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제2조(정의)
이 법에서 "군사기밀"이란 일반인에게 알려지지 아니한 것으로서 그 내용이 누설되면 국가안전보장에 명백한 위험을 초래할 우려가 있는 군(軍) 관련 문서, 도화(圖畵), 전자기록 등 특수매체기록 또는 물건으로서 군사기밀이라는 뜻이 표시 또는 고지되거나 보호에 필요한 조치가 이루어진 것과 그 내용을 말한다.
[전문개정 2011.6.9]

부 칙[1972.12.26 제2387호]
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부 칙[1981.12.31 제3492호]
제1조 (施行日) 이 법은 1982년 2월 1일부터 시행한다.
제2조 (관계법률의 개정) 1. 내지 9. 생략
10. 군사기밀보호법중 다음과 같이 개정한다.
제19조제1항을 다음과 같이 한다.
①군법회의법 제43조제2호 및 제46조제2호에 규정하는 군사법경찰관리는 이 법에 규정하는 범죄에 관하여 사법경찰관리의직무를행할자와그직무범위에관한법률이 정하는 바에 의하여 사법경찰관리의 직무를 행한다.
11. 생략
제3조 및 제4조 생략

부 칙[1987.12. 4 제3993호]
제1조 (施行日) 이 법은 1988년 2월 25일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ① 및 ② 생략
③군사기밀보호법중 다음과 같이 개정한다.
제19조제1항중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로 한다.
④ 내지 <15> 생략
제4조 생략

부 칙[1993.12. 27 제4616호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (군사기밀의 지정에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 군사기밀은 이 법에 의하여 군사기밀로 지정된 것으로 본다.
제3조 (다른 법률의 개정등) ①반국가행위자의처벌에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항중 "군사기밀보호법(제5조, 제9조 및 제12조를 제외한다)"을 "군사기밀보호법(제10조, 제14조, 제16조를 제외한다)"으로 한다.
②군사법원법중 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항중 "군사기밀보호법 제8조의 죄와 그 미수범"을 "군사기밀보호법 제13조의 죄와 그 미수범"으로 한다.
제4조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 군사기밀보호법의 규정을 인용한 경우에 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2005.7.22 제7613호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제2조제7항 및 제33조제5항·제6항의 개정규정과 부칙 제2조 내지 제4조의 규정은 2006년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) 군사기밀보호법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조 각 호 외의 부분, 제8조 각 호 외의 부분 및 제9조제1항 중 "국방부장관"을 각각 "국방부장관 또는 방위사업청장"으로 한다.
제4조 생략

부 칙[2011.6.9 제10792호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.3.11 제12400호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.5.9 제12556호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.