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제27조의2(기본운영규정)
①행정기구의 장은 임명된 날부터 1월 이내에 행정기구의 조직 및 운영에 관한 기본운영규정을 작성하여 시·도지사의 승인을 얻어야 한다. 승인을 얻은 사항을 변경하는 경우에도 또한 같다.
②제1항의 규정에 의한 기본운영규정에는 다음 각호의 사항이 포함되어야 한다.
1. 소관업무 및 그 집행절차에 관한 기본적인 사항
2. 행정기구의 조직운영과 공무원의 정원운영에 관한 사항
3. 소속공무원의 인사운영에 관한 사항
4. 예산 및 회계에 관한 사항
5. 그 밖에 행정기구의 효율적 운영에 관한 사항으로서 대통령령이 정하는 사항
③제27조제2항 후단의 규정에 따라 설치되는 공동의 행정기구의 장이 작성하는 기본운영규정은 제1항의 규정에 불구하고 지방자치법 제149조제1항의 규정에 따른 규약이 정하는 바에 의한다.
[본조신설 2005.1.27] [[시행일 2005.4.28]]

부칙[2002.12.30 제6835호]
이 법은 2003년 7월 1일부터 시행한다.

부칙 [2002.12.30 제6841호(산지관리법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 9월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①내지 <73>생략
<74>경제자유구역의지정및운영에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제11조제1항제2호중 "산림법 제18조의 규정에 의한 보전임지의 전용허가, 동법"을 "산지관리법 제14조·제15조의 규정에 의한 산지전용허가 및 산지전용신고, 산림법"으로, "제90조"를 "제90조제1항"으로 한다.
제15조제2항중 "산림법"을 "산지관리법"으로, "대체조림비"를 "대체산림자원조성비"로 한다.
제27조제1항제14호중 "제90조·제90조의2·제90조의6"을 "제90조, 산지관리법 제14조·제15조·제25조 및 제32조"로, "산림형질변경"을 "산지전용"으로 한다.
제12조 생략

부칙 [2003.5.29 제6916호(주택법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제11조 생략
제12조 (다른 법률의 개정) ①내지 <43>생략
<44>경제자유구역의지정및운영에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제11조제1항제23호를 삭제한다.
제27조제1항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 주택법 제29조·제32조·제38조의 규정에 의한 주택의 공급 등에 관한 사무
<45>내지 <47>생략
제13조 생략

부칙 [2004.12.31 제7291호(토양환경보전법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제6조 생략
제7조 (다른 법률의 개정) ①경제자유구역의지정및운영에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제27조제1항제6호중 "토양환경보전법 제11조 및 제12조"를 "토양환경보전법 제12조 및 제14조"로 한다.
②내지 ④생략

부칙 [2005.1.27 제7349호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (경제자유구역개발계획의 변경에 관한 적용례) 제7조의2의 개정규정 중 시·도지사가 요청하는 경제자유구역개발계획의 변경에 관한 규정은 이 법 시행 후 최초로 변경을 요청하는 경제자유구역개발계획부터 적용한다.
제3조 (유통단지의 지정의제에 관한 적용례) 제8조제5호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제4조의 규정에 따라 지정되는 경제자유구역부터 적용한다.
제4조 (개발사업의 구역 안에서의 행위의 제한에 관한 적용례 등) ①제8조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 행하는 행위부터 적용한다.
②이 법 시행 당시 이미 관계법령에 따라 허가·인가 등을 받아(관계법령에 따라 허가·인가 등을 받을 필요가 없는 경우를 포함한다) 제8조의2제1항의 개정규정에 따른 행위에 착수한 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 관할 시·도지사에게 신고한 후 그 공사 또는 사업이 종료될 때까지 이를 계속 시행할 수 있다.
제5조 (인·허가 등의 의제에 관한 적용례) 제11조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제9조의 개정규정에 따라 승인 또는 변경승인을 얻은 실시계획부터 적용한다.
제6조 (지방자치단체 등의 사무의 이관에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제27조제1항의 규정에 따라 시·도지사(행정기구를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 수행하던 사무 및 관계법령에 따라 시장·군수·구청장이 수행하던 사무 가운데 완결되지 아니하고 시장·군수·구청장 또는 시·도지사에게 이관되는 사무는 그 처리권한을 이관받은 시장·군수·구청장 또는 시·도지사가 각각 이를 지체 없이 인수받아 처리한다. 이 경우 시장·군수·구청장 또는 시·도지사는 인수받아 처리하는 사무의 신청인에게 그 사무의 처리권한이 변경된 사실을 지체 없이 통지하여야 한다.
제7조 (기본운영규정의 작성에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 제27조제3항의 규정에 따라 임명되어 있는 행정기구의 장은 이 법 시행 후 1월 이내에 제27조의2의 개정규정에 따른 기본운영규정을 작성하여 그 행정기구의 장을 임명한 시·도지사의 승인을 얻어야 한다.

부칙 [2005.3.31 제7476호(도시공원및녹지등에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략
제9조 (다른 법률의 개정) ①및 ②생략
③경제자유구역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제27조제1항제15호중 "도시공원법 제4조 내지 제9조·제11조 내지 제16조·제18조·제20조·제21조·제23조의2·제26조·제29조"를 "「도시공원 및 녹지 등에 관한 법률」 제16조 내지 제25조·제27조·제29조 내지 제33조·제36조 내지 제41조·제43조·제45조 내지 제47조·제49조제3항·제51조·제56조"로 한다.
④내지 ⑭생략
제10조 생략

부칙 [2005.7.21 제7604호(농지법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제6조제3항·제7조제4항·제22조제6호 및 제22조제7호의 개정규정은 2005년 10월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정)①생략
②경제자유구역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제2항중 "농지조성비"를 "농지보전부담금"으로 한다.
③내지<19> 생략
제7조 생략

부칙 [2005.8.4 제7678호(산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률)]
제1조 (시행일)
이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정)①생략
②경제자유구역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제1항제2호중 “산림법 제57조의 규정에 의한 보안림의 지정해제, 동법 제62조의 규정에 의한 보안림 구역안에서의 행위의 허가, 동법 제73조의 규정에 의한 국유림안에서의 벌채 승인 또는 동의 및 동법 제90조제1항의 규정에 의한 입목벌채 등의 허가”를 “「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」 제36조제1항·제4항의 규정에 의한 입목벌채등의 허가·신고, 동법 제45조제1항·제2항의 규정에 의한 보안림 안에서의 행위의 허가·신고 및 동법 제46조제1항의 규정에 의한 보안림의 지정해제”로 한다.
제27조제1항제14호중 “산림법 제90조”를 “「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」 제36조의 규정에 의한 입목벌채”로, “임목벌채ㆍ산지전용”을 “산지전용”으로 한다.
③내지<87> 생략
제12조 생략

부칙 [2006.3.3 제7864호(대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①경제자유구역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제17조제2항중 “「중소기업의 사업영역 보호 및 기업간 협력증진에 관한 법률」”을 “「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」”로 한다.
제②항 내지 제⑥항 생략