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제39조(벌칙)
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 1년 이하의 징역 또는 1천만원 이하의 벌금에 처한다.
1. 제6조제1항에 따른 검역조사를 받지 아니하고 우리나라로 들어오거나 외국으로 나간 운송수단의 장, 사람, 화물의 소유자 또는 관리자
2. 제12조제3항에 따른 서류의 제출 또는 제시 요구를 거부·방해·기피하거나 거짓 서류를 제출 또는 제시한 자
3. 제15조제1항에 따른 검역소장의 조치에 따르지 아니한 자
4. 제16조제1항 및 제17조제1항에 따른 격리조치에 따르지 아니한 자
5. 제38조를 위반하여 업무상 알게 된 다른 사람의 비밀을 누설한 사람
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 500만원 이하의 벌금에 처한다.
1. 제15조제3항을 위반하여 소독 실시 등의 명령을 이행하지 아니하거나 그 실시 결과에 대하여 검역소장의 확인을 받지 아니한 자
2. 제15조제4항 또는 제23조제4항에 따른 회항 또는 이동 지시를 거부한 운송수단의 장
3. 제18조를 위반하여 격리병동과 임시 격리시설에서 사용하거나 보관 중인 화물을 검역소장의 허락을 받지 아니하고 반출한 자
4. 제19조제1항에 따른 이동금지 등의 조치에 따르지 아니한 자

附則
第42條 이 法은 公布한 날로부터 施行한다.
第43條 南朝鮮過度政府保健厚生部令 第2號 海空港檢疫規則은 廢止한다.
第44條 이 法 施行에 必要한 事項은 大統領令으로 定한다.

附則 [63·2·9]
①이 法은 公布한 後 30日이 경과한 날로부터 施行한다.
②大統領令으로 정하는 檢疫所를 제외한 기타의 檢疫所의 敷地, 建物 또는 施設 및 器材는 管轄地域保健所에 引繼하여야 한다.

附則 [69·5·19]
이 法은 公布후 30日이 경과한 날로부터 施行한다.

附則 [70·8·7]
이 法은 公布한 날로부터 施行한다.

附則 [72·12·30]
이 법은 공포한 후 30일이 경과한 날로부터 시행한다.

附則 [73·1·15]
①(施行日) 이 法은 公布한 날로부터 施行한다. [但書 省略]
②내지 ⑪省略

附則 [76·12·31]
이 法은 公布후 30日이 경과한 날로부터 施行한다.

附則 [87·11·28]
이 法은 公布후 60日이 경과한 날로부터 施行한다.

附則 [96·8·8]
第1條 (施行日) 이 法은 公布후 30日이내에 第41條의 改正規定에 의한 海洋水産部와 海洋警察廳의 組織에 관한 大統領令의 施行日부터 施行한다. [1996·8·8 대통령령 제15135호에 의하여 공포한 날부터 시행]
第2條 내지 第4條 省略

附則 [97·12·13]
이 法은 1998年 1月 1日부터 施行한다. [但書 省略]

附則 [99·2·8]
①(施行日) 이 法은 1999年 4月 1日부터 施行한다.
②(罰則에 관한 經過措置) 이 法 施行전의 행위에 대한 罰則의 적용에 있어서는 종전의 規定에 의한다.

附則 [99·9·7]
이 法은 公布한 날부터 施行한다.

부칙 [2003.08.06.]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.01.17.]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.4.11 제8364호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(처분 등에 관한 일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 행정기관의 행위나 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 따른 행정기관의 행위나 행정기관에 대한 행위로 본다.
제3조(벌칙과 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙이나 과태료 규정을 적용할 때에는 종전의 규정에 따른다.
제4조(다른 법률의 개정) ①남북교류협력에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제2항을 다음과 같이 한다.
②제1항에 따른 검역조사에 관하여는「검역법」 제5조부터 제26조까지 및 제31조부터 제33조까지의 규정을 준용한다. 다만, 「검역법」 제18조 및 제19조에 따라 검역증 또는 임시검역증을 교부하는 것을 생략할 수 있다.
②屍體解剖및보존에관한法律 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제5호 중 “檢疫法 第11장條第1項第6號”를 “「검역법」 제10조제1항제6호”로 한다.
제5조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「검역법」 또는 그 규정을 인용한 경우에 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <439> 까지 생략
<440> 검역법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호, 제3조제1항 각 호 외의 부분 본문 및 단서, 제6조제5항, 제22조제2호, 제27조제1항제6호, 제34조, 제37조 및 제38조 중 "보건복지부장관"을 각각 "보건복지가족부장관"으로 한다.
제3조제2항, 제6조제4항, 제8조제3항, 제10조제3항, 제21조제2항, 제22조제3호, 제30조제2항 및 제3항, 제31조 각 호 외의 부분, 제32조, 제33조, 제35조제1항 및 제2항, 제36조 중 "보건복지부령"을 각각 "보건복지가족부령"으로 한다.
제6조제5항 중 "해양수산부장관"을 "농림수산식품부장관"으로 한다.
<441> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.12.29 제9846호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(처분 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 행정기관의 행위나 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 따른 행정기관의 행위나 행정기관에 대한 행위로 본다
제3조(벌칙과 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙이나 과태료 규정을 적용할 때에는 종전의 규정에 따른다.
제4조(다른 법률의 개정) ① 남북교류협력에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제2항 본문 중 “「검역법」 제5조부터 제26조까지와 제31조부터 제34조까지의 규정”을 “「검역법」 제9조부터 제28조까지, 제34조, 제35조 및 제39조부터 제41조까지의 규정”으로 한다.
② 시체해부 및 보존에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제5호를 다음과 같이 한다.
5. 「검역법」 제15조제1항제5호에 따라 해부하는 경우
제5조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「검역법」의 규정을 인용한 경우 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2010.1.18 제9932호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 2개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제4조제24항은 2010년 4월 2일부터, 같은 조 제11항 및 제107항은 2010년 12월 30일부터, 같은 조 제26항 및 제31항은 2011년 1월 1일부터 각각 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑩까지 생략
⑪ 법률 제9846호 검역법 전부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호사목, 제5조제1항, 제6조제1항 각 호 외의 부분 단서, 제10조제1항, 제12조제2항, 제16조제1항제1호, 제24조 본문, 제29조제1항제8호, 제36조 및 제37조 중 "보건복지가족부장관"을 각각 "보건복지부장관"으로 한다.
제5조제2항, 제6조제3항, 제8조제1항, 제9조 본문, 제10조제4항, 제12조제4항, 제13조제1항 단서, 제14조제2항ㆍ제3항, 제15조제3항, 제16조제2항ㆍ제6항, 제19조제1항ㆍ제2항 후단, 제20조, 제22조, 제23조제4항 전단, 제25조제1항ㆍ제3항, 제27조제1항ㆍ제6항, 제28조제1항ㆍ제2항 각 호 외의 부분ㆍ제3항 각 호 외의 부분ㆍ제4항ㆍ제5항, 제30조제2항, 제32조제1항, 제33조제2항 및 제34조 각 호 외의 부분 중 "보건복지가족부령"을 각각 "보건복지부령"으로 한다.
⑫부터 <137>까지 생략
제5조 생략