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제49조(기피의 원인과 신청권자)
①검찰관 또는 피고인은 다음의 경우에 재판관의 기피를 신청할 수 있다.
1. 재판관이 전조각호의 1에 해당될 때
2. 재판관이 불공평한 재판을 할 념려가 있는 때
②변호인은 피고인의 명시한 의사에 반하지 아니하는 때에 한하여 재판관에 대한 기피를 신청할 수 있다.

부칙 <제1004호,1962.1.20>
제1조 (시행일) 본법은 서기1962년6월1일부터 시행한다.
제2조 (경과규정) 본법 시행당시 군법회의심판에 계속중인 사건 본법 시행 후 공소를 제기한 사건 및 본법 시행 전에 군법회의재판이 선고 또는 고지되고 본법 시행당시 확정되지 아니한 사건에 대하여는 본법을 적용한다.
[전문개정 1962.5.31]
제3조 (동전) ①전조의 경우에 본법 시행당시 관할군법회의에 1건 기록이 있거나 확인을 요하는 사건으로서 국방부장관 또는 각군삼모총장에 송치되지 아니한 사건에 대하여는 관할군법회의설치장관을, 본법 시행당시까지 판결의 확인을 위하여 송치된 사건에 관하여는 본법 시행당시에 1건 기록을 수리한 국방부장관 또는 각군삼모총장을 본법에 의한 보통군법회의관할관으로 간주한다.
②전항의 관할관은 본법 시행 전에 재판이 선고된 사건에 한하여 제369조제2항의 규정에 불구하고 본법 시행일로부터 20일 이내에 판결확인조치를 하여야 하며 공소할 수 있는 지를 기재한 처분결과를 처분이 있은 때부터 7일 이내에 피고인과 검찰관에게 통지하여야 한다. 단 국방부장관과 각군삼모총장은 확인한 즉일확인결과를 각군본부 보통군법회의관할관에게 통보하여야 하며 피고인과 검찰관에 대한 통지를 그 통보를 받은 각군본부 보통군법회의관할관이 하여야 한다.
③국방부장관과 각군삼모총장이 처분한 전항의 사건에 대하여는 본법의 규정에 불구하고 각군본부 보통군법회의를 원심군법회의로 간주한다.
[전문개정 1962.5.31]
제4조 (동전) ①본법 시행당시까지 판결심의회의 결의에 의하여 재심에 회부함이 상당하다고 판정한 사건중 본법 시행당시에 국방경비법제100조 및 해안경비법제69조에 의한 절차를 밟고 있는 사건은 본법 시행당시에 재심이 명령된 것으로 간주한다.
②전항의 사건과 본법 시행당시 재심이 명령된 사건 또는 재심심판에 번속중인 사건의 재심에 관하여는 국방경비법과 해안경비법을 적용한다.
③본법 시행당시 또는 이전에 확정된 사건으로서 전2항에 해당하지 아니한 사건의 재심에 관하여는 본법을 적용한다.
[전문개정 1962.5.31]
제5조 (동전) ①본법 시행당시 또는 그 이전에 확정된 사건에 대한 형의 집행정지 또는 몰수물에 관한 사항에 대하여는 본법의 규정을 적용한다. 단 이미 행한 처분의 효력에 관하여는 영향을 미치지 아니한다.
②전항의 경우에는 해당사건기록이 있거나 이미 처분한 검찰관을 본법에 규정한 검찰관으로 간주한다.
[본조신설 1962.5.31]
[종전 부칙제5조는 부칙제6조로 이동]
제6조 (동전) 본법 시행전에 국방경비법과 해안경비법에 의하여 행한 소송절차로서 본법의 규정에 상당하는 것은 본법에 의하여 행한 것으로 간주한다.
[부칙제5조에서 이동, 종전 부칙제6조는 부칙제8조로 이동]
제7조 (서기에 관한 특례) 군법회의관할관은 서기의 충원이 있을 때까지 병으로 하여금 본법에 서기의 직무를 대행하게 할 수 있다.
[본조신설 1962.5.31]
제8조 (폐지법령) 다음의 법령은 이를 폐지한다.
1. 서기1948년7월 국방경비법과 서기1948년7월 해안경비법중 군형법 부칙제5조에 렬거된 이외의 법조
2. 대통령긴급명령제5호계엄하군사재판에관한특별조치령
3. 법률제80호 헌병과국군정보기관의수사한계에관한법률
[부칙제6조에서 이동]

부칙 <제1086호,1962.5.31>
본법은 1962년6월1일부터 시행한다.

부칙 <제1619호,1963.12.16>
이 법은 1963년 12월 17일부터 시행한다.

부칙 <제1693호,1965.4.3>
①이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②이 법은 이 법 시행당시 군법회의에 계속된 사건에 적용한다.
③이 법 시행당시 계속중인 상소사건으로서 제출기간이 경과하였거나 기록접수통지를 받은 사건의 상소리유서는 이 법 시행일로부터 20일까지 다시 제출할 수 있다.

<제2390호,1972.12.26>
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

<제2539호,1973.2.17>
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법은 이 법 시행당시 군법회의에 계속된 사건에 적용한다. 그러나 이 법 시행전에 구법에 의하여 행한 소송행위의 효력에 영향을 미치지 아니한다.
③(동전) 이 법 시행 전에 구법에 의하여 과태료에 처할 행위를 한 자의 처벌에 대하여는 이 법 시행 후에도 구법을 적용한다.
④(동전) 이 법 시행 전에 진행이 개시된 법정기간에 관하여는 이 법 시행 후에도 구법을 적용한다.

<제2630호,1973.10.10>
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(사건관할에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 해병대사령부고등군법회의 또는 그 관하 보통군법회의에 계속중인 사건의 관할은 이 법 시행과 동시에 해군본부고등군법회의 또는 해군본부보통군법회의에 속한다. 이 경우에 이미 행하여진 소송행위는 그 효력에 영향이 없다.
③(사건관할에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 대법원에 계속중인 사건으로서 해병대사령부고등군법회의 또는 그 관하 보통군법회의에 환송 또는 이송할 사건은 해군본부고등군법회의 또는 해군본부보통군법회의에 환송 또는 이송하여야 한다.
④(사건관할에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 해병대사령부고등군법회의에 계속중인 사건으로서 그 관하 보통군법회의에 환송 또는 이송할 사건은 해군본부보통군법회의에 환송 또는 이송하여야 한다.
⑤(사건관할에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 해병대사령부고등군법회의 또는 그 관하 보통군법회의가 재판할 형의 집행유예취소청구, 경합법중 다시 형을 정하는 청구, 형의 소멸신청, 상소권회복청구, 재심청구, 형의 집행에 대한 이의신청 및 의의신청, 형사보상청구 기타 신청사건의 관할은 해군본부고등군법회의 또는 해군본부보통군법회의에 속한다.
⑥(검찰관의 권한에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 해병대사령부고등군법회의 또는 그 관하 보통군법회의의 검찰관의 권한에 속하는 사항은 이 법 시행과 동시에 해군본부고등군법회의 또는 해군본부보통군법회의의 검찰관이 관장한다. 이 경우에 이미 행하여진 검찰관의 행위는 그 효력에 영향이 없다.

<제3444호,1981.4.17>
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(종전의 반공법 위반의 죄에 대한 경과조치) 종전의 법률 제643호 반공법에 규정된 죄는 제4조제2호 및 제250조제1항제1호의 적용에 있어서 이를 법률 제3318호 국가보안법에 규정된 죄로 본다.

(사법경찰관리의직무를행할자와그직무범위에관한법율) <제3492호,1981.12.31>
제1조 (시행일) 이 법은 1982년 2월 1일부터 시행한다.
제2조 (관계법률의 개정) 1. 내지 10. 생략
11. 군법회의법중 다음과 같이 개정한다.
제43조에 제3호를 다음과 같이 신설한다.
3. 국가안전기획부 직원으로서 국가안전기획부장이 군사법경찰관으로 지명하는 자
제44조에 제3호를 다음과 같이 신설한다.
3. 제43조제3호에 규정된 자는 국가안전기획부법 제2조제1항제3호 및 제4호에 규정된 죄
제46조에 제3호를 다음과 같이 신설한다.
3. 국가안전기획부 직원으로서 국가안전기획부장이 군사법경찰리로 지명하는 자
제3조 생략
제4조 생략