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제4조(다른 법률과의 관계)
해양수산에 관한 다른 법률을 제정 또는 개정하는 경우에는 이 법의 목적과 기본이념에 맞도록 하여야 한다.

부칙 [2002.5.13.]
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②(다른 법률의 폐지) 해양개발기본법은 이를 폐지한다.
③(경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 해양개발기본법 제3조의 규정에 의하여 수립된 해양개발기본계획 및 시행계획은 제6조의 규정에 의한 해양수산발전기본계획 및 시행계획은 제6조의 규정에 의한 해양수산발전기본계획 및 시행계획의 수립·시행전까지 이 법에 의한 해양수산발전기본계획 및 시행계획의 수립·시행전까지 이 법에 의한 해양수산발전기본계획 및 시행계획으로 본다.

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>···, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <690> 까지 생략
<691> 해양수산발전기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제3항, 제17조제2항, 제28조제2항 전단, 제29조제1항, 같은 조 제2항 전단 및 제3항 전단·후단, 제32조제1항·제2항 및 제33조제1항 중 "해양수산부장관"을 각각 "국토해양부장관"으로 한다.
제28조제3항 및 제31조제3항 중 "해양수산부장관"을 각각 "농림수산식품부장관"으로 한다.
제31조제2항 중 "해양수산부장관"을 "농림수산식품부장관과 국토해양부장관"으로 한다.
<692> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.2.6 제9454호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(해양수산발전위원회의 사무승계에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 해양수산발전위원회의 소관 사무는 제7조의 개정규정에 따른 해양수산발전위원회가 승계한다.
제3조(해양환경관리위원회의 폐지에 따른 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 해양환경관리위원회의 소관 사무는 제7조의 개정규정에 따른 해양수산발전위원회가 승계한다.
제4조(다른 법률의 개정) ① 해양환경관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제14조제2항, 제16조제2항, 제61조제2항 및 제77조제4항 중 “제17조의 규정에 따른 해양환경관리위원회”를 각각 “「해양수산발전 기본법」 제7조에 따른 해양수산발전위원회”로 한다.
제17조를 삭제한다.
② 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제3항 및 제26조제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “「해양환경관리법」 제17조의 규정에 따른 해양환경관리위원회”를 각각 “「해양수산발전 기본법」 제7조에 따른 해양수산발전위원회”로 한다.
제26조제1항 각 호 외의 부분 단서 중 “해양환경관리위원회”를 “해양수산발전위원회”로 한다.

부 칙[2009.5.27 제9717호(농어업·농어촌 및 식품산업 기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <16> 까지 생략
<17> 해양수산발전기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조부터 제27조까지를 각각 삭제한다.
제7조 생략

부 칙[2012.12.18 제11596호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(한국해양과학기술진흥원에 대한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 「민법」에 따라 설립된 재단법인 한국해양과학기술진흥원(이하 이 조에서 “재단법인 한국해양과학기술진흥원”이라 한다)이 그 지위의 승계에 관하여 이사회의 의결을 거쳐 해양수산부장관의 인가를 받고 설립등기를 한 경우에는 제33조의2에 따라 설립된 진흥원으로 본다. 이 경우 재단법인 한국해양과학기술진흥원은 「민법」 중 법인의 해산 및 청산에 관한 규정에도 불구하고 해산된 것으로 본다. [개정 2013.3.23]
② 제1항의 경우 재단법인 한국해양과학기술진흥원의 재산과 권리·의무는 진흥원의 재산과 권리·의무로 보며, 그 재산과 권리·의무에 관한 등기부와 그 밖의 공부에 표시된 재단법인 한국해양과학기술진흥원의 명의는 진흥원의 명의로 본다.
③ 진흥원의 재산으로 보는 재산의 가액은 제1항에 따른 설립등기일 전일의 장부가액으로 한다.
④ 제1항의 경우 이 법 시행 전에 재단법인 한국해양과학기술진흥원이 행한 행위는 진흥원이 행한 행위로, 재단법인 한국해양과학기술진흥원에 대하여 행한 행위는 진흥원에 대하여 행한 행위로 본다.
⑤ 제1항의 경우 이 법 시행 당시 재단법인 한국해양과학기술진흥원의 임직원은 진흥원의 임직원으로 선임 또는 임명된 것으로 본다. 이 경우 임원의 임기는 재단법인 한국해양과학기술진흥원 정관에 따른 임기의 남은 기간으로 한다.
⑥ 제1항의 경우 이 법 시행 당시 재단법인 한국해양과학기술진흥원에 대하여 기획재정부장관이 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 공공기관으로 지정한 것은 진흥원에 대하여 지정한 것으로 본다.

부 칙[2013.3.23 제11709호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.3.18 제12491호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2016.3.22 제14079호(기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ①부터 <18>까지 생략
<19> 해양수산발전 기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제33조제1항제6호 중 "「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조제1항제2호에 따른"을 "「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2제1항에 따라 인정받은"으로 한다.
<20>부터 <22>까지 생략

부 칙[2016.12.27 제14515호(해양수산과학기술 육성법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법률의 개정) 해양수산발전 기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제29조, 제33조 및 제33조의2를 각각 삭제한다.

부 칙[2017.4.18 제14804호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ① 국립해양박물관법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제1조, 제5조제1항제2호 및 제17조 중 "해양산업"을 각각 "해양수산업"으로 한다.
② 국립해양생물자원관의 설립 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제1조 중 "해양산업"을 "해양수산업"으로 한다.
③ 국토기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항 및 제10조제6호 중 "해양자원"을 각각 "해양수산자원"으로 한다.
④ 여수세계박람회 기념 및 사후활용에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제1조 중 "해양수산산업"을 "해양수산업"으로, "해양자원"을 "해양수산자원"으로 한다.
⑤ 연안관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제34조의2제1항제4호 중 "해양자원"을 "해양수산자원"으로 한다.
⑥ 정부조직법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제43조제1항 중 "해양자원개발"을 "해양수산자원개발"로 한다.
⑦ 한국해양과학기술원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제1조 중 "해양자원"을 "해양수산자원"으로 한다.
⑧ 해양경비법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제1조 중 "해양자원"을 "해양수산자원"으로 한다.
제2조제1호 중 "해양자원"을 "해양수산자원"으로 하고, 같은 조 제6호를 다음과 같이 한다.
6. "해양수산자원"이란 「해양수산발전 기본법」 제3조제2호에 따른 해양수산자원을 말한다.
제3조, 제7조제2호 및 제11조제2항제3호 중 "해양자원"을 각각 "해양수산자원"으로 한다.
⑨ 해양심층수의 개발 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제3항제6호 중 "해양자원관리"를 "해양수산자원관리"로 한다.
제40조제6항제1호 중 "해양자원"을 "해양수산자원"으로 한다.