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제12조(감사의 의무)
감사는 매년 종합감사보고서를 작성하여 보건복지부장관과 이사회에 제출하여야 한다. [개정 2010.1.18 제9932호(정부조직법)] [[시행일 2010.4.2]]

부 칙[2009.4.1 제9592호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제2조ㆍ제3조ㆍ제10조는 공포한 날부터 시행한다.
제2조(설립 준비) ① 보건복지부장관은 국립중앙의료원의 설립에 관한 사무를 처리하기 위하여 이 법 공포일부터 3개월 이내에 국립중앙의료원설립위원회(이하 “설립위원회”라 한다)를 설치한다. [개정 2010.1.18 제9932호(정부조직법)] [[시행일 2010.4.2]]
② 설립위원회는 보건복지부장관이 위촉하는 7명 이내의 설립위원으로 구성하며, 위원장은 보건복지부차관이 된다. [개정 2010.1.18 제9932호(정부조직법)] [[시행일 2010.4.2]]
③ 설립위원회는 국립중앙의료원의 정관을 작성하여 기명날인하거나 서명한 후 보건복지부장관의 인가를 받아야 한다. [개정 2010.1.18 제9932호(정부조직법)] [[시행일 2010.4.2]]
④ 설립위원회는 이 법 시행일까지 국립중앙의료원의 설립등기를 완료하여야 한다.
⑤ 설립위원회는 국립중앙의료원의 원장이 임명되면 지체 없이 그 사무를 원장에게 인계하여야 한다.
⑥ 설립위원회는 제5항에 따른 사무인계가 끝난 경우에는 해산된 것으로 보며, 설립위원은 해촉된 것으로 본다.
제3조(설립 비용) 국가는 국립중앙의료원을 설립하는 데에 드는 비용을 부담한다.
제4조(국유재산의 무상 승계 등) ① 이 법 시행 당시 보건복지부장관 소관에 속하는 국유재산 중 그 소속 기관인 국립의료원이 소재한 토지(서울특별시 중구 을지로 6가 18-20, 18-79, 18-222, 18-223, 18-224, 도로를 포함한다) 및 그 부속건물(이하 이 조에서 “부동산”이라 한다)을 「국민건강증진법」제22조제1항에 따라 설치된 국민건강증진기금(이하 이 조에서 “기금”이라 한다)에 같은 조 제2항에도 불구하고 이를 출연한다. [개정 2010.1.18 제9932호(정부조직법)] [[시행일 2010.4.2]]
② 제1항에 따라 출연된 부동산은 기금 안에 공공보건의료계정으로 분리하여 운영하여야 한다. 이 경우 부동산에 상당하는 금액은 국립중앙의료원 신축ㆍ이전ㆍ운영 및 공공보건의료를 위한 비용으로 사용하여야 한다.
③ 이 법 시행 당시 국립의료원이 관리하는 국유재산 및 물품(제1항에 따라 기금에 출연한 부동산을 제외한다)은 국립중앙의료원에 무상으로 양여한다.
④ 제2항의 공공보건의료계정은 부동산에 상당하는 금액이 제2항에 따라 사용될 때까지 존속한다.
제5조(권리ㆍ의무의 승계) ① 이 법에 따라 설립된 국립중앙의료원은 국립의료원의 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계한다.
② 제1항에 따라 국립중앙의료원이 포괄 승계하는 권리ㆍ의무에 관한 등기부나 그 밖의 공부에 표시된 국립의료원의 명의는 국립중앙의료원의 명의로 본다.
제6조(전입금 등의 지급) 이 법 시행 당시 특별회계에 전입할 일반회계로부터의 전입금 예산 중 국립의료원 소관의 전입금이 있거나 국립중앙의료원 설립연도의 수입ㆍ지출의 결산상 잉여금이 있는 경우에는 이를 국립중앙의료원에 출연금이나 보조금으로 지급하여야 한다.
제7조(설립 당시의 예산) ① 이 법에 따라 설립되는 국립중앙의료원은 설립 당시 국립중앙의료원의 예산이 확정되기 전까지는 종전의 국립의료원 소관 예산을 종전의 예에 따라 집행할 수 있다.
② 제1항에 따라 집행되는 경비는 국립중앙의료원의 예산이 성립되면 그 성립된 예산에 따라 집행된 것으로 본다.
제8조(설립 당시의 원장의 임명) ① 이 법 시행 후 최초로 임명되는 국립중앙의료원의 원장은 제7조제4항에도 불구하고 보건복지부장관이 임명한다. [개정 2010.1.18 제9932호(정부조직법)] [[시행일 2010.4.2]]
② 국립중앙의료원의 설립 당시의 이사 및 감사는 제7조제5항에도 불구하고 보건복지부장관이 임명한다. [개정 2010.1.18 제9932호(정부조직법)] [[시행일 2010.4.2]]
제9조(직원의 임용 특례) ① 보건복지부장관은 국립중앙의료원 설립 당시 종전의 국립의료원 소속 공무원 중 본인의 희망에 따라 공무원 신분을 계속 유지하는 자와 국립중앙의료원의 직원으로 신분이 전환되는 자를 확정하여야 한다. [개정 2010.1.18 제9932호(정부조직법)] [[시행일 2010.4.2]]
② 국립중앙의료원 설립 당시 종전의 국립의료원에 재직 중인 자(제1항에 따라 본인의 희망으로 공무원 신분을 계속 유지하는 것으로 확정된 자는 제외한다)는 국립중앙의료원에 임용된 것으로 본다.
③ 제2항에 따라 국립의료원을 퇴직하고 국립중앙의료원의 직원으로 임용된 때에는 공무원 신분에서 퇴직한 것으로 본다.
④ 제2항에 따라 국립의료원을 퇴직하고 국립중앙의료원의 직원으로 임용된 자의 정년은 퇴직 당시의 직급에 적용되었던 「국가공무원법」상의 정년에 따른다. 다만, 국립중앙의료원 직원 정년이 「국가공무원법」상 정년보다 장기인 경우에는 국립중앙의료원의 직원 정년을 따른다.
제10조(예산편성에 관한 경과조치) 국립중앙의료원 설립 후 최초로 개시되는 사업연도의 국립중앙의료원의 예산서는 설립위원회가 작성할 수 있다.
제11조(책임운영기관특별회계에 관한 경과조치) 부칙 제1조에도 불구하고 이 법 시행 당시에 속하는 회계연도의 수입ㆍ지출의 출납정리에 관하여는 「정부기업예산법」을 적용하고, 결산보고서의 작성ㆍ제출에 관하여는 「국가재정법」을 적용한다.

부 칙[2010.1.18 제9932호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 2개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제4조제24항은 2010년 4월 2일부터, 같은 조 제11항 및 제107항은 2010년 12월 30일부터, 같은 조 제26항 및 제31항은 2011년 1월 1일부터 각각 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 부터 <23> 까지 생략
<24> 법률 제9592호 국립중앙의료원의 설립 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항, 제5조제11호, 제7조제4항, 제12조, 제15조제2항, 제18조제1항ㆍ제2항, 제19조, 제21조제1항, 제22조제1항 및 제25조 중 “보건복지가족부장관”을 각각 “보건복지부장관”으로 한다.
제21조제3항 중 “보건복지가족부령”을 “보건복지부령”으로 한다.
부칙 제2조제1항ㆍ제2항ㆍ제3항, 제4조제1항, 제8조제1항ㆍ제2항, 제9조제1항 중 “보건복지가족부장관”을 각각 “보건복지부장관”으로 한다.
부칙 제2조제2항 중 “보건복지가족부차관”을 “보건복지부차관”으로 한다.
<25> 부터 <137> 까지 생략
제5조 생략

부 칙[2016.2.3 제13984호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2017.9.19 제14879호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2018.3.13 제15441호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제5조제11호의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한 다.