하고, 같은 조 제8호 중 “「농산물품질관리법」, 「수산물품질관리법」”을 “「농수산물 품질관리법」”으로 한다.
1. “농산물”이란 「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제6호가목에 따른 농산물을 말한다.
2. “수산물”이란 「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제6호나목에 따른 수산물을 말한다.
제4조 중 “「농산물품질관리법」 제3조의 농산물품질관리심의회 또는 「수산물품질관리법」 제4조의 수산물품질관리심의회”를 “「농수산물 품질관리법」 제3조에 따른 농수산물품질관리심의회”로 한다.
제5조제2항제1호 중 “「농산물품질관리법」 제4조 또는 「수산물품질관리법」 제5조”를 “「농수산물 품질관리법」 제5조”로 하고, 같은 항 제2호부터 제5호까지를 각각 다음과 같이 한다.
2. 「농수산물 품질관리법」 제6조에 따른 우수관리인증의 표시 또는 같은 법 제14조에 따른 품질인증품의 표시를 한 경우
3. 「농수산물 품질관리법」 제21조에 따른 친환경수산물인증품의 표시를 한 경우
4. 「농수산물 품질관리법」 제24조에 따른 이력추적관리의 표시를 한 경우
5. 「농수산물 품질관리법」 제34조에 따라 지리적표시를 한 경우
제10조제3항 중 “「농산물품질관리법」 제28조의2에 따른 농산물안전정보시스템이나 「수산물품질관리법」 제44조의2에 따른 수산정보시스템”을 “「농수산물 품질관리법」 제103조에 따른 농수산물안전정보시스템”으로 한다.
제11조제1항 중 “「농산물품질관리법」 제29조나 「수산물품질관리법」 제47조의 명예감시원”을 “「농수산물 품질관리법」 제104조의 농수산물 명예감시원”으로 한다.
④ 사법경찰관리의 직무를 수행할 자와 그 직무범위에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제28호 중 “「농산물품질관리법」 또는 「수산물품질관리법」에 규정된 원산지등 표시 또는 유전자변형농수산물 표시에 관한 단속 사무”를 “「농수산물의 원산지 표시에 관한 법률」에 따른 원산지 표시 또는 「농수산물 품질관리법」에 따른 유전자변형농수산물 표시에 관한 단속 사무”로 한다.
제6조제25호 중 “「농산물품질관리법」 또는 「수산물품질관리법」에 규정된 원산지등 표시 또는 유전자변형농수산물 표시에 관한 범죄”를 “「농수산물의 원산지 표시에 관한 법률」에 따른 원산지 표시 또는 「농수산물 품질관리법」에 따른 유전자변형농수산물 표시에 관한 범죄”로 한다.
⑤ 상표법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제22조의2제3항 중 “「농산물품질관리법」 이나 「수산물품질관리법」”을 “「농수산물 품질관리법」”으로 한다.
⑥ 식품안전기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호나목을 다음과 같이 하고, 같은 호 다목을 삭제하며, 같은 조 제5호 중 “「농산물품질관리법」”을 “「농수산물 품질관리법」”으로 하고, “「친환경농업육성법」, 「수산물품질관리법」”을 “「친환경농업육성법」”으로 한다.
나. 「농수산물 품질관리법」에 따른 농수산물
⑦ 양곡관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조의2제4호를 다음과 같이 하고, 같은 조에 제4호의2를 다음과 같이 신설한다.
4. 해당 양곡에 대하여 「농수산물의 원산지 표시에 관한 법률」 제5조제1항 또는 제3항에 따른 원산지의 표시의무를 위반하거나 같은 법 제6조제1항 각 호 또는 제2항 각 호의 어느 하나에 해당한 경우
4의2. 해당 양곡에 대하여 「농수산물 품질관리법」 제56조제1항에 따른 유전자변형농수산물의 표시의무를 위반하거나 같은 법 제57조 각 호의 어느 하나에 해당한 경우
제21조제1항제9호를 다음과 같이 하고, 같은 항에 제9호의2를 다음과 같이 신설하며, 같은 항 제10호 중 “「농산물품질관리법」 제16조제2항”을 “「농수산물 품질관리법」 제56조제1항”으로 하고, 같은 항 제11호 중 “「농산물품질관리법」 제17조제1항 각 호에 따른 허위표시 등”을 “「농수산물 품질관리법」 제57조 각 호에 따른 거짓표시 등”으로 한다.
9. 「농수산물의 원산지 표시에 관한 법률」 제5조제1항에 따른 원산지의 표시의무를 위반한 경우
9의2. 「농수산물의 원산지 표시에 관한 법률」 제6조제1항 각 호에 따른 거짓표시 등의 금지의무를 위반한 경우
⑧ 인삼산업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제22조 중 “「농산물품질관리법」”을 “「농수산물 품질관리법」”으로 한다.
⑨ 전통주 등의 산업진흥에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제7호 중 “「농산물품질관리법」 제8조”를 “「농수산물 품질관리법」 제2조제1항제8호”로 한다.
제20조제2항 중 “「농산물품질관리법」”을 “「농수산물 품질관리법」”으로 한다.
⑩ 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제144조제1항제9호를 다음과 같이 한다.
9. 「농수산물 품질관리법」 제75조제1항, 제76조제2항 및 제3항부터 제5항까지(제76조제2항과 관련하여 이양된 권한에 따른 출입 등으로 한정한다), 제78조, 제114조제1항제10호 및 제123조제1항ㆍ제2항(제75조제1항 및 제76조제3항부터 제5항까지와 관련하여 이양된 권한에 따른 과태료의 부과ㆍ징수로 한정한다). 다만, 「농수산물 품질관리법」 제75조제1항, 제76조제2항 및 제78조에 관한 권한은 같은 법 제70조제4항에 따른 생산단계에서의 위해요소중점관리기준을 이행하는 시설로서 같은 법 제74조제1항에 따라 등록한 시설에 관한 권한으로 한정한다.
제209조의2의 제목 중 “품질관리”를 “품질관리 등”으로 하고, 같은 조 제1항을 삭제하며, 같은 조 제2항 중 “「수산물품질관리법」 제19조, 제20조제2항 및 제47조제3항”을 “「식품산업진흥법」 제19조의5ㆍ제19조의6 및 「농수산물 품질관리법」 제104조제3항”으로 한다.
⑪ 지역특화발전특구에 관한 규제특례법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제36조의5를 다음과 같이 한다.
제36조의5(「농수산물 품질관리법」에 관한 특례) 농림수산식품부장관은 「농수산물 품질관리법」 제32조에 따라 특화산업과 관련된 농수산물 또는 농수산가공품에 대한 지리적표시의 등록을 신청받은 경우에는 다른 신청보다 우선하여 심사하게 할 수 있다.
법률 제10715호 지역특화발전특구에 관한 규제특별법 일부개정법률 제36조의14를 삭제한다.
제44조의3제5호를 다음과 같이 한다.
5. 「농수산물 품질관리법」 제5조제2항(수산물만 해당한다)
⑫ 친환경농업육성법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조제2항 및 제27조제1항제3호 중 “「농산물품질관리법」 제10조”를 각각 “「농수산물 품질관리법」 제30조”로 한다.
⑬ 학교급식법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제1항제1호ㆍ제2호 및 제4호를 각각 다음과 같이 한다.
1. 「농수산물의 원산지 표시에 관한 법률」 제5조제1항에 따른 원산지 표시를 거짓으로 적은 식재료
2. 「농수산물 품질관리법」 제56조에 따른 유전자변형농수산물의 표시를 거짓으로 적은 식재료
4. 「농수산물 품질관리법」 제5조제2항에 따른 표준규격품의 표시, 같은 법 제14조제3항에 따른 품질인증의 표시 및 같은 법 제34조제3항에 따른 지리적표시를 거짓으로 적은 식재료
제21조제1항 중 “「농산물품질관리법」ㆍ「축산법」ㆍ「축산물위생관리법」ㆍ「수산물품질관리법」”을 “「농수산물 품질관리법」ㆍ「축산법」ㆍ「축산물위생관리법」”으로 한다.
제20조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 법률, 종전의 「수산물품질관리법」 또는 그 규정을 인용한 경우 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 법률, 종전의 「수산물품질관리법」 또는 그 규정을 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2011.7.25 제10932호(한국농수산식품유통공사법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 농산물품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제4항제2호다목을 다음과 같이 한다.
다. 「한국농수산식품유통공사법」에 따른 한국농수산식품유통공사
②부터 ⑥까지 생략
제5조 생략

부 칙[2011.11.22 제11101호(소금산업 진흥법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 법률 제10885호 농수산물 품질관리법 전부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제1호나목을 다음과 같이 한다.
나. 수산물: 「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제6호나목의 수산물(「소금산업 진흥법」 제2조제1호에 따른 소금은 제외한다)
③ 및 ④ 생략
제8조 생략

부 칙[2012.6.1 제11458호(종자산업법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 및 ② 생략
③ 법률 제10885호 농수산물 품질관리법 전부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제34조제2항제3호 중 “「종자산업법」”을 “「종자산업법」 및 「식물신품종 보호법」”으로 한다.
④부터 ⑦까지 생략
제6조 생략

부 칙[2012.6.1 제11459호(친환경농어업 육성 및 유기식품 등의 관리·지원에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 법률 제10885호 농수산물 품질관리법 전부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제5호 및 제6호를 각각 삭제한다.
제4조제2호 중 “수산물품질인증·친환경수산물인증”을 “수산물품질인증”으로 한다.
제2장제4절(제20조부터 제23조까지)을 삭제한다.
제29조제1항 중 “품질인증품, 친환경수산물인증품”을 각각 “품질인증품”으로 하고, 같은 조 제2항제4호를 삭제한다.
제30조제1항 각 호 외의 부분 및 제31조제1항 각 호 외의 부분 중 “품질인증품, 친환경수산물인증품”을 각각 “품질인증품”으로 한다.
제113조제6호를 삭제한다.
제114조제1항제5호를 삭제하고, 같은 항 제7호 중 “품질인증품·친환경수산물인증품”을 “품질인증품”으로 한다.
제119조제1호 중 “품질인증품, 친환경수산물인증품”을 각각 “품질인증품”으로 하고, 같은 조 제2호라목을 삭제한다.
③부터 ⑨까지 생략
제7조 생략

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <278>까지 생략
<279> 농수산물 품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제2호, 제5조제3항, 제24조제3항·제4항·제6항, 제25조제1항 단서, 같은 조 제4항, 제26조제3항, 제27조제2항, 제28조제2항, 제32조제3항 전단·후단, 제33조제3항, 제34조제3항 본문, 제41조제3항, 제98조제3항, 제99조제2항 후단, 같은 조 제4항, 제100조제1항제6호, 같은 조 제2항, 제104조제3항 및 제110조제8호 중 "농림수산식품부령"을 각각 "농림축산식품부령 또는 해양수산부령"으로 한다.
제2조제1항제12호, 제60조제3항, 제61조제1항제1호가목, 같은 항 제2호가목, 같은 조 제3항, 제63조제1항제3호, 제64조제3항, 제65조제1항제4호, 같은 조 제2항 및 제68조제4항 중 "농림수산식품부령"을 각각 "총리령"으로 한다.
제3조제1항, 같은 조 제4항제3호·제4호, 제5조제1항, 제20조제1항, 제24조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항·제3항, 같은 조 제5항 본문, 제25조제3항, 제26조제1항, 제27조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제30조제1항 각 호 외의 부분, 제31조제1항 각 호 외의 부분, 제32조제1항, 같은 조 제3항 전단, 같은 조 제4항 전단·후단, 같은 조 제5항·제6항, 같은 조 제7항 각 호 외의 부분, 같은 조 제8항, 같은 조 제9항 각 호 외의 부분, 제33조제1항, 제35조 각 호 외의 부분 단서, 제39조제1항 각 호 외의 부분, 제40조 각 호 외의 부분, 제41조제3항, 제42조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제3항·제4항, 제98조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항, 제99조제1항, 같은 조 제2항 전단, 제100조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제102조제1항, 제104조제1항·제2항 및 제111조제1항 중 "농림수산식품부장관"을 각각 "농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관"으로 한다.
제3조제4항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 교육부, 산업통상자원부, 보건복지부, 환경부, 식품의약품안전처, 농촌진흥청, 산림청, 특허청, 공정거래위원회 소속 공무원 중 소속 기관의 장이 지명한 사람과 농림축산식품부 소속 공무원 중 농림축산식품부장관이 지명한 사람 또는 해양수산부 소속 공무원 중 해양수산부장관이 지명한 사람
제4조제7호, 제103조제3항 및 제113조 각 호 외의 부분 본문·단서 중 "농림수산식품부령"을 각각 "총리령, 농림축산식품부령 또는 해양수산부령"으로 한다.
제6조제1항, 제8조제2항, 제9조제1항 본문·단서, 같은 조 제2항 본문, 같은 조 제4항, 제10조제1항 각 호 외의 부분 본문, 같은 항 제9호, 제11조제1항 각 호 외의 부분, 같은 항 제3호, 같은 조 제2항 본문, 제12조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제13조제1항, 제31조제2항부터 제4항까지, 제79조제1항 본문, 같은 조 제2항, 제80조제1항·제2항, 제81조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제87조 각 호 외의 부분 본문, 제105조, 제107조제1항 및 제109조 각 호 외의 부분 중 "농림수산식품부장관"을 각각 "농림축산식품부장관"으로 한다.
제6조제7항, 제7조제1항 단서, 같은 조 제4항·제5항, 제8조제3항, 제9조제2항 본문, 같은 조 제5항, 제10조제2항, 제11조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항 본문, 같은 조 제5항, 제12조제2항, 제34조제3항 단서, 제79조제3항, 제80조제3항, 제81조제2항, 제82조제6항, 제83조제2항, 제84조, 제86조제1호 및 제106조제4호 중 "농림수산식품부령"을 각각 "농림축산식품부령"으로 한다.
제14조제2항부터 제4항까지, 제15조제1항 단서, 같은 조 제2항, 제17조제3항 본문, 같은 조 제4항, 제18조제2항, 제21조제1항부터 제3항까지, 제22조제1항 단서, 같은 조 제2항, 제70조제4항, 제71조제2항, 제74조제4항, 제75조제3항, 제76조제7항, 제88조제2항 단서, 같은 조 제5항, 제89조제3항, 제90조제2항, 제91조제5항, 제92조제2항 및 제94조 중 "농림수산식품부령"을 각각 "해양수산부령"으로 한다.
제14조제1항·제2항, 제15조제2항·제3항, 제16조 각 호 외의 부분 본문, 제17조제1항, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분, 같은 조 제3항 본문, 제18조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제19조제1항, 제21조제1항, 제22조제2항·제3항, 제23조 각 호 외의 부분 본문, 제69조, 제70조제1항부터 제5항까지, 제71조제1항, 제72조제1항, 같은 조 제2항제3호, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분 전단·후단, 같은 조 제4항, 같은 조 제5항 전단, 제73조제2항 본문, 같은 조 제3항, 제74조제1항·제3항, 제75조제1항·제2항, 제76조제1항, 같은 조 제2항 전단, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 각 호 외의 부분, 제77조, 제78조 각 호 외의 부분 본문, 제88조제1항 각 호 외의 부분, 같은 항 제2호, 같은 조 제2항 본문, 같은 조 제3항, 같은 조 제4항 각 호 외의 부분, 제89조제1항·제2항, 제90조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제93조제3호, 제94조, 제95조제1항·제2항, 제96조제1항, 같은 조 제2항제2호 및 제97조 각 호 외의 부분 본문 중 "농림수산식품부장관"을 각각 "해양수산부장관"으로 한다.
제41조제3항 중 "지식경제부령"을 "산업통상자원부령"으로 한다.
제58조제1항 본문, 제59조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항·제3항, 제60조제1항·제5항, 제61조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항, 제62조제1항 각 호 외의 부분 전단, 제63조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항, 제64조제1항, 같은 조 제2항 본문, 제65조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제66조제1항, 같은 조 제2항 전단, 제67조, 제68조제1항 각 호 외의 부분, 같은 항 제7호, 같은 조 제2항·제3항 및 제112조 중 "농림수산식품부장관"을 각각 "식품의약품안전처장"으로 한다.
제60조제4항 및 제68조제1항제3호를 각각 삭제한다.
제72조제3항제1호 중 "농림수산식품부"를 "해양수산부"로 한다.
제91조제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "농림수산검역검사본부장"을 "대통령령으로 정하는 국가검역·검사기관(이하 "국가검역·검사기관"으로 한다)의 장"으로 하고, 같은 조 제3항, 같은 조 제4항 전단, 제92조제1항 각 호 외의 부분 및 제114조제3항 중 "농림수산검역검사본부장"을 각각 "국가검역·검사기관의 장"으로 한다.
제91조제1항제1호 중 "농림수산검역검사본부"를 "국가검역·검사기관"으로 한다.
제103조제1항·제2항, 제114조제1항 각 호 외의 부분, 제115조제1항 및 같은 조 제2항 각 호 외의 부분 중 "농림수산식품부장관"을 각각 "농림축산식품부장관, 해양수산부장관 또는 식품의약품안전처장"으로 한다.
제123조제3항 중 "농림수산식품부장관"을 "농림축산식품부장관, 해양수산부장관, 식품의약품안전처장"으로 한다.
<280>부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2013.8.13 제12064호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제98조의2의 개정규정은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.3.24 제12510호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.5.20 제12604호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.6.11 제12753호(특허법)]
제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) 농수산물 품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제41조제1항 중 "제6조(특허출원의 변경·취하, 청구의 취하, 심판청구 및 복대리인의 선임에 관한 부분에 한정한다)"를 "제6조[제1호(특허출원의 포기는 제외한다), 제5호, 제7호 및 제8호에 한정한다)]"로, "제11조(제1항제1호·제2호 및 제4호는 제외한다)"를 "제11조(제1항제1호부터 제3호까지, 제5호 및 제6호는 제외한다)"로 하고, 같은 조 제2항 중 "「특허법」 제6조"를 "「특허법」 제6조제7호"로, "「특허법」 제17조 중 "제132조의3"은 "「농수산물 품질관리법」 제45조"로, "제180조제1항""을 "「특허법」 제17조제1호 중 "제132조의3"은 "「농수산물 품질관리법」 제45조"로, 같은 조 제2호 중 "제180조제1항""으로 한다.
제55조제2항 후단 중 ""제186조제1항의 규정에 의한 소제기"는 "「농수산물 품질관리법」 제54조에 따른 소송""을 ""제186조제1항에 따라 소를 제기하는 경우에는"은 "「농수산물 품질관리법」 제54조에 따라 소송을 제기하는 경우에는""으로 한다.
제12조 생략

부 칙[2015.3.27 제13268호(수산물 유통의 관리 및 지원에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제8조까지 생략
제9조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 농수산물 품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제24조제1항 각 호 외의 부분 중 "농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관"을 "농림축산식품부장관"으로 하고, 같은 항 제1호 및 제2호 중 "농수산물"을 각각 "농산물"로 한다.
제24조제2항 중 "농수산물"을 "농산물"로, 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관"을 "농림축산식품부장관"으로 한다.
제24조제3항 중 "농림축산식품부령 또는 해양수산부령"을 "농림축산식품부령"으로, "농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관"을 "농림축산식품부장관"으로 한다.
제24조제4항 중 "농수산물"을 각각 "농산물"로, "농림축산식품부령 또는 해양수산부령"을 "농림축산식품부령"으로 한다.
제24조제5항 본문 중 "농수산물 및 제2항에 따른 농수산물"을 "농산물 및 제2항에 따른 농산물"로, "이력추적관리농수산물"을 "이력추적관리농산물"로, "농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관"을 "농림축산식품부장관"으로 하고, 같은 항 단서 중 "이력추적관리농수산물"을 "이력추적관리농산물"로 한다.
제24조제6항 중 "농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관"을 "농림축산식품부장관"으로 한다.
제24조제7항 중 "농림축산식품부령 또는 해양수산부령"을 "농림축산식품부령"으로 한다.
제25조제1항 단서 중 "농림축산식품부령 또는 해양수산부령"을 "농림축산식품부령"으로 하고, 같은 조 제2항제1호 및 제2호 중 "농수산물"을 각각 "농산물"로 하며, 같은 조 제3항 중 "농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관"을 "농림축산식품부장관"으로 하고, 같은 조 제4항 중 "농림축산식품부령 또는 해양수산부령"을 "농림축산식품부령"으로 한다.
제26조제1항 중 "농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관"을 "농림축산식품부장관"으로, "이력추적관리농수산물"을 "이력추적관리농산물"로, "농수산물"을 "농산물"로 하고, 같은 조 제2항 중 "이력추적관리농수산물"을 "이력추적관리농산물"로 하며, 같은 조 제3항 중 "농림축산식품부령 또는 해양수산부령"을 "농림축산식품부령"으로 한다.
제27조제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관"을 "농림축산식품부장관"으로 하고, 같은 조 제2항 중 "농림축산식품부령 또는 해양수산부령"을 "농림축산식품부령"으로 한다.
제29조제1항제1호 중 "이력추적관리농수산물"을 "이력추적관리농산물"로 하고, 같은 조 제2항제5호 중 "농수산물"을 각각 "농산물"로, "농수산가공품"을 "농산가공품"으로 한다.
제31조제1항 각 호 외의 부분 중 "이력추적관리농수산물"을 각각 "이력추적관리농산물"로 한다.
제114조제1항제7호 중 "이력추적관리농수산물"을 각각 "이력추적관리농산물"로 한다.
제119조제2호마목 중 "농수산물"을 각각 "농산물"로, "농수산가공품"을 "농산가공품"으로 한다.
③ 생략

부 칙[2015.6.22 제13383호(수산업·어촌 발전 기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 ④까지 생략
⑤ 농수산물 품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제1호가목 중 "「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」"을 "「농업·농촌 및 식품산업 기본법」"으로 한다.
제2조제1항제1호나목 중 "「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제6호나목의 수산물"을 "「수산업·어촌 발전 기본법」 제3조제1호가목에 따른 어업활동으로부터 생산되는 산물"로 한다.
제2조제1항제2호 중 "「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제4호의 생산자단체"를 "「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제4호, 「수산업·어촌 발전 기본법」 제3조제5호의 생산자단체"로 한다.
제2조제2항 중 "「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」"을 "「농업·농촌 및 식품산업 기본법」과 「수산업·어촌 발전 기본법」"으로 한다.
⑥부터 <63>까지 생략

부 칙[2016.2.29 제14033호(상표법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제17조까지 생략
제18조(다른 법률의 개정) ① 농수산물 품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제37조제2항 중 "「상표법」 제67조 및 제70조"를 "「상표법」 제110조 및 제114조"로 한다.
②부터 ④까지 생략
제19조 생략

부 칙[2016.2.29 제14035호(특허법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제22조까지 생략
제23조(다른 법률의 개정) ① 농수산물 품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제41조제2항 중 "제132조의3"을 각각 "제132조의17"로 한다.
제50조제2항 중 "제133조제1항·제134조제1항 및 제137조제1항의 무효심판 또는 제135조제1항"을 "제133조제1항, 제134조제1항·제2항 또는 제137조제1항의 무효심판이나 제135조제1항·제2항"으로, "제133조제1항·제134조제1항·제135조"를 "제133조제1항, 제134조제1항·제2항, 제135조"로, "제132조의3·제136조"를 "제132조의17, 제136조"로, ""제132조의3"은"을 ""제132조의17"은"으로 한다.
제55조제2항 후단 중 ""제133조제1항·제134조제1항·제135조제1항·제137조제1항·제138조제1항 및 제3항"은 "「농수산물 품질관리법」 제43조제1항·제44조제1항"으로"를 ""제133조제1항, 제134조제1항·제2항, 제135조제1항·제2항, 제137조제1항 또는 제138조제1항·제3항"은 "「농수산물 품질관리법」 제43조제1항 또는 제44조제1항"으로"로 한다.
② 생략

부 칙[2016.12.2 제14293호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2016.12.27 제14483호(종자산업법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, ··· <생략> ··· 부칙 제3조부터 제6조까지의 규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) 농수산물 품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제98조제1항 각 호 외의 부분에 단서를 다음과 같이 신설한다.
다만, 「종자산업법」 제2조제1호에 따른 종자에 대한 검정은 제외한다.
제6조 생략

부 칙[2017.4.18 제14771호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(우수관리시설의 지정에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 농림축산식품부장관이 지정한 우수관리시설은 제11조의 개정규정에 따라 우수관리인증기관이 지정한 우수관리시설로 본다.
제3조(우수관리시설의 지정 취소 등에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 제12조제1항에 따라 우수관리시설의 지정 취소 또는 업무의 정지가 진행 중인 경우에는 제12조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
② 이 법 시행 당시 종전의 제114조제1항제2호에 따라 청문이 진행 중인 경우에는 제114조제1항제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2017.11.28 제15068호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(수산특산물에 대한 품질인증제도 폐지에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 제14조제1항에 따라 품질인증을 받은 수산특산물에 대해서는 제15조제2항 및 제3항에 따라 품질인증의 유효기간을 연장할 수 있다. 다만, 품질인증의 유효기간을 연장하는 경우에도 그 기한은 2020년 12월 31일로 한다.
② 이 법 시행 당시 종전의 제14조제1항에 따라 품질인증을 받은 수산특산물 및 제1항에 따라 품질인증의 유효기간을 연장한 수산특산물에 대해서는 종전의 품질인증 관련 규정(벌칙 및 과태료에 관한 규정을 포함한다)에 따른다.
제3조(다른 법률의 개정) 식품산업진흥법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제33조제1항제4호의2 중 "수산물과 수산특산물"을 "수산물"로 한다.

부 칙[2018.2.21 제15384호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2018.6.12 제15707호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(안전성검사기관 지정의 유효기간에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 제64조제1항에 따라 지정을 받은 안전성검사기관의 지정 유효기간은 이 법 시행일부터 기산한다.