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제104조(마약류사범 등의 관리)
①소장은 마약류사범·조직폭력사범 등 법무부령으로 정하는 수용자에 대하여는 시설의 안전과 질서유지를 위하여 필요한 범위에서 다른 수용자와의 접촉을 차단하거나 계호를 엄중히 하는 등 법무부령으로 정하는 바에 따라 다른 수용자와 달리 관리할 수 있다.
②소장은 제1항에 따라 관리하는 경우에도 기본적인 처우를 제한하여서는 아니 된다.

부칙 [2007.12.21 제8728호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(위로금 및 조위금 채권에 관한 적용례) 제76조의 개정규정은 이 법 시행 후 취득한 위로금 및 조위금을 지급받을 권리부터 적용한다.
제3조(유류금품의 교부에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 사망자 또는 도주자가 남겨두고 간 금품이 있는 경우에는 제28조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제4조(징벌에 관한 경과조치) ①이 법 시행 전에 행하여진 징벌사유에 해당하는 위반행위에 대하여는 종전의 규정에 따른다. 다만, 이 법의 규정이 행위자에게 유리한 경우에는 이 법에 따른다.
②징벌사유에 해당하는 1개의 행위가 이 법 시행 전후에 걸쳐 이루어진 경우에는 이 법 시행 이후에 한 것으로 본다.
③이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과된 징벌은 이 법에 따라 부과된 것으로 본다. 다만, 이 법에 따른 징벌의 부과범위를 초과하여 부과한 경우에는 그 초과부분은 부과하지 아니한 것으로 보며, 이 법에 규정하지 아니한 징벌을 부과한 경우에는 징벌을 부과하지 아니한 것으로 본다.
제5조(다른 법률의 개정) ①결핵예방법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제26조 중 “행형법 제2조제5항의 규정에 의한 교도소등의 장은 재소자중”을 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」 제2조제4호의 교정시설의 장은 수용자 중”으로 한다.
②교정시설경비교도대설치법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조 본문 및 단서 중 “행형법 제15조”를 각각 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」 제101조”로 한다.
③국민연금법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제91조제1항제4호 중 “「행형법」 제2조에 따른 교도소 등에”를 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」 제11조에 따라 교정시설에”로 한다.
④국제수형자이송법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제17조 중 “행형법”을 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」”로 한다.제24조 각 호 외의 부분 중 “교도소등의 장은”을 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한법률」 제2조제4호의 교정시설의 장은”으로, “그 교도소등에”를 “그 교정시설에”로, “행형법”을 “같은 법”으로 한다.
⑤군행형법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제5항 중 “행형법”을 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」”로 한다.
⑥민영교도소등의설치·운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제1조 중 “행형법 제4조의2”를 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」 제7조”로 한다.
제2조제1호 중 “행형법 제1조의2제3호”를 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」 제2조제4호”로 한다.
제21조제1항 중 “항형법 제2조제5항”을 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」 제2조제4호”로 한다.
제24조·제30조제1항 및 제40조 중 “항 형법”을 각각 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」”로 한다.
제27조제1항 중 “항형법 제14조·제14조의2·제15조·제16조·제29조제1항·제32조제3항·제35조제2항·제44조제3항 및 제46조”를 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」 제37조제1항·제37조제2항·제63조제3항·제68조제1항·제77조제1항·제98조·제100조·제101조·제102조 및 제107조부터 제109조까지”로 하고, 같은 조 제2항 중 “행형법 제51조제1항”을 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」 제121조제1항”으로 하며, 같은 조 제3항 중 “행형법 제53조” 를 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」 제123조”로 한다.
⑦보호관찰등에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제24조제1항 중 “행형법 제52조”를 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」 제122조”로 한다.
제28조제1항 중 “항형법 제51조”를 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」 제121조”로 한다.
제58조 중 “행형법 제49조 내지 제52조”를 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」 제119조부터 제122조까지”로 한다.
⑧사법경찰관리의 직무를 행할 자와 그 직무범위에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제4항 중 “「행형법」 제5조제1항”을 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한법률」 제8조”로 한다.
⑨약사법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제4항제10호 중 “「행형법」”을 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」”로 한다.
⑩위험직무 관련 순직공무원의 보상에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호아목 중 “「행형법」 제15조제1항 각 호”를 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한법률」 제101조제1항 각 호”로 한다.
⑪치료감호법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제51조 중 “「행형법」”을 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」”로 한다.
⑫통신비밀보호법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항제3호 중 “행형법 제18조·제19조”를 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」 제41조·제43조·제44조”로 한다.
제6조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「행형법」 또는 그 규정을 인용한 경우 이 법 중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정을 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2008.12.11 제9136호]
이 법은 2008년 12월 22일부터 시행한다.

부 칙[2009.12.29 제9847호(감염병의 예방 및 관리에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제20조까지 생략
제21조(다른 법률의 개정) ① 부터 <26> 까지 생략
<27> 형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조제1항 중 “전염병”을 “감염병”으로 한다.
제53조제1항제3호 중 “전염병”을 “감염병”으로 한다.
제128조제2항 단서 중 “전염병”을 “감염병”으로 한다.
<28> 부터 <30> 까지 생략
제22조 생략

부 칙[2010.5.4 제10273호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2011.7.18 제10865호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2011.8.4 제11005호(의료법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, ㆍㆍㆍ<생략>ㆍㆍㆍ 부칙 제4조는 공포한 날부터 시행하고, ㆍㆍㆍ<생략>ㆍㆍㆍ 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑫까지 생략
⑬ 형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제39조제2항 중 “정신과”를 “정신건강의학과”로 한다.
⑭ 생략

부 칙[2014.12.30 제12900호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2015.3.27 제13235호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(영치품의 반환 등에 관한 적용례) 제29조의 개정규정은 이 법 시행 후 수용자가 석방되는 경우부터 적용한다.
제3조(시신의 화장 등에 관한 적용례) 제128조제1항부터 제3항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 사망한 수용자부터 적용한다.

부 칙[2016.1.6 제13721호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2016.5.29 제14170호(경비교도대 폐지에 따른 보상 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑥까지 생략
⑦ 형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조 중 "교도관 및 경비교도의 복무"를 "교도관의 복무"로 한다.
제96조제1항제2호 중 "교도관 및 경비교도(이하 이 장에서 "교도관등"이라 한다)"를 "교도관"으로 한다.
제97조제1항제3호, 제100조제1항 각 호 외의 부분, 같은 항 제5호, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분, 같은 항 제2호·제3호·제6호, 같은 조 제4항, 제101조제1항 각 호 외의 부분, 같은 항 제2호·제4호·제5호, 같은 조 제2항, 같은 조 제3항 본문 및 제117조제4항 중 "교도관등"을 각각 "교도관"으로 한다.

부 칙[2016.12.2 제14281호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(금치처분 중 실외운동 제한에 관한 적용례) 제112조제4항의 개정규정은 이 법 시행 후의 행위로 제108조제14호의 처분을 받는 경우부터 적용한다.

부 칙[2017.12.19 제15259호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(간이입소절차에 관한 적용례) 제16조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 체포되거나 구속영장이 청구된 피의자부터 적용한다.

부 칙[2019.4.23 제16345호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제52조제1항, 제64조제2항 및 제3항, 제95조제2항 및 제3항, 제96조제2항 및 제3항, 제108조제8호의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(기본계획에 관한 경과조치) 법무부장관은 이 법 시행 후 1년 이내에 제5조의2의 개정규정에 따른 기본계획을 수립하여야 한다.

부 칙[2020.2.4 제16925호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2022.12.27 제19105호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(1주의 작업시간에 관한 적용례) 제71조제3항 및 제4항(1주의 작업시간에 관한 부분으로 한정한다)의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 주의 다음 주간(週間)의 작업시간부터 적용한다.
제3조(위로금 지급 시기의 변경에 따른 적용례) 제74조제2항의 개정규정은 이 법 시행 전에 같은 조 제1항제1호의 위로금 지급사유가 발생하였으나 위로금을 지급받지 아니한 수형자로서 이 법 시행 당시 수용 중에 있는 수형자에 대해서도 적용한다.