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제9조(준공신고)
①제7조의 규정에 의하여 허가를 받거나 제8조의 규정에 의하여 신고한 자가 그 공사를 준공한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 시장·군수에게 신고하여야 한다. [개정 1999.3.31

]
②시장·군수는 제1항의 규정에 의하여 신고한 내용 중 지하수개발·이용시설의 위치 등 대통령령이 정하는 사항이 제7조의 규정에 의하여 허가를 받거나 제8조의 규정에 의하여 신고한 내용과 다르게 준공된 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 시정을 명하거나 필요한 조치를 할 수 있으며, 정당한 사유 없이 이를 이행하지 아니하는 자에 대하여는 해당 개발·이용시설의 폐쇄를 명할 수 있다. [신설 2005.5.31

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부칙
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제4장(제22조 내지 제26조)의 규정은 1998년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (이행보증금의 예치에 관한 적용례) 제14조의 규정은 이 법 시행후 최초로 이 법 또는 다른 법률의 규정에 의하여 허가·인가등을 받거나 신고를 하는 자부터 적용한다.
제3조 (지하수개발·이용의 신고에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 지하수개발·이용의 신고를 한 자는 제7조 또는 제8조의 규정에 의하여 허가를받거나 신고를 한 것으로 본다.
제4조 (다른 법률의 개정) 온천법중 다음과 같이 개정한다. 제3조제1항 후단 및 제4조제1항 후단중 "지하수법 제10조"를 각각 "지하수법 제12조"로 한다.
제5조중 "지하수법 제7조 내지 제9조·제13조·제16조 및 제17조"를 "지하수법 제7조·제8조·제11조 및 제19조 내지 제21조"로 한다.
제5조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 지하수법의 규정을인용하고 있는 경우에 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 경우에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [97·12·13]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 생략

부칙 [99·3·31]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (지하수영향조사기관의 등록에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제27조의규정에 의하여 지정을 받은 지하수영향조사기관은 제27조의 개정규정에 의한 지하수영향조사기관의 등록을 한 것으로 본다.
제3조 (허가권자등의 변경에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사가 행한 허가등 각종 행위 또는 신고등 시·도지사에 대한 각종 행위는 이 법에 의한 시장·군수의 행위 또는 시장·군수에 대한 행위로 본다.
제4조 (행정처분에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 행정처분은 종전의 규정에 의한다.
제5조 (벌칙 등에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2001.1.16]
①(시행일) 이 법은 공포후 10월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제29조의2의 개정규정은 2002년 7월 1일부터 시행한다.
②(지하수개발·이용허가 유효기간에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 정한 지하수개발·이용허가의 유효기간은 제7조의3의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. 다만, 유효기간이 정하여지지 아니한 경우에 있어서는 그 유효기간을 이 법 시행일부터 5년으로 본다.
③(지하수의 이용에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 신고하지 아니하고 지하수를 개발·이용하는 자로서 제8조제1항의 규정에 의하여 새로이 신고대상이 되는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 이 법 시행일부터 1년 이내에 시장·군수에게 신고하여야 한다.
④(유출지하수에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 제9조의2제1항의 개정규정에 해당되는 지하굴착시설을 설치한 자는 이 법 시행일부터 6월이내에 동조제2항의 이용계획을 수립하여 신고하여야 한다.
⑤(벌칙 등에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
⑥(다른 법률의 개정) 환경범죄의단속에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다. 별표 1 제4호의 기준란중 "지하수법 제19조"를 "지하수법 제20조"로 한다.

부칙 [2002.2.4 제6655호(국토의계획및이용에관한법률)]
제1조(시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제24조 생략
제25조 (다른 법률의 개정) ①내지 <23>생략
<24>지하수법중 다음과 같이 개정한다.
제7조제3항제3호중 "도시계획"을 "도시관리계획"으로 한다.
<25>내지 <30>생략

부칙 [2006.2.4 제6656호(공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①내지 <58>생략
<59>지하수법중 다음과 같이 개정한다.
제18조의2제2항중 "토지수용법"을 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률"로 한다.
<60>내지 <85>생략
제12조 생략

부칙 [2005.3.31 제7459호(수질환경보전법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <25> 생략
<26>지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항제2호 가목중 "수질환경보전법 제2조제3호"를 "「수질환경보전법」제2조제8호"로 한다.
<27>내지 <35> 생략
제6조 생략

부칙 [2005.5.31 제7569호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (지하수개발·이용시설 공사 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 제22조제3항제1호 내지 제3호의 규정에 의하여 지하수개발·이용시설 공사를 하고 있거나 종전의 제29조의2제2항제1호 또는 제2호의 규정에 의하여 지하수정화업무를 하고 있는 경우에는 당해 공사 또는 업무가 종료될 때까지 제22조제3항제1호 내지 제3호의 개정규정 또는 제29조의2제2항제1호 또는 제2호의 개정규정을 적용하지 아니한다.
②이 법 시행 당시 지하수개발·이용시공업자가 지하수개발·이용시설의 공사를 하고 있는 경우에는 해당 공사가 종료될 때까지 제22조제4항의 개정규정을 적용하지 아니한다.
제3조 (벌칙 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제4조 (다른 법률의 개정) 부담금관리기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표에 제112호를 다음과 같이 신설한다.
112. 「지하수법」 제30조의3의 규정에 의한 지하수이용부담금

부칙 [2006.2.21 제7849호(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2006년 7월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제39조 생략
제40조 (다른 법령의 개정) ①내지 <43>생략
<44>지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제4항 전단 중 "「제주국제자유도시 특별법」에 의한 제주도지역 지하수"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 의한 제주특별자치도지역 지하수"로 한다.
<45>내지 <47>생략
제41조 생략

부칙 [2006.3.24 제7924호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2006.9.27 제8014호(하수도법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 내지 <40> 생략
<41>지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항제2호다목을 다음과 같이 한다.
다. 「하수도법」 제2조제1호·제2호의 규정에 따른 오수·분뇨 및 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제2조제2홍의 규정에 따른 가축분뇨
<42> 내지 <57> 생략
제11조 생략

부칙 [2007.4.11 제8370호(수도법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 제18조 생략
제19조(다른 법률의 개정) ① 내지 <47> 생략
<48>지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제30조의3제1항제3호 중 “「수도법」 제3조제17호”를 “「수도법」 제3조제19호”로 한다.
<49> 내지 <66> 생략
제20조 생략